Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2024-06-28 13:59:00.194276000 +0000 +++ b2/build.log 2024-06-28 14:20:14.992003202 +0000 @@ -1,7 +1,7 @@ W: cgroups are not available on the host, not using them. I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Thu Jul 31 07:53:41 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1753991621 +I: Current time: Fri Aug 1 10:22:57 +14 2025 +I: pbuilder-time-stamp: 1753993377 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -32,51 +32,83 @@ dpkg-source: info: applying a0fbdb6c679b30c576f3ea8ff438f44ee50cc612.patch I: Not using root during the build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3054681/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on codethink03-arm64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jul 31 20:23 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='arm64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:. + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="21" [3]="1" [4]="release" [5]="aarch64-unknown-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.2.21(1)-release' + BUILDDIR=/build/reproducible-path + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=arm64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=12 ' - DISTRIBUTION='unstable' - HOME='/root' - HOST_ARCH='arm64' + DIRSTACK=() + DISTRIBUTION=unstable + EUID=0 + FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main") + GROUPS=() + HOME=/root + HOSTNAME=i-capture-the-hostname + HOSTTYPE=aarch64 + HOST_ARCH=arm64 IFS=' ' - LANG='C' - LANGUAGE='en_US:en' - LC_ALL='C' - MAIL='/var/mail/root' - OPTIND='1' - PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games' - PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build' - PBUILDER_OPERATION='build' - PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder' - PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder' - PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc' - PPID='3054681' - PS1='# ' - PS2='> ' + LANG=C + LANGUAGE=nl_BE:nl + LC_ALL=C + MACHTYPE=aarch64-unknown-linux-gnu + MAIL=/var/mail/root + OPTERR=1 + OPTIND=1 + OSTYPE=linux-gnu + PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path + PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build + PBUILDER_OPERATION=build + PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder + PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder + PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc + PIPESTATUS=([0]="0") + POSIXLY_CORRECT=y + PPID=2165286 PS4='+ ' - PWD='/' - SHELL='/bin/bash' - SHLVL='2' - SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.o131yN4k/pbuilderrc_rhS1 --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.o131yN4k/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.08+dfsg-3.dsc' - SUDO_GID='109' - SUDO_UID='104' - SUDO_USER='jenkins' - TERM='unknown' - TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12' - USER='root' - _='/usr/sbin/chroot' - http_proxy='http://192.168.101.4:3128' + PWD=/ + SHELL=/bin/bash + SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix + SHLVL=3 + SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.o131yN4k/pbuilderrc_Wlu7 --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.o131yN4k/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.08+dfsg-3.dsc' + SUDO_GID=109 + SUDO_UID=104 + SUDO_USER=jenkins + TERM=unknown + TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14 + UID=0 + USER=root + _='I: set' + http_proxy=http://192.168.101.4:3128 I: uname -a - Linux codethink01-arm64 6.1.0-21-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.90-1 (2024-05-03) aarch64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.1.0-21-cloud-arm64 #1 SMP Debian 6.1.90-1 (2024-05-03) aarch64 GNU/Linux I: ls -l /bin lrwxrwxrwx 1 root root 7 Jun 5 2024 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/3054681/tmp/hooks/D02_print_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -650,7 +682,7 @@ Get: 452 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 sharutils arm64 1:4.15.2-9 [255 kB] Get: 453 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 swig arm64 4.2.1-1 [1350 kB] Get: 454 http://deb.debian.org/debian unstable/main arm64 tao-pegtl-dev all 3.2.7-1 [69.4 kB] -Fetched 268 MB in 3s (93.7 MB/s) +Fetched 268 MB in 1s (185 MB/s) debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed Selecting previously unselected package libapparmor1:arm64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19797 files and directories currently installed.) @@ -2121,8 +2153,8 @@ Setting up tzdata (2024a-4) ... Current default time zone: 'Etc/UTC' -Local time is now: Thu Jul 31 19:54:32 UTC 2025. -Universal Time is now: Thu Jul 31 19:54:32 UTC 2025. +Local time is now: Thu Jul 31 20:23:49 UTC 2025. +Universal Time is now: Thu Jul 31 20:23:49 UTC 2025. Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it. Setting up libboost-atomic1.83.0:arm64 (1.83.0-3) ... @@ -2546,7 +2578,11 @@ Building tag database... -> Finished parsing the build-deps I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.08+dfsg-3_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for unstable +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../coot_1.1.08+dfsg-3_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package coot dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.08+dfsg-3 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -2870,7 +2906,7 @@ -- Found Boost: /usr/lib/aarch64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found version "1.83.0") found components: iostreams system python regex thread serialization -- Found Python: /usr/bin/python3 (found suitable version "3.12.4", minimum required is "3.10") found components: Interpreter Development.Module Development.SABIModule -- Note: MAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS was not enabled --- Configuring done (3.4s) +-- Configuring done (3.6s) -- Generating done (0.1s) CMake Warning: Manually-specified variables were not used by the project: @@ -2932,11 +2968,11 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/macros' Making all in compat make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/compat' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/getopt.o .libs/getopt1.o -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-compat.so.0 -o .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so.0" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so") @@ -2944,31 +2980,31 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/compat' Making all in utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from pir-alignment.cc:28: -coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from atomic-numbers.cc:22: coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -2999,24 +3029,30 @@ coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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coot-fasta.lo atomic-numbers.lo setup-syminfo.lo gdk-keysyms.lo hsv-rgb.lo dodec.lo win-compat.lo threads.lo align-utils.lo pir-alignment.lo split-indices.lo radix.lo logging.lo insertion-sort.lo colour-holder.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -ldw -lelf libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot-utils.o .libs/coot-fasta.o .libs/atomic-numbers.o .libs/setup-syminfo.o .libs/gdk-keysyms.o .libs/hsv-rgb.o .libs/dodec.o .libs/win-compat.o .libs/threads.o .libs/align-utils.o .libs/pir-alignment.o .libs/split-indices.o .libs/radix.o .libs/logging.o .libs/insertion-sort.o .libs/colour-holder.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c 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coot::minimol::molecule::get_pos() const { | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR='"/usr/share"' 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from read-sbase.cc:28: +In file included from cif-parse.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from protein-geometry.cc:35: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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cif-parse-link.cc:33: +In file included from read-metals-json.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cif-parse-mon-lib.cc:25: +In file included from cif-parse-link.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DXDATADIR='"/usr/share"' -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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-DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c svg-molecule.cc -fPIC -DPIC -o .libs/svg-molecule.o +In file included from lbg-molfile.hh:32, + from lbg-molfile.cc:27: +lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from cod-types.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from rdkit-interface.cc:26: +In file included from atom-types.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from lbg-molfile.hh:32, - from lbg-molfile.cc:27: -lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from chemical-feature-clusters.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from atom-types.cc:29: +In file included from rdkit-interface.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -3258,47 +3294,47 @@ | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-types.cc:27: + from bond-record-container-t.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from bond-record-container-t.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from chemical-feature-clusters.cc:33: + from cod-types.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-type-t.cc:28: + from atom-types.cc:30: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cod-atom-type-t.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from rdkit-interface.cc:27: + from cod-atom-type-t.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from atom-types.cc:30: + from cod-atom-types.cc:28: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from cod-atom-types.cc:28: + from chemical-feature-clusters.cc:33: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -3308,19 +3344,19 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from cod-atom-type-t.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from lbg-molfile.hh:32, from rdkit-interface.hh:29, - from bond-record-container-t.cc:28: + from rdkit-interface.cc:27: lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from bond-record-container-t.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors 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cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so.0" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so") @@ -3329,60 +3365,40 @@ Making all in coot-utils make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time 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changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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blob-line.cc:27: coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -3393,41 +3409,53 @@ coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from mmrrcc.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c mini-texture.cc -fPIC -DPIC -o .libs/mini-texture.o +In file included from coot-map-utils.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': coot-map-utils.cc:892:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 892 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o texture-as-floats.lo texture-as-floats.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-coord-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-coord-utils.o -In file included from positron.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from coot-map-utils.hh:33, - from texture-as-floats.cc:27: -coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from mini-texture.cc:28: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -texture-as-floats.cc: In constructor 'texture_as_floats_t::texture_as_floats_t(const clipper::Xmap&, int, int)': -texture-as-floats.cc:40:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 40 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/core/hkl_compute.h:48, from coot-map-utils.cc:32: @@ -3436,18 +3464,13 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -In file included from coot-coord-utils.cc:34: +In file included from positron.