Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2024-11-06 20:29:12.495071388 +0000 +++ b2/build.log 2024-11-06 21:29:59.633199521 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Tue Dec 9 14:16:54 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1765333014 +I: Current time: Thu Nov 7 10:30:02 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1730925002 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -30,52 +30,84 @@ dpkg-source: info: applying no-RPATH.patch I: Not using root during the build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/1555831/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on codethink04-arm64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Nov 6 20:30 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='arm64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="32" [3]="1" [4]="release" [5]="aarch64-unknown-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.32(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=arm64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=12 ' - DISTRIBUTION='unstable' - HOME='/root' - HOST_ARCH='arm64' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=unstable + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=aarch64 + HOST_ARCH=arm64 IFS=' ' - INVOCATION_ID='3ef0eb271dfd4f8ba7fec2ac8dd9c667' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='1555831' - PS1='# ' - PS2='> ' + INVOCATION_ID=51ac2dfbfcef497db4eebea30cfca5a6 + LANG=C + LANGUAGE=nl_BE:nl + LC_ALL=C + MACHTYPE=aarch64-unknown-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=672527 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Zc4MDe2y/pbuilderrc_36jO --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Zc4MDe2y/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.09+dfsg-2.dsc' - SUDO_GID='109' - SUDO_UID='104' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/bin/systemd-run' - http_proxy='http://192.168.101.4:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Zc4MDe2y/pbuilderrc_mLmc --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Zc4MDe2y/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.09+dfsg-2.dsc' + SUDO_GID=109 + SUDO_UID=104 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://192.168.101.4:3128 I: uname -a - Linux codethink01-arm64 6.1.0-26-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.112-1 (2024-09-30) aarch64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-26-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.112-1 (2024-09-30) aarch64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Aug 4 2024 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/1555831/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 Aug 4 21:30 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -686,7 +718,7 @@ Get: 491 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-1 [71.9 kB] Get: 492 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 sharutils arm64 1:4.15.2-9+b1 [256 kB] Get: 493 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 swig arm64 4.2.1-1+b1 [1355 kB] -Fetched 293 MB in 5s (57.2 MB/s) +Fetched 293 MB in 5s (57.8 MB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package libapparmor1:arm64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 20087 files and directories currently installed.) @@ -2281,8 +2313,8 @@ Setting up tzdata (2024b-3) ... Current default time zone: 'Etc/UTC' -Local time is now: Wed Dec 10 02:19:23 UTC 2025. -Universal Time is now: Wed Dec 10 02:19:23 UTC 2025. +Local time is now: Wed Nov 6 20:33:30 UTC 2024. +Universal Time is now: Wed Nov 6 20:33:30 UTC 2024. Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it. Setting up libboost-atomic1.83.0:arm64 (1.83.0-3.2) ... @@ -2750,7 +2782,11 @@ Building tag database... -> Finished parsing the build-deps I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-2_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for unstable +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.09+dfsg-2_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package coot dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.09+dfsg-2 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -3066,8 +3102,8 @@ -- Found Boost: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found version "1.83.0") found components: iostreams system python regex thread serialization -- Found Python: /usr/bin/python3 (found suitable version "3.12.7", minimum required is "3.10") found components: Interpreter Development.Module Development.SABIModule -- Note: MAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS was not enabled --- Configuring done (3.5s) --- Generating done (0.1s) +-- Configuring done (6.8s) +-- Generating done (0.2s) CMake Warning: Manually-specified variables were not used by the project: @@ -3128,11 +3164,11 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/macros' Making all in compat make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/getopt.o .libs/getopt1.o -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' Making all in protein_db make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-protein-db.so.0 -o .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so.0" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so") @@ -3236,12 +3272,12 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' Making all in mini-mol make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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mini-mol-utils.cc:22: @@ -3259,7 +3295,7 @@ mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 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std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from link.cc:35: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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included from cif-parse-mon-lib.cc:25: +In file included from read-metals-json.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from read-metals-json.cc:28: +In file included from cif-parse-link.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so.0" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so") @@ -3391,36 +3427,36 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' Making all in lidia-core make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -3443,7 +3479,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from atom-types.cc:29: +In file included from rdkit-interface.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -3456,38 +3492,33 @@ | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-type-t.cc:28: + from cod-atom-types.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cod-atom-type-t.cc:33: +In file included from cod-atom-types.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-types.cc:28: + from cod-types.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-types.cc:27: + from atom-types.cc:30: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cod-atom-types.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from rdkit-interface.cc:27: + from cod-atom-type-t.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -3499,16 +3530,21 @@ lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from cod-atom-type-t.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from bond-record-container-t.cc:28: + from rdkit-interface.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from atom-types.cc:30: + from bond-record-container-t.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -3518,7 +3554,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers 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-O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so.0" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so") @@ -3527,28 +3563,28 @@ Making all in coot-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o peak-search.lo peak-search.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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blob-line.cc:27: + from trim.cc:21: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from coot-map-utils.cc:39: +In file included from maps-spherical.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { - | ^ In file included from coot-map-utils.hh:33, - from trim.cc:21: + from blob-line.cc:27: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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clipper::Xmap &xmap) { + | ^ In file included from coot-map-utils.hh:33, from find-water-baddies.cc:29: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 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-DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c positron.cc -fPIC -DPIC -o .libs/positron.o In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/core/hkl_compute.h:48, from coot-map-utils.cc:32: @@ -3614,7 +3658,7 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c texture-as-floats.cc -fPIC -DPIC -o .libs/texture-as-floats.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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^~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-coord-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-coord-utils.o -In file included from slurp-map.cc:26: +In file included from positron.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from positron.cc:32: +In file included from coot-coord-utils.cc:34: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-coord-utils-nucleotides.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-rama.lo coot-rama.cc -In file included from coot-coord-utils.cc:34: +In file included from coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-coord-utils-nucleotides.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-coord-utils-nucleotides.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-rama.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-rama.o In file included from coot-map-utils.hh:33, from texture-as-floats.cc:27: @@ -3672,28 +3713,23 @@ coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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+libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-h-bonds.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-h-bonds.o /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-h-bonds.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-h-bonds.o coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': coot-map-utils.cc:973:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o bonded-pairs.lo bonded-pairs.cc In file included from coot-rama.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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= mean_and_variance(xmap); | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c helix-analysis.cc -fPIC -DPIC -o .libs/helix-analysis.o In file included from read-sm-cif.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': -hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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-DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o atom-overlaps.lo atom-overlaps.cc coot-map-utils.cc: In lambda function: coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from glyco-torsions.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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std::string, std::string, short int, float, short int, float)': coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. 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coot_shiftfield.h:31, @@ -3891,7 +3929,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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fo0[ih.hkl()]; @@ -3901,87 +3938,82 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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.libs/cylinder-with-rotation-translation.o coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 121 | coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data< clipper::datatypes::F_sigF > &fo0, | ^~~~ coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 coot_shiftfield.cpp:209:29: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from merge-C-and-N-terminii.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-coord-extras.cc:32: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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+4023,20 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/cairo 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"libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.la" && ln -s "../libcoot-coord-utils.la" "libcoot-coord-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread +libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" ) libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 -libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0") +libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.la" && ln -s "../libcoot-map-heavy.la" "libcoot-map-heavy.la" ) make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils' Making all in angles make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-Wno-unused -std=c++17 -c db-strands.cc -fPIC -DPIC -o .libs/db-strands.o -In file included from db-main.cc:35: +In file included from db-strands.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from db-strands.cc:33: +In file included from db-main.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so 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"libcoot-db-main.so" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so") @@ -4110,79 +4146,79 @@ Making all in analysis make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from kolmogorov.cc:25: +stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from mogul.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from b-factor-histogram.cc:288: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from mogul.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from kolmogorov.cc:25: -stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -In file included from daca.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from rna-backbone.cc:31: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo 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-lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField 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libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.so" && ln -s "libcoot-analysis.so.0.0.0" "libcoot-analysis.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.la" && ln -s "../libcoot-analysis.la" "libcoot-analysis.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-bfactan bfactan.o libcoot-analysis.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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ideal make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from chirals.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from mini-rsr.cc:58: @@ -4225,57 +4268,41 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c regularize-minimol.cc -fPIC -DPIC -o .libs/regularize-minimol.o In file included from simple-restraint.hh:162, - from ng.cc:31: + from mods.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc In file included from simple-restraint.hh:162, from flanking.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from chirals.cc:35: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from chirals.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from mods.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from simple-restraint.cc:50: + from ng.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:174, from mini-rsr.cc:60: zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c regularize-minimol.cc -fPIC -DPIC -o .libs/regularize-minimol.o In file included from simple-restraint.hh:162, from make-restraints.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -4286,53 +4313,44 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from mini-rsr.cc:66: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': -simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { - | ^~~~~ In file included from simple-restraint.hh:162, - from extra-restraints.cc:28: + from gradients.cc:39: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from gradients.cc:39: + from extra-restraints.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from distortion.cc:36: + from simple-restraint.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from chi-squareds.cc:41: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from chirals.cc:35: -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4346,8 +4364,7 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from regularize-minimol.hh:25, - from regularize-minimol.cc:22: + from distortion.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4356,6 +4373,18 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': +simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { + | ^~~~~ In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -4364,6 +4393,16 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ +simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from simple-restraint.hh:162, + from regularize-minimol.hh:25, + from regularize-minimol.cc:22: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds @@ -4372,37 +4411,26 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include 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simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4413,135 +4441,132 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit 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.libs/pull-restraint.o -In file included from parallel-planes.cc:22: +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from link-restraints.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from pull-restraint.cc:30: +simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o pull-restraint.lo pull-restraint.cc +In file included from parallel-planes.cc:22: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-c pull-restraint.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pull-restraint.o simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from parallel-planes.cc:23: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from trans-peptide.cc:24: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit 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-Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o phi-psi.lo phi-psi.cc In file included from zo-rama.hh:42, - from zo-rama.cc:29: + from write-png.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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file included from zo-rama.hh:42, - from crankshaft.hh:37, - from crankshaft.cc:30: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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from model-bond-deltas.cc:27: + from trans-peptide.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from crankshaft.cc:36: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from crankshaft.cc:37: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from zo-rama.hh:42, + from crankshaft.hh:37, + from crankshaft.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4551,21 +4576,32 @@ ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { - | ^~~~~ +In file included from lv.cc:29: +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from neutron.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from crankshaft.cc:36: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from lv.cc:29: +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from crankshaft.cc:37: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { + | ^~~~~ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4586,54 +4622,52 @@ crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -lpthread ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so.0" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.la" && ln -s "../libcoot-ideal.la" "libcoot-ideal.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o mini-rsr-bin mini-rsr.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from dunbrack.cc:27: +In file included from ligand-extras.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from ligand.cc:60: +In file included from dunbrack.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4645,22 +4679,27 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ligand-extras.cc:36: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, + from fast-ss-search.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, - from fast-ss-search.cc:43: + from ligand.hh:32, + from ligand.cc:60: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': +ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { + | ^~~~~ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from residue_by_phi_psi.hh:37, - from residue_by_phi_psi.cc:27: + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from chi-angles.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4672,6 +4711,14 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ligand.hh:32, + from residue_by_phi_psi.hh:37, + from residue_by_phi_psi.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ligand.cc:72: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -4679,17 +4726,6 @@ 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from chi-angles.cc:23: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -ligand-extras.cc: In member function 'std::pair coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager*) const': -ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { - | ^~~~~ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ligand.hh:32, from residue_by_phi_psi.hh:37, from helix-placement.cc:43: @@ -4704,14 +4740,23 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' 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richardson-rotamers.lo richardson-rotamers.cc ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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/usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, - from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, - from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, - from ligand.cc:55: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligands-db.cc -fPIC -DPIC -o .libs/ligands-db.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); + | ^ In file included from ligands-db.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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a_rotamer.get_pos(); - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o side-chain-densities.lo side-chain-densities.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread 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trace.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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+libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c side-chain.cc -fPIC -DPIC -o .libs/side-chain.o In file included from tube-finder.cc:30: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c side-chain.cc -fPIC -DPIC -o .libs/side-chain.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': -tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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side-chain-densities.cc:38: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': +tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +trace.cc: In constructor 'coot::trace::trace(const clipper::Xmap&)': +trace.cc:53:61: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 53 | std::pair mv = util::mean_and_variance(xmap); + | ^ In file included from side-chain.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~~ multi-peptide.cc: In function 'coot::minimol::fragment coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue*, mmdb::Residue*, const std::string&, float, int, const protein_geometry&, const clipper::Xmap&, std::pair, bool)': multi-peptide.cc:701:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 701 | coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue *res_p, | ^~~~ g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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-DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o +side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o dSFMT.lo dSFMT.c In file included from /usr/include/clipper/core/cell.h:50, from /usr/include/clipper/core/coords.h:49, from /usr/include/clipper/core/fftmap.h:49, @@ -5049,17 +5088,14 @@ trace.cc:223:29: note: 'rtop_best.clipper::RTop_orth::.clipper::RTop::trn_.clipper::Vec3::vec[2]' was declared here 223 | clipper::RTop_orth rtop_best; | ^~~~~~~~~ +libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o In file included from identify-protein.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from new-residue-by-3-phi-psi.cc:29: + from rama-rsr-extend-fragments.cc:28: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -5071,7 +5107,7 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from rama-rsr-extend-fragments.cc:28: + from new-residue-by-3-phi-psi.cc:29: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -5090,6 +5126,10 @@ libres-tracer.cc:1932:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1932 | return std::make_pair(sum_forward, sum_backward); | ^ +side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~ In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/14/string:51, from /usr/include/c++/14/stdexcept:39, @@ -5115,10 +5155,6 @@ new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); | ^ -side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~ libres-tracer.cc: In function 'std::vector > make_spin_scored_pairs(const std::vector >&, unsigned int, const clipper::Xmap&, mmdb::Manager*, mmdb::Atom**, int)': libres-tracer.cc:496:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 496 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); @@ -5131,24 +5167,24 @@ side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so.0" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.la" && ln -s "../libcoot-ligand.la" "libcoot-ligand.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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| std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from rotamer-markup.cc:29: +In file included from phenix-geo.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, - from Bond_lines.cc:36: + from phenix-geo-bonds.cc:25: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -5215,11 +5252,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from Bond_lines.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, from mmdb-crystal.cc:48: @@ -5227,15 +5259,19 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from Bond_lines.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c phi-psi-prob.cc -fPIC -DPIC -o .libs/phi-psi-prob.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from mmdb.cc:34: @@ -5248,7 +5284,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo 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make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c density-contour-triangles.cc -fPIC -DPIC -o .libs/density-contour-triangles.o +In file included from CIsoSurface.cpp:1244: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from density-contour-triangles.cc:155: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from CIsoSurface.cpp:1244: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from gaussian-surface.cc:36: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -5305,7 +5341,7 @@ CIsoSurface.cpp:785:24: note: 'grid_max' declared here 785 | clipper::Coord_grid grid_max; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so.0" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so") @@ -5313,13 +5349,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' Making all in skeleton make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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coot-atom-graph.hh:27, from residue-distortions.cc:21: @@ -5349,6 +5385,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from sequence-assignment.