Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2025-01-22 19:06:28.518174862 +0000 +++ b2/build.log 2025-01-22 19:36:43.964320848 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Wed Jan 22 06:34:09 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1737570849 +I: Current time: Wed Feb 25 15:32:10 +14 2026 +I: pbuilder-time-stamp: 1771983130 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -28,52 +28,84 @@ dpkg-source: info: applying SyntaxWarning.patch I: Not using root during the build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/2425547/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on codethink03-arm64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Feb 25 01:32 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='arm64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="37" [3]="1" [4]="release" [5]="aarch64-unknown-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.37(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=arm64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=12 ' - DISTRIBUTION='unstable' - HOME='/root' - HOST_ARCH='arm64' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=unstable + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=aarch64 + HOST_ARCH=arm64 IFS=' ' - INVOCATION_ID='d5fb6b930a154750a0b54ebba3f12a85' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='2425547' - PS1='# ' - PS2='> ' + INVOCATION_ID=70a8e56d45f543eeb5c7d4a46fc0a5fe + LANG=C + LANGUAGE=nl_BE:nl + LC_ALL=C + MACHTYPE=aarch64-unknown-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=307709 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.eKzqcYtd/pbuilderrc_GRwE --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.eKzqcYtd/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc' - SUDO_GID='109' - SUDO_UID='104' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://192.168.101.4:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.eKzqcYtd/pbuilderrc_ccyG --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.eKzqcYtd/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc' + SUDO_GID=109 + SUDO_UID=104 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://192.168.101.4:3128 I: uname -a - Linux codethink04-arm64 6.1.0-30-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.124-1 (2025-01-12) aarch64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-30-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.124-1 (2025-01-12) aarch64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Nov 22 14:40 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/2425547/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 Nov 22 2024 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -696,7 +728,7 @@ Get: 501 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-1 [71.9 kB] Get: 502 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 sharutils arm64 1:4.15.2-10 [260 kB] Get: 503 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 swig arm64 4.3.0-0.1 [1406 kB] -Fetched 298 MB in 3s (96.8 MB/s) +Fetched 298 MB in 2s (127 MB/s) Preconfiguring packages ... Selecting previously unselected package libsystemd-shared:arm64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19964 files and directories currently installed.) @@ -2313,8 +2345,8 @@ Setting up tzdata (2025a-1) ... Current default time zone: 'Etc/UTC' -Local time is now: Wed Jan 22 18:35:48 UTC 2025. -Universal Time is now: Wed Jan 22 18:35:48 UTC 2025. +Local time is now: Wed Feb 25 01:34:55 UTC 2026. +Universal Time is now: Wed Feb 25 01:34:55 UTC 2026. Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it. Setting up libboost-atomic1.83.0:arm64 (1.83.0-4) ... @@ -2796,7 +2828,11 @@ Building tag database... -> Finished parsing the build-deps I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for unstable +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package coot dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.09+dfsg-4 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -3112,7 +3148,7 @@ -- Found Boost: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found version "1.83.0") found components: iostreams system python regex thread serialization -- Found Python: /usr/bin/python3 (found suitable version "3.13.1", minimum required is "3.10") found components: Interpreter Development.Module Development.SABIModule -- Note: MAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS was not enabled --- Configuring done (4.3s) +-- Configuring done (4.0s) -- Generating done (0.1s) CMake Warning: Manually-specified variables were not used by the project: @@ -3174,11 +3210,11 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/macros' Making all in compat make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/getopt.o .libs/getopt1.o -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-compat.so.0 -o .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so.0" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so") @@ -3186,81 +3222,81 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' Making all in utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from setup-syminfo.cc:27: +In file included from threads.cc:27: coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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idx) { @@ -3305,7 +3341,7 @@ mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so.0" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so") @@ -3313,123 +3349,123 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' Making all in geometry make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX 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read-sbase.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from read-sbase.cc:28: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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from dictionary-residue.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from dictionary-residue.cc:35: +In file included from link.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c svg-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/svg-molecule.o +In file included from atom-types.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from rdkit-interface.cc:26: +In file included from chemical-feature-clusters.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from chemical-feature-clusters.cc:31: +In file included from cod-types.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from rdkit-interface.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -3502,21 +3538,14 @@ | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from atom-types.cc:30: -lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from lbg-molfile.hh:32, - from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-types.cc:28: + from chemical-feature-clusters.cc:33: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-types.cc:27: + from rdkit-interface.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -3528,11 +3557,6 @@ lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cod-atom-types.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, from cod-atom-type-t.cc:28: @@ -3542,29 +3566,41 @@ | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from chemical-feature-clusters.cc:33: + from cod-types.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from bond-record-container-t.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from rdkit-interface.cc:27: + from atom-types.cc:30: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from bond-record-container-t.cc:33: +In file included from cod-atom-type-t.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cod-atom-type-t.cc:33: +In file included from lbg-molfile.hh:32, + from rdkit-interface.hh:29, + from cod-atom-types.cc:28: +lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from cod-atom-types.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers 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svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so.0" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so") @@ -3573,92 +3609,96 @@ Making all in coot-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o mmrrcc.o mmrrcc.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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coot-map-utils.hh:33, + from trim.cc:21: +coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from maps-spherical.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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diff-diff-map-peaks.cc +In file included from pepflip-using-difference-map.cc:28: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from coot-map-utils.hh:33, from blob-line.cc:27: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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included from coot-map-utils.hh:33, - from trim.cc:21: + from find-water-baddies.cc:29: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from coot-map-utils.cc:39: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-map-utils.hh:33, - from find-water-baddies.cc:29: -coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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coot-coord-utils.cc coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': coot-map-utils.cc:973:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-coord-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-coord-utils.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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/usr/include/clipper/core/hkl_compute.h:48, from coot-map-utils.cc:32: @@ -3669,6 +3709,13 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/14/algorithm:60, from coot-map-utils.cc:23: @@ -3693,89 +3740,73 @@ /usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -In file included from positron.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-o hole.lo hole.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o read-sm-cif.lo read-sm-cif.cc In file included from coot-coord-utils.cc:34: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-h-bonds.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-h-bonds.o /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o helix-analysis.lo helix-analysis.cc coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': coot-map-utils.cc:973:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ coot-map-utils.cc: In lambda function: coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c read-sm-cif.cc -fPIC -DPIC -o .libs/read-sm-cif.o coot-map-utils.cc: In function 'void coot::util::reverse_map(clipper::Xmap*)': coot-map-utils.cc:4713:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4713 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c bonded-pairs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/bonded-pairs.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o elastic.lo elastic.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o glyco-torsions.lo glyco-torsions.cc hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o glyco-torsions.lo glyco-torsions.cc In file included from read-sm-cif.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c glyco-torsions.cc -fPIC -DPIC -o .libs/glyco-torsions.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include 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atom-selection-container.cc -fPIC -DPIC -o .libs/atom-selection-container.o coot-map-utils.cc: In lambda function: coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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coot-shelx-ins.lo coot-shelx-ins.cc +In file included from glyco-torsions.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c atom-selection-container.cc -fPIC -DPIC -o .libs/atom-selection-container.o coot-map-utils.cc: In lambda function: coot-map-utils.cc:4501:87: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); @@ -3813,13 +3850,14 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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atom-selection-container.cc:915: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 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const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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std::string, std::string, std::string, std::string, short int, float, short int, float)': coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, | ^~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o polar-atoms.lo polar-atoms.cc +In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, + from /usr/include/clipper/clipper.h:7, + from sfcalc-genmap.cc:30: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const C&) [with S = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_abcd_from_phifom; T = clipper::datatypes::ABCD]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::ABCD' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } + | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time 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.libs/fib-sphere.o +In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, + from /usr/include/clipper/clipper.h:7, + from shiftfield.h:31, + from shiftfield.cpp:27: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const C&) [with S = clipper::datatypes::F_phi; C = clipper::datatypes::Compute_scale_u_aniso >; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } + | ^~~~ coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 153 | for ( HRI ih = fo.first(); !ih.last(); ih.next() ) fo_all[ih] = fo0[ih.hkl()]; coot_shiftfield.cpp:209:16: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } - | ^~~~ -In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, - from /usr/include/clipper/clipper.h:7, - from sfcalc-genmap.cc:30: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const C&) [with S = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_abcd_from_phifom; T = clipper::datatypes::ABCD]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::ABCD' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } - | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-tree-extras.cc:28: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-coord-lsq.cc:23: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. 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coot-tree-extras.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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coot-map-heavy.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo 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link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so.0" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.la" && ln -s "../libcoot-coord-utils.la" "libcoot-coord-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo 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-L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 -libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so.0" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so.0") -libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so") +libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so.0" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so.0") +libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" ) libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 +libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so") -libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.la" && ln -s "../libcoot-map-heavy.la" "libcoot-map-heavy.la" ) make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' Making all in angles make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4147,7 +4183,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o 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-L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so.0" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so") @@ -4156,24 +4192,24 @@ Making all in analysis make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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included from stats.cc:25: stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4194,12 +4230,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from b-factor-histogram.cc:288: +In file included from daca.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from daca.cc:28: +In file included from b-factor-histogram.cc:288: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4210,25 +4246,25 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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-Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c chirals.cc -fPIC -DPIC -o .libs/chirals.o In file included from mini-rsr.cc:56: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4271,7 +4307,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from chirals.cc:33: @@ -4280,58 +4315,47 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from distortion.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from make-restraints.cc:43: + from flanking.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from gradients.cc:39: + from ng.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from ng.cc:31: + from gradients.cc:39: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:174, from mini-rsr.cc:60: zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from simple-restraint.hh:162, + from mods.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4342,37 +4366,40 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from simple-restraint.cc:50: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from mods.cc:30: + from chi-squareds.cc:41: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from extra-restraints.cc:28: + from distortion.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from chi-squareds.cc:41: + from simple-restraint.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4381,68 +4408,74 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, + from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, + from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, + from mini-rsr.cc:41: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from simple-restraint.hh:162, + from make-restraints.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from simple-restraint.hh:162, + from regularize-minimol.hh:25, + from regularize-minimol.cc:22: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from chirals.cc:35: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from chirals.cc:35: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': +ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds + | ^ simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { | ^~~~~ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from regularize-minimol.hh:25, - from regularize-minimol.cc:22: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, - from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, - from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, - from mini-rsr.cc:41: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ +simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lograma.lo lograma.cpp -ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': -ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lograma.lo lograma.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c lograma.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/lograma.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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&psir) const { | ^ -simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from coot-compare-residues.cc:24: + from torsion-bonds.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4486,89 +4517,88 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from parallel-planes.cc:22: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-o parallel-planes.lo parallel-planes.cc +simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o model-bond-deltas.lo model-bond-deltas.cc +In file included from parallel-planes.cc:22: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from link-restraints.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o write-png.lo write-png.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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write-png.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o neutron.lo neutron.cc In file included from zo-rama.hh:42, - from zo-rama.cc:29: + from write-png.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from model-bond-deltas.cc:27: +In file included from zo-rama.hh:42, + from zo-rama.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from trans-peptide.cc:24: +In file included from zo-rama.hh:42, + from crankshaft.hh:37, + from crankshaft.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from lv.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from zo-rama.hh:42, - from crankshaft.hh:37, - from crankshaft.cc:30: +In file included from simple-restraint.hh:162, + from trans-peptide.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4577,15 +4607,6 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from model-bond-deltas.cc:29: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ In file included from crankshaft.cc:36: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4597,10 +4618,25 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from simple-restraint.hh:162, + from model-bond-deltas.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { | ^~~~~ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from model-bond-deltas.cc:29: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from neutron.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -4611,11 +4647,6 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from lv.cc:29: -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); @@ -4624,6 +4655,11 @@ crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ +In file included from lv.cc:29: +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, @@ -4632,54 +4668,49 @@ crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -lpthread ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so.0" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.la" && ln -s "../libcoot-ideal.la" "libcoot-ideal.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o mini-rsr-bin mini-rsr.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer 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-Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/mini-rsr-bin mini-rsr.o ./.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges 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-lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o coot-ligand-validation-bin lv.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lpthread libtool: link: g++ 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ligand.hh:32, - from ligand.cc:60: + from rigid-body.hh:25, + from rigid-body.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4690,19 +4721,21 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from rigid-body.hh:25, - from rigid-body.cc:23: + from ligand.hh:32, + from ligand.cc:60: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, - from fast-ss-search.cc:43: +In file included from dunbrack.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': +ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { + | ^~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from ligand.cc:69: @@ -4717,20 +4750,22 @@ 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, + from fast-ss-search.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from chi-angles.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': -ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { - | ^~~~~ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from residue_by_phi_psi.hh:37, - from residue_by_phi_psi.cc:27: +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from ../ideal/regularize-minimol.hh:25, + from wiggly-ligand.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4743,19 +4778,22 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-std=c++17 -c -o ideal-rna.lo ideal-rna.cc -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from ../ideal/regularize-minimol.hh:25, - from wiggly-ligand.cc:26: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ideal-rna.cc -fPIC -DPIC -o .libs/ideal-rna.o ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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/usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -4764,10 +4802,8 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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--tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from multi-peptide.hh:32, - from trace.cc:25: + from trace.hh:29, + from trace-2.