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from mini-texture.cc:28: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" 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-std=c++17 -c -o coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-coord-utils-nucleotides.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-coord-utils-nucleotides.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-coord-utils-nucleotides.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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decay<_Tp>::type = double; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = double; typename decay<_Tp2>::type = double]': coot-map-utils.cc:4575:69: required from here /usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h:922:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +texture-as-floats.cc: In constructor 'texture_as_floats_t::texture_as_floats_t(const clipper::Xmap&, int, int)': +texture-as-floats.cc:40:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 40 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ In file included from coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } @@ -3493,11 +3527,7 @@ coot-map-utils.cc:892:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 892 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ -In file included from read-sm-cif.cc:43: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c bonded-pairs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/bonded-pairs.o coot-map-utils.cc: In lambda function: coot-map-utils.cc:4575:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4575 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); @@ -3506,8 +3536,20 @@ coot-map-utils.cc:4632:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4632 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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glyco-torsions.cc:43: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. 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-DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-shelx-ins.lo coot-shelx-ins.cc +In file included from atom-overlaps.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from reduce.cc:31: +In file included from atom-selection-container.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit 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idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 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../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 892 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread 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coot::stats::single::median_and_iqr() const': ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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+../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS 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/usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from coot_shiftfield.h:31, @@ -3671,9 +3705,6 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': coot_shiftfield.cpp:209:29: required from here /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o fragment-container.lo fragment-container.cc coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 153 | for ( HRI ih = fo.first(); !ih.last(); ih.next() ) fo_all[ih] = fo0[ih.hkl()]; @@ -3685,8 +3716,6 @@ | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o mutate.lo mutate.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT 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-o .libs/merge-C-and-N-terminii.o /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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int)': coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 121 | coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data< clipper::datatypes::F_sigF > &fo0, | ^~~~ coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +In file included from merge-C-and-N-terminii.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from coot-coord-extras.hh:33, - from jed-flip.hh:32, - from jed-flip.cc:28: + from coot-map-heavy.hh:28, + from coot-fffear.cc:33: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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clipper::Xmap&, float, bool)': coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 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/usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo merge-C-and-N-terminii.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo gltf-export.lo ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la 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-lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-utils.so.0 -o .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so.0" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0") @@ -3822,8 +3858,8 @@ libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" ) libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/mmrrcc mmrrcc.o ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0") @@ -3832,13 +3868,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils' Making all in angles make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/angles' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo.cc -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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'/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils' Making all in db-main make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath 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-fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so.0" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so") @@ -3889,39 +3925,29 @@ Making all in analysis make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -In file included from b-factor-histogram.cc:288: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from mogul.cc:29: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -3932,36 +3958,46 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from kolmogorov.cc:25: +stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from daca.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from b-factor-histogram.cc:288: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from rna-backbone.cc:31: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la 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"libcoot-analysis.so.0.0.0" "libcoot-analysis.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.la" && ln -s "../libcoot-analysis.la" "libcoot-analysis.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-bfactan bfactan.o libcoot-analysis.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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file included from simple-restraint.hh:162, - from flanking.cc:32: + from distortion.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from chi-squareds.cc:41: + from gradients.cc:39: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from gradients.cc:39: + from mods.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc In file included from simple-restraint.hh:162, - from distortion.cc:36: + from flanking.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from simple-restraint.cc:50: + from make-restraints.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o regularize-minimol.lo regularize-minimol.cc -In file included from chirals.cc:35: -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4063,39 +4090,39 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c regularize-minimol.cc -fPIC -DPIC -o .libs/regularize-minimol.o +In file included from simple-restraint.hh:174, + from mini-rsr.cc:60: +zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from ng.cc:31: + from chi-squareds.cc:41: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from extra-restraints.cc:28: + from ng.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, - from mods.cc:30: + from simple-restraint.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:174, - from mini-rsr.cc:60: -zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ -simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': -simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { - | ^~~~~ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4106,15 +4133,19 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from simple-restraint.hh:162, - from make-restraints.cc:43: + from extra-restraints.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4123,6 +4154,7 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from chirals.cc:35: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4139,12 +4171,10 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lograma.lo lograma.cpp -ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': -ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': +simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { + | ^~~~~ In file included from simple-restraint.hh:162, from regularize-minimol.hh:25, from regularize-minimol.cc:22: @@ -4152,25 +4182,35 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread 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for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 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-fPIC -DPIC -o .libs/link-restraints.o simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from coot-compare-residues.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -4217,95 +4253,99 @@ simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 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simple-restraint.hh:162, + from link-restraints.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time 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simple-restraint.hh:162, - from pull-restraint.cc:30: + from trans-peptide.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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model-bond-deltas.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from model-bond-deltas.cc:27: +In file included from zo-rama.hh:42, + from crankshaft.hh:37, + from crankshaft.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from parallel-planes.cc:23: +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from simple-restraint.hh:162, - from trans-peptide.cc:24: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4315,16 +4355,17 @@ ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from simple-restraint.hh:162, from neutron.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from lv.cc:29: +simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from crankshaft.cc:36: simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4340,11 +4381,6 @@ crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { | ^~~~~ -In file included from lv.cc:29: -simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4365,41 +4401,41 @@ crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath 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-DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4419,27 +4453,23 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ligand-extras.cc:36: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from dunbrack.cc:27: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ligand.hh:32, + from ligand.cc:60: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from residue_by_phi_psi.hh:37, - from residue_by_phi_psi.cc:27: + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from chi-angles.