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from high-res.cc:24: @@ -5356,11 +5397,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from sequence-assignment.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from coot-atom-graph.hh:27, from high-res.cc:27: @@ -5368,7 +5404,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo 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../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so") @@ -5376,9 +5412,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' Making all in build make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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"-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CalphaBuild.cc -fPIC -DPIC -o .libs/CalphaBuild.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused 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CXXCircle.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5466,7 +5501,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXCoord.cpp:25: +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXTorusElement.cpp:26: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5497,8 +5533,8 @@ CXXFortranFile.cpp:257:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare] 257 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -5515,8 +5551,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereNode.h:30, - from CXXSphereNode.cpp:25: +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXCircleNode.cpp:24: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5534,7 +5570,7 @@ | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXCircle.cpp:26: + from CXXNewHood.cpp:27: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5551,8 +5587,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereTriangleEdge.h:29, - from CXXSphereTriangleEdge.cpp:26: +In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, + from CXXSurfaceVertex.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5569,8 +5605,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSphereTriangle.h:28, - from CXXSphereTriangle.cpp:25: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTorusNode.lo CXXTorusNode.cpp +In file included from CXXSphereTriangleEdge.h:29, + from CXXSphereTriangleEdge.cpp:26: +CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +In file included from CXXSphereNode.h:30, + from CXXSphereNode.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5587,11 +5629,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, - from CXXTorusElement.cpp:26: -CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -5605,12 +5642,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTorusNode.lo CXXTorusNode.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTriangle.lo CXXTriangle.cpp -CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector&, double, std::map >&)': -CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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-DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXTriangle.lo CXXTriangle.cpp CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -5631,18 +5668,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CXXSphereElement.cpp: In copy constructor 'CXXSphereElement::CXXSphereElement(const CXXSphereElement&)': -CXXSphereElement.cpp:279:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 279 | for (int i=0; i&)': CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 673 | for (int i=0; i&, double, std::map >&)': +CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXQADSurface.lo CXXQADSurface.cpp CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)': CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 155 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 1031 | for (int i=0; i(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXQADSurface.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXQADSurface.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSpace.lo CXXSpace.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXQADSurfaceStaticData.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXCreator.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXCreator.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXFFTSolventMap.lo CXXFFTSolventMap.cpp In file included from CXXSurfaceVertex.h:26, from CXXTriangle.h:27, from CXXTriangle.cpp:25: @@ -5741,7 +5778,8 @@ CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 803 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXFFTSolventMap.lo CXXFFTSolventMap.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp -In file included from CXXSpace.h:25, - from CXXSpace.cpp:25: +In file included from CXXCreator.h:41, + from CXXCreator.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5798,10 +5835,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXFFTSolventMap.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXFFTSolventMap.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o -In file included from CXXCreator.h:41, - from CXXCreator.cpp:25: +In file included from CXXSpace.h:25, + from CXXSpace.cpp:25: CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -5818,7 +5853,25 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp +CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)': +CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 32 | if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)': +CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ +CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { + | ~~~~~~^~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp +CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)': +CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { + | ~~~~~~~~^~~~~~~~ CXXSpace.cpp: In constructor 'CXXSpace::CXXSpace(float, float, float, float, float, float, float, float)': CXXSpace.cpp:51:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 51 | if (chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) { @@ -5830,7 +5883,6 @@ CXXSpace.cpp:184:15: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 184 | if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) { | ~~^~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp CXXSpace.cpp:184:31: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 184 | if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) { | ~~^~~ @@ -5911,7 +5963,6 @@ CXXSpace.cpp:507:23: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 507 | if (dimension > 2 | dimension < 0) { | ~~~~~~~~~~^~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o CXXSpace.cpp:531:57: warning: this 'if' clause does not guard... [-Wmisleading-indentation] 531 | if (j == (dim[1]-1)) | ^~ @@ -5948,31 +5999,8 @@ CXXSpace.cpp:631:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if' 631 | break; | ^~~~~ -CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': -CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o -CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)': -CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 32 | if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~^~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXBall.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXBall.o -CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)': -CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 361 | if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) { - | ~~~~~~^~~~ -CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)': -CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { - | ~~~~~~~~^~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { @@ -6030,13 +6058,21 @@ CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o +CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)': +CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 599 | iCompare >=compareStart && !iEquivalent; + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 87 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 157 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 431 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ @@ -6145,7 +6181,7 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so") @@ -6153,26 +6189,33 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' Making all in CXXClasses make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c RotatedTranslatedScaledEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DisplayPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXMatrix.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Light.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o +In file included from PositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6184,9 +6227,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from BallsPrimitive.h:33, - from BallsPrimitive.cpp:28: + from Representation.h:36, + from Representation.cpp:33: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6197,11 +6239,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DirectedPositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DiscreteSegment.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RepresentationInstance.h:32, - from RepresentationInstance.cpp:25: +In file included from CXXMatrix.h:28, + from CXXMatrix.cpp:24: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6212,11 +6251,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DisplayPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c RotatedTranslatedScaledEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from Representation.h:36, - from Representation.cpp:33: +In file included from NRStuff.h:31, + from DiscreteSegment.h:26, + from DiscreteSegment.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6227,10 +6264,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXMatrix.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from DisplayPrimitive.cpp:25: +In file included from ColorRule.h:29, + from AtomPropertyRampColorRule.h:27, + from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6241,9 +6277,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from BondsPrimitive.h:28, - from BondsPrimitive.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6254,25 +6289,25 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from PositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RepresentationInstance.h:32, + from RepresentationInstance.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from BallsPrimitive.h:33, + from BallsPrimitive.cpp:28: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 57 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Light.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o -In file included from NRStuff.h:31, - from DiscreteSegment.h:26, - from DiscreteSegment.cpp:26: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 44 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6281,8 +6316,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from BondsPrimitive.h:28, + from BondsPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6293,8 +6329,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from CXXMatrix.h:28, - from CXXMatrix.cpp:24: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from Light.h:29, + from Light.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6320,9 +6357,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from Light.h:29, - from Light.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from DisplayPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6349,19 +6385,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from BallsPrimitive.cpp:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': -BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ - | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] - 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ - | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6378,6 +6401,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6413,6 +6437,7 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6442,8 +6467,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': +DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()': +DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 83 | for (int iCalpha=0; iCalpha() { | ^ @@ -6460,40 +6491,38 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': -DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp:88:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 88 | && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 98 | if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()': +DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 135 | for (int i=0; i() { | ^ +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from BallsPrimitive.cpp:30: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()': -DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 83 | for (int iCalpha=0; iCalpha(const T x,const T y, const T z) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -DiscreteSegment.cpp:88:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 98 | if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){ - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()': -DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 135 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -6501,6 +6530,10 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ +BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': +BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { @@ -6510,6 +6543,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': +BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 96 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ + | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] + 110 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ + | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo `test -f 'MyMolecule.cpp' || echo './'`MyMolecule.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6526,14 +6570,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6550,13 +6586,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo `test -f 'SpherePrimitive.cpp' || echo './'`SpherePrimitive.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MyMolecule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6573,18 +6603,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from MyMolecule.h:28, - from MyMolecule.cpp:27: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30, + from Representation.cpp:36: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SecondaryColorScheme.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o In file included from MyMolecule.h:28, from MolecularRepresentation.h:32, from MolecularRepresentation.cpp:27: @@ -6598,17 +6624,8 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SolidColorRule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o -BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': -BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MyMolecule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o In file included from ColorRule.h:29, from ColorScheme.h:32, from SecondaryColorScheme.h:29, @@ -6623,10 +6640,11 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo `test -f 'SticksPrimitive.cpp' || echo './'`SticksPrimitive.cpp -In file included from ColorRule.h:29, - from SolidColorRule.h:27, - from SolidColorRule.cpp:26: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo `test -f 'ColorScheme.cpp' || echo './'`ColorScheme.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c NRStuff.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o In file included from ColorRule.h:29, - from ColorRule.cpp:25: + from SolidColorRule.h:27, + from SolidColorRule.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6650,11 +6673,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c NRStuff.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from SpherePrimitive.h:29, - from SpherePrimitive.cpp:25: +In file included from ColorRule.h:29, + from ColorRule.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -6677,9 +6697,9 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo `test -f 'SticksPrimitive.cpp' || echo './'`SticksPrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6696,6 +6716,34 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from SpherePrimitive.h:29, + from SpherePrimitive.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp +In file included from ColorRule.h:29, + from ColorScheme.h:32, + from ColorScheme.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6712,7 +6760,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6729,35 +6776,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ColorRule.h:29, - from ColorScheme.h:32, - from ColorScheme.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SticksPrimitive.h:31, - from SticksPrimitive.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] @@ -6766,6 +6785,7 @@ DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 46 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp +ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] + 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ + | ^~~~~~~~~~~~ +SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' + 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ + | ^~~~~~~~~~~~ +In file included from MyMolecule.cpp:36: +DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -6789,6 +6826,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SticksPrimitive.h:31, + from SticksPrimitive.cpp:28: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd In file included from MyMolecule.h:28, from CompoundSelection.h:35, from CompoundSelection.cpp:25: @@ -6818,12 +6869,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o -In file included from MyMolecule.cpp:36: -DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -6840,9 +6885,57 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 46 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': +MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6859,42 +6952,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o In file included from oglPolyhedron.h:29, from SpherePrimitive.h:30: Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()': -MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 542 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()': -MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 740 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] - 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ - | ^~~~~~~~~~~~ -SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' - 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ - | ^~~~~~~~~~~~ -In file included from PositionedEntity.h:28, - from PositionedEntity.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp +ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': +ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 61 | for (int i=0; i() { | ^ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo `test -f 'VertexColorNormalPrimitive.cpp' || echo './'`VertexColorNormalPrimitive.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -6924,20 +6997,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SurfacePrimitive.h:28, - from SurfacePrimitive.cpp:25: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -6954,11 +7016,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': -ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 61 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -6990,10 +7047,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Renderer.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o In file included from CylinderPoint.h:29, from CylinderPoint.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7006,7 +7059,7 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o In file included from Renderer.h:28, from Renderer.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] @@ -7019,24 +7072,6 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25: @@ -7050,6 +7085,7 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o In file included from DisplayPrimitive.h:32, from VertexColorNormalPrimitive.h:27, from CylindersPrimitive.h:29, @@ -7077,6 +7113,17 @@ 65 | #pragma omp simd ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd +SurfacePrimitive.cpp: In member function 'virtual void SurfacePrimitive::generateArrays()': +SurfacePrimitive.cpp:100:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 100 | for (int i=0; i< childSurface.numberOfTriangles(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +SurfacePrimitive.cpp: In constructor 'SurfacePrimitive::SurfacePrimitive(mmdb::Manager*, int, int, std::shared_ptr, SurfaceType, float, float)': +SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 145 | for (int iVertex = 0; iVertex() { | ^ @@ -7109,18 +7156,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -SurfacePrimitive.cpp: In member function 'virtual void SurfacePrimitive::generateArrays()': -SurfacePrimitive.cpp:100:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 100 | for (int i=0; i< childSurface.numberOfTriangles(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -SurfacePrimitive.cpp: In constructor 'SurfacePrimitive::SurfacePrimitive(mmdb::Manager*, int, int, std::shared_ptr, SurfaceType, float, float)': -SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 145 | for (int iVertex = 0; iVertex() { | ^ @@ -7137,16 +7172,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()': -CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o +CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()': +CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ +CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -7185,6 +7216,22 @@ Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp +oglPolyhedron.cpp: In member function 'virtual void oglPolyhedron::generateArrays()': +oglPolyhedron.cpp:48:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 48 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 57 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 63 | for (int i=0; i >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 48 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 57 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 63 | for (int i=0; i() { | ^ @@ -7234,7 +7266,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo `test -f 'DishyBase.cpp' || echo './'`DishyBase.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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from VertexColorNormalPrimitive.h:27, from FlatFanPrimitive.h:29, @@ -7317,7 +7353,7 @@ MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation] 101 | strncpy (field, tokenBuffer+60, 6); | ^ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo 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.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so") @@ -7329,25 +7365,25 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in pli make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -7374,7 +7410,7 @@ sdf-interface.cc:409:24: note: 'v' declared here 409 | clipper::Coord_orth v; | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb 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rm -f "libcootilus.so.0" && ln -s "libcootilus.so.0.0.0" "libcootilus.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootilus.so" && ln -s "libcootilus.so.0.0.0" "libcootilus.so") @@ -7410,21 +7446,21 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus' Making all in pyrogen make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c restraints.cc -fPIC -DPIC -o .libs/restraints.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.12 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c restraints-boost.cc -fPIC -DPIC -o .libs/restraints-boost.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.12 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o pyrogen-swig.lo pyrogen-swig.cc +../pyrogen/restraints.hh:57: Warning 389: operator[] ignored (consider using %extend) +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.12 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o pyrogen-swig.lo pyrogen-swig.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.12 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pyrogen-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pyrogen-swig.o In file included from cairo-molecule.hh:34, from cairo-molecule.cc:27: @@ -7446,6 +7482,20 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +../lidia-core/lig-build.hh: In instantiation of 'std::pair lig_build::molecule_t::ligand_extents() const [with Ta = coot::cairo_atom_t; Tb = coot::cairo_bond_t]': +cairo-molecule.cc:687:70: required from here + 687 | std::pair ext = ligand_extents(); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~ +../lidia-core/lig-build.hh:1503:7: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1503 | ligand_extents() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from atom_types.cc:34: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from mmff-restraints.hh:27, @@ -7456,18 +7506,13 @@ | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from atom_types.cc:34: + from restraints-private.hh:33, + from restraints.hh:39, + from py-restraints.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -../lidia-core/lig-build.hh: In instantiation of 'std::pair lig_build::molecule_t::ligand_extents() const [with Ta = coot::cairo_atom_t; Tb = coot::cairo_bond_t]': -cairo-molecule.cc:687:70: required from here - 687 | std::pair ext = ligand_extents(); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~ -../lidia-core/lig-build.hh:1503:7: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1503 | ligand_extents() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from restraints-private.hh:33, @@ -7482,20 +7527,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from restraints-private.hh:33, - from restraints.hh:39, - from py-restraints.cc:30: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from restraints.cc:34: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, from restraints-boost.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -7513,17 +7544,22 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo +In file included from restraints.cc:34: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" ) +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so") @@ -7587,36 +7623,34 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/sounds' Making all in api make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule.lo coot-molecule.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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coot-colour.lo coot-colour.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o add-terminal-residue.lo add-terminal-residue.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-std=c++17 -c coot-molecule-backup.