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': +backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from trace.hh:29, - from trace-2.cc:23: + from multi-peptide.hh:32, + from trace.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': -backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-std=c++17 -c -o ligand-score-card.lo ligand-score-card.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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smith-waterman.cc -trace.cc: In constructor 'coot::trace::trace(const clipper::Xmap&)': -trace.cc:53:61: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 53 | std::pair mv = util::mean_and_variance(xmap); - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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+../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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multi-peptide.cc:32: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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from tube-finder.cc:30: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread 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10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c refine-isolated-chain.cc -fPIC -DPIC -o .libs/refine-isolated-chain.o -In file included from side-chain-densities.cc:38: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ In file included from side-chain.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4924,29 +4978,15 @@ tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); | ^ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from multi-peptide.cc:32: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +multi-peptide.cc: In function 'coot::minimol::fragment coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue*, mmdb::Residue*, const std::string&, float, int, const protein_geometry&, const clipper::Xmap&, std::pair, bool)': +multi-peptide.cc:701:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 701 | coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue *res_p, + | ^~~~ +g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from find-waters.cc:45: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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rama-rsr-extend-fragments.cc -fPIC -DPIC -o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o In file included from /usr/include/clipper/core/cell.h:50, from /usr/include/clipper/core/coords.h:49, from /usr/include/clipper/core/fftmap.h:49, @@ -5085,43 +5130,34 @@ trace.cc:223:29: note: 'rtop_best.clipper::RTop_orth::.clipper::RTop::trn_.clipper::Vec3::vec[2]' was declared here 223 | clipper::RTop_orth rtop_best; | ^~~~~~~~~ -side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); - | ^ -multi-peptide.cc: In function 'coot::minimol::fragment coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue*, mmdb::Residue*, const std::string&, float, int, const protein_geometry&, const clipper::Xmap&, std::pair, bool)': -multi-peptide.cc:701:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 701 | coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue *res_p, - | ^~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o In file included from identify-protein.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from libres-tracer.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from rama-rsr-extend-fragments.cc:28: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from new-residue-by-3-phi-psi.cc:29: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); + | ^ In file included from libres-tracer.cc:46: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -5131,27 +5167,11 @@ libres-tracer.cc:1932:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1932 | return std::make_pair(sum_forward, sum_backward); | ^ -side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~ In file included from rama-rsr-extend-fragments.cc:32: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libres-tracer.cc: In function 'std::vector > make_spin_scored_pairs(const std::vector >&, unsigned int, const clipper::Xmap&, mmdb::Manager*, mmdb::Atom**, int)': -libres-tracer.cc:496:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 496 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ -libres-tracer.cc: In lambda function: -libres-tracer.cc:1940:89: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1940 | std::pair score = get_tree_scores(tree); - | ^ -side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, - | ^~~~ In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/14/string:51, from /usr/include/c++/14/stdexcept:39, @@ -5177,24 +5197,40 @@ new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread +libres-tracer.cc: In function 'std::vector > make_spin_scored_pairs(const std::vector >&, unsigned int, const clipper::Xmap&, mmdb::Manager*, mmdb::Atom**, int)': +libres-tracer.cc:496:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 496 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ +libres-tracer.cc: In lambda function: +libres-tracer.cc:1940:89: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1940 | std::pair score = get_tree_scores(tree); + | ^ +side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~ +side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, + | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so 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"libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.la" && ln -s "../libcoot-ligand.la" "libcoot-ligand.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-findligand-bin find-ligand.o ./libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-findwaters-bin find-waters.o ./libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../utils/libcoot-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer 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-lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-identify-protein-bin identify-protein.o ./libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core 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-lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 481 | make_spin_scored_pairs(const std::vector > &atom_pairs_within_distance, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-identify-protein-bin identify-protein.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -fopenmp -libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-findwaters-bin find-waters.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers 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+libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-make-ligands-db make-ligands-db.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, - from phenix-geo-bonds.cc:25: + from mmdb-extras.cc:35: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -5254,33 +5301,22 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from Bond_lines.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, - from mmdb-crystal.cc:48: + from phenix-geo-bonds.cc:25: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 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function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from CIsoSurface.cpp:1244: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from gaussian-surface.cc:36: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -5351,7 +5387,7 @@ CIsoSurface.cpp:785:24: note: 'grid_max' declared here 785 | clipper::Coord_grid grid_max; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so.0" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so") @@ -5359,13 +5395,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' Making all in skeleton make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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"libcoot-skeleton.so") @@ -5373,13 +5409,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' Making all in high-res make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from high-res.cc:24: @@ -5407,6 +5438,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from sequence-assignment.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from coot-atom-graph.hh:27, from high-res.cc:27: @@ -5414,7 +5450,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 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-Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so") @@ -5422,9 +5458,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' Making all in build make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CalphaBuild.lo CalphaBuild.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CalphaBuild.lo CalphaBuild.cc libtool: compile: g++ 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--tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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[-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5485,15 +5536,6 @@ CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXCircle.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -5512,8 +5554,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereTriangle.h:28, - from CXXSphereTriangle.cpp:25: +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXSphereElement.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5531,7 +5582,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXNewHood.cpp:27: + from CXXCircleNode.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5565,8 +5616,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTriangle.lo CXXTriangle.cpp In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSphereElement.cpp:26: + from CXXTorusElement.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5574,10 +5626,17 @@ CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXTriangle.h:27, - from CXXSurface.h:39, - from CXXSurface.cpp:29: +CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from CXXSphereNode.h:30, + from CXXSphereNode.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5594,6 +5653,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXNewHood.cpp:27: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { @@ -5603,8 +5671,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXTorusElement.cpp:26: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXTorusNode.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXTorusNode.o +In file included from CXXSphereTriangle.h:28, + from CXXSphereTriangle.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5621,28 +5690,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTorusNode.lo CXXTorusNode.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTriangle.lo CXXTriangle.cpp -CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': -CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)': -CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 192 | for (int i=0; i&)': +CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 673 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -5659,6 +5720,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXTriangle.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXTriangle.o +CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': +CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)': CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 155 | for (int i=0; i&)': CXXSurface.cpp:817:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 817 | if (int(vertices.size()) <= iVertex){ @@ -5701,52 +5768,21 @@ CXXSurface.cpp:950:14: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 950 | if (type <= int(vectors.size())){ | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXSurfaceVertex.cpp:25: -CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ CXXSurface.cpp: In member function 'void CXXSurface::compress(double)': CXXSurface.cpp:1013:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 1013 | for (int i=0; i' -CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' CXXSurface.cpp:1015:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 1015 | for (int j=0; j::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 1031 | for (int i=0; i&)': -CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 673 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -5763,10 +5799,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXQADSurfaceStaticData.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXFFTSolventMap.lo CXXFFTSolventMap.cpp -In file included from CXXTorusNode.h:27, - from CXXTorusNode.cpp:25: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSpace.lo CXXSpace.cpp +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5783,16 +5818,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXCreator.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXCreator.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp -CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 803 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXFFTSolventMap.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXFFTSolventMap.o In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24: + from CXXTriangle.h:27, + from CXXTriangle.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5809,7 +5837,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp +CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 803 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXFFTSolventMap.lo CXXFFTSolventMap.cpp In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXQADSurface.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -5828,8 +5859,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXFFTSolventMap.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXFFTSolventMap.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o In file included from CXXCreator.h:41, from CXXCreator.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -5848,6 +5882,30 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)': +CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { + | ~~~~~~~~^~~~~~~~ +CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': +CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o In file included from CXXSpace.h:25, from CXXSpace.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -5866,8 +5924,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp CXXSpace.cpp: In constructor 'CXXSpace::CXXSpace(float, float, float, float, float, float, float, float)': CXXSpace.cpp:51:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 51 | if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) { @@ -5995,25 +6053,6 @@ CXXSpace.cpp:631:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if' 631 | break; | ^~~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)': -CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 32 | if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~^~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o -CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)': -CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)': -CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { - | ~~~~~~~~^~~~~~~~ CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { @@ -6072,17 +6111,14 @@ 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXBall.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXBall.o -CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': -CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 87 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 157 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 431 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ @@ -6191,7 +6227,7 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so") @@ -6199,33 +6235,33 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' Making all in CXXClasses make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo `test -f 'DirectedPositionedEntity.cpp' || echo './'`DirectedPositionedEntity.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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simd -In file included from ColorRule.h:29, - from AtomPropertyRampColorRule.h:27, - from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from Representation.h:36, + from Representation.cpp:33: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6249,8 +6285,10 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from BallsPrimitive.h:33, + from BallsPrimitive.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6261,9 +6299,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from PositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6274,9 +6311,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from Light.h:29, - from Light.cpp:25: +In file included from ColorRule.h:29, + from AtomPropertyRampColorRule.h:27, + from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6287,9 +6324,12 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RepresentationInstance.h:32, - from RepresentationInstance.cpp:25: +In file included from CXXMatrix.h:28, + from CXXMatrix.cpp:24: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from DisplayPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6300,12 +6340,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from BallsPrimitive.h:33, - from BallsPrimitive.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6314,8 +6348,16 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from CXXMatrix.h:28, - from CXXMatrix.cpp:24: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from CylindersPrimitive.h:29, + from BoxSectionPrimitive.h:31, + from BoxSectionPrimitive.cpp:32: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from Light.h:29, + from Light.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6326,11 +6368,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from BondsPrimitive.h:28, - from BondsPrimitive.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6339,8 +6376,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from DisplayPrimitive.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RepresentationInstance.h:32, + from RepresentationInstance.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6356,13 +6394,6 @@ from DiscreteSegment.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from CylindersPrimitive.h:29, - from BoxSectionPrimitive.h:31, - from BoxSectionPrimitive.cpp:32: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6371,6 +6402,11 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from BondsPrimitive.h:28, + from BondsPrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6382,22 +6418,6 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6411,6 +6431,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6443,7 +6464,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6476,10 +6496,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6496,7 +6512,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo `test -f 'MyMolecule.cpp' || echo './'`MyMolecule.cpp +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30, + from Representation.cpp:36: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6510,7 +6535,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo `test -f 'SolidColorRule.cpp' || echo './'`SolidColorRule.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6543,41 +6567,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': -DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()': -DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 83 | for (int iCalpha=0; iCalpha::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 98 | if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': -BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()': -DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 135 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30, - from Representation.cpp:36: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6594,6 +6583,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6613,6 +6605,9 @@ Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentation.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo `test -f 'MyMolecule.cpp' || echo './'`MyMolecule.cpp BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ @@ -6620,12 +6615,47 @@ BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentation.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo `test -f 'ColorRule.cpp' || echo './'`ColorRule.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SolidColorRule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SecondaryColorScheme.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MyMolecule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo `test -f 'NRStuff.cpp' || echo './'`NRStuff.cpp +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': +BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': +DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()': +DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 83 | for (int iCalpha=0; iCalpha::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 88 | && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 98 | if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()': +DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 135 | for (int i=0; i() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ColorScheme.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o In file included from NRStuff.h:31, from NRStuff.cpp:29: @@ -6726,7 +6747,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6743,6 +6763,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from SpherePrimitive.h:29, + from SpherePrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6759,6 +6796,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o +In file included from ColorRule.h:29, + from ColorScheme.h:32, + from ColorScheme.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6775,10 +6826,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp +In file included from MyMolecule.h:28, + from CompoundSelection.h:35, + from CompoundSelection.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from SpherePrimitive.h:29, - from SpherePrimitive.cpp:25: + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SticksPrimitive.h:31, + from SticksPrimitive.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6789,20 +6845,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o -In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: -DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30, - from MolecularRepresentation.cpp:29: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] - 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ - | ^~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o -SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' - 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ - | ^~~~~~~~~~~~ -In file included from MyMolecule.cpp:36: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o +In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 41 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': -MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30, + from MolecularRepresentation.cpp:29: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6890,34 +6898,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp -In file included from MyMolecule.h:28, - from CompoundSelection.h:35, - from CompoundSelection.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp -In file included from PositionedEntity.h:28, - from PositionedEntity.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, from SurfacePrimitive.h:28, @@ -6948,17 +6928,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -6971,35 +6944,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Renderer.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o -In file included from CylinderPoint.h:29, - from CylinderPoint.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': -ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 61 | for (int i=0; i >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] + 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ + | ^~~~~~~~~~~~ +SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' + 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ + | ^~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7016,6 +6974,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7032,8 +6996,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo `test -f 'VertexColorNormalPrimitive.cpp' || echo './'`VertexColorNormalPrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7050,20 +7012,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp -CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()': -CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 36 | delete p; - | ^~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 39 | delete p; - | ^~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 42 | delete p; - | ^~~~~~~~ -CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] - 45 | delete p; - | ^~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7096,6 +7044,28 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()': +CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 36 | delete p; + | ^~~~~~~~ +CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 39 | delete p; + | ^~~~~~~~ +CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 42 | delete p; + | ^~~~~~~~ +CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor] + 45 | delete p; + | ^~~~~~~~ +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()': +MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': +MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7112,13 +7082,43 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo `test -f 'MolecularRepresentationInstance.cpp' || echo './'`MolecularRepresentationInstance.