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from chi-angles.cc:23: + from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, + from fast-ss-search.cc:43: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4451,6 +4481,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ligand-extras.cc:36: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ligand.cc:72: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -4458,8 +4493,9 @@ 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, - from fast-ss-search.cc:43: + from ligand.hh:32, + from residue_by_phi_psi.hh:37, + from residue_by_phi_psi.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4468,13 +4504,8 @@ ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { | ^~~~~ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from ../ideal/regularize-minimol.hh:25, - from wiggly-ligand.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ideal-rna.lo ideal-rna.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ideal-rna.cc -fPIC -DPIC -o .libs/ideal-rna.o In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ligand.hh:32, from residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -4483,13 +4514,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ideal-rna.lo ideal-rna.cc -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -4498,7 +4529,16 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o richardson-rotamers.lo richardson-rotamers.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o richardson-rotamer.lo richardson-rotamer.cc +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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backrub-rotamer.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o multi-peptide.lo multi-peptide.cc backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp 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1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c joining-residues.cc -fPIC -DPIC -o .libs/joining-residues.o -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from trace.hh:29, - from trace-2.cc:23: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ligands-db.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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--tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT 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| std::pair mv = util::mean_and_variance(xmap); + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from multi-peptide.cc:27: +g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o make-ligands-db.o make-ligands-db.cc +In file included from smith-waterman.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o refine-isolated-chain.lo refine-isolated-chain.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c side-chain.cc -fPIC -DPIC -o .libs/side-chain.o -g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o find-waters.o find-waters.cc ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4642,31 +4696,20 @@ tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); | ^ -In file included from smith-waterman.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -trace.cc: In constructor 'coot::trace::trace(const clipper::Xmap&)': -trace.cc:53:61: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 53 | std::pair mv = util::mean_and_variance(xmap); - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from multi-peptide.cc:32: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c refine-isolated-chain.cc -fPIC -DPIC -o .libs/refine-isolated-chain.o -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ligand.hh:32, - from find-waters.cc:45: +g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o identify-protein.o identify-protein.cc +In file included from side-chain.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -4676,36 +4719,29 @@ ../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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multi-peptide.cc: In function 'coot::minimol::fragment coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue*, mmdb::Residue*, const std::string&, float, int, const protein_geometry&, const clipper::Xmap&, std::pair, bool)': multi-peptide.cc:701:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 701 | coot::multi_build_N_terminal_ALA(mmdb::Residue *res_p, | ^~~~ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from refine-isolated-chain.cc:28: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libres-tracer.lo libres-tracer.cc +In file included from identify-protein.cc:30: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include 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double &psir) const { | ^ -In file included from libres-tracer.cc:46: +In file included from rama-rsr-extend-fragments.cc:32: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -4769,10 +4805,6 @@ new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '' declared here 127 | atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos); | ^ -side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~ libres-tracer.cc: In function 'std::vector > make_spin_scored_pairs(const std::vector >&, unsigned int, const clipper::Xmap&, mmdb::Manager*, mmdb::Atom**, int)': libres-tracer.cc:496:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 496 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); @@ -4781,28 +4813,32 @@ libres-tracer.cc:1940:89: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1940 | std::pair score = get_tree_scores(tree); | ^ +side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~ side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, | ^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo 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ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 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-L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so.0" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.la" && ln -s "../libcoot-ligand.la" "libcoot-ligand.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/identify-protein-bin identify-protein.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -fopenmp libres-tracer.cc: In function 'std::vector > make_spin_scored_pairs(const std::vector >&, unsigned int, const clipper::Xmap&, mmdb::Manager*, mmdb::Atom**, int)': libres-tracer.cc:481:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 481 | make_spin_scored_pairs(const std::vector > &atom_pairs_within_distance, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-make-ligands-db make-ligands-db.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -fopenmp -libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/findligand-bin find-ligand.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/findwaters-bin find-waters.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/findligand-bin find-ligand.o ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-res-tracer.so.0" && ln -s "libcoot-res-tracer.so.0.0.0" "libcoot-res-tracer.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-res-tracer.so" && ln -s "libcoot-res-tracer.so.0.0.0" "libcoot-res-tracer.so") @@ -4810,51 +4846,52 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand' Making all in coords make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. 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phenix-geo-bonds.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 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mmdb-crystal.cc:50: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from mmdb.hh:27, - from phenix-geo-bonds.cc:25: + from Bond_lines.cc:36: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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-DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ramachandran-validation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/ramachandran-validation.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, @@ -4902,7 +4938,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo 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directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall 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CIsoSurface.cpp:1244: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -4959,7 +4995,7 @@ CIsoSurface.cpp:785:24: note: 'grid_max' declared here 785 | clipper::Coord_grid grid_max; | ^~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so.0" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so") @@ -4967,13 +5003,13 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour' Making all in skeleton make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/skeleton' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 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-/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so.0" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so") @@ -5030,9 +5066,9 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res' Making all in build make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/build' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 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rm -f "libcoot-cabuild.so" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so") @@ -5042,59 +5078,31 @@ make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles' Making all in CXXSurface make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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>&)': +CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 176 | for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){ + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSpace.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSpace.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': -CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~~ -CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { - | ~~~~~^~~ -CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] - 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)': -CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 789 | for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 793 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30; - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 796 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30; - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 804 | for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 809 | for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) { - | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { - | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] + 803 | #warning Compiling for OMP + | ^~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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(chargeGrid == 0 | potentialGrid == 0 | dielGrid == 0) { @@ -5351,11 +5330,9 @@ CXXSpace.cpp:631:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if' 631 | break; | ^~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 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-fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)': CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 32 | if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) { @@ -5374,8 +5351,73 @@ CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] 743 | if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) { | ~~~~~~~~^~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 261 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:289:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~~ +CXXCreator.cpp:289:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 289 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:311:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:311:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 311 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'double CXXCreator::getGridVolumeOfAtom(CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, CXXCoord, int)': +CXXCreator.cpp:389:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:389:78: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 389 | if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) { + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:414:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~~ +CXXCreator.cpp:414:38: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 414 | if (iMin <= 0 | jMin <= 0 | kMin < 0) { + | ~~~~~^~~ +CXXCreator.cpp:433:14: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:433:68: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses] + 433 | if (iMax >= space->getDimI() | jMin >= space->getDimJ() | kMin >= space->getDimK()) { + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::evolve(int, double)': +CXXCreator.cpp:789:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 789 | for (size_t i = 0; i < space->getDimI(); i++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:793:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 793 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestChangeOfRow[j]=-1e30; + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:796:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 796 | for (size_t j=0; jgetDimJ(); j++) largestPotentialOfRow[j]=-1e30; + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:804:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 804 | for (size_t j = 0; j < passableSpace->getDimJ(); j++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:809:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 809 | for (size_t k = 0; k < passableSpace->getDimK(); k++) { + | ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +CXXCreator.cpp:812:41: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 812 | if (((i+j+k)%2) == (n%2)) { + | ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 431 | #warning Compiling for OMP @@ -5383,12 +5425,23 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] 569 | #warning Compiling for OMP | ^~~~~~~ -CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 87 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ -CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp] - 157 | #warning Compiling for OMP - | ^~~~~~~ +CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': +CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ + | ~^~~~~~~~ +CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { + | ~^~~~~~~~~~ +CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 160 | for (int i=0; i&, std::vector&, std::map >&)': +CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ + | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateVDWFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)': CXXSurfaceMaker.cpp:193:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 193 | for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++) @@ -5438,24 +5491,7 @@ CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 571 | for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++) | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector&, std::vector&, double, CXXSurfaceMaker*, int)': -CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 88 | for (int i=0; i< nBalls; i++){ - | ~^~~~~~~~ -CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 93 | if (!(i%100) || i==nBalls-1) { - | ~^~~~~~~~~~ -CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 129 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 160 | for (int i=0; i&, std::vector&, std::map >&)': -CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 295 | for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){ - | ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so") @@ -5463,31 +5499,31 @@ make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' Making all in CXXClasses make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo `test -f 'DirectedPositionedEntity.cpp' || echo './'`DirectedPositionedEntity.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo `test -f 'BallsPrimitive.cpp' || echo './'`BallsPrimitive.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o -In file included from PositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.h:28, - from DirectedPositionedEntity.cpp:25: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c RotatedTranslatedScaledEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DiscreteSegment.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Light.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RepresentationInstance.h:32, + from RepresentationInstance.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5503,6 +5539,7 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXMatrix.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o In file included from ColorRule.h:29, from AtomPropertyRampColorRule.h:27, from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25: @@ -5521,9 +5558,10 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RepresentationInstance.h:32, - from RepresentationInstance.cpp:25: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DisplayPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o +In file included from PositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.h:28, + from DirectedPositionedEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5540,10 +5578,8 @@ 73 | #pragma omp simd | In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from CylindersPrimitive.h:29, - from BoxSectionPrimitive.h:31, - from BoxSectionPrimitive.cpp:32: + from BondsPrimitive.h:28, + from BondsPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5559,10 +5595,11 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c RotatedTranslatedScaledEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o -In file included from NRStuff.h:31, - from DiscreteSegment.h:26, - from DiscreteSegment.cpp:26: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from CylindersPrimitive.h:29, + from BoxSectionPrimitive.h:31, + from BoxSectionPrimitive.cpp:32: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5578,9 +5615,9 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from Light.h:29, - from Light.cpp:25: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from Representation.h:36, + from Representation.cpp:33: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5596,8 +5633,10 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from CXXMatrix.h:28, - from CXXMatrix.cpp:24: +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from BallsPrimitive.h:33, + from BallsPrimitive.cpp:28: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5613,10 +5652,9 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c BondsPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from Representation.h:36, - from Representation.cpp:33: +In file included from NRStuff.h:31, + from DiscreteSegment.h:26, + from DiscreteSegment.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5632,8 +5670,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from DisplayPrimitive.cpp:25: +In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, + from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5649,10 +5687,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from BallsPrimitive.h:33, - from BallsPrimitive.cpp:28: +In file included from CXXMatrix.h:28, + from CXXMatrix.cpp:24: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5669,7 +5705,8 @@ 73 | #pragma omp simd | In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28, - from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25: + from Light.h:29, + from Light.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5686,8 +5723,7 @@ 73 | #pragma omp simd | In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from BondsPrimitive.h:28, - from BondsPrimitive.cpp:25: + from DisplayPrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5703,24 +5739,6 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp -BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': -BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~ -BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ - | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30, - from Representation.cpp:36: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo `test -f 'MyMolecule.cpp' || echo './'`MyMolecule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo `test -f 'SolidColorRule.cpp' || echo './'`SolidColorRule.cpp DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()': DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 44 | for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){ @@ -5740,24 +5758,41 @@ 135 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()': +BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 72 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~ +BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 105 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo `test -f 'MolecularRepresentation.cpp' || echo './'`MolecularRepresentation.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo `test -f 'SecondaryColorScheme.cpp' || echo './'`SecondaryColorScheme.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo `test -f 'MyMolecule.cpp' || echo './'`MyMolecule.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo `test -f 'SolidColorRule.cpp' || echo './'`SolidColorRule.cpp +In file included from oglPolyhedron.h:29, from BallsPrimitive.cpp:30: Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo `test -f 'ColorRule.cpp' || echo './'`ColorRule.cpp BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()': BallsPrimitive.cpp:95:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] 95 | for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){ | ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo `test -f 'NRStuff.cpp' || echo './'`NRStuff.cpp BallsPrimitive.cpp:109:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] 109 | for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){ | ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo `test -f 'ColorRule.cpp' || echo './'`ColorRule.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo `test -f 'NRStuff.cpp' || echo './'`NRStuff.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo `test -f 'SpherePrimitive.cpp' || echo './'`SpherePrimitive.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentation.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MyMolecule.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo `test -f 'ColorScheme.cpp' || echo './'`ColorScheme.cpp +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo `test -f 'ColorScheme.cpp' || echo './'`ColorScheme.cpp +In file included from ColorRule.h:29, + from SolidColorRule.h:27, + from SolidColorRule.cpp:26: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5796,7 +5833,7 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5835,8 +5872,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from ColorRule.h:29, - from ColorRule.cpp:25: +In file included from MyMolecule.h:28, + from MyMolecule.cpp:27: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5852,11 +5889,9 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo `test -f 'SticksPrimitive.cpp' || echo './'`SticksPrimitive.cpp +In file included from NRStuff.h:31, + from NRStuff.cpp:29: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5872,8 +5907,10 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from NRStuff.h:31, - from NRStuff.cpp:29: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from SpherePrimitive.h:29, + from SpherePrimitive.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -5889,9 +5926,8 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ColorScheme.