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-backup.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from coot-molecule.cc:37: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -7655,18 +7690,18 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from coot-molecule.cc:37: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-modelling.cc:4: + from coot-molecule-validation.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../ligand/ligand.hh:32, + from ../ligand/wligand.hh:25, + from molecules-container-ligand-fitting.cc:4: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7691,7 +7726,8 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-validation.cc:35: + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-modelling.cc:4: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7719,50 +7755,59 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, + from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule.cc:38: +../ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +../ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule-maps.cc:36: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from coot-molecule-backup.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, - from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule.cc:38: -../ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -../ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-ligand-fitting.cc:6: +In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule-backup.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-replace-fragment.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7785,15 +7851,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -7825,26 +7887,17 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from coot-molecule.hh:47, from coot-molecule-backup.cc:29: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7864,23 +7917,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7894,6 +7930,14 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7914,12 +7958,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7950,14 +7988,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -7980,12 +8016,14 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-mmrrcc.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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&phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-refine.cc:28: + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-gltf.cc:4: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-superpose.lo molecules-container-superpose.cc -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-gltf.cc:4: + from coot-molecule-refine.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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molecules-container-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-superpose.o In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -8042,12 +8065,13 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o rigid-body-fit.lo rigid-body-fit.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB 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rigid-body-fit.cc:2: @@ -8062,27 +8086,13 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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instancing.lo instancing.cc -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c instancing.cc -fPIC -DPIC -o .libs/instancing.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8092,49 +8102,68 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-change-chain-id.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o blender-mesh.lo blender-mesh.cc +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-change-chain-id.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 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../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from moorhen-h-bonds.cc:2: + from molecules-container-bucca-ml-growing.cc:2: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-bucca-ml-growing.cc:2: + from moorhen-h-bonds.cc:2: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -8146,7 +8175,15 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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coot-molecule-blender.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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.libs/molecules-container-blender.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8155,7 +8192,15 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-maps.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8163,31 +8208,59 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-blender.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-maps.cc:27: + from molecules-container-blender.cc:3: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-f 'molecules-container-swig.cc' || echo './'`molecules-container-swig.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 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function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -8226,15 +8306,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo `test -f 'molecules-container-swig.cc' || echo './'`molecules-container-swig.cc -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8248,34 +8319,12 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-blender.cc:3: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8285,24 +8334,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -8317,6 +8348,11 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8324,12 +8360,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -8343,12 +8373,18 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la 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libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o 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--no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so") @@ -8357,50 +8393,55 @@ Making all in layla make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o main.o main.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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-pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o notifier.lo notifier.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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"-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c python_utils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/python_utils.o In file included from python_utils.cpp:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas/core.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/core.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/core.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/render.lo ligand_editor_canvas/render.cpp +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/render.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/render.o In file included from main.cpp:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t> coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t&, unsigned int, const graphene_point_t&, unsigned int)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:756:219: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 756 | std::pair MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t& first_atom, unsigned int first_atom_idx, const graphene_point_t& second_atom, unsigned int second_atom_idx) { - | ^ +ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': +ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ligand_editor_canvas/model.cpp: In member function 'std::pair coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::get_on_screen_coords(float, float) const': ligand_editor_canvas/model.cpp:144:85: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 144 | std::pair CanvasMolecule::get_on_screen_coords(float x, float y) const noexcept { | ^~~~~~~~ +In file included from ui.cpp:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ ligand_editor_canvas/model.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()': ligand_editor_canvas/model.cpp:564:16: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 564 | while(i!=ring.size()) { @@ -8414,6 +8455,13 @@ ligand_editor_canvas/model.cpp:615:17: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 615 | if(j==ring.size()) { | ~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from state.cpp:38: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ ligand_editor_canvas/model.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::build_internal_molecule_representation(const RDGeom::INT_POINT2D_MAP&)': ligand_editor_canvas/model.cpp:786:54: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'std::tuple_element<0, const std::pair >::type' {aka 'const int'} [-Wsign-compare] 786 | auto the_other_atom_idx = first_atom_idx == atom_idx ? second_atom_idx : first_atom_idx; @@ -8422,269 +8470,6 @@ ligand_editor_canvas/model.cpp:872:68: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] 872 | unsigned int the_other_atom_idx = bond->first_atom_idx == atom_idx ? bond->second_atom_idx : bond->first_atom_idx; | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:869:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:910:95: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 910 | auto [current,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp:912:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 912 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:943:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 943 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool, std::optional, std::optional)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:1067:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1067 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1115:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1115 | ); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:1171:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1171 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ^ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); - | ^ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' - 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } - | ~~~~~~~^~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2097:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2097 | if (__pred(__first)) - | ~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2142:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2142 | return __find_if(__first, __last, __pred, - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 2143 | std::__iterator_category(__first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3875:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' - 3875 | return std::__find_if(__first, __last, - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ - 3876 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here - 572 | auto bond = std::find_if(bonds_of_atom_one->second.begin(),bonds_of_atom_one->second.end(),[=](const auto bond){ - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 575 | }); - | ~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' - 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } - | ~~~~~~~^~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2097:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2097 | if (__pred(__first)) - | ~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2142:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' - 2142 | return __find_if(__first, __last, __pred, - | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 2143 | std::__iterator_category(__first)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3875:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' - 3875 | return std::__find_if(__first, __last, - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ - 3876 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here - 928 | auto target = std::find_if(bonds_for_atom_a->second.begin(),bonds_for_atom_a->second.end(),[=](const auto& bond){ - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 930 | }); - | ~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 846 | void MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool reversed) { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:867:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 867 | auto [origin_cropped,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:869:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 889 | void MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool reversed) { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:910:56: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 910 | auto [current,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:912:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 912 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:934:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 934 | void MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const CanvasMolecule::Bond& bond) { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool, std::optional, std::optional)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1066 | void MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool addOrSub, std::optional first_shortening_proportion, std::optional second_shortening_proportion) { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:1067:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1067 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1110:50: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1110 | auto [first_c,second_c] = cropped_bond_coords( - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^ - 1111 | first_atom_centered, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1112 | bond.first_atom_idx, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1113 | second_atom_centered, - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1114 | bond.second_atom_idx - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 1115 | ); - | ~ -ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': -ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1170 | void MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const CanvasMolecule::Bond& bond) { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -ligand_editor_canvas/render.cpp:1171:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1171 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:46: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In lambda function: -signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 68 | if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94, - from signals.cpp:22: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here - 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:69:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 69 | gtk_combo_box_set_active(cb,0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_apply(GtkButton*, gpointer)': -signals.cpp:73:34: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 73 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here - 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:83:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 83 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox), smiles.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_monomer_id_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -signals.cpp:96:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 96 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"Custom") != 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_program_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -signals.cpp:108:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 108 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"acedrg") == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_input_format_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': -signals.cpp:121:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 121 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"molfile") == 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp: In function 'void layla_on_apply_dialog_accepted(GtkButton*, gpointer)': -signals.cpp:159:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 159 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(GTK_COMBO_BOX(monomer_id_combobox)),"Custom") != 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here - 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:160:73: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 160 | auto monomer_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(monomer_id_combobox))); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:169:71: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 169 | auto program_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(program_combobox))); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:172:76: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 172 | auto input_format_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(input_format_combobox))); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -signals.cpp:175:74: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 175 | const auto* molecule_smiles_cstr = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas.cpp: In function 'void on_hover(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': -ligand_editor_canvas.cpp:260:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 260 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); - | ^ -ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()': -ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 74 | if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ui.cpp:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from state.cpp:38: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ state.cpp: In member function 'void coot::layla::LaylaState::load_from_smiles()': state.cpp:147:39: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 147 | auto* load_dialog = gtk_dialog_new(); @@ -9008,26 +8793,277 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here 81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new (GtkWindow *parent, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread +signals.cpp: In lambda function: +signals.cpp:68:36: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 68 | if(gtk_combo_box_get_active(cb) == -1) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94, + from signals.cpp:22: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here + 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:69:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 69 | gtk_combo_box_set_active(cb,0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_apply(GtkButton*, gpointer)': +signals.cpp:73:34: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 73 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here + 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:83:39: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 83 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox), smiles.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_monomer_id_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +signals.cpp:96:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 96 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"Custom") != 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_program_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +signals.cpp:108:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 108 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"acedrg") == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_generator_input_format_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': +signals.cpp:121:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 121 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(self),"molfile") == 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp: In function 'void layla_on_apply_dialog_accepted(GtkButton*, gpointer)': +signals.cpp:159:42: warning: 'const char* gtk_combo_box_get_active_id(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 159 | if(strcmp(gtk_combo_box_get_active_id(GTK_COMBO_BOX(monomer_id_combobox)),"Custom") != 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:145:14: note: declared here + 145 | const char * gtk_combo_box_get_active_id (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:160:73: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 160 | auto monomer_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(monomer_id_combobox))); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:169:71: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 169 | auto program_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(program_combobox))); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:172:76: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 172 | auto input_format_name = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(input_format_combobox))); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +signals.cpp:175:74: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 175 | const auto* molecule_smiles_cstr = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(molecule_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas.cpp: In function 'void on_hover(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': +ligand_editor_canvas.cpp:260:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 260 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); + | ^ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' + 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } + | ~~~~~~~^~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2097:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2097 | if (__pred(__first)) + | ~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2142:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2142 | return __find_if(__first, __last, __pred, + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 2143 | std::__iterator_category(__first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3875:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' + 3875 | return std::__find_if(__first, __last, + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ + 3876 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here + 572 | auto bond = std::find_if(bonds_of_atom_one->second.begin(),bonds_of_atom_one->second.end(),[=](const auto bond){ + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 575 | }); + | ~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' + 318 | { return bool(_M_pred(*__it)); } + | ~~~~~~~^~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2097:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2097 | if (__pred(__first)) + | ~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:2142:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' + 2142 | return __find_if(__first, __last, __pred, + | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 2143 | std::__iterator_category(__first)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/c++/14/bits/stl_algo.h:3875:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' + 3875 | return std::__find_if(__first, __last, + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ + 3876 | __gnu_cxx::__ops::__pred_iter(__pred)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here + 928 | auto target = std::find_if(bonds_for_atom_a->second.begin(),bonds_for_atom_a->second.end(),[=](const auto& bond){ + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 930 | }); + | ~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t> coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t&, unsigned int, const graphene_point_t&, unsigned int)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:756:219: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 756 | std::pair MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t& first_atom, unsigned int first_atom_idx, const graphene_point_t& second_atom, unsigned int second_atom_idx) { + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:869:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:910:95: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 910 | auto [current,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp:912:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 912 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:943:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 943 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool, std::optional, std::optional)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:1067:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1067 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1115:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1115 | ); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:1171:54: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1171 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:110: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); + | ^ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 846 | void MoleculeRenderContext::draw_straight_wedge(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool reversed) { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:846:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:867:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 867 | auto [origin_cropped,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:869:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 869 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 889 | void MoleculeRenderContext::draw_straight_dashed_bond(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool reversed) { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:889:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:910:56: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 910 | auto [current,target_cropped] = cropped_bond_coords(origin, origin_idx, target, target_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:912:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 912 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:934:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 934 | void MoleculeRenderContext::draw_wavy_bond(const CanvasMolecule::Bond& bond) { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&, bool, std::optional, std::optional)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1066 | void MoleculeRenderContext::draw_side_bond_line(const CanvasMolecule::Bond& bond, bool addOrSub, std::optional first_shortening_proportion, std::optional second_shortening_proportion) { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:1066:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:1067:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1067 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1110:50: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1110 | auto [first_c,second_c] = cropped_bond_coords( + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^ + 1111 | first_atom_centered, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1112 | bond.first_atom_idx, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1113 | second_atom_centered, + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1114 | bond.second_atom_idx + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 1115 | ); + | ~ +ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond&)': +ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1170 | void MoleculeRenderContext::draw_centered_double_bond(const CanvasMolecule::Bond& bond) { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:1170:6: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +ligand_editor_canvas/render.cpp:1171:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1171 | auto [pv_x,pv_y] = bond.get_perpendicular_versor(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +ligand_editor_canvas/render.cpp:1185:46: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1185 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor 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"libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/layla main.o -lcurl ./.libs/libcoot-layla.