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp +ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': +ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 61 | for (int i=0; i, SurfaceType, float, float)': +SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 145 | for (int iVertex = 0; iVertex, SurfaceType, float, float)': -SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 145 | for (int iVertex = 0; iVertex() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from Polyhedron.h:32, + from oglPolyhedron.h:29, + from oglPolyhedron.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7200,6 +7202,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo `test -f 'MolecularRepresentationInstance.cpp' || echo './'`MolecularRepresentationInstance.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7216,24 +7219,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -oglPolyhedron.cpp: In member function 'virtual void oglPolyhedron::generateArrays()': -oglPolyhedron.cpp:48:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 48 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 57 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 63 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -7250,6 +7236,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()': CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ @@ -7257,8 +7245,22 @@ CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o +In file included from MyMolecule.h:28, + from MolecularRepresentation.h:32, + from MolecularRepresentationInstance.h:30, + from MolecularRepresentationInstance.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7275,13 +7277,46 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +oglPolyhedron.cpp: In member function 'virtual void oglPolyhedron::generateArrays()': +oglPolyhedron.cpp:48:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 48 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 57 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 63 | for (int i=0; i() { + | ^ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp In file included from DishyBase.h:31, from DishyBase.cpp:23: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7294,6 +7329,7 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, from FlatFanPrimitive.h:29, @@ -7363,7 +7399,7 @@ MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation] 101 | strncpy (field, tokenBuffer+60, 6); | ^ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from sdf-interface-for-export.hh:31, - from sdf-interface.cc:49: + from pi-stacking.cc:34: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -7420,7 +7456,7 @@ sdf-interface.cc:409:24: note: 'v' declared here 409 | clipper::Coord_orth v; | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall 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../pyrogen/restraints.hh:57: Warning 389: operator[] ignored (consider using %extend) -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 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const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from ../pyrogen/restraints-private.hh:33, - from ../pyrogen/restraints.hh:39, - from pyrogen-swig.cc:5383: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ ../lidia-core/lig-build.hh: In instantiation of 'std::pair lig_build::molecule_t::ligand_extents() const [with Ta = coot::cairo_atom_t; Tb = coot::cairo_bond_t]': cairo-molecule.cc:687:70: required from here 687 | std::pair ext = ligand_extents(); @@ -7514,19 +7541,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:1503:7: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1503 | ligand_extents() const { | ^~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from restraints-boost.cc:35: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from restraints-boost.cc:37: + from ../pyrogen/restraints-private.hh:33, + from ../pyrogen/restraints.hh:39, + from pyrogen-swig.cc:5383: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -7535,41 +7554,58 @@ from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from restraints-private.hh:33, from restraints.hh:39, - from py-restraints.cc:30: + from restraints.cc:26: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from restraints.cc:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from restraints-private.hh:33, from restraints.hh:39, - from restraints.cc:26: + from py-restraints.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from restraints.cc:29: +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from restraints-boost.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from restraints.cc:34: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from restraints-boost.cc:37: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g 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-fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-backup.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from coot-molecule.cc:37: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container.cc:32: +In file included from coot-molecule.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-bonds.cc:39: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-replace-fragment.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o +In file included from coot-molecule-maps.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7712,44 +7731,24 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-modelling.cc:4: + from coot-molecule-validation.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule-maps.cc:36: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-backup.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-backup.o In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-validation.cc:35: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-merge-molecules.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from coot-molecule.cc:37: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -7768,6 +7767,22 @@ 65 | #pragma omp simd ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../ligand/ligand.hh:32, + from ../ligand/wligand.hh:25, + from molecules-container-ligand-fitting.cc:4: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-bonds.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, from coot-molecule.hh:47, from coot-molecule.cc:38: @@ -7779,68 +7794,58 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-bonds-instanced.lo coot-molecule-bonds-instanced.cc +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule-backup.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: +In file included from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule-maps.cc:36: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../ligand/ligand.hh:32, - from ../ligand/wligand.hh:25, - from molecules-container-ligand-fitting.cc:4: + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-modelling.cc:4: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-moltris.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-bonds-instanced.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o In file included from coot-molecule.hh:47, from molecules-container.hh:19, from molecules-container-ligand-fitting.cc:6: @@ -7848,33 +7853,11 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule-backup.cc:29: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-moltris.cc:28: +In file included from coot-molecule-backup.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -7890,27 +7873,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-bonds-instanced.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -7927,6 +7894,11 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7934,6 +7906,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7973,6 +7951,25 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule-backup.cc:29: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -8004,13 +8001,50 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8028,51 +8062,46 @@ molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o moorhen-h-bonds.lo moorhen-h-bonds.cc In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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rigid-body-fit.cc -fPIC -DPIC -o .libs/rigid-body-fit.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c moorhen-h-bonds.cc -fPIC -DPIC -o .libs/moorhen-h-bonds.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-gltf.cc:4: + from molecules-container-mmrrcc.cc:2: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from rigid-body-fit.hh:7, from rigid-body-fit.cc:2: @@ -8080,13 +8109,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo 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+../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-change-chain-id.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8128,6 +8178,9 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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coot-molecule-change-chain-id.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 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blender-mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/blender-mesh.o In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -8146,8 +8200,21 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8155,15 +8222,21 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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coot-molecule-change-chain-id.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c blender-mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/blender-mesh.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-maps.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8171,22 +8244,19 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-blender.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-blender.lo molecules-container-blender.cc In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-bucca-ml-growing.cc:2: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8200,32 +8270,32 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-maps.cc:27: + from coot-molecule-blender.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8239,15 +8309,15 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo `test -f 'molecules-container-swig.cc' || echo './'`molecules-container-swig.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-blender.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8291,11 +8347,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -8307,37 +8358,22 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include 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548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-swig.cc:6: + from wrap-coot-api.cc:3435: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -8353,7 +8389,7 @@ from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from wrap-coot-api.cc:3435: + from molecules-container-swig.cc:6: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -8376,7 +8412,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so.0" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.la" && ln -s "../libcoot-api.la" "libcoot-api.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so") @@ -8403,55 +8439,42 @@ Making all in layla make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o main.o main.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o layla_embedded.lo layla_embedded.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o notifier.lo notifier.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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ligand_editor_canvas/tools.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o In file included from python_utils.cpp:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/render.lo ligand_editor_canvas/render.cpp +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/render.lo ligand_editor_canvas/render.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/render.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/render.o In file included from main.cpp:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ui.cpp:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': -ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t> coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t&, unsigned int, const graphene_point_t&, unsigned int)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:756:219: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 756 | std::pair MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t& first_atom, unsigned int first_atom_idx, const graphene_point_t& second_atom, unsigned int second_atom_idx) { - | ^ ligand_editor_canvas/model.cpp: In member function 'std::pair coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::get_on_screen_coords(float, float) const': ligand_editor_canvas/model.cpp:144:85: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 144 | std::pair CanvasMolecule::get_on_screen_coords(float x, float y) const noexcept { @@ -8460,6 +8483,10 @@ ligand_editor_canvas/model.cpp:564:16: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 564 | while(i!=ring.size()) { | ~^~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': +ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ligand_editor_canvas/model.cpp:586:62: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '==' [-Wparentheses] 586 | bool x_requirement = bond_ptr->second_atom_x > bond_ptr->first_atom_x == sign_of_y_offset_from_center; | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8558,35 +8585,79 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:869:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:910:95: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 910 | auto [current,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp:912:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 912 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:943:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 943 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool, std::optional, std::optional)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:1067:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1067 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1115:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1115 | ); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:1171:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1171 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); - | ^ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' + 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } + | ~~~~~~~^~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2101:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2101 | if (__pred(__first)) + | ~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2146:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2146 | return __find_if(__first, __last, __pred, + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 2147 | std::__iterator_category(__first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' + 3876 | return std::__find_if(__first, __last, + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ + 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here + 572 | auto bond = std::find_if(bonds_of_atom_one->second.begin(),bonds_of_atom_one->second.end(),[=](const auto bond){ + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 575 | }); + | ~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' + 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } + | ~~~~~~~^~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2101:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2101 | if (__pred(__first)) + | ~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2146:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2146 | return __find_if(__first, __last, __pred, + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 2147 | std::__iterator_category(__first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' + 3876 | return std::__find_if(__first, __last, + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ + 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here + 928 | auto target = std::find_if(bonds_for_atom_a->second.begin(),bonds_for_atom_a->second.end(),[=](const auto& bond){ + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 930 | }); + | ~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +In file included from ui.cpp:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from state.cpp:38: @@ -8921,74 +8992,39 @@ ligand_editor_canvas.cpp:260:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 260 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); | ^ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' - 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } - | ~~~~~~~^~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2101:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2101 | if (__pred(__first)) - | ~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2146:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2146 | return __find_if(__first, __last, __pred, - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 2147 | std::__iterator_category(__first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' - 3876 | return std::__find_if(__first, __last, - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ - 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here - 572 | auto bond = std::find_if(bonds_of_atom_one->second.begin(),bonds_of_atom_one->second.end(),[=](const auto bond){ - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 575 | }); - | ~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' - 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } - | ~~~~~~~^~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2101:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2101 | if (__pred(__first)) - | ~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2146:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2146 | return __find_if(__first, __last, __pred, - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 2147 | std::__iterator_category(__first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3876:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' - 3876 | return std::__find_if(__first, __last, - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ - 3877 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here - 928 | auto target = std::find_if(bonds_for_atom_a->second.begin(),bonds_for_atom_a->second.end(),[=](const auto& bond){ - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 930 | }); - | ~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t> coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t&, unsigned int, const graphene_point_t&, unsigned int)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:756:219: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 756 | std::pair MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t& first_atom, unsigned int first_atom_idx, const graphene_point_t& second_atom, unsigned int second_atom_idx) { + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:869:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:910:95: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 910 | auto [current,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp:912:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 912 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:943:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 943 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool, std::optional, std::optional)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:1067:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1067 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1115:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1115 | ); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:1171:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1171 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); + | ^ ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 846 | void MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool reversed) { @@ -9054,26 +9090,26 @@ ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:46: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection 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make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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--tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib 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../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-gui.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-gui.lo c-interface-gui.cc In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from c-interface-analysis.cc:34: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -9156,14 +9184,7 @@ | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-bonds.cc:42: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-side-chain.cc:56: + from c-interface-build-main-chain.cc:53: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -9175,23 +9196,17 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-gui.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-morph.cc:55: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-symmetry.cc:55: + from c-interface-build-side-chain.cc:56: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-gui.cc:53: + from c-interface-bonds.cc:42: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -9220,27 +9235,22 @@ 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-build-symmetry.cc:55: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-curlew.cc:66: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-main-chain.cc:63: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-analysis.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -9260,7 +9270,7 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-bonds.cc:49: + from c-interface-build.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9286,14 +9296,36 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-build-gui.cc:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-curlew.cc:66: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-build-morph.cc:55: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from init_coot_as_python_module.cc:37: + from c-interface-build-main-chain.cc:63: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-bonds.cc:49: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9301,19 +9333,11 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-analysis.cc:36: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-gui.cc:72: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -9348,10 +9372,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-curlew.cc:70: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -9369,16 +9409,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build.cc:66: + from c-interface-build-side-chain.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-side-chain.cc:66: + from init_coot_as_python_module.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9404,30 +9450,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-morph.cc:65: + from c-interface-build-gui.cc:59: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9456,8 +9481,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-curlew.cc:70: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -9480,15 +9504,41 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build.cc:74: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from atom-overlaps.