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp In file included from ColorRule.h:29, from ColorScheme.h:32, from ColorScheme.cpp:25: @@ -5910,16 +5946,53 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp -ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] - 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ - | ^~~~~~~~~~~~ -SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' - 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ - | ^~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o +In file included from DisplayPrimitive.h:32, + from VertexColorNormalPrimitive.h:27, + from SticksPrimitive.h:31, + from SticksPrimitive.cpp:28: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd + | +In file included from MyMolecule.h:28, + from CompoundSelection.h:35, + from CompoundSelection.cpp:25: +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 40 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 44 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 57 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 65 | #pragma omp simd + | +../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] + 73 | #pragma omp simd + | +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ In file included from MolecularRepresentation.cpp:28: DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] @@ -5928,11 +6001,6 @@ DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 46 | for (int i=0; i >&)': -DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 41 | for (int i=0; i&, const FCXXCoord&)': DishyBase.h:119:14: warning: 'DishyBase_t::centre' will be initialized after [-Wreorder] 119 | FCXXCoord centre; @@ -5952,6 +6020,25 @@ DishyBase.h:104:4: warning: when initialized here [-Wreorder] 104 | DishyBase_t(const FCXXCoord ¢re_in, const FCXXCoord &normal_in, const float &rad_in, | ^~~~~~~~~~~ +ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=] + 95 | virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map, int> &handles){ + | ^~~~~~~~~~~~ +SecondaryColorScheme.h:52:23: note: by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)' + 52 | virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){ + | ^~~~~~~~~~~~ +In file included from oglPolyhedron.h:29, + from SpherePrimitive.h:30, + from MolecularRepresentation.cpp:29: +Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': +Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] + 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); + | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o +In file included from MyMolecule.cpp:36: +DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector >&)': +DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 41 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ -In file included from DisplayPrimitive.h:32, - from VertexColorNormalPrimitive.h:27, - from SticksPrimitive.h:31, - from SticksPrimitive.cpp:28: -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 40 | #pragma omp simd - | -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 44 | #pragma omp simd - | -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 57 | #pragma omp simd - | -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 65 | #pragma omp simd - | -../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] - 73 | #pragma omp simd - | -/bin/bash ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp -In file included from MyMolecule.h:28, - from CompoundSelection.h:35, - from CompoundSelection.cpp:25: +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp +In file included from PositionedEntity.h:28, + from PositionedEntity.cpp:25: ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 40 | #pragma omp simd | @@ -6019,16 +6079,13 @@ ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | -In file included from oglPolyhedron.h:29, - from SpherePrimitive.h:30: -Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)': -Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] - 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); - | ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp +ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': +ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 61 | for (int i=0; i::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 450 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ @@ -6037,27 +6094,6 @@ MolecularRepresentation.cpp:648:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 648 | for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){ | ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ -ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr ColorScheme::colorRampChainsScheme()': -ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 61 | for (int i=0; i, SurfaceType, float, float)': -SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] - 145 | for (int iVertex = 0; iVertex::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare] 58 | if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount); @@ -6216,6 +6240,7 @@ oglPolyhedron.cpp:64:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare] 64 | for (int j=0; j::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 85 | for (int i=0; i< points.size(); i++){ @@ -6223,8 +6248,19 @@ CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] 113 | for (int i=0; i< points.size()-1; i++){ | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +SurfacePrimitive.cpp: In member function 'virtual void SurfacePrimitive::generateArrays()': +SurfacePrimitive.cpp:100:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 100 | for (int i=0; i< childSurface.numberOfTriangles(); i++){ + | ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +SurfacePrimitive.cpp: In constructor 'SurfacePrimitive::SurfacePrimitive(mmdb::Manager*, int, int, std::shared_ptr, SurfaceType, float, float)': +SurfacePrimitive.cpp:145:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare] + 145 | for (int iVertex = 0; iVertex lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from mmff-restraints.hh:27, - from mmff-restraints.cc:23: + from atom_types.cc:34: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { @@ -6526,17 +6562,17 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so") @@ -6600,41 +6636,41 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/sounds' Making all in api make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB 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+../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-molecule-moltris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-molecule-moltris.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-backup.lo coot-molecule-backup.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -6653,8 +6702,11 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -6663,8 +6715,7 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container.cc:32: + from coot-molecule-bonds.cc:39: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -6673,7 +6724,7 @@ from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-modelling.cc:4: + from molecules-container.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -6691,23 +6742,19 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-validation.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from coot-molecule.cc:37: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from coot-molecule.hh:47, from coot-molecule-maps.cc:36: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -6732,6 +6779,33 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas] 73 | #pragma omp simd | +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, + from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule.cc:38: +../ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +../ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-bonds-instanced.lo coot-molecule-bonds-instanced.cc In file included from coot-molecule.hh:47, from molecules-container.hh:19, from molecules-container-ligand-fitting.cc:6: @@ -6739,10 +6813,7 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-validation.cc:35: +In file included from coot-molecule-backup.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -6750,38 +6821,20 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-bonds.cc:39: + from coot-molecule-moltris.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule-backup.cc:28: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-replace-fragment.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:174, - from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule.cc:38: -../ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -../ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-bonds-instanced.lo coot-molecule-bonds-instanced.cc In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -6789,6 +6842,11 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -6810,14 +6868,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-moltris.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -6830,27 +6880,17 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-replace-fragment.cc:27: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47, - from coot-molecule-backup.cc:29: +In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair 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coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -6877,22 +6910,19 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -6900,16 +6930,18 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47, + from coot-molecule-backup.cc:29: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': -molecules-container-ligand-fitting.cc:367:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 367 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -6936,12 +6968,29 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': +molecules-container-ligand-fitting.cc:367:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 367 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -6955,19 +7004,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-bonds-instanced.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -6981,22 +7017,22 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool 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from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" 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-Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-bucca-ml-growing.lo molecules-container-bucca-ml-growing.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-refine.cc:28: + from rigid-body-fit.hh:7, + from rigid-body-fit.cc:2: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c instancing.cc -fPIC -DPIC -o .libs/instancing.o -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-change-chain-id.cc In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" 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-std=c++17 -c -o instancing.lo instancing.cc In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7053,13 +7085,30 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. 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-DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-maps.lo molecules-container-maps.cc In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-change-chain-id.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-maps.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-maps.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7077,18 +7132,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-molecule-blender.lo coot-molecule-blender.cc In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, @@ -7098,26 +7142,20 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-blender.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-blender.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7125,11 +7163,17 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-maps.cc:27: + from coot-molecule-change-chain-id.cc:26: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -7137,35 +7181,63 @@ In file included from 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'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecules-container-blender.lo molecules-container-blender.cc -swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -molecules-container.hh:910: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored) -molecules-container.hh:997: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored) -molecules-container.hh:1640: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored) -molecules-container.hh:1739: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored) +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from coot-molecule-blender.