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' Making all in validation-graphs make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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[-Wdeprecated-declarations] 229 | GtkStyleContext* style_context = gtk_widget_get_style_context(widget); @@ -9048,7 +9084,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:112:6: note: declared here 112 | void gtk_style_context_get_color (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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-lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so.0" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so") @@ -9056,44 +9092,50 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' Making all in src make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from c-interface-analysis.cc:34: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-main-chain.cc:53: + from c-interface-bonds.cc:42: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-gui.cc:53: + from c-interface-build-symmetry.cc:55: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-symmetry.cc:55: + from c-interface-build-gui.cc:53: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from init_coot_as_python_module.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-morph.cc:65: + from atom-overlaps.cc:40: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9185,58 +9214,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from atom-overlaps.cc:40: + from c-interface-build-morph.cc:65: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-side-chain.cc:66: + from c-interface-build-main-chain.cc:63: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9258,17 +9245,6 @@ 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-build.cc:66: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -9277,6 +9253,10 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -9290,6 +9270,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from init_coot_as_python_module.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -9312,16 +9299,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-curlew.cc:66: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-bonds.cc:49: + from c-interface-build.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-gui.cc:59: + from c-interface-build-side-chain.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9355,28 +9348,43 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-curlew.cc:66: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-main-chain.cc:63: + from c-interface-bonds.cc:49: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -9430,23 +9438,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-gui.cc:72: + from c-interface-build-gui.cc:59: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -9525,25 +9523,50 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-gui.cc:72: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -9570,17 +9593,49 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build.cc:74: + from c-interface-build-main-chain.cc:69: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from atom-overlaps.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, from c-interface-build-morph.cc:71: @@ -9601,21 +9656,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-bonds.cc:55: + from atom-overlaps.cc:42: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-symmetry.cc:70: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9629,11 +9688,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build.cc:74: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from init_coot_as_python_module.cc:34: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9657,6 +9728,12 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-bonds.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9665,8 +9742,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from init_coot_as_python_module.cc:34: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9678,10 +9754,21 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from atom-overlaps.cc:39: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, from c-interface-build-gui.cc:65: @@ -9689,12 +9776,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from atom-overlaps.cc:42: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -9750,57 +9831,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-main-chain.cc:69: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-symmetry.cc:70: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9821,6 +9863,18 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-curlew.cc:63: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()': c-interface-gui.cc:156:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 156 | GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser)); @@ -10004,39 +10058,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-curlew.cc:63: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ligands.cc:46: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from c-interface-maps.cc:38: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' 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graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-ligands.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10231,17 +10301,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from c-interface-mogul.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10255,6 +10332,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from c-interface-image.cc:38: @@ -10264,7 +10343,7 @@ | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-ligands.cc:51: + from c-interface-ligands-gui.cc:54: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -10272,7 +10351,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-maps.cc:52: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10295,24 +10375,10 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-maps.cc:52: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10330,52 +10396,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-ligands-gui.cc:54: +In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-mmdb.cc:40: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -10383,8 +10416,7 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-image.cc:47: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10424,17 +10456,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-mmdb.cc:40: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-image.cc:47: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10452,6 +10478,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mutate.lo c-interface-mutate.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10471,17 +10508,30 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mutate.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-ncs.lo c-interface-ncs.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-network.lo c-interface-network.cc +c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': +c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-ncs.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10495,50 +10545,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ligands-gui.cc:57: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-network.lo c-interface-network.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-ncs.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mutate.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from c-interface-maps.cc:60: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-network.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': -c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10552,17 +10563,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': -c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] - 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here - 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-network.o +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-ligands-gui.cc:57: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from c-interface-maps.cc:60: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -10903,6 +10915,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': +c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] + 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here + 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from c-interface-ncs.cc:48: @@ -10910,37 +10946,14 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-mutate.cc:49: @@ -10948,7 +10961,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-ncs.cc:51: @@ -10980,7 +10994,8 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-network.cc:52: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -10998,28 +11013,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-nucleotides.cc:39: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11041,20 +11034,53 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa-gui.lo c-interface-pisa-gui.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-mutate.cc:44: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa-gui.lo c-interface-pisa-gui.cc +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa-gui.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa-gui.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11063,10 +11089,17 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-network.cc:35: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-ncs.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11075,10 +11108,17 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-mutate.cc:44: + from c-interface-network.cc:35: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-nucleotides.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] 427 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; @@ -11093,39 +11133,29 @@ /usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2875:3: note: declared here 2875 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-mutate.cc:58: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ncs.cc:55: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-preferences.lo c-interface-preferences.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-python.lo c-interface-python.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-pisa.cc:34: @@ -11133,12 +11163,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit 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-o c-interface-python.lo c-interface-python.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11161,6 +11186,31 @@ | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +c-interface-ncs.cc: In function 'std::vector make_ncs_maps(int, int)': +c-interface-ncs.cc:954:115: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 954 | graphics_info_t::molecules[imol_model].chain_centre_and_radius(ncs_ghosts[ighst].target_chain_id); + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from c-interface-python.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11180,21 +11230,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -c-interface-ncs.cc: In function 'std::vector make_ncs_maps(int, int)': -c-interface-ncs.cc:954:115: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 954 | graphics_info_t::molecules[imol_model].chain_centre_and_radius(ncs_ghosts[ighst].target_chain_id); - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-refine.lo c-interface-refine.cc +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-pisa.cc:37: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-pisa.cc:37: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-refmac.lo c-interface-refmac.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -11329,14 +11366,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refmac.o In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-pisa-gui.cc:35: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector&)': c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 53 | gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -11473,7 +11508,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from ../coot-utils/glyco-tree.hh:32, @@ -11482,42 +11523,21 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-refmac.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-refine.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sequence.lo c-interface-sequence.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11531,19 +11551,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sequence.lo c-interface-sequence.cc In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-preferences.cc:70: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sfs.lo c-interface-sfs.cc c-interface-preferences.cc: In function 'void show_preferences()': c-interface-preferences.cc:102:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 102 | gtk_combo_box_text_append_text(combobox, s.c_str()); @@ -11582,8 +11595,35 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here 53 | GtkWidget * gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA *rgba); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-refine.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -11603,6 +11643,29 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-residues.cc:40: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from c-interface-scm.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -11612,7 +11675,7 @@ from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from c-interface-residues.cc:40: + from c-interface-refmac.cc:33: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -11630,13 +11693,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-refmac.cc:32: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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double &psir) const { + | ^ +In file included from c-interface-sfs.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -11647,11 +11717,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from c-interface-sfs.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11671,19 +11741,21 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11705,15 +11777,32 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-o c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-superpose.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30, + from c-interface-residues.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from simple-refmac.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-refmac.cc:33: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -11731,13 +11820,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11768,11 +11857,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from c-interface-residues.cc:39: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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+libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -11780,11 +11876,31 @@ | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-sequence.cc:34: + from c-interface-sharpen.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /usr/include/c++/14/istream:41, + from /usr/include/c++/14/sstream:40, + from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, + from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, + from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, + from graphics-info.h:32: +In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', + inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86: +/usr/include/c++/14/ostream:299:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 299 | { return _M_insert(__p); } + | ~~~~~~~~~^~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here + 225 | GtkWidget *colour_button; + | ^~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11806,89 +11922,49 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-validate.cc:49: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from simple-refmac.cc:37: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()': -simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - 64 | g.mtz_file_for_refmac.c_str()); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here - 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 65 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-widgets.lo c-interface-widgets.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-widgets.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-widgets.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from /usr/include/c++/14/istream:41, - from /usr/include/c++/14/sstream:40, - from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, - from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, - from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, - from graphics-info.h:32: -In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', - inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86: -/usr/include/c++/14/ostream:299:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 299 | { return _M_insert(__p); } - | ~~~~~~~~~^~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': -c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here - 225 | GtkWidget *colour_button; - | ^~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-view.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-sequence.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11902,6 +11978,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from simple-refmac.cc:37: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11910,17 +11992,28 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-validate.cc:49: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()': +simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + 64 | g.mtz_file_for_refmac.c_str()); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here + 42 | void gtk_combo_box_text_append_text (GtkComboBoxText *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 65 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -11928,18 +12021,18 @@ | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-sharpen.cc:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, from c-interface-superpose.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-widgets.cc:35: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -11961,39 +12054,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-view.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters.lo c-interface-waters.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-validate.cc:52: @@ -12030,42 +12098,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-sequence.cc:28: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters.lo c-interface-waters.cc -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-widgets.cc:35: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-waters-gui.lo c-interface-waters-gui.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters-gui.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12088,7 +12125,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface.lo c-interface.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-widgets.cc:36: @@ -12096,19 +12132,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12130,13 +12153,45 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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+../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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+../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when 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note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-test.lo c-interface-test.cc In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-validate.cc:70: + from c-interface-superpose.cc:46: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-alignment.lo cc-interface-alignment.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12170,6 +12232,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-validate.cc:70: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-widgets.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" @@ -12193,47 +12273,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-superpose.cc:46: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-waters.cc:47: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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"-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-graphics.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-graphics.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-waters-gui.cc:46: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12246,54 +12285,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-merge.lo cc-interface-merge.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-waters.cc:51: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface.cc:91: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-widgets.cc:34: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)': c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 164 | GtkWidget *d = gtk_dialog_new(); @@ -12309,7 +12300,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here 172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 250 | gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", GTK_RESPONSE_CLOSE); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12335,26 +12325,42 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface.cc:96: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-widgets.cc:741: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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from c-interface.cc:91: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from c-interface.cc:96: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-graphics.cc:27: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-waters-gui.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface.cc:102: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12409,16 +12410,18 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-graphics.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-representation.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from cc-interface-graphics.cc:31: + from c-interface.cc:102: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12436,6 +12439,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-test.cc:89: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from c-interface-test.cc:94: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from cc-interface-alignment.cc:41: @@ -12477,58 +12498,27 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-test.cc:89: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-waters.cc:66: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from c-interface-test.cc:94: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-merge.cc:38: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from cc-interface-graphics.cc:31: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12546,16 +12536,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from cc-interface-merge.cc:38: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-test.cc:102: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12573,43 +12564,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-molecular-representation.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-test.cc:102: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -12635,7 +12599,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12652,7 +12617,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc c-interface.cc: In function 'void mono_mode()': c-interface.cc:1174:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations] 1174 | int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget); @@ -12666,12 +12636,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:474:23: note: declared here 474 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-alignment.cc:43: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -12691,11 +12655,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)': c-interface.cc:7653:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 7653 | GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12706,25 +12676,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" 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match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-scripting.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12739,18 +12697,47 @@ 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-merge.cc:42: + from cc-interface-alignment.cc:43: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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cc-interface-molecular-representation.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12759,8 +12746,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12770,11 +12756,68 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from c-interface-test.cc:438: ../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-merge.cc:42: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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+c-interface-test.cc:1569:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1569 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-png.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-png.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -12789,13 +12832,45 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.cc In file included from cc-interface.hh:39, from cc-interface-molecular-representation.cc:39: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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cc-interface-user-defined-atom-colours.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-user-defined-atom-colours.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from cc-interface-scripting.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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cc-interface-map-utils.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12849,81 +12923,48 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o command-line-extern.lo command-line-extern.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line-extern.cc -fPIC -DPIC -o .libs/command-line-extern.o In file included from cc-interface.hh:37, from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line-extern.cc -fPIC -DPIC -o .libs/command-line-extern.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-map-utils.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12932,11 +12973,28 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-application.lo coot-application.cc +In file included from cmtz-interface.cc:53: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -12959,18 +13017,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-application.