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-gui.cc:59: + from c-interface-build-morph.cc:65: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9514,6 +9564,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from cc-interface.hh:39, + from atom-overlaps.cc:42: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-build-symmetry.cc:64: @@ -9542,6 +9604,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9550,51 +9622,134 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from atom-overlaps.cc:39: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from atom-overlaps.cc:42: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-bonds.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-gui.cc:72: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-curlew.cc:63: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from init_coot_as_python_module.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-main-chain.cc:69: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -9615,17 +9770,11 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-main-chain.cc:69: + from c-interface-build-side-chain.cc:72: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9639,34 +9788,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-bonds.cc:55: +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-gui.cc:65: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9680,12 +9808,68 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 420 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-morph.cc:71: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 914 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': +c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1620 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1621 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9694,18 +9878,31 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-utils.hh:26, - from curl-utils.hh:36, - from c-interface-gui.cc:70: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-gui.cc:78: +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-symmetry.cc:70: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-gtk2.lo c-interface-gtk2.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-gtk2.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-gtk2.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9714,10 +9911,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-curlew.cc:63: + from gtk-utils.hh:26, + from curl-utils.hh:36, + from c-interface-gui.cc:70: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-gui.cc:78: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()': c-interface-gui.cc:156:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 156 | GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser)); @@ -9855,14 +10060,6 @@ c-interface-gui.cc:3359:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 3359 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, @@ -9875,24 +10072,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)': c-interface-gui.cc:3746:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 3746 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -9927,161 +10106,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from init_coot_as_python_module.cc:34: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build.cc:74: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-side-chain.cc:72: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-morph.cc:71: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-gui.cc:65: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-symmetry.cc:70: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 420 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 914 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': -c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1620 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1621 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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-DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-gtk2.lo c-interface-gtk2.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-kk.cc:34: @@ -10169,19 +10201,12 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from c-interface-gtk2.cc:56: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10203,6 +10228,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface.h:82, + from c-interface-gtk2.cc:56: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)': c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 101 | gtk_tree_model_get (model, iter, @@ -10257,6 +10296,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from c-interface-maps.cc:38: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mutate.lo c-interface-mutate.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from c-interface-image.cc:38: @@ -10306,40 +10324,28 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-ligands-gui.cc:54: +In file included from c-interface-image.cc:44: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from c-interface-image.cc:44: +In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from c-interface-mogul.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-ligands-gui.cc:54: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-maps.cc:52: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10368,25 +10374,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from c-interface-mogul.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mutate.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from c-interface-maps.cc:38: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -10408,27 +10401,25 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-mmdb.cc:40: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-image.cc:47: + from c-interface-mogul.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10468,23 +10472,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': -c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-ncs.lo c-interface-ncs.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-ncs.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-network.lo c-interface-network.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-mmdb.cc:40: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10498,24 +10492,10 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-network.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ligands-gui.cc:57: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-mogul.cc:33: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10533,11 +10513,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10551,16 +10526,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-ligands-gui.cc:57: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from c-interface-maps.cc:60: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10580,48 +10556,11 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-mutate.cc:49: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ncs.cc:48: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-maps.cc:52: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10639,12 +10578,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-network.cc:46: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': +c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-nucleotides.lo c-interface-nucleotides.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-nucleotides.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-nucleotides.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -10664,6 +10608,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); @@ -10675,6 +10624,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10688,6 +10642,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-network.cc:46: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ c-interface-mogul.cc: In function 'GtkCellRenderer* coot::mogul_results_add_cell_renderer(GtkTreeView*, GtkTreeStore*, const std::string&, int, int)': c-interface-mogul.cc:218:63: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 218 | GtkCellRenderer *cell_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); @@ -10990,6 +10950,112 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-ncs.cc:48: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-mutate.cc:49: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-maps.cc:60: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-ncs.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -11017,10 +11083,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -11046,7 +11111,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa.lo c-interface-pisa.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa-gui.lo c-interface-pisa-gui.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-nucleotides.cc:59: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2880:3: note: declared here 2880 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa-gui.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11136,68 +11228,18 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-nucleotides.cc:39: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-preferences.lo c-interface-preferences.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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c-interface-refine.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refine.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ c-interface-ncs.cc: In function 'std::vector make_ncs_maps(int, int)': c-interface-ncs.cc:954:115: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 954 | graphics_info_t::molecules[imol_model].chain_centre_and_radius(ncs_ghosts[ighst].target_chain_id); | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refine.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-pisa.cc:34: @@ -11205,12 +11247,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-nucleotides.cc:59: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11232,24 +11268,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11276,37 +11310,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-pisa.cc:32: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-pisa.cc:37: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-preferences.cc:64: @@ -11314,6 +11317,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11335,8 +11339,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-refmac.cc:32: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from ../coot-utils/glyco-tree.hh:32, + from c-interface-residues.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -11363,20 +11381,35 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-pisa.cc:32: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from ../coot-utils/glyco-tree.hh:32, - from c-interface-residues.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-pisa.cc:37: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11389,6 +11422,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-refmac.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-pisa-gui.cc:35: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -11531,72 +11570,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-refine.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from c-interface-scm.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-refmac.cc:33: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-residues.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from simple-refmac.cc:35: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11717,7 +11647,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-residues.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -11735,28 +11666,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sfs.lo c-interface-sfs.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-scm.cc:35: + from c-interface-refmac.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -11769,6 +11688,42 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-refine.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sharpen.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sharpen.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11782,54 +11737,44 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-refine.cc:55: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sfs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sfs.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from c-interface-scm.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from c-interface-sfs.cc:36: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sharpen.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sharpen.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from simple-refmac.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -11849,6 +11794,34 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-sequence.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11857,22 +11830,38 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-sfs.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11886,9 +11875,27 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-refine.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-superpose.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-validate.lo c-interface-validate.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-sequence.cc:34: + from c-interface-sharpen.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -11896,6 +11903,28 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-scm.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -11914,13 +11943,53 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-view.lo c-interface-view.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-sequence.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, from simple-refmac.cc:37: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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/usr/include/c++/14/istream:41, + from /usr/include/c++/14/sstream:40, + from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, + from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, + from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, + from graphics-info.h:32: +In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', + inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86: +/usr/include/c++/14/ostream:299:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 299 | { return _M_insert(__p); } + | ~~~~~~~~~^~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here + 225 | GtkWidget *colour_button; + | ^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-widgets.lo c-interface-widgets.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-validate.cc:49: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-widgets.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-widgets.o +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-view.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11965,76 +12060,20 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-sequence.cc:28: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters.lo c-interface-waters.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-sharpen.cc:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from /usr/include/c++/14/istream:41, - from /usr/include/c++/14/sstream:40, - from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, - from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, - from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, - from graphics-info.h:32: -In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', - inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86: -/usr/include/c++/14/ostream:299:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 299 | { return _M_insert(__p); } - | ~~~~~~~~~^~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': -c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here - 225 | GtkWidget *colour_button; - | ^~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters-gui.lo c-interface-waters-gui.cc -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-view.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters-gui.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface.lo c-interface.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters-gui.lo c-interface-waters-gui.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-validate.cc:52: @@ -12042,6 +12081,19 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12091,29 +12143,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters-gui.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-waters-gui.cc:46: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-graphics.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-graphics.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface.cc:91: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from c-interface.cc:96: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-waters.cc:51: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-widgets.cc:36: @@ -12200,40 +12191,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12255,6 +12212,37 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-graphics.lo cc-interface-graphics.cc In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-validate.cc:70: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -12284,6 +12272,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -12296,6 +12298,19 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-waters.cc:47: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from c-interface.cc:96: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-superpose.cc:46: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-merge.lo cc-interface-merge.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12324,10 +12331,17 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-superpose.cc:46: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-waters-gui.cc:50: @@ -12335,13 +12349,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-merge.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-merge.o -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-graphics.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12363,7 +12370,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-representation.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12386,24 +12392,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from cc-interface-alignment.cc:41: + from c-interface-waters.cc:51: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-representation.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12425,50 +12421,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-test.cc:89: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from c-interface-test.cc:94: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-graphics.cc:31: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12502,19 +12454,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-widgets.cc: In function 'void simple_text_dialog(const std::string&, const std::string&, int, int)': c-interface-widgets.cc:608:36: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 608 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); @@ -12540,12 +12479,81 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-waters.cc:66: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-graphics.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from cc-interface-alignment.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-test.cc:89: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from c-interface-test.cc:94: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12577,10 +12585,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:474:23: note: declared here 474 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)': c-interface.cc:4500:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4500 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -12595,15 +12599,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)': c-interface.cc:7653:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 7653 | GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button); @@ -12618,11 +12613,48 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-waters.cc:66: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from cc-interface-graphics.cc:31: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12651,6 +12683,26 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-alignment.cc:43: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from cc-interface-merge.cc:38: @@ -12658,13 +12710,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-molecular-representation.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12686,7 +12736,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from cc-interface-molecular-representation.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12708,6 +12769,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12716,29 +12783,10 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-alignment.cc:43: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12747,10 +12795,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-test.cc:438: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -12761,12 +12815,23 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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cc-interface-png.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12792,24 +12857,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-test.cc:438: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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-DPIC -o .libs/cc-interface-png.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12829,22 +12877,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1569 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -12852,8 +12884,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from change-dir.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from cc-interface-scripting.cc:43: + from cc-interface-map-utils.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o command-line.lo command-line.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12933,31 +12957,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cmtz-interface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cmtz-interface.o +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-Wno-unused -std=c++17 -c command-line.cc -fPIC -DPIC -o .libs/command-line.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-application.lo coot-application.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from cc-interface-map-utils.cc:30: + from cc-interface-scripting.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -12983,29 +12995,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line-extern.cc -fPIC -DPIC -o .libs/command-line-extern.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cmtz-interface.cc:53: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13028,16 +13024,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-application.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-application.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -13047,36 +13046,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cmtz-interface.cc:58: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from command-line.cc:61: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13094,13 +13064,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-colour.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-colour.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -13119,18 +13094,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-colour.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-colour.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-map-utils.cc:31: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13139,19 +13115,22 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from command-line-extern.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13160,22 +13139,25 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30, + from cc-interface-png.cc:53: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cfc.cc:44: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc +In file included from cmtz-interface.cc:53: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from command-line.cc:61: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13197,18 +13179,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-map-utils.cc:31: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from command-line-extern.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from coot-application.cc:28: @@ -13216,6 +13194,27 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -13243,6 +13242,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from cc-interface.hh:37, + from cfc.cc:44: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13251,11 +13256,46 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from cc-interface-png.cc:53: + from c-interface.h:82, + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from coot-align.cc:35: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from cmtz-interface.cc:58: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-nomenclature.