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, + from coot-molecule.hh:42, + from molecules-container.hh:19, + from molecules-container-blender.cc:3: +../utils/coot-utils.hh: In member function 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.libs/molecules-container-blender.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit 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-mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o +In file included from coot-molecule.hh:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -7187,6 +7263,14 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from coot-molecule.hh:75: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from coot-molecule.hh:53: @@ -7200,6 +7284,13 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from coot-molecule.hh:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -7209,27 +7300,12 @@ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, - from coot-molecule-blender.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-blender.cc:3: + from molecules-container-swig.cc:6: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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'./'`wrap-coot-api.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -7242,66 +7318,26 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, from coot-molecule.hh:42, from molecules-container.hh:19, - from molecules-container-swig.cc:6: + from wrap-coot-api.cc:3384: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from coot-molecule.hh:47: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from coot-molecule.hh:75: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from ../coot-utils/atom-tree.hh:33, - from coot-molecule.hh:42, - from molecules-container.hh:19, - from wrap-coot-api.cc:3384: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from coot-molecule.hh:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from coot-molecule.hh:47: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from coot-molecule.hh:75: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so.0" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.la" && ln -s "../libcoot-api.la" "libcoot-api.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so") @@ -7329,36 +7365,36 @@ Making all in layla make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/layla' g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o main.o main.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o layla_embedded.lo layla_embedded.cpp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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--tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o ligand_editor_canvas/render.lo ligand_editor_canvas/render.cpp libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.12 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/render.cpp -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/render.o In file included from main.cpp:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': @@ -7399,36 +7435,10 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/13/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' -/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2072:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' -/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2117:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' -/usr/include/c++/13/bits/stl_algo.h:3923:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' -ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': -/usr/include/c++/13/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' -/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2072:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' -/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2117:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' -/usr/include/c++/13/bits/stl_algo.h:3923:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' -ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] - 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas.cpp: In function 'void on_hover(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': +ligand_editor_canvas.cpp:240:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 240 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, from state.cpp:38: @@ -7840,10 +7850,36 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -ligand_editor_canvas.cpp: In function 'void on_hover(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': -ligand_editor_canvas.cpp:240:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 240 | auto coords = target.get_on_screen_coords(atom.x, atom.y); - | ^ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings():: [with auto:30 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/13/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' +/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2072:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' +/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2117:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' +/usr/include/c++/13/bits/stl_algo.h:3923:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::]' +ligand_editor_canvas/model.cpp:572:37: required from here +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:573:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 573 | return (bond->first_atom_idx == atom_one_idx && bond->second_atom_idx == atom_two_idx) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:46: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:574:87: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 574 | || (bond->first_atom_idx == atom_two_idx && bond->second_atom_idx == atom_one_idx); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int):: [with auto:35 = std::shared_ptr]': +/usr/include/c++/13/bits/predefined_ops.h:318:23: required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, std::vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' +/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2072:14: required from '_RandomAccessIterator std::__find_if(_RandomAccessIterator, _RandomAccessIterator, _Predicate, random_access_iterator_tag) [with _RandomAccessIterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' +/usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:2117:23: required from '_Iterator std::__find_if(_Iterator, _Iterator, _Predicate) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred >]' +/usr/include/c++/13/bits/stl_algo.h:3923:28: required from '_IIter std::find_if(_IIter, _IIter, _Predicate) [with _IIter = __gnu_cxx::__normal_iterator*, vector > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::highlight_bond(int, int)::]' +ligand_editor_canvas/model.cpp:928:31: required from here +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ +ligand_editor_canvas/model.cpp:929:72: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare] + 929 | return bond->second_atom_idx == atom_b && bond->first_atom_idx == atom_a; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~ ligand_editor_canvas/render.cpp: In member function 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t> coot::ligand_editor_canvas::impl::MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t&, unsigned int, const graphene_point_t&, unsigned int)': ligand_editor_canvas/render.cpp:636:219: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 636 | std::pair MoleculeRenderContext::cropped_bond_coords(const graphene_point_t& first_atom, unsigned int first_atom_idx, const graphene_point_t& second_atom, unsigned int second_atom_idx) { @@ -7942,25 +7978,25 @@ ligand_editor_canvas/render.cpp:1065:46: note: parameter passing for argument of type 'std::pair<_graphene_point_t, _graphene_point_t>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1065 | auto [first,second] = cropped_bond_coords(first_atom,bond.first_atom_idx,second_atom,bond.second_atom_idx); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so") libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" ) -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/layla main.o -lcurl ./.libs/libcoot-layla.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/layla' Making all in validation-graphs make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/validation-graphs' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o residue-validation-information.lo residue-validation-information.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation-graph-widget.lo validation-graph-widget.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation-graphs.lo validation-graphs.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -I.. -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o validation-information.lo validation-information.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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validation-graph-widget.cc:229:66: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] @@ -7982,7 +8018,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:112:6: note: declared here 112 | void gtk_style_context_get_color (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs 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-lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so.0" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so") @@ -7990,51 +8026,50 @@ make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/validation-graphs' Making all in src make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/src' -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o boids.lo boids.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-gui.lo c-interface-gui.cc In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from c-interface-build-side-chain.cc:56: @@ -8044,96 +8079,98 @@ | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-gui.cc:53: + from c-interface-build.cc:56: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-main-chain.cc:53: + from c-interface-bonds.cc:42: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-symmetry.cc:55: + from c-interface-build-morph.cc:55: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-bonds.cc:42: + from c-interface-build-main-chain.cc:53: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-gui.o In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build-morph.cc:55: + from c-interface-build-symmetry.cc:55: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-build.cc:56: + from c-interface-build-gui.cc:53: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-side-chain.cc:66: + from atom-overlaps.cc:40: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-gui.cc:59: + from c-interface-build-side-chain.cc:66: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-curlew.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from atom-overlaps.cc:40: + from init_coot_as_python_module.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-morph.cc:65: + from c-interface-build.cc:66: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from init_coot_as_python_module.cc:37: + from c-interface-build-main-chain.cc:63: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-curlew.cc:66: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-build-morph.cc:65: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-build-main-chain.cc:63: + from c-interface-bonds.cc:49: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -8145,35 +8182,9 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-side-chain.cc:72: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-bonds.cc:49: + from c-interface-build-gui.cc:59: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -8190,16 +8201,20 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-build.cc:66: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-analysis.cc:36: + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -8216,12 +8231,43 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-analysis.cc:36: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from atom-overlaps.