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-application.o -In file included from cmtz-interface.cc:53: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12984,6 +13030,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-map-utils.cc:31: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-application.lo coot-application.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13006,11 +13071,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-application.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-application.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13033,44 +13094,16 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-map-utils.cc:31: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-colour.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-colour.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from command-line.cc:61: + from command-line-extern.cc:41: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13083,6 +13116,13 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from command-line.cc:61: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 43 | CXXCoord(const T *x){ @@ -13096,19 +13136,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from command-line-extern.cc:41: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13130,30 +13157,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface.h:82, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13173,19 +13194,20 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from coot-align.cc:35: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13194,10 +13216,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cmtz-interface.cc:43: + from c-interface.h:82, + from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:26: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13220,6 +13248,31 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2.c +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cmtz-interface.cc:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ cmtz-interface.cc: In function 'void my_combo_box_text_add_items(GtkComboBox*, const std::vector&, int)': cmtz-interface.cc:541:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 541 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); @@ -13271,15 +13324,17 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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+../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-phi-psi.lo coot-phi-psi.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -13293,18 +13348,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from command-line.cc:56: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-hydrogens.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-hydrogens.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13326,33 +13370,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:39, - from command-line.cc:68: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2.c -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from coot-align.cc:35: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c coot-glue-gtk2.c -fPIC -DPIC -o .libs/coot-glue-gtk2.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-glue-gtk2-python.lo coot-glue-gtk2-python.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-phi-psi.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-phi-psi.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13366,40 +13389,55 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from command-line.cc:56: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, from command-line-extern.cc:49: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-glue-gtk2-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-glue-gtk2-python.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, from coot-nomenclature.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-setup-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-setup-python.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13413,8 +13451,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_LIBCURL -I../src -I.. -guile -c++ ../src/coot.i In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -13434,7 +13471,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -swig -o coot_wrap_guile_pre.cc -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DCOOT_USE_GTK2_INTERFACE -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_LIBCURL -I../src -I.. -guile -c++ ../src/coot.i coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)': coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations] 103 | GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE); @@ -13447,15 +13483,8 @@ /usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1545:3: note: declared here 1545 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DPIC -o .libs/curlew-gtk4.o -In file included from cc-interface.hh:37, - from coot-setup-python.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c event-controller-callbacks.cc -fPIC -DPIC -o .libs/event-controller-callbacks.o -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from coot_pythonmodule.cc:123: +In file included from curlew-gtk4.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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.libs/event-controller-callbacks.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from coot-setup-python.cc:41: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13526,7 +13567,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from curlew-gtk4.cc:31: +In file included from cc-interface.hh:37, + from drag-and-drop.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13536,20 +13578,37 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from drag-and-drop.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -13561,6 +13620,13 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from draw.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13569,25 +13635,14 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot-setup-python.cc:30: + from coot_pythonmodule.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': -coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); - | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/python3.12/Python.h:96, - from coot-setup-python.cc:24: -/usr/include/python3.12/sysmodule.h:13:38: note: declared here - 13 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); - | ^~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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'< >' In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from draw.cc:35: + from graphics-info-tick-function.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13640,6 +13688,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13648,29 +13702,31 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from coot_pythonmodule.cc:27: + from coot-setup-python.cc:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc +coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)': +coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 71 | PySys_SetArgv(argc, _argv); + | ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/python3.12/Python.h:96, + from coot-setup-python.cc:24: +/usr/include/python3.12/sysmodule.h:13:38: note: declared here + 13 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); + | ^~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-tick-function.cc:43: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from dynamic-validation.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from draw-generic-display-objects.cc:38: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -13688,6 +13744,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from dynamic-validation.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13709,28 +13772,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from draw-generic-display-objects.cc:38: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -13743,11 +13784,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13774,11 +13810,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -13790,13 +13821,40 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from ligand-check.hh:30, + from c-interface-ligands.hh:34, + from flev.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from curlew-gtk4.hh:29, + from curlew-gtk4.cc:29: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13817,18 +13875,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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.libs/old-generic-display-object.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -13858,46 +13911,34 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from curlew-gtk4.hh:29, - from curlew-gtk4.cc:29: + from graphics-info-tick-function.cc:38: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +In file included from c-interface-ligands.hh:35: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from flev.cc:39: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13918,6 +13959,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13926,30 +13973,44 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-tick-function.cc:38: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o generic-objects.lo generic-objects.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from c-interface-ligands.hh:35: +In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from flev.cc:39: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from flev.cc:41: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13963,7 +14024,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc event-controller-callbacks.cc: In lambda function: event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 168 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); @@ -13989,23 +14049,23 @@ event-controller-callbacks.cc:812:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 812 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c get-residue.cc -fPIC -DPIC -o .libs/get-residue.o +In file included from cc-interface.hh:37, + from gaussian-surface.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o generic-objects.lo generic-objects.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14027,17 +14087,32 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:37, - from gaussian-surface.cc:28: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from old-generic-display-object.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from flev.cc:41: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14055,18 +14130,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-monomer.lo get-monomer.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from old-generic-display-object.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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from gaussian-surface.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14084,18 +14156,78 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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+../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from flev.cc:57: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:37, from generic-objects.cc:44: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o globjects.lo globjects.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o globularize.lo globularize.cc +In file included from gl-rama-plot.cc:329: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +gl-rama-plot.cc: In member function 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> > gl_rama_plot_t::get_munged_offset_and_scale(screen_position_origins_t, const glm::vec2&, float, float, int, int) const': +gl-rama-plot.cc:418:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { + | ^~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from gaussian-surface.cc:29: + from generic-objects.cc:50: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -14113,6 +14245,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14121,16 +14254,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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{ @@ -14148,11 +14283,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from get-residue.cc:34: @@ -14160,11 +14290,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from get-monomer.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14186,60 +14311,37 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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{ | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14248,18 +14350,10 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: + from generic-objects.cc:40: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14268,88 +14362,30 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from generic-objects.cc:40: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +In file included from cc-interface.hh:39, + from get-monomer.cc:34: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info.cc:64: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from get-monomer.cc:29: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from gl-rama-plot.cc:329: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -gl-rama-plot.cc: In member function 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> > gl_rama_plot_t::get_munged_offset_and_scale(screen_position_origins_t, const glm::vec2&, float, float, int, int) const': -gl-rama-plot.cc:418:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { - | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from globularize.cc:31: @@ -14357,13 +14393,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from get-monomer.cc:34: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo 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bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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graphics-info-graphs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-graphs.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-defines.cc:36: @@ -14423,8 +14457,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-graphs.lo graphics-info-graphs.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-defines-gtk4.cc:27: @@ -14470,6 +14499,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14491,38 +14525,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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[-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14536,13 +14551,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-gui.cc:63: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-draw.cc:48: @@ -14550,11 +14558,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -14576,6 +14585,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14584,23 +14598,11 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info.cc:43: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info.cc:97: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-graphs.cc:51: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-draw-models.cc:27: @@ -14629,40 +14631,32 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-graphs.cc:51: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-gui.cc:71: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info.cc:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14676,6 +14670,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info.cc:97: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-intermediate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-intermediate.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-graphs.cc:60: @@ -14704,36 +14717,53 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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graphics-info-gui.cc:63: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-modelling.lo graphics-info-modelling.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14746,12 +14776,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-modelling.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-modelling.o graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -14766,13 +14791,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-init.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_intermediate_atoms(unsigned int)': graphics-info-draw.cc:1041:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1041 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); @@ -14798,28 +14816,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)': graphics-info-draw.cc:2222:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 2222 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); @@ -14862,19 +14858,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw.cc: In member function 'void graphics_info_t::show_accept_reject_hud_buttons()': graphics-info-draw.cc:3517:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 3517 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14903,20 +14886,26 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-gui.cc:71: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)': graphics-info-draw.cc:4008:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4008 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14924,6 +14913,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info-draw.cc: In member function 'bool graphics_info_t::check_if_hud_button_moused_over_or_act_on_hit(double, double, bool, bool)': graphics-info-draw.cc:4339:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4339 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14943,19 +14945,6 @@ ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info-graphs.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw.cc: In lambda function: graphics-info-draw.cc:4612:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4612 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -14963,7 +14952,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_bad_nbc_atom_pair_markers(unsigned int)': graphics-info-draw.cc:5481:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 5481 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); @@ -14985,6 +14973,26 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': +graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 6164 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info-graphs.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from graphics-info-graphs.cc:83: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -15029,16 +15037,9 @@ graphics-info-graphs.cc:107:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 107 | gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)': -graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 6164 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-graphs.cc:108:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 108 | gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -15071,8 +15072,61 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-init.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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| ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15085,6 +15139,27 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::show_refinement_and_regularization_parameters_frame()': graphics-info-gui.cc:136:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(overall_weight_combobox)); @@ -15352,11 +15427,6 @@ graphics-info-gui.cc:3101:50: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::fill_bond_parameters_internals(GtkWidget*, int)': graphics-info-gui.cc:3652:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 3652 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(bond_width_combobox)); @@ -15440,24 +15510,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-preferences.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-preferences.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-intermediate.cc:33: + from graphics-info-modelling.cc:80: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-modelling.cc:65: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15479,12 +15543,41 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': +graphics-info-draw.cc:1686:105: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1686 | auto p_s = get_munged_offset_and_scale(HUDTextureMesh::TOP_RIGHT, position_natural, 1.0, 1.0, w, h); + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-navigation.cc:54: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15498,17 +15591,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': -graphics-info-draw.cc:1686:105: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1686 | auto p_s = get_munged_offset_and_scale(HUDTextureMesh::TOP_RIGHT, position_natural, 1.0, 1.0, w, h); - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-navigation.cc:54: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 485 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); @@ -15527,6 +15609,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { @@ -15537,7 +15632,7 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-modelling.cc:80: + from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -15563,11 +15658,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-navigation.cc:61: @@ -15596,26 +15686,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-preferences.cc:35: @@ -15623,14 +15693,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -15652,37 +15714,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-network.cc:33: @@ -15719,109 +15750,17 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-navigation.cc:48: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-navigation.cc:63: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': -graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 825 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)': -graphics-info-navigation.cc:874:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 874 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -graphics-info-navigation.cc:949:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 949 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:951:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 951 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:953:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 953 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here - 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const': -graphics-info-navigation.cc:982:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 982 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here - 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:984:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 984 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here - 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-navigation.cc:989:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 989 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here - 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': -graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from graphics-info-modelling.cc:48: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-mutate.cc:53: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); @@ -15844,16 +15783,32 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': -graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15866,6 +15821,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26, from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31, from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24, @@ -16242,6 +16203,135 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-mutate.cc:61: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': +graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-navigation.cc:48: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-navigation.cc:63: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': +graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 825 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)': +graphics-info-navigation.cc:874:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 874 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +graphics-info-navigation.cc:949:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 949 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:951:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 951 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:953:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 953 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here + 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const': +graphics-info-navigation.cc:982:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 982 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here + 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:984:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 984 | GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here + 100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model (GtkComboBox *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-navigation.cc:989:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 989 | gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here + 333 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': +graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16506,92 +16596,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 997 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1000 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1003 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here - 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-mutate.cc:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-mutate.cc:61: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc +graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 997 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1000 | gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1003 | } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here + 341 | gboolean gtk_tree_model_iter_next (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16604,12 +16632,15 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-refmac.cc:71: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16666,6 +16685,8 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-residues.lo graphics-info-residues.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-residues.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-opengl.cc:38: @@ -16673,6 +16694,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-refmac.cc:71: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -16694,10 +16722,9 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-pick.cc:42: + from graphics-info-render.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16723,6 +16750,17 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-info-render-scene.cc:27: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-refine.lo graphics-info-refine.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-refmac.cc:79: @@ -16751,9 +16789,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refine.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refine.