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-nomenclature.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13278,21 +13318,93 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from command-line.cc:56: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from command-line.cc:68: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2.c +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-glue-gtk2-python.lo coot-glue-gtk2-python.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from coot-align.cc:35: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from coot-nomenclature.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-hydrogens.lo coot-hydrogens.cc +In file included from cc-interface.hh:39, + from command-line-extern.cc:49: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -13360,59 +13472,22 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from command-line.cc:56: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-glue-gtk2-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-glue-gtk2-python.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_pythonmodule.lo coot_pythonmodule.cc ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from command-line.cc:68: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-hydrogens.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-hydrogens.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o eyes.lo eyes.cc In file included from curlew-gtk4.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13624,7 +13631,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o flev.lo flev.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13649,17 +13662,11 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-tick-function.cc:43: + from draw.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13681,11 +13688,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13698,11 +13700,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13720,6 +13729,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -13730,24 +13746,17 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from dynamic-validation.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from draw-generic-display-objects.cc:38: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13765,7 +13774,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13774,21 +13782,25 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from coot-setup-python.cc:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': +coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); + | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125, + from coot-setup-python.cc:24: +/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here + 10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); + | ^~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from event-controller-callbacks.cc:31: @@ -13796,6 +13808,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13817,18 +13834,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13837,19 +13842,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot-setup-python.cc:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': -coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); - | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125, - from coot-setup-python.cc:24: -/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here - 10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); - | ^~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from fit-loop-gui.cc:34: @@ -13857,10 +13854,15 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from ligand-check.hh:30, - from c-interface-ligands.hh:34, - from flev.cc:37: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from dynamic-validation.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13873,12 +13875,6 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -13892,6 +13888,34 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13905,18 +13929,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13930,46 +13942,32 @@ 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)': -draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 213 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 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+/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o -In file included from c-interface-ligands.hh:35: +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from flev.cc:39: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: @@ -13977,13 +13975,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: +In file included from c-interface-ligands.hh:35: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -14001,6 +13993,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from flev.cc:39: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ event-controller-callbacks.cc: In lambda function: event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 168 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); @@ -14029,6 +14028,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14037,43 +14053,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from widget-from-builder.hh:31, + from fit-loop-gui.cc:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c geometry-graphs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/geometry-graphs.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c get-residue.cc -fPIC -DPIC -o .libs/get-residue.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from flev.cc:41: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14082,8 +14066,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from widget-from-builder.hh:31, - from fit-loop-gui.cc:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -14095,36 +14079,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)': +draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 213 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc In file included from cc-interface.hh:37, from gaussian-surface.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from generic-objects.cc:44: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from gaussian-surface.cc:29: + from flev.cc:41: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14142,6 +14115,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from old-generic-display-object.cc:33: @@ -14149,6 +14128,20 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14170,15 +14163,21 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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"-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from generic-objects.cc:50: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14229,43 +14223,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c globularize.cc -fPIC -DPIC -o .libs/globularize.o -In file included from cc-interface.hh:39, - from flev.cc:57: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from gl-rama-plot.cc:329: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -gl-rama-plot.cc: In member function 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> > gl_rama_plot_t::get_munged_offset_and_scale(screen_position_origins_t, const glm::vec2&, float, float, int, int) const': -gl-rama-plot.cc:418:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { - | ^~~~~ In file included from get-monomer.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14274,22 +14243,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-defines.lo graphics-info-defines.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14303,18 +14261,35 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o globjects.lo globjects.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-o globularize.lo globularize.cc +In file included from gl-rama-plot.cc:329: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { + | ^~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14323,18 +14298,27 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from generic-objects.cc:40: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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generic-objects.cc:40: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from get-monomer.cc:29: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14370,33 +14352,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from globularize.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from get-monomer.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14414,6 +14374,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc +In file included from cc-interface.hh:39, + from flev.cc:57: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -14433,6 +14413,34 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info.cc:64: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o In file included from cc-interface.hh:39, from get-monomer.cc:34: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -14441,7 +14449,7 @@ | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info.cc:72: + from globularize.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -14467,11 +14475,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -14497,6 +14503,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-graphs.lo graphics-info-graphs.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-graphs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-graphs.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-defines-gtk4.cc:27: @@ -14530,29 +14543,43 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -14570,13 +14597,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-draw.cc:48: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14598,6 +14618,39 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info.cc:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-gui.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info.cc:97: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-draw-models.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14619,18 +14672,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info.cc:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -14642,12 +14689,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info.cc:97: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14661,18 +14702,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-graphs.cc:51: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -14697,42 +14732,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-graphs.cc:60: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-graphs.cc:51: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -14749,40 +14751,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-gui.cc:63: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -14953,9 +14921,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-intermediate.lo graphics-info-intermediate.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-init.cc:32: + from graphics-info-graphs.cc:60: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -14981,7 +14970,29 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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instead [-Wdeprecated-declarations] + 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-gui.cc:63: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-modelling.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-modelling.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-gui.cc:71: @@ -15015,23 +15026,41 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': +graphics-info-draw.cc:1686:105: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1686 | auto p_s = get_munged_offset_and_scale(HUDTextureMesh::TOP_RIGHT, position_natural, 1.0, 1.0, w, h); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation-gtk2.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation-gtk2.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15146,19 +15177,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::show_refinement_and_regularization_parameters_frame()': graphics-info-gui.cc:136:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(overall_weight_combobox)); @@ -15207,10 +15225,6 @@ graphics-info-gui.cc:464:35: warning: 'gboolean gtk_file_chooser_set_file(GtkFileChooser*, GFile*, GError**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 464 | gtk_file_chooser_set_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser), file, &error); // deprecated | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': -graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 485 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:121:22: note: declared here 121 | gboolean gtk_file_chooser_set_file (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15220,20 +15234,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here 111 | void gtk_file_chooser_set_current_name (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-init.cc:488:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 488 | ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'GtkWidget* graphics_info_t::dialog_box_of_buttons_internal(const std::string&, const std::vector, std::allocator >, void (*)(), void*> >&, const std::string&)': graphics-info-gui.cc:664:38: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 664 | GtkWidget *dialog = gtk_dialog_new(); @@ -15249,6 +15249,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-preferences.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-preferences.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc graphics-info-gui.cc:694:25: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 694 | gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(dialog), close_button_label.c_str(), GTK_RESPONSE_CLOSE); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15517,7 +15519,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': graphics-info-gui.cc:4509:46: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { @@ -15528,9 +15529,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-navigation.cc:54: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -15542,14 +15543,41 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': -graphics-info-draw.cc:1686:105: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1686 | auto p_s = get_munged_offset_and_scale(HUDTextureMesh::TOP_RIGHT, position_natural, 1.0, 1.0, w, h); - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': +graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 485 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-init.cc:488:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 488 | ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-navigation.cc:61: + from graphics-info-intermediate.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -15575,6 +15603,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-navigation.cc:54: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-modelling.cc:80: @@ -15603,39 +15639,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-intermediate.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': +graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': +graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: @@ -15645,7 +15661,7 @@ | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-network.cc:33: + from graphics-info-navigation.cc:61: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -15659,6 +15675,12 @@ 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ @@ -15692,9 +15714,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-preferences.cc:35: + from graphics-info-network.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -15720,10 +15755,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': -graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from graphics-info-mutate.cc:53: @@ -15731,10 +15762,33 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': -graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-modelling.cc:48: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15747,12 +15801,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from graphics-info-navigation.cc:63: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-preferences.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 825 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -15809,43 +15875,31 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-modelling.cc:48: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': +graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); @@ -15868,24 +15922,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-mutate.cc:61: @@ -15914,6 +15950,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': +graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15922,7 +15974,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-navigation-gtk2.cc:28: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15934,8 +15987,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-navigation-gtk2.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16315,6 +16367,16 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16323,8 +16385,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-mutate.cc:58: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16334,6 +16395,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16346,6 +16408,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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cc-interface.hh:39, from graphics-info-preferences.cc:38: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -16616,62 +16679,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': -graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': -graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-mutate.cc:58: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' 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C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-lsq.cc:48: + from graphics-info-pick.cc:37: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -16683,6 +16714,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from graphics-info-render-scene.cc:27: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-opengl.cc:38: @@ -16690,6 +16726,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-lsq.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16711,13 +16754,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-residues.cc:33: + from graphics-info-refmac.cc:79: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16774,6 +16803,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-render.cc:38: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16797,16 +16833,11 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-render.cc:38: + from graphics-info-pick.cc:42: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16828,13 +16859,74 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-pick.cc:42: + from graphics-info-refine.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-lsq.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16856,11 +16948,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': +graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-residues.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16883,37 +16984,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-refmac.cc:50: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-scripting.lo graphics-info-scripting.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16935,22 +17006,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -16965,8 +17020,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-refmac.cc:50: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16983,30 +17037,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': -graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-lsq.cc:39: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-pick.cc:56: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17020,26 +17056,45 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-pick.cc:56: + from graphics-info-render.cc:1203: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17053,19 +17108,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-render.cc:1203: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17085,13 +17127,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17105,10 +17140,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-scripting.cc:34: + from graphics-info-state.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -17134,9 +17168,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-statics.cc:32: + from graphics-info-scripting.cc:34: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -17162,40 +17197,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-state.cc:38: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ + from graphics-info-statics.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17216,8 +17225,54 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-state.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-state.cc:40: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17237,6 +17292,13 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17263,12 +17325,9 @@ /usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-view.hh:21, - from graphics-ligand-view.cc:30: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-superpose.cc:33: @@ -17297,33 +17356,69 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, - from coot-render.hh:40, - from graphics-ligand-view.hh:24: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-trackball.cc:57: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c gtk-manual.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o +In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, + from coot-render.hh:40, + from graphics-ligand-view.hh:24: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu 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from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-state.cc:40: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-trackball.cc:57: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-widget-conversion-utils.lo gtk-widget-conversion-utils.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17390,33 +17455,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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graphics-info.h:66, - from gtkglarea-rama-plot.cc:23: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c init-from-gtkbuilder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/init-from-gtkbuilder.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17450,16 +17502,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from Instanced-Markup-Mesh.cc:242: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-ligand-view.cc: In member function 'void graphics_ligand_bond::gl_bond_double_aromatic_bond(const lig_build::pos_t&, const lig_build::pos_t&, bool, bool)': +graphics-ligand-view.cc:278:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 278 | make_double_aromatic_short_stick(pos_1, pos_2, shorten_first, shorten_second); + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from gtk-manual.cc:46: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -17477,39 +17533,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDMesh.lo HUDMesh.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDMesh.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDTextureMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/HUDTextureMesh.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o Instanced-Markup-Mesh.lo Instanced-Markup-Mesh.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from gtkglarea-rama-plot.cc:23: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from gtk-manual.cc:46: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -17527,34 +17561,31 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Instanced-Markup-Mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/Instanced-Markup-Mesh.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o key-bindings.lo key-bindings.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-o LinesMesh.lo LinesMesh.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o init-from-gtkbuilder.lo init-from-gtkbuilder.cc -In file included from Instanced-Markup-Mesh.cc:242: +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../src/command-arg.hh:33, + from ../src/graphics-info.h:66, + from gtk-utils.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -17572,37 +17603,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In lambda function: -gtkglarea-rama-plot.cc:130:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 130 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_rama_plots()': -gtkglarea-rama-plot.cc:354:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 354 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from ../src/molecule-class-info.h:85, @@ -17624,30 +17624,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o -In file included from ../src/molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lbg-callbacks-outer.lo lbg-callbacks-outer.