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from atom-overlaps.cc:42: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8235,6 +8281,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-side-chain.cc:72: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -8249,7 +8302,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from atom-overlaps.cc:39: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -8268,36 +8322,30 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-morph.cc:71: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-gui.cc:65: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from atom-overlaps.cc:42: + from c-interface-build-main-chain.cc:69: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-morph.cc:71: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8311,42 +8359,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:67: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here - 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-gui.cc:72: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': -c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 420 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': -c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] - 914 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here - 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8359,38 +8371,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': -c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:93: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1620 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1621 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here - 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-bonds.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8404,19 +8390,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-main-chain.cc:69: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8430,8 +8403,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-bonds.cc:55: +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build.cc:74: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -8449,6 +8423,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from ../ligand/helix-placement.hh:24, + from c-interface-build-symmetry.cc:70: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-gui.cc:72: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, from c-interface-curlew.cc:70: @@ -8456,13 +8444,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build.cc:74: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8476,19 +8457,68 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from ../ligand/helix-placement.hh:24, - from c-interface-build-symmetry.cc:70: + from c-interface-build-gui.cc:65: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 248 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:67: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here + 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)': +c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 420 | std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': +c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] + 914 | char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here + 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()': +c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1617 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:93: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1618 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1619 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1620 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1621 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here + 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -8507,6 +8537,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -8731,19 +8767,22 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-gtk2.lo c-interface-gtk2.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-info.lo c-interface-info.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' 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c-interface-gtk2.cc:54: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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c-interface-info.cc:64: @@ -8751,20 +8790,32 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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+ from graphics-info.h:66, + from c-interface-kk.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-ligands-gui.cc:51: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from c-interface-ligands.cc:46: @@ -8772,75 +8823,51 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-kk.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, - from c-interface-info.cc:72: + from c-interface-gtk2.cc:59: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ligands-gui.cc:51: + from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, + from c-interface-image.cc:38: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-ligands.cc:51: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-gtk2.cc:59: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from c-interface-maps.cc:38: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-info.cc:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8901,20 +8928,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here 95 | gboolean gtk_list_store_remove (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-ligands.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../lidia-core/rdkit-interface.hh:29, - from c-interface-image.cc:38: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8928,23 +8954,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-image.cc:44: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-mmdb.cc:40: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-ligands-gui.cc:54: @@ -8958,11 +8980,27 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-image.cc:47: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mogul-scripting.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul-scripting.o +In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-mmdb.cc:40: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -8976,35 +9014,35 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from c-interface-mogul-scripting.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from c-interface-maps.cc:52: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-ligands.cc:55: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': +c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] + 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:93: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here + 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': -c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-maps.cc:52: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9018,15 +9056,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -9037,8 +9068,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9065,21 +9094,46 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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+In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-ligands-gui.cc:57: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +c-interface-info.cc: In function 'PyObject* get_pointer_position_frac_py()': +c-interface-info.cc:2631:66: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2631 | std::pair xy = g.get_pointer_position_frac(); + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, - from c-interface-image.cc:47: + from c-interface-mogul.cc:33: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-ncs.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9093,44 +9147,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)': -c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations] - 132 | r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:93: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here - 78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf (GdkPixbuf *pixbuf); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-mogul.cc:33: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-ncs.cc:48: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-network.cc:46: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-nucleotides.lo c-interface-nucleotides.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-nucleotides.lo c-interface-nucleotides.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-nucleotides.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-nucleotides.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -9145,7 +9168,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa.lo c-interface-pisa.cc c-interface-mogul.cc: In function 'GtkCellRenderer* coot::mogul_results_add_cell_renderer(GtkTreeView*, GtkTreeStore*, const std::string&, int, int)': c-interface-mogul.cc:218:63: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 218 | GtkCellRenderer *cell_renderer = gtk_cell_renderer_text_new(); @@ -9208,13 +9230,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-ncs.cc:51: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ c-interface-mogul.cc:295:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations] 295 | gtk_tree_view_set_model(tv_bonds, GTK_TREE_MODEL(tree_store_bonds)); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9455,7 +9470,21 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:363:19: note: declared here 363 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-ncs.cc:48: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-network.cc:46: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from c-interface-mutate.cc:49: @@ -9463,27 +9492,62 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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-DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa-gui.lo c-interface-pisa-gui.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-pisa-gui.lo c-interface-pisa-gui.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-ncs.cc:51: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-pisa.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-pisa-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-pisa-gui.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-preferences.lo c-interface-preferences.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-nucleotides.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-network.cc:52: + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-network.cc:52: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9492,30 +9556,28 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-network.cc:35: + from c-interface-mutate.cc:44: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': -c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] - 427 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-info.h:138: -/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2882:3: note: declared here - 2882 | CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -c-interface-network.cc:435:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] - 435 | info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD; - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2865:3: note: declared here - 2865 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9529,25 +9591,51 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from c-interface-network.cc:35: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-ncs.cc:55: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)': +c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] + 427 | info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD; + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-info.h:138: +/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2882:3: note: declared here + 2882 | CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +c-interface-network.cc:435:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations] + 435 | info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD; + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/aarch64-linux-gnu/curl/curl.h:2865:3: note: declared here + 2865 | CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-python.lo c-interface-python.