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-render.cc:38: + from graphics-info-pick.cc:42: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -16761,28 +16800,6 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from graphics-info-render-scene.cc:40: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -16806,83 +16823,41 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-scripting.lo graphics-info-scripting.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-residues.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-lsq.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-refine.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16891,7 +16866,15 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-lsq.cc:39: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': +graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16909,11 +16892,17 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-refmac.cc:50: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-residues.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16927,7 +16916,57 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-render-scene.cc:40: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-render.cc:1203: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16936,14 +16975,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-refmac.cc:50: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)': -graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 350 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16953,22 +16986,36 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-refine.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-scripting.cc:34: @@ -16976,12 +17023,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17008,6 +17049,22 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17016,7 +17073,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-render-scene.cc:36: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -17026,13 +17084,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: -graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17041,36 +17097,32 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from graphics-info-render-scene.cc:36: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc +graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: +graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-render.cc:1203: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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+../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" 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to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17122,7 +17149,50 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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+../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-state.cc:38: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-statics.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17144,31 +17214,28 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-scripting.cc:35: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-view.hh:21, - from graphics-ligand-view.cc:30: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-view.hh:21, + from graphics-ligand-view.cc:30: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-o gtkglarea-rama-plot.lo gtkglarea-rama-plot.cc In file included from cc-interface.hh:39, from graphics-info-state.cc:40: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, - from coot-render.hh:40, - from graphics-ligand-view.hh:24: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtkglarea-rama-plot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtkglarea-rama-plot.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-superpose.cc:33: @@ -17233,30 +17282,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, + from coot-render.hh:40, + from graphics-ligand-view.hh:24: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-statics.cc:32: + from graphics-info-trackball.cc:57: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -17282,33 +17323,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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gtk-manual.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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&allocation); @@ -17322,7 +17336,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-ligand-view.cc: In member function 'void graphics_ligand_bond::gl_bond_double_aromatic_bond(const lig_build::pos_t&, const lig_build::pos_t&, bool, bool)': -graphics-ligand-view.cc:278:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 278 | make_double_aromatic_short_stick(pos_1, pos_2, shorten_first, shorten_second); - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17374,13 +17391,15 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from gtkglarea-rama-plot.cc:23: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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+../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17394,55 +17413,39 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +graphics-ligand-view.cc: In member function 'void graphics_ligand_bond::gl_bond_double_aromatic_bond(const lig_build::pos_t&, const lig_build::pos_t&, bool, bool)': +graphics-ligand-view.cc:278:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 278 | make_double_aromatic_short_stick(pos_1, pos_2, shorten_first, shorten_second); + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36: + from gtkglarea-rama-plot.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o key-bindings.lo key-bindings.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17464,52 +17467,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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key-bindings.cc -fPIC -DPIC -o .libs/key-bindings.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)': -gtkglarea-rama-plot.cc:94:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 94 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In lambda function: -gtkglarea-rama-plot.cc:130:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 130 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -gtkglarea-rama-plot.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_rama_plots()': -gtkglarea-rama-plot.cc:354:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 354 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from gtk-manual.cc:46: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -17534,7 +17505,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o LinesMesh.lo LinesMesh.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from ../src/molecule-class-info.h:85, @@ -17556,8 +17526,28 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o LigandViewMesh.lo LigandViewMesh.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -17575,26 +17565,41 @@ /usr/include/python3.12/ceval.h:27:43: note: declared here 27 | Py_DEPRECATED(3.9) PyAPI_FUNC(PyObject *) PyEval_CallObjectWithKeywords( | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o lbg-interface.lo lbg-interface.cc -In file included from ../src/molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17608,10 +17613,61 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o Model.lo Model.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o make-a-dodec.lo make-a-dodec.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Model.cc -fPIC -DPIC -o .libs/Model.o +gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)': +gtkglarea-rama-plot.cc:94:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 94 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +gtkglarea-rama-plot.cc: In lambda function: +gtkglarea-rama-plot.cc:130:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 130 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 354 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../src/graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from ../src/graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c make-a-dodec.cc -fPIC -DPIC -o .libs/make-a-dodec.o +../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../src/gtk-utils.hh:26, + from gtk-utils.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from init-from-gtkbuilder.cc:27: @@ -17619,13 +17675,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o matrix-utils.lo matrix-utils.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o matrix-utils.lo matrix-utils.cc In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17647,8 +17697,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c make-a-dodec.cc -fPIC -DPIC -o .libs/make-a-dodec.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c matrix-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/matrix-utils.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17763,53 +17818,22 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../src/graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from ../src/graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../src/gtk-utils.hh:26, - from gtk-utils.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from Mesh-from-glTF.cc:44: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecular-mesh-generator.hh:44, @@ -17831,17 +17855,30 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from Mesh-from-glTF.cc:44: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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[-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17923,9 +17958,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-alignment.cc:27: + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -17976,6 +18023,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps.lo molecule-class-info-maps.cc +In file included from cc-interface.hh:39, + from lbg-interface.cc:39: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -17996,24 +18050,10 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from model-molecule-meshes.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from lbg-interface.cc:39: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-alignment.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18030,6 +18070,20 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from molecule-class-info.cc:77: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18050,35 +18104,24 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info.cc:77: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18099,57 +18142,36 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-maps.cc:56: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info.cc:90: @@ -18196,52 +18218,53 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-molecular-symmetry.lo molecule-class-info-molecular-symmetry.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-maps.cc:56: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-dots.lo molecule-class-info-dots.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18255,32 +18278,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151, - from molecule-class-info-maps.cc:79: + from molecule-class-info-bonds.cc:24: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18294,12 +18305,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-maps.cc:88: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18340,16 +18350,7 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-dots-internal.lo molecule-class-info-dots-internal.cc -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../api/coot-molecule.hh:75, - from molecule-class-info.cc:120: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mutate.o +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../api/coot-molecule.hh:75, + from molecule-class-info.cc:120: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-residues.lo molecule-class-info-residues.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-maps.cc:88: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-residues.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -18383,7 +18429,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mutate.lo molecule-class-info-mutate.cc In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, from /usr/include/c++/14/cmath:3898, @@ -18398,13 +18443,11 @@ /usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:1132:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, float>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1132 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mutate.o -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-dots.cc:28: @@ -18444,34 +18487,12 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, - from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, - from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, - from ../build/CalphaBuild.hh:28, - from molecule-class-info.h:105: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kk.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-kk.lo molecule-class-info-kk.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-mutate.cc:52: @@ -18507,9 +18514,33 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-kk.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kk.o +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-surface.lo molecule-class-info-surface.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-surface.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-other.cc:67: + from molecule-class-info-residues.cc:45: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18535,6 +18566,19 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-other.cc:67: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18556,21 +18600,46 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, + from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, + from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, + from ../build/CalphaBuild.hh:28, + from molecule-class-info.h:105: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-string.lo molecule-class-info-string.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from molecule-class-info-refine.cc:36: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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from molecule-class-info-kk.cc:25: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, from molecule-class-info-refine.cc:40: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] @@ -18617,18 +18666,44 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-residues.cc:45: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from molecule-class-info-surface.cc:36: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: + from molecule-class-info-kk.cc:25: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -18645,13 +18720,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18665,6 +18733,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -18679,24 +18753,11 @@ 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-mutate.cc:58: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from molecule-class-info-other.cc:84: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18717,50 +18778,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info-surface.cc:36: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-ncs.lo molecule-class-info-ncs.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': -molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { - | ^~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-surface.cc:39: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-surface.cc:39: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18786,24 +18812,13 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o -molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': -molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-ncs.lo molecule-class-info-ncs.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18824,6 +18839,56 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': +molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { + | ^~~~~ +molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': +molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from molecule-class-info-ncs.cc:45: @@ -18836,11 +18901,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18862,31 +18922,33 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, + from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, + from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, + from ../build/CalphaBuild.hh:28, + from molecule-class-info.h:105: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': +molecule-class-info-patterson.cc:111:47: required from here + 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; + | ^ +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const + | ^~~~~~~~~~~ +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::I_sigI]': +molecule-class-info-patterson.cc:196:24: required from here + 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { + | ^ +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const + | ^~~~~~~~~~~ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-widget-work.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-widget-work.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: @@ -18894,6 +18956,15 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc +molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson(std::string, std::string, std::string, float)': +molecule-class-info-patterson.cc:111:54: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; + | ^ +molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson_using_intensities(std::string, std::string, std::string, float)': +molecule-class-info-patterson.cc:196:31: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { + | ~~~~~~~~~~~~~^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -18915,58 +18986,38 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" 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+molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': +molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-widget-work.lo molecule-class-info-widget-work.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-widget-work.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-widget-work.o -In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, - from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, - from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, - from ../build/CalphaBuild.hh:28, - from molecule-class-info.h:105: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': -molecule-class-info-patterson.cc:111:47: required from here - 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; - | ^ -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const - | ^~~~~~~~~~~ -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::I_sigI]': -molecule-class-info-patterson.cc:196:24: required from here - 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { - | ^ -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const - | ^~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from molecule-class-info-ncs.cc:49: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator.o +In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': -molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': -molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -18981,55 +19032,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-ncs.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string&) const': -molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { - | ^~~~~ -molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson(std::string, std::string, std::string, float)': -molecule-class-info-patterson.cc:111:54: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; - | ^ -molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson_using_intensities(std::string, std::string, std::string, float)': -molecule-class-info-patterson.cc:196:31: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { - | ~~~~~~~~~~~~~^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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molecular-mesh-generator.cc:43: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-widget-work.cc:27: +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19046,8 +19050,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc +molecule-class-info-ncs.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string&) const': +molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { + | ^~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-geometry.cc:29: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19064,8 +19075,23 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o +In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from molecule-class-info-widget-work.cc:27: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19082,10 +19108,22 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, - from molecule-class-info.h:85, - from molecule-class-info-geometry.cc:29: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { | ^ @@ -19102,18 +19140,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-o pick.lo pick.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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+molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': +molecule-class-info-other.cc:3894:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:37, from positron-plot.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -19142,18 +19187,13 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, - from protein_db-interface.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from pick.cc:38: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19167,36 +19207,32 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': -molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': -molecule-class-info-other.cc:3894:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from pick.cc:38: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from probe-clash-score.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c probe-clash-score.cc -fPIC -DPIC -o .libs/probe-clash-score.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o protein_db-interface.lo protein_db-interface.cc positron-plot.cc: In member function 'std::pair plot_data_t::canvas_coords_to_positron_coords(double, double) const': positron-plot.cc:169:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 169 | canvas_coords_to_positron_coords(double cx, double cy) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o pumpkin.lo pumpkin.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, + from protein_db-interface.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ positron-plot.cc: In member function 'void plot_data_t::fill_plot_data_from_positron_metadata(const std::string&, const std::string&)': positron-plot.cc:259:81: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 259 | std::pair sane_min_max = get_sane_min_v_max_v(mdc.metadata); | ^ +In file included from probe-clash-score.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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text-rendering-utils.cc In file included from Particle.cc:34: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from Texture.cc:37: + from rsr-functions.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19407,28 +19436,6 @@ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 39 | CXXCoord() { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 43 | CXXCoord(const T *x){ - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] - 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { - | ^ -../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -19530,6 +19530,40 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, + from molecule-class-info.h:85, + from graphics-info.h:72, + from sound.cc:45: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 39 | CXXCoord() { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 43 | CXXCoord(const T *x){ + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 49 | CXXCoord(const T x,const T y, const T z) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >' +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] + 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { + | ^ +../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o TextureMesh.lo TextureMesh.cc +In file included from Texture.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c TextureMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/TextureMesh.o In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19540,6 +19574,7 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19573,6 +19608,45 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from testing.hh:26, + from testing.cc:33: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from testing.hh:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -19596,23 +19670,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from tomo-tools.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19632,33 +19702,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c trackball.c -fPIC -DPIC -o .libs/trackball.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] - 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) - | ~~~~~~^~~~~ -In file included from trackball.c:54: -trackball.h:82:18: note: previously declared as 'float *' - 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); - | ~~~~~~~^~ -trackball.c:262:30: warning: argument 2 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] - 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) - | ~~~~~~^~~~~ -trackball.h:82:29: note: previously declared as 'float *' - 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); - | ~~~~~~~^~ -trackball.c:262:43: warning: argument 3 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] - 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) - | ~~~~~~^~~~~~~ -trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' - 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); - | ~~~~~~~^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -19671,6 +19714,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)': restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 126 | GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -20580,12 +20624,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here 327 | gboolean gtk_tree_model_get_iter_first (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ restraints-editor.cc:1265:31: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 1265 | gtk_tree_model_get(GTK_TREE_MODEL(view_and_store_info.store), &iter, col_no, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -20608,6 +20646,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here 111 | void gtk_file_chooser_set_current_name (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ restraints-editor.cc: In function 'void save_monomer_restraints_by_widget(GtkDialog*)': restraints-editor.cc:1386:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1386 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(chooser)); @@ -20654,12 +20705,52 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc +libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c trackball.c -fPIC -DPIC -o .libs/trackball.o +trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] + 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) + | ~~~~~~^~~~~ +In file included from trackball.c:54: +trackball.h:82:18: note: previously declared as 'float *' + 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); + | ~~~~~~~^~ +trackball.c:262:30: warning: argument 2 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] + 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) + | ~~~~~~^~~~~ +trackball.h:82:29: note: previously declared as 'float *' + 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); + | ~~~~~~~^~ +trackball.c:262:43: warning: argument 3 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] + 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) + | ~~~~~~^~~~~~~ +trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' + 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); + | ~~~~~~~^~~~ +In file included from testing.cc:50: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from testing.cc:60: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o xmap-utils.lo xmap-utils.