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o LigandViewMesh.lo LigandViewMesh.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../src/gtk-utils.hh:26, - from gtk-utils.cc:24: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)': +gtkglarea-rama-plot.cc:94:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 94 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +gtkglarea-rama-plot.cc: In lambda function: +gtkglarea-rama-plot.cc:130:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 130 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +gtkglarea-rama-plot.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_rama_plots()': +gtkglarea-rama-plot.cc:354:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 354 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from init-from-gtkbuilder.cc:27: @@ -17792,6 +17811,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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[-Wdeprecated-declarations] +../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from ../src/gtk-utils.hh:26, + from gtk-utils.cc:24: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from Mesh-from-glTF.cc:44: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -17873,9 +17898,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-o meshed-generic-display-object.lo meshed-generic-display-object.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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[-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecular-mesh-generator.hh:44, @@ -17896,9 +17931,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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from meshed-generic-display-object.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-alignment.cc:27: + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -17989,8 +18028,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-analysis.cc:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18010,7 +18048,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-analysis.cc:28: + from molecule-class-info-alignment.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18027,7 +18065,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps.lo molecule-class-info-maps.cc +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from molecule-class-info.cc:77: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from model-molecule-meshes.cc:34: @@ -18056,57 +18100,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps.o -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-bonds.cc:22: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps-2.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps-2.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info.cc:77: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-build.cc:36: + from molecule-class-info-bonds.cc:22: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18123,64 +18125,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from lbg-interface.cc:39: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from lbg-interface.cc:39: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18206,6 +18162,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18230,7 +18192,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-maps-2.cc:26: + from molecule-class-info-build.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18247,18 +18209,59 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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+../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18287,8 +18295,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: + from gtk-manual.hh:29, + from molecule-class-info.cc:80: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -18297,25 +18305,24 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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+../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18324,21 +18331,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.hh:29, - from molecule-class-info.cc:80: + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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&phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18359,13 +18356,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots.o In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-maps-2.cc:209: + from ../api/coot-molecule.hh:75, + from molecule-class-info.cc:120: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -18397,6 +18397,26 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-maps-2.cc:26: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18416,29 +18436,65 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../api/coot-molecule.hh:75, - from molecule-class-info.cc:120: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots-internal.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots-internal.o +In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, + from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, + from /usr/include/c++/14/cmath:3906, + from /usr/include/c++/14/math.h:36, + from /usr/include/python3.13/Python.h:22, + from molecule-class-info.cc:25: +/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h: In instantiation of 'constexpr std::pair::type>::__type, typename std::__strip_reference_wrapper::type>::__type> std::make_pair(_T1&&, _T2&&) [with _T1 = glm::vec<3, float, glm::packed_highp>; _T2 = float&; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = glm::vec<3, float, glm::packed_highp>; typename decay<_Tp>::type = glm::vec<3, float, glm::packed_highp>; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = float; typename decay<_Tp2>::type = float]': +molecule-class-info.cc:10781:54: required from here +10781 | positions[i] = std::make_pair(glm::vec3(p.x(), p.y(), p.z()), f); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, float>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) + | ^~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-other.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-other.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-residues.lo molecule-class-info-residues.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-residues.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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"-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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molecule-class-info-dots.cc:28: @@ -18467,31 +18523,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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/usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, + from ../build/CalphaBuild.hh:28, + from molecule-class-info.h:105: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-refine.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, - from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, - from /usr/include/c++/14/cmath:3906, - from /usr/include/c++/14/math.h:36, - from /usr/include/python3.13/Python.h:22, - from molecule-class-info.cc:25: -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h: In instantiation of 'constexpr std::pair::type>::__type, typename std::__strip_reference_wrapper::type>::__type> std::make_pair(_T1&&, _T2&&) [with _T1 = glm::vec<3, float, glm::packed_highp>; _T2 = float&; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = glm::vec<3, float, glm::packed_highp>; typename decay<_Tp>::type = glm::vec<3, float, glm::packed_highp>; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = float; typename decay<_Tp2>::type = float]': -molecule-class-info.cc:10781:54: required from here -10781 | positions[i] = std::make_pair(glm::vec3(p.x(), p.y(), p.z()), f); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, float>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) - | ^~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-refine.cc:36: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-other.cc:67: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18527,30 +18636,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-residues.cc:45: @@ -18561,15 +18646,36 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-refine.cc:40: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { @@ -18579,11 +18685,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-refine.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-string.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18600,31 +18710,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-other.cc:67: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-kk.cc:25: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18641,32 +18730,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info-surface.cc:36: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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molecule-class-info.h:105: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18680,21 +18749,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-mutate.cc:58: + from molecule-class-info-other.cc:84: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from molecule-class-info-surface.cc:36: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-kk.cc:25: + from molecule-class-info-patterson.cc:45: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18711,13 +18782,29 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -18730,6 +18817,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18743,31 +18836,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-string.cc:32: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18781,6 +18849,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-surface.cc:39: @@ -18788,12 +18863,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-other.cc:84: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18820,10 +18889,12 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': -molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from molecule-class-info-ncs.cc:45: @@ -18831,37 +18902,15 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-patterson.cc:45: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': +molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { + | ^~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18883,80 +18932,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': -molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { - | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-ncs.cc:49: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': -molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': -molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); - | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, @@ -18976,18 +18951,17 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-ncs.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string&) const': -molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { - | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': +molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19000,6 +18974,40 @@ molecule-class-info-patterson.cc:196:31: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { | ~~~~~~~~~~~~~^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-widget-work.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-widget-work.o +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-ncs.cc:49: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19021,21 +19029,39 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o +In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-ncs.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string&) const': +molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { + | ^~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': +molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': +molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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[-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o -In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-widget-work.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19057,7 +19083,12 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc +In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -19076,26 +19107,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19116,10 +19134,32 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-widget-work.cc:27: +In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19136,6 +19176,50 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pick.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pick.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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molecule-class-info-other.cc:3894:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from cc-interface.hh:37, from positron-plot.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from probe-clash-score.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX 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protein_db-interface.cc:27: @@ -19211,7 +19259,14 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 259 | std::pair sane_min_max = get_sane_min_v_max_v(mdc.metadata); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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graphics-info.h:66, from pick.cc:43: @@ -19219,7 +19274,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -positron-plot.cc: In member function 'void plot_data_t::fill_plot_data_from_positron_metadata(const std::string&, const std::string&)': -positron-plot.cc:259:81: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 259 | std::pair sane_min_max = get_sane_min_v_max_v(mdc.metadata); - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from pick.cc:54: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from read-cif.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from pick.cc:54: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from startup-utils.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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+ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from screendump-tga.cc:36: + from text-rendering-utils.cc:51: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19423,7 +19466,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-o tomo-tools.lo tomo-tools.cc +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from testing-2.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from testing-2.cc:25: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from testing.hh:26, + from testing-2.cc:28: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -19531,31 +19593,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from testing-2.cc:24: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from testing-2.cc:25: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from testing.hh:26, - from testing-2.cc:28: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o tomo-tools.lo tomo-tools.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19566,28 +19603,75 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from sdf-interface.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from testing.hh:26, + from testing.cc:33: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from testing.hh:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19601,7 +19685,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -19614,60 +19697,23 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from sdf-interface.cc:43: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from tomo-tools.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c trackball.c -fPIC -DPIC -o .libs/trackball.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] - 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) - | ~~~~~~^~~~~ -In file included from trackball.c:54: -trackball.h:82:18: note: previously declared as 'float *' - 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); - | ~~~~~~~^~ -trackball.c:262:30: warning: argument 2 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] - 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) - | ~~~~~~^~~~~ -trackball.h:82:29: note: previously declared as 'float *' - 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); - | ~~~~~~~^~ -trackball.c:262:43: warning: argument 3 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] - 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) - | ~~~~~~^~~~~~~ -trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' - 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); - | ~~~~~~~^~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19681,13 +19727,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from text-rendering-utils.cc:35: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19701,39 +19752,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from TextureMesh.cc:48: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from tomo-tools.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19742,10 +19766,22 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from text-rendering-utils.cc:35: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from testing.cc:50: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from testing.cc:60: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19758,7 +19794,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c user-mods.cc -fPIC -DPIC -o .libs/user-mods.o restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)': restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 126 | GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -20736,94 +20771,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from testing.hh:26, - from testing.cc:33: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from testing.hh:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from user-mods.cc:37: +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from TextureMesh.cc:48: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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[-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from testing.cc:50: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from testing.cc:60: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from tomo-tools.cc:36: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -20841,8 +20800,28 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); + | ~~~~~~~^~ +trackball.c:262:43: warning: argument 3 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] + 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) + | ~~~~~~^~~~~~~ +trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' + 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); + | ~~~~~~~^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -20865,30 +20844,50 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from tomo-tools.cc:36: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from single-map-properties-dialog.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20902,6 +20901,37 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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+/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:882:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 882 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': +sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here + 403 | clipper::Coord_orth v; + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from single-map-properties-dialog.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20915,15 +20945,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from tomo-tools.cc:139: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc -adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o widget-from-builder.lo widget-from-builder.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from spherical-density.cc:30: @@ -20931,34 +20959,9 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from validation.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -20980,6 +20983,26 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from tomo-tools.cc:139: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21002,19 +21025,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from view.cc:27: + from validation.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -21040,24 +21053,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from widget-from-builder.cc:28: + from view.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21079,54 +21081,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from validation.cc:30: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, - from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, - from /usr/include/c++/14/cmath:3906, - from /usr/include/c++/14/math.h:36, - from /usr/include/python3.13/Python.h:22, - from sdf-interface.cc:23: -In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', - inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:882:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 882 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': -sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here - 403 | clipper::Coord_orth v; - | ^ -testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': -testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); - | ^ -testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': -testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -21138,6 +21097,14 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': +testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); + | ^ +testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': +testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21151,17 +21118,28 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from spherical-density.cc:32: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21203,6 +21181,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21216,6 +21200,58 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from widget-from-builder.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from validation.cc:30: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21243,7 +21279,7 @@ testing.cc:2615:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2615 | int test_lsq_plane() { | ^~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo scm-boot-guile.lo c-interface-analysis.lo c-interface-bonds.lo c-interface-build.lo c-interface-build-morph.lo c-interface-build-main-chain.lo c-interface-build-side-chain.lo c-interface-build-symmetry.lo c-interface-build-gui.lo c-interface-curlew.lo c-interface-database.lo c-interface-gui.lo c-interface-gtk2.lo c-interface-info.lo c-interface-kk.lo c-interface-image.lo 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-21275,12 +21311,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from glade-callbacks-shader-settings.cc:24: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from glade-callbacks-preferences.cc:49: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -21325,7 +21355,7 @@ 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:37, - from glade-callbacks.cc:50: + from glade-callbacks-shader-settings.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -21335,15 +21365,21 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from glade-callbacks.cc:50: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from glade-callbacks-main-window.cc:56: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from create-menu-item-actions.cc:31: + from setup-gui-components.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -21369,11 +21405,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from create-menu-item-actions.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks.cc:53: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21391,18 +21433,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from setup-gui-components.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks-main-window.cc:57: + from main.cc:81: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21423,7 +21458,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from glade-callbacks.cc:53: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21445,7 +21481,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from main.cc:81: + from glade-callbacks-main-window.cc:57: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21463,14 +21499,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from new-startup.cc:37: @@ -21483,21 +21514,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21519,6 +21535,27 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21537,6 +21574,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21545,27 +21587,124 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from create-menu-item-actions.cc:28: + from setup-gui-components.