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c user-mods.cc -fPIC -DPIC -o .libs/user-mods.o +In file included from tomo-tools.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c xmap-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/xmap-utils.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20673,53 +20764,11 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c user-mods.cc -fPIC -DPIC -o .libs/user-mods.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from testing.hh:26, - from testing.cc:33: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from testing.hh:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, from graphics-info.h:72, - from tomo-tools.cc:36: + from testing.cc:64: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -20737,23 +20786,14 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o rama-plot-phi-psi.lo rama-plot-phi-psi.cc In file included from user-mods.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from testing.cc:50: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from testing.cc:60: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rama-plot-phi-psi.cc -fPIC -DPIC -o .libs/rama-plot-phi-psi.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o spherical-density.lo spherical-density.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from TextureMesh.cc:48: @@ -20761,11 +20801,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from tomo-tools.cc:36: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -20783,17 +20823,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -20811,22 +20845,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation.lo validation.cc In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20840,15 +20867,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from tomo-tools.cc:139: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20870,6 +20893,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from tomo-tools.cc:139: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from single-map-properties-dialog.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -20883,31 +20924,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc -In file included from single-map-properties-dialog.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o -In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, - from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, - from /usr/include/c++/14/cmath:3898, - from /usr/include/c++/14/math.h:36, - from /usr/include/python3.12/pyport.h:195, - from /usr/include/python3.12/Python.h:38, - from sdf-interface.cc:23: -In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', - inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: -/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:882:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 882 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': -sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here - 403 | clipper::Coord_orth v; - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from spherical-density.cc:30: @@ -20936,17 +20955,12 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from view.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from single-map-properties-dialog.cc:32: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -20964,11 +20978,29 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from validation.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from view.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from single-map-properties-dialog.cc:32: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -20986,13 +21018,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from widget-from-builder.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21014,17 +21039,43 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': +testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); + | ^ +In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64, + from /usr/include/c++/14/bits/specfun.h:43, + from /usr/include/c++/14/cmath:3898, + from /usr/include/c++/14/math.h:36, + from /usr/include/python3.12/pyport.h:195, + from /usr/include/python3.12/Python.h:38, + from sdf-interface.cc:23: +In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', + inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: +/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:882:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 882 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': +sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here + 403 | clipper::Coord_orth v; + | ^ +testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': +testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from validation.cc:28: + from widget-from-builder.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': -testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21046,47 +21097,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': -testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21106,25 +21121,21 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -21172,6 +21183,31 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21212,7 +21248,7 @@ testing.cc:2615:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2615 | int test_lsq_plane() { | ^~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo scm-boot-guile.lo c-interface-analysis.lo c-interface-bonds.lo c-interface-build.lo c-interface-build-morph.lo c-interface-build-main-chain.lo c-interface-build-side-chain.lo c-interface-build-symmetry.lo c-interface-build-gui.lo c-interface-curlew.lo c-interface-database.lo c-interface-gui.lo c-interface-gtk2.lo c-interface-info.lo c-interface-kk.lo c-interface-image.lo c-interface-ligands-gui.lo c-interface-ligands.lo c-interface-maps.lo c-interface-mmdb.lo c-interface-mogul.lo c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mutate.lo c-interface-ncs.lo c-interface-network.lo c-interface-nucleotides.lo c-interface-pisa.lo 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-lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from create-menu-item-actions.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks.cc:53: + from graphics-info.h:72: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21332,24 +21374,11 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from setup-gui-components.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from create-menu-item-actions.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from glade-callbacks.cc:53: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h: At global scope: ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor] 39 | CXXCoord() { @@ -21367,6 +21396,15 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from setup-gui-components.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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+21477,6 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from new-startup.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29, from molecule-class-info.h:85, @@ -21478,6 +21498,28 @@ 52 | CXXCoord(const T x, const T y, const T z, const T r) { | ^ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >' +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -21514,10 +21556,23 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks.cc:28: + from new-startup.cc:29: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from c-interface-ligands-swig.hh:35, + from coot_wrap_python.cc:3419: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -21530,13 +21585,30 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from c-interface-ligands-swig.hh:35, - from coot_wrap_python.cc:3419: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from create-menu-item-actions.cc:38: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 868 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -21567,18 +21639,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from setup-gui-components.cc:27: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 5193 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser)); @@ -21601,12 +21661,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from create-menu-item-actions.cc:38: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 6044 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -21658,9 +21712,21 @@ glade-callbacks.cc:6271:50: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 6271 | int active_item_idx = gtk_combo_box_get_active(combobox); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from setup-gui-components.cc:27: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_refine_params_overall_weight_combobox_changed(GtkComboBox*, gpointer)': glade-callbacks.cc:6282:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6282 | const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); @@ -21723,6 +21789,14 @@ glade-callbacks.cc:6609:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 6609 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(self),&iter,1,&new_active_model,-1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here + 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64: /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here @@ -21732,17 +21806,19 @@ glade-callbacks.cc:6619:66: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6619 | auto chain_id = std::string(gtk_combo_box_text_get_active_text(self)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~ +create-menu-item-actions.cc:68:50: warning: 'GListModel* gtk_file_chooser_get_files(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 68 | GListModel *lm = gtk_file_chooser_get_files(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:125:22: note: declared here + 125 | GListModel * gtk_file_chooser_get_files (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': -setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here - 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': +create-menu-item-actions.cc:98:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 98 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ glade-callbacks.cc: In function 'void on_ramachandran_plot_molecule_chooser_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)': glade-callbacks.cc:6698:37: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 6698 | if (gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter)) { @@ -21750,12 +21826,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here 89 | gboolean gtk_combo_box_get_active_iter (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here - 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ glade-callbacks.cc:6700:49: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21765,132 +21835,6 @@ glade-callbacks.cc:6700:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 6700 | gtk_tree_model_get(gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox)),&iter,1,&imol_active,-1); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here - 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': -setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here - 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 171 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here - 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': -setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] - 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here - 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In lambda function: -setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 191 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here - 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here - 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here - 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': -setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here - 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here - 108 | void gtk_entry_completion_set_popup_completion (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 217 | gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here - 127 | void gtk_entry_completion_set_text_column (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 218 | gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here - 85 | void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here - 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here - 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here - 182 | const char * gtk_file_chooser_get_choice (GtkFileChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc:68:50: warning: 'GListModel* gtk_file_chooser_get_files(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 68 | GListModel *lm = gtk_file_chooser_get_files(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:125:22: note: declared here - 125 | GListModel * gtk_file_chooser_get_files (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': -create-menu-item-actions.cc:98:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 98 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -21901,6 +21845,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here + 369 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc:131:65: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 131 | const char *response_id_cstr = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "is-diff-map"); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -22018,12 +21965,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:349:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 349 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -22130,6 +22071,41 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here 147 | void gtk_file_chooser_set_filter (GtkFileChooser *chooser, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': +setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here + 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here + 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': +setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here + 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 171 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here + 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': +setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] + 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here + 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_run_script_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:1108:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 1108 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser); @@ -22158,6 +22134,85 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In lambda function: +setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 191 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here + 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here + 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here + 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': +setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here + 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here + 108 | void gtk_entry_completion_set_popup_completion (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 217 | gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here + 127 | void gtk_entry_completion_set_text_column (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 218 | gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here + 85 | void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here + 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here + 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:2240:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 2240 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); @@ -22180,7 +22235,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -22223,12 +22277,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 403 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); @@ -22251,18 +22299,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from new-startup.cc:29: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ new-startup.cc: In function 'void init_framebuffers(GtkWidget*)': new-startup.cc:60:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 60 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glarea), &allocation); @@ -22270,9 +22306,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o ./.libs/libcootsumo.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so") @@ -22300,44 +22336,42 @@ make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/nanobind-static.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/cootapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o +make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-types.cc -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-types.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp -[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc -[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp [ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/atom-types.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/atom-types.cc [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-type-t.cc [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o @@ -22345,6 +22379,8 @@ [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-table-record-t.cc [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o +[ 5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/pi-stacking.cc [ 6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-hydrogens.cc @@ -22381,10 +22417,10 @@ /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o" /usr/bin/ranlib libnanobind-static.a -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 9%] Built target nanobind-static [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 10%] Built target nanobind-static [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o @@ -22489,20 +22525,16 @@ /usr/bin/cc -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c [ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rigid-body-fit.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/rigid-body-fit.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/rigid-body-fit.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/rigid-body-fit.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rigid-body-fit.cc +[ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/blender-mesh.cc [ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/add-terminal-residue.cc [ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o -[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/blender-mesh.cc [ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-colour.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/add-terminal-residue.cc:29: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc +[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/add-terminal-residue.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:32: +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.cc:38: @@ -22561,50 +22605,62 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:29: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:36: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22615,17 +22671,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:29: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-refine.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -22636,26 +22683,18 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc:35: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22679,30 +22718,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-merge-molecules.cc -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-refine.cc -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22724,21 +22747,22 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -22751,29 +22775,41 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc [ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -22819,16 +22855,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard 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-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o 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GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-gltf.cc:4: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc:2: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wligand.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22870,40 +22918,20 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc:2: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc:2: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -22926,25 +22954,21 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wligand.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:4: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -22953,27 +22977,48 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc:2: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -22983,29 +23028,24 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -23016,28 +23056,32 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/bfkurt.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/typed-distances.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/mogul.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23048,35 +23092,27 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:414:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 414 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc:288: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/typed-distances.cc [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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mean_and_variance() const { | ^ +[ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard 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-DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc [ 39%] Building CXX object 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o @@ -23141,12 +23177,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -23160,6 +23190,22 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { + | ^~~~~ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -23171,17 +23217,19 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/trans-peptide.cc:24: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { - | ^~~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/trans-peptide.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23194,8 +23242,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -23205,42 +23251,42 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc [ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/link-restraints.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/neutron.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23249,30 +23295,18 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/link-restraints.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mods.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -23285,6 +23319,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc:33: @@ -23296,19 +23336,17 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ [ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -23319,59 +23357,52 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc:22: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc -[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc:39: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc [ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/phi-psi.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/lograma.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc:36: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/flanking.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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-c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/lograma.cpp /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.hh:37, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:30: @@ -23379,11 +23410,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc [ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, @@ -23398,8 +23424,20 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/align-utils.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/distortion.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23411,27 +23449,35 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/backward.cpp -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { | ^~~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/align-utils.cc +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/atomic-numbers.cc +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL 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+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/colour-holder.cc +[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/atomic-numbers.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/colour-holder.cc -[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o @@ -23441,50 +23487,43 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, + | ^~~~ [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/radix.cc -[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc:59: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc +[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc +[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc -[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, - | ^~~~ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/hsv-rgb.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23500,38 +23539,35 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/logging.cc [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/threads.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/residue-distortions.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/threads.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/residue-distortions.cc:21: +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-strands.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-strands.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/residue-distortions.cc:21: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.cc:27: @@ -23541,11 +23577,6 @@ | ^ [ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/flev-annotations.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/protein-ligand-interactions.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, @@ -23555,6 +23586,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res/high-res.cc:27: @@ -23564,12 +23600,6 @@ | ^ [ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc -[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cmtz-interface.cc -[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lidia-core-functions.cc -[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, @@ -23578,28 +23608,29 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ +[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cmtz-interface.cc +[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lidia-core-functions.cc +[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:27: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc:147: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc:34: +[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-least-squares.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-least-squares.cc [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/sdf-interface.cc:147: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc:34: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -23608,12 +23639,13 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/gltf-export.cc [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/stack-and-pair.cc -[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/spherical-harmonics.cc -[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/peak-search-from-list.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/shiftfield.h:31, @@ -23622,26 +23654,25 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:915: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ +[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/spherical-harmonics.cc +[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/segmap.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/segmap.cc [ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cablam-markup.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:915: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ [ 56%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fib-sphere.cc [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cablam-markup.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/blob-line.cc [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc.o @@ -23655,6 +23686,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cablam-markup.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils.cc:34: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23662,48 +23698,48 @@ | ^ [ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc +[ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/blob-line.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/water-coordination.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords 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file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/c-beta-deviations.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/c-beta-deviations.cc [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/secondary-structure-headers.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pae.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/jed-flip.cc -[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc -[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/jed-flip.hh:32, @@ -23745,29 +23779,26 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 62%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bricks.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/mutate.cc [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/elastic.cc [ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/mutate.cc:644: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-h-bonds.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/elastic.cc:30: @@ -23775,31 +23806,34 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/mutate.cc:644: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:3842: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/core/hkl_compute.h:48, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:32: @@ -23839,8 +23873,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } @@ -23849,6 +23881,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:973:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 973 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); @@ -23857,15 +23891,17 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4713:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4713 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc [ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lsq-improve.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/lsq-improve.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -23873,8 +23909,24 @@ | ^ [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4501:87: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc:21: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.h:31, @@ -23893,8 +23945,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 153 | for ( HRI ih = fo.first(); !ih.last(); ih.next() ) fo_all[ih] = fo0[ih.hkl()]; @@ -23906,22 +23956,10 @@ | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/trim.cc:21: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4656:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4656 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4501:87: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4501 | (*f_data_hkl_accum_p)[chkl][imap] = std::make_pair(fphis[hri].f(), fphis[hri].phi()); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.hh:28, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:33: @@ -23934,38 +23972,36 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/bonded-atoms.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc: In constructor 'coot::util::fffear_search::fffear_search(mmdb::Manager*, int, const clipper::Xmap&, float, bool)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); | ^ -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fragment-container.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 121 | coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data< clipper::datatypes::F_sigF > &fo0, | ^~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:209:29: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; | ^ -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/fragment-container.cc -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/positron.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc [ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/peak-search.cc [ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o @@ -23981,22 +24017,13 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/reduce.cc [ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/contact-info.cc -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/reduce.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/sfcalc-genmap.cc:30: @@ -24004,15 +24031,26 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::ABCD' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { | ^ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/exp-fit.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24027,8 +24065,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/exp-fit.cc [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/cylinder.cc [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o @@ -24045,46 +24081,46 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo-bonds.cc [ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines_ext.cc -[ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo-bonds.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'bool coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap*, std::string, std::string, std::string, std::string, short int, float, short int, float)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:59:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 59 | coot::util::map_fill_from_mtz(clipper::Xmap *xmap, | ^~~~ +[ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc [ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/utils.cc [ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Cartesian.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:48: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo-bonds.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/phenix-geo.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:48: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Cartesian.cc +[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/loop-path.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.cc:43: @@ -24107,22 +24143,15 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb-extras.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/hydrophobic.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/cif-parse.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/read-sbase.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:36: @@ -24157,18 +24195,16 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:41: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dict-utils.cc:26: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/Bond_lines.cc:41: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/hydrophobic.cc [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/energy-lib.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/read-sbase.cc:28: @@ -24176,23 +24212,23 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dict-utils.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/energy-lib.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/energy-lib.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/srs-interface.cc:31: @@ -24200,14 +24236,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-geometry-mmdb.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o.d -o 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-mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/mol-utils.cc [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils 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-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o -MF 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/protein-donor-acceptors.cc [ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o @@ -24244,6 +24280,8 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.cc +[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.cc:22: @@ -24251,8 +24289,16 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc: In member function 'std::pair coot::minimol::molecule::get_pos() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { + | ^~~~~ [ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/atom-quads.cc [ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o @@ -24263,18 +24309,8 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/nautilus-target.cpp -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 84%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-tools.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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In member function 'std::pair coot::minimol::molecule::get_pos() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { - | ^~~~~ [ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus/nucleicacid_db.cpp [ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-shared.cc.o @@ -24294,35 +24330,44 @@ | ^ [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/chi-angles.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/monomer-utils.cc -[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +[ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/monomer-utils.cc +[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords 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CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-score-card.hh:31, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-score-card.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-score-card.hh:31, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-score-card.cc:26: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:60: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:60: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24353,42 +24394,46 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dunbrack.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.cc:72: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/helix-placement.cc:43: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: +[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/helix-placement.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc:31: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/richardson-rotamers.cc +[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligands-db.cc +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -24397,15 +24442,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -[ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligands-db.cc -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc:31: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -24415,13 +24451,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { | ^~~~~ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:38: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.cc +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24430,20 +24472,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~~ [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB 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-[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); | ^ +[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/torsion-general.cc [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o @@ -24452,8 +24488,6 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rigid-body.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -24462,6 +24496,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/smith-waterman.cc +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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&psir) const { - | ^ -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/smith-waterman.cc:31: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc:43: @@ -24514,52 +24534,68 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc:35: +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/smith-waterman.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/rotamer.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~ -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt.cc [ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/getopt1.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/db-main.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/gl-matrix.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~ [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc:26: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/write-png.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/write-png.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/coot-nomenclature.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, | ^~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ [ 96%] Linking CXX shared library libcootapi.so /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cootapi.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -fPIC -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong 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"CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o" /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libssm.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-minimol.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-mmdb.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-cif.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-contrib.so /usr/lib/libsfftw.so /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libz.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgsl.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libpng.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libboost_iostreams.so.1.83.0 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libboost_system.so.1.83.0 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgemmi_cpp.a /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libdw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libelf.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libz.so @@ -24568,48 +24604,48 @@ [ 96%] Built target cootapi make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/depend make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend -make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/chapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend +make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o +make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-ligand.cc +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/lucrezia-tests.cc +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc [ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc +[ 98%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc:45: @@ -24638,8 +24674,7 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.hh:23, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc:22: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -24658,11 +24693,22 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.hh:23, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': @@ -24678,33 +24724,16 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:66: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 98%] Linking CXX executable findwaters -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -24712,31 +24741,38 @@ 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:66: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 98%] Built target findwaters +[ 98%] Linking CXX executable findwaters +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 +/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 98%] Built target findwaters In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -24745,16 +24781,16 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -[ 98%] Linking CXX executable findligand -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findligand.dir/link.txt --verbose=1 -/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o" -o findligand -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 98%] Built target findligand [ 99%] Linking CXX executable coot-mini-rsr /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o" -o coot-mini-rsr -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 99%] Built target coot-mini-rsr +[ 99%] Linking CXX executable findligand +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findligand.dir/link.txt --verbose=1 +/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o" -o findligand -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 99%] Built target findligand [ 99%] Linking CXX shared module chapi.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/chapi.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -fPIC -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -shared -o chapi.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so "CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o" -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu: libnanobind-static.a libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libdw.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libelf.so @@ -24861,7 +24897,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; }) @@ -24875,7 +24911,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; }) @@ -24889,7 +24925,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; }) @@ -24905,9 +24941,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; }) @@ -24922,9 +24958,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-geometry.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; }) @@ -24939,9 +24975,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o 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-lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo 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/usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo merge-C-and-N-terminii.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo gltf-export.lo pae.lo ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la 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-lcairo -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-coord-utils.o .libs/coot-coord-utils-nucleotides.o .libs/coot-rama.o .libs/coot-h-bonds.o .libs/hole.o .libs/read-sm-cif.o .libs/bonded-pairs.o .libs/helix-analysis.o .libs/elastic.o .libs/glyco-torsions.o .libs/coot-least-squares.o .libs/atom-overlaps.o .libs/reduce.o .libs/atom-selection-container.o .libs/contact-info.o .libs/coot-shelx-ins.o .libs/secondary-structure-headers.o .libs/plane-utils.o .libs/c-beta-deviations.o .libs/lidia-core-functions.o .libs/atom-tools.o .libs/bonded-atoms.o .libs/bricks.o .libs/helix-like.o .libs/merge-atom-selections.o .libs/contacts-by-bricks.o .libs/stack-and-pair.o .libs/fast-eigens.o .libs/strand-fragments.o .libs/sfcalc-genmap.o .libs/cablam-markup.o 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.libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0 || { rm -f libcoot-coord-utils.so.0 && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so || { rm -f libcoot-coord-utils.so && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-extras.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: 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-c .libs/libcoot-coord-extras.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-utils.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; }) @@ -24987,7 +25023,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25004,7 +25040,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; }) @@ -25018,7 +25054,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; }) @@ -25032,9 +25068,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; }) @@ -25049,9 +25085,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; }) @@ -25059,7 +25095,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25075,7 +25111,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; }) @@ -25089,9 +25125,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; }) @@ -25101,7 +25137,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25132,16 +25168,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.la libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; }) @@ -25151,7 +25187,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25221,9 +25257,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; }) @@ -25238,9 +25274,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; }) @@ -25255,9 +25291,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; }) @@ -25272,9 +25308,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; }) @@ -25289,9 +25325,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0; }; }) @@ -25308,7 +25344,7 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so; }; }) @@ -25322,9 +25358,9 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo 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libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -25406,16 +25442,16 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment 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/usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; }) @@ -25571,9 +25607,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la 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libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-ligand -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-analysis -lcoot-isosurface -lcoot-map-heavy -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coords -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; }) @@ -25581,9 +25617,9 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-api -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; }) @@ -25604,9 +25640,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo 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-inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o 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-lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; }) @@ -25614,7 +25650,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla @@ -25628,9 +25664,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX 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-L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcootsumo.so.0 -o .libs/libcootsumo.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootsumo.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootsumo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0 || { rm -f libcootsumo.so.0 && ln -s libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0; }; }) @@ -25659,7 +25695,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot coot-density-score-by-residue '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../density-contour/libcoot-isosurface.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../layla/libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -25689,9 +25725,9 @@ libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la 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-25905,9 +25941,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -25915,7 +25951,7 @@ pyrogen.pyatom_types.pyjay_util.pytautomer.py/usr/lib/python3/dist-packages/coot/tautomer.py:289: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\C' pyrogen_swig.pycoot_git.py libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules (optimized versions) ... pyrogen.pyatom_types.pyjay_util.pytautomer.pypyrogen_swig.pycoot_git.py libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 @@ -25927,9 +25963,9 @@ install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -25938,7 +25974,7 @@ libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/14/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -26027,19 +26063,19 @@ dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib/ld-linux-aarch64.so.1.usr-is-merged dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyErr_Clear: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyErr_Restore: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: 94 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyLong_Type: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyFloat_FromDouble: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols) make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg' dh_installdeb @@ -26047,13 +26083,13 @@ dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined dh_md5sums dh_builddeb -dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-2_all.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-2_all.deb'. -dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-2_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-2_all.deb'. dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-2_arm64.buildinfo dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-2_arm64.changes dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included) @@ -26061,12 +26097,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/672527/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/1555831 and its subdirectories -I: Current time: Tue Dec 9 14:52:10 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1765335130 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/672527 and its subdirectories +I: Current time: Thu Nov 7 11:29:58 +14 2024 +I: pbuilder-time-stamp: 1730928598