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': +setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here + 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here + 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': +setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here + 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 171 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here + 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': +setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] + 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here + 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In lambda function: +setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 191 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here + 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here + 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here + 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': +setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here + 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here + 108 | void gtk_entry_completion_set_popup_completion (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 217 | gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here + 127 | void gtk_entry_completion_set_text_column (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 218 | gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here + 85 | void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here + 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here + 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21574,7 +21713,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks.cc:28: + from create-menu-item-actions.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21590,42 +21729,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from main.cc:96: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from create-menu-item-actions.cc:38: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': -glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 868 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_dialog_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:915:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 915 | GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates", - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 916 | parent_window, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 917 | action, - | ~~~~~~~ - 918 | ("_Cancel"), - | ~~~~~~~~~~~~ - 919 | GTK_RESPONSE_CANCEL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 920 | ("_Save"), - | ~~~~~~~~~~ - 921 | GTK_RESPONSE_YES, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 922 | NULL); - | ~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here - 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21634,16 +21761,10 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks-main-window.cc:28: + from glade-callbacks.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from main.cc:96: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); @@ -21731,13 +21852,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void auto_open_mtz_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:234:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 234 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File", parent_window, action, @@ -21781,16 +21895,9 @@ | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 276 | NULL); | ~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 5301 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc:280:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_choice(GtkFileChooser*, const char*, const char*, const char**, const char**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 280 | gtk_file_chooser_add_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "is-diff-map", "Is Difference Map", NULL, NULL); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21803,14 +21910,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': -glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 5473 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:349:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 349 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -21849,6 +21948,183 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_state_dialog_response(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:579:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 579 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void save_state_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:600:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 600 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save State", + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 601 | parent_window, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 602 | action, + | ~~~~~~~ + 603 | ("Cancel"), + | ~~~~~~~~~~~ + 604 | GTK_RESPONSE_CANCEL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 605 | ("Save"), + | ~~~~~~~~~ + 606 | GTK_RESPONSE_ACCEPT, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 607 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here + 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc:611:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 611 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), filterselect); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_views_dialog_response(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:623:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 623 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_views_clicked(GtkButton*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:636:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 636 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Views", + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ + 637 | parent_window, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 638 | action, + | ~~~~~~~ + 639 | ("Cancel"), + | ~~~~~~~~~~~ + 640 | GTK_RESPONSE_CANCEL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 641 | ("Save"), + | ~~~~~~~~~ + 642 | GTK_RESPONSE_ACCEPT, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 643 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here + 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': +glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 868 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc:647:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 647 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), filterselect); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here + 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_dialog_save_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:915:67: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 915 | GtkWidget *file_chooser_dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Coordinates", + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 916 | parent_window, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 917 | action, + | ~~~~~~~ + 918 | ("_Cancel"), + | ~~~~~~~~~~~~ + 919 | GTK_RESPONSE_CANCEL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 920 | ("_Save"), + | ~~~~~~~~~~ + 921 | GTK_RESPONSE_YES, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 922 | NULL); + | ~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here + 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_run_script_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:1108:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1108 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void run_script_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:1131:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 1131 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Run Script File", + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1132 | parent_window, + | ~~~~~~~~~~~~~~ + 1133 | action, + | ~~~~~~~ + 1134 | ("_Cancel"), + | ~~~~~~~~~~~~ + 1135 | GTK_RESPONSE_CANCEL, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1136 | ("_Open"), + | ~~~~~~~~~~ + 1137 | GTK_RESPONSE_ACCEPT, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1138 | NULL); + | ~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here + 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from c-interface-ligands-swig.hh:35, + from coot_wrap_python.cc:3466: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:2240:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 2240 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here + 111 | void gtk_file_chooser_set_current_name (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void show_validation_graphs_dialog(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:2393:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2393 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void ramachandran_plot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': +create-menu-item-actions.cc:2408:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 2408 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 5301 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': +glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 5473 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 6044 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -21924,13 +22200,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_state_dialog_response(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:579:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 579 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc:6514:42: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6514 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21940,76 +22209,15 @@ glade-callbacks.cc:6515:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6515 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void save_state_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:600:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 600 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save State", - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 601 | parent_window, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 602 | action, - | ~~~~~~~ - 603 | ("Cancel"), - | ~~~~~~~~~~~ - 604 | GTK_RESPONSE_CANCEL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 605 | ("Save"), - | ~~~~~~~~~ - 606 | GTK_RESPONSE_ACCEPT, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 607 | NULL); - | ~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here - 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc:6516:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 6516 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(file_combobox), 0); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc:611:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 611 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), filterselect); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_views_dialog_response(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:623:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 623 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_save_views_clicked(GtkButton*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:636:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 636 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Save Views", - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ - 637 | parent_window, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 638 | action, - | ~~~~~~~ - 639 | ("Cancel"), - | ~~~~~~~~~~~ - 640 | GTK_RESPONSE_CANCEL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 641 | ("Save"), - | ~~~~~~~~~ - 642 | GTK_RESPONSE_ACCEPT, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 643 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here - 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc:647:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 647 | gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), filterselect); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here - 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:6585:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 6585 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -22064,62 +22272,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_run_script_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:1108:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1108 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void run_script_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:1131:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 1131 | GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Run Script File", - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1132 | parent_window, - | ~~~~~~~~~~~~~~ - 1133 | action, - | ~~~~~~~ - 1134 | ("_Cancel"), - | ~~~~~~~~~~~~ - 1135 | GTK_RESPONSE_CANCEL, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1136 | ("_Open"), - | ~~~~~~~~~~ - 1137 | GTK_RESPONSE_ACCEPT, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1138 | NULL); - | ~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here - 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from glade-callbacks-main-window.cc:59: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:2240:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 2240 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here - 111 | void gtk_file_chooser_set_current_name (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void show_validation_graphs_dialog(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:2393:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2393 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void ramachandran_plot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': -create-menu-item-actions.cc:2408:28: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 2408 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), imol_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -22128,10 +22286,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from setup-gui-components.cc:27: + from glade-callbacks-main-window.cc:28: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from glade-callbacks-main-window.cc:59: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 403 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -22154,134 +22318,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': -setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here - 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here - 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': -setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here - 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 171 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here - 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': -setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] - 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here - 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In lambda function: -setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 191 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here - 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here - 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here - 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': -setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here - 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here - 108 | void gtk_entry_completion_set_popup_completion (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 217 | gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here - 127 | void gtk_entry_completion_set_text_column (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 218 | gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here - 85 | void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here - 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here - 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from c-interface-ligands-swig.hh:35, - from coot_wrap_python.cc:3466: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -22301,9 +22337,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o ./.libs/libcootsumo.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so") @@ -22331,43 +22367,43 @@ make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/nanobind-static.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build +[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o [ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp [ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc [ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/atom-types.cc @@ -22383,10 +22419,10 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/cfc.cc -[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp [ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp +[ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp [ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp [ 7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o @@ -22413,9 +22449,9 @@ /usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o" /usr/bin/ranlib libnanobind-static.a make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 9%] Built target nanobind-static [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp +[ 10%] Built target nanobind-static [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o @@ -22458,9 +22494,9 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CXXMatrix.cpp [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylinderPoint.cpp -[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/CylindersPrimitive.cpp +[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp @@ -22469,8 +22505,8 @@ [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp @@ -22524,6 +22560,10 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/blender-mesh.cc [ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/add-terminal-residue.cc +[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/interfaces.cc +[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/instancing.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rigid-body-fit.hh:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rigid-body-fit.cc:2: @@ -22531,17 +22571,13 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/interfaces.cc -[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc @@ -22553,24 +22589,26 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.cc:35: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -22588,7 +22624,7 @@ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22600,28 +22636,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22661,36 +22682,38 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc:35: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22709,16 +22732,21 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:36: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-merge-molecules.cc:28: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22740,11 +22768,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-merge-molecules.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22753,25 +22784,30 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc [ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o @@ -22784,11 +22820,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22797,12 +22828,13 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22817,11 +22849,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22834,18 +22861,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ [ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-gltf.cc -[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc -[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22855,15 +22883,34 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-maps.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc:40: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22873,8 +22920,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rama-plot-phi-psi.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22890,32 +22948,47 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc:40: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-maps.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wligand.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:4: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc:2: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rama-plot-phi-psi.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc:2: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22926,15 +22999,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-maps.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22945,7 +23009,7 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc:4: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22960,20 +23024,15 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wligand.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:4: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22985,26 +23044,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -23014,26 +23059,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -23045,6 +23076,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -23053,31 +23089,35 @@ | ^ [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/bfkurt.cc -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/typed-distances.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/typed-distances.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23092,31 +23132,27 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/Vectors.cpp [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/CIsoSurface.cpp +[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/occlusion.cc +[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/gaussian-surface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc:155: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/gaussian-surface.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/quat.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/CIsoSurface.cpp:1244: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/quat.cc [ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/mgtree.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, @@ -23156,37 +23192,33 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:50: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { - | ^~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:31: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23195,38 +23227,28 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { + | ^~~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/trans-peptide.cc:24: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/trans-peptide.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23239,51 +23261,71 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/link-restraints.cc [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/link-restraints.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23294,50 +23336,29 @@ | ^ [ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/link-restraints.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23346,16 +23367,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23364,6 +23388,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL 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- from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc:36: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc:32: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23395,85 +23419,115 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/phi-psi.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ [ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/lograma.cpp -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc:23: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.hh:37, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ [ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc:23: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.hh:37, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:30: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:37: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { + | ^~~~~ [ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/align-utils.cc [ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/atomic-numbers.cc [ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/backward.cpp +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/colour-holder.cc +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/atomic-numbers.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/colour-holder.cc -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/dodec.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:37: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/dodec.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { - | ^~~~~ [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/radix.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, + | ^~~~ [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc:59: @@ -23485,50 +23539,35 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc:23: +[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/split-indices.cc [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/logging.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, - | ^~~~ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/threads.cc [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o @@ -23537,20 +23576,20 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-strands.cc [ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/residue-distortions.cc +[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/threads.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-strands.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.cc -[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc [ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc [ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o @@ -23562,9 +23601,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.cc:27: @@ -23572,6 +23608,13 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/protein-ligand-interactions.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc:24: @@ -23579,6 +23622,10 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, + | ^~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc:27: @@ -23586,34 +23633,18 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/protein-ligand-interactions.cc -[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc -[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cmtz-interface.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, - | ^~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ +[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc +[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cmtz-interface.cc [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lidia-core-functions.cc [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc:147: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o @@ -23625,28 +23656,27 @@ | ^ [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc -[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/gltf-export.cc -[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/shiftfield.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc:34: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/stack-and-pair.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc:147: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/gltf-export.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/spherical-harmonics.cc -[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/helix-analysis.cc +[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/shiftfield.cpp +[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ +[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/spherical-harmonics.cc +[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:915: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +[ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords 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std::pair median_and_iqr() const { - | ^ [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc:29: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/blob-line.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -23695,22 +23733,25 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-molecules.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords 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Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/c-beta-deviations.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, @@ -23719,26 +23760,21 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tools.cc [ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc +[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/secondary-structure-headers.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/secondary-structure-headers.cc +[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/plane-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/plane-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/plane-utils.cc [ 61%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pae.cc.o @@ -23747,11 +23783,6 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc [ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pae.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23761,6 +23792,11 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/jed-flip.cc [ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o /usr/bin/c++ 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23768,18 +23804,11 @@ | ^ [ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc -[ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bricks.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/jed-flip.hh:32, @@ -23788,6 +23817,13 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bricks.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/mutate.cc [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o @@ -23806,15 +23842,29 @@ | ^ [ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-h-bonds.cc +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc:43: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:3842: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23830,8 +23880,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/14/algorithm:60, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:23: @@ -23856,22 +23904,8 @@ /usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc [ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc:43: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } @@ -23880,13 +23914,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); @@ -23895,15 +23922,30 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4713:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4713 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc [ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lsq-improve.cc +[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc:21: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o @@ -23929,12 +23971,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc:21: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:209:29: required from here 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; @@ -23942,11 +23978,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc:23: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 153 | for ( HRI ih = fo.first(); !ih.last(); ih.next() ) fo_all[ih] = fo0[ih.hkl()]; @@ -23958,6 +23989,11 @@ | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc:23: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.hh:28, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:33: @@ -23965,24 +24001,20 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc: In constructor 'coot::util::fffear_search::fffear_search(mmdb::Manager*, int, const clipper::Xmap&, float, bool)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc [ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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In constructor 'coot::util::fffear_search::fffear_search(mmdb::Manager*, int, const clipper::Xmap&, float, bool)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ [ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fragment-container.cc -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 121 | coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data< clipper::datatypes::F_sigF > &fo0, @@ -23992,35 +24024,37 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:209:29: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; | ^ +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/peak-search.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/sfcalc-genmap.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -[ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/peak-search.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::ABCD' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/exp-fit.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24060,6 +24085,17 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/exp-fit.cc [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o @@ -24076,6 +24112,12 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo-bonds.cc:25: @@ -24087,29 +24129,32 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, | ^~~~ -[ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc -[ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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-DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Cartesian.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/loop-path.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.cc:43: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:48: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:50: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:48: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -24119,15 +24164,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:50: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Cartesian.cc -[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/coot-close.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/coot-close.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/coot-close.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/coot-close.cc [ 75%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/cos-sin.cc.o @@ -24138,66 +24174,66 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc -[ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc -[ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/rotamer-markup.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc -[ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc:35: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +[ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:41: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ [ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dict-utils.cc -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/hydrophobic.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:36: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:41: +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24212,9 +24248,7 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/read-sbase.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24224,6 +24258,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24231,13 +24267,13 @@ | ^ [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry-mmdb.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry-mmdb.cc [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/mol-utils.cc [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o @@ -24248,13 +24284,13 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/link.cc [ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/lbg-graph.cc +[ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/glyco-tools.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/chem_mods.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/glyco-tools.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/link.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24294,12 +24330,12 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/atom-quads.cc [ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/cootilus-build.cpp +[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { | ^~~~~ -[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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const { | ^ [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.cc:25: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -24337,15 +24373,15 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dipole.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/monomer-utils.cc +[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-score-card.cc [ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/chi-angles-autogen.cc [ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o @@ -24361,8 +24397,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/chi-angles.cc:23: @@ -24370,6 +24404,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:60: @@ -24377,11 +24413,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24394,18 +24425,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:72: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24418,6 +24450,16 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); + | ^ +[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligands-db.cc +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24431,32 +24473,28 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/richardson-rotamers.cc -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligands-db.cc -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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+/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:38: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { + | ^~~~~ [ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:36: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { | ^~~~~ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { - | ^~~~~ +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24465,14 +24503,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc +[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ideal-rna.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); | ^ -[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -MF 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.hh:25, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.cc:23: @@ -24494,11 +24532,21 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24507,17 +24555,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -24527,23 +24570,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt1.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc:35: +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/gl-matrix.cc -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/write-png.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc:33: +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt1.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { | ^~~~ +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/write-png.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/write-png.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -24583,14 +24619,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, - | ^~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, + | ^~~~ [ 96%] Linking CXX shared library libcootapi.so /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cootapi.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -fPIC -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/cootapi.dir/link.d -Wl,-z,relro -shared -Wl,-soname,libcootapi.so.1.1 -o libcootapi.so.1.1 "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o" 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"CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/chem_mods.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-tools.cpp.o" CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-shared.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-molfile.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o" /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libssm.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-minimol.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-mmdb.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-cif.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-contrib.so /usr/lib/libsfftw.so /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libz.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgsl.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libpng.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libboost_iostreams.so.1.83.0 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libboost_system.so.1.83.0 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgemmi_cpp.a /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libdw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libelf.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libz.so @@ -24599,47 +24635,47 @@ [ 96%] Built target cootapi make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/depend make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/chapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend +make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/chapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-ligand.cc make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-ligand.cc +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o [ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc -[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc -[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o [ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/lucrezia-tests.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, @@ -24679,7 +24715,8 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.hh:23, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24688,12 +24725,32 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.hh:23, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc:22: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:66: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24713,33 +24770,20 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:66: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 98%] Linking CXX executable findwaters +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -24751,23 +24795,15 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 98%] Built target findwaters In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -[ 98%] Linking CXX executable findwaters -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 -/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 98%] Built target findwaters In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -24892,7 +24928,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; }) @@ -24906,7 +24942,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; }) @@ -24920,7 +24956,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; }) @@ -24936,9 +24972,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; }) @@ -24953,9 +24989,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; }) @@ -24970,9 +25006,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: install: (cd 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo merge-C-and-N-terminii.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo 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.libs/stack-and-pair.o .libs/fast-eigens.o .libs/strand-fragments.o .libs/sfcalc-genmap.o .libs/cablam-markup.o .libs/coot_shiftfield.o .libs/shiftfield.o .libs/fib-sphere.o .libs/polar-atoms.o .libs/3d-texture.o .libs/merge-molecules.o .libs/fragment-container.o .libs/mutate.o .libs/merge-C-and-N-terminii.o .libs/cylinder.o .libs/cylinder-with-rotation-translation.o .libs/oct.o .libs/prideout-octasphere.o .libs/simple-mesh.o .libs/shapes.o .libs/cmtz-interface.o .libs/pugixml.o .libs/parse-pisa.o .libs/gltf-export.o .libs/pae.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-lidia-core -lcoot-protein-db -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers 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.libs/libcoot-coord-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-extras.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif 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coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; }) @@ -25018,7 +25054,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25035,7 +25071,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; }) @@ -25049,7 +25085,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; }) @@ -25063,9 +25099,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; }) @@ -25080,9 +25116,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; }) @@ -25090,7 +25126,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25106,7 +25142,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; }) @@ -25120,9 +25156,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; }) @@ -25132,7 +25168,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25163,16 +25199,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.la libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; }) @@ -25182,7 +25218,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25252,9 +25288,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; }) @@ -25269,9 +25305,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; }) @@ -25286,9 +25322,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; }) @@ -25303,9 +25339,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; }) @@ -25320,9 +25356,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0; }; }) @@ -25339,7 +25375,7 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so; }; }) @@ -25353,9 +25389,9 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo 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-lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -25437,16 +25473,16 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; }) @@ -25601,9 +25637,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la 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-lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-ligand -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-analysis -lcoot-isosurface -lcoot-map-heavy -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coords -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; }) @@ -25611,9 +25647,9 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-api -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; }) @@ -25634,9 +25670,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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-rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; }) @@ -25644,7 +25680,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla @@ -25658,9 +25694,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module 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--strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified +libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules... pyrogen.pyatom_types.pyjay_util.pytautomer.pypyrogen_swig.pycoot_git.py -libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules (optimized versions) ... pyrogen.pyatom_types.pyjay_util.pytautomer.pypyrogen_swig.pycoot_git.py libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 @@ -25956,9 +25992,9 @@ install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -25967,7 +26003,7 @@ libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -26055,20 +26091,20 @@ diversion by libc6 from: /lib/ld-linux-aarch64.so.1 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib/ld-linux-aarch64.so.1.usr-is-merged -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyErr_GivenExceptionMatches: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyCFunction_Type: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyUnicode_Type: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyLong_Type: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols) make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_installdeb @@ -26076,13 +26112,13 @@ dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined dh_md5sums dh_builddeb +dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-4_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'. dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.buildinfo dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_arm64.changes dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included) @@ -26090,12 +26126,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/307709/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2425547 and its subdirectories -I: Current time: Wed Jan 22 07:06:26 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1737572787 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/307709 and its subdirectories +I: Current time: Wed Feb 25 15:59:43 +14 2026 +I: pbuilder-time-stamp: 1771984783