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-nucleotides.cc:39: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9556,44 +9644,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-mutate.cc:44: + from c-interface-pisa.cc:32: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-mutate.cc:58: + from c-interface-pisa.cc:37: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-pisa.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-preferences.lo c-interface-preferences.cc -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-pisa-gui.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-preferences.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-preferences.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9607,72 +9667,58 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-python.o In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-nucleotides.cc:59: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ c-interface-ncs.cc: In function 'std::vector make_ncs_maps(int, int)': c-interface-ncs.cc:954:115: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 954 | graphics_info_t::molecules[imol_model].chain_centre_and_radius(ncs_ghosts[ighst].target_chain_id); | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from c-interface-python.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-residues.lo c-interface-residues.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from c-interface-pisa.cc:32: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-pisa.cc:37: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-refmac.lo c-interface-refmac.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refmac.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -9685,7 +9731,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-pisa-gui.cc:35: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -9712,7 +9757,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here 201 | void gtk_tree_view_set_model (GtkTreeView *tree_view, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o c-interface-pisa-gui.cc:60:31: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 60 | gtk_tree_store_append(tree_store_interfaces, &toplevel, NULL); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -9829,65 +9873,15 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:363:19: note: declared here 363 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" 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c-interface-residues.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from c-interface-refmac.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-sfs.cc:36: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from ../coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from ../coot-utils/glyco-tree.hh:32, + from c-interface-residues.cc:37: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-sharpen.lo c-interface-sharpen.cc +In file included from c-interface-scm.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from simple-refmac.cc:35: + from c-interface-refine.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from c-interface-refmac.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-superpose.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface-scm.cc:35: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-sharpen.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-sharpen.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-superpose.lo c-interface-superpose.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10010,40 +10001,40 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-validate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-validate.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, - from c-interface-refmac.cc:33: + from c-interface-residues.cc:40: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-sequence.cc:34: + from simple-refmac.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-validate.lo c-interface-validate.cc -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-refine.cc:55: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-validate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-validate.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -10063,13 +10054,81 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-refine.cc:55: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cc-interface.hh:30, + from c-interface-residues.cc:39: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-sequence.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, - from c-interface-residues.cc:40: + from c-interface-refmac.cc:33: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /usr/include/c++/13/istream:41, + from /usr/include/c++/13/sstream:40, + from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, + from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, + from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, + from graphics-info.h:32: +In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', + inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:519:86: +/usr/include/c++/13/ostream:293:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 293 | { return _M_insert(__p); } + | ~~~~~~~~~^~~~~ +c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': +c-interface-preferences.cc:226:14: note: 'colour_button' was declared here + 226 | GtkWidget *colour_button; + | ^~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-scm.cc:35: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-view.lo c-interface-view.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-sharpen.cc:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10094,6 +10153,20 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-view.o +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-validate.cc:49: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10102,8 +10175,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from c-interface-residues.cc:39: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -10126,7 +10199,7 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o c-interface-view.lo c-interface-view.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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wrapped_create_simple_refmac_dialog()': simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 63 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file), @@ -10144,35 +10217,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-view.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-view.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-sharpen.cc:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /usr/include/c++/13/istream:41, - from /usr/include/c++/13/sstream:40, - from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26, - from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30, - from ../validation-graphs/validation-information.hh:30, - from graphics-info.h:32: -In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits]', - inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:519:86: -/usr/include/c++/13/ostream:293:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 293 | { return _M_insert(__p); } - | ~~~~~~~~~^~~~~ -c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()': -c-interface-preferences.cc:226:14: note: 'colour_button' was declared here - 226 | GtkWidget *colour_button; - | ^~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -10186,13 +10230,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-validate.cc:49: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-widgets.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-widgets.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10205,16 +10243,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' 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file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-validate.cc:52: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-validate.cc:52: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -10253,15 +10288,22 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10275,15 +10317,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-superpose.cc:46: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-alignment.lo cc-interface-alignment.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10353,13 +10346,14 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-test.cc -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-test.o In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-validate.cc:70: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-alignment.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-alignment.o c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()': c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check" @@ -10383,32 +10377,56 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from c-interface-waters.cc:51: + from c-interface-widgets.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-waters.cc:47: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-waters-gui.cc:46: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface-view.cc:34: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from c-interface-waters-gui.cc:50: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from c-interface.cc:96: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-representation.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10475,31 +10505,39 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-graphics.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from c-interface-widgets.cc:758: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-graphics.cc:27: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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-DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from c-interface-waters-gui.cc:50: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from c-interface.cc:102: + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from cc-interface-alignment.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -10519,10 +10557,36 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from c-interface-test.cc:89: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from c-interface.cc:102: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from c-interface-waters.cc:66: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from c-interface-test.cc:94: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-symmetry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-symmetry.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from cc-interface-alignment.cc:41: + from cc-interface-merge.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -10540,7 +10604,31 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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-I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-molecular-representation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-molecular-representation.o +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ c-interface.cc: In function 'void mono_mode()': c-interface.cc:1174:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations] 1174 | int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget); @@ -10554,13 +10642,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:474:23: note: declared here 474 | int gtk_widget_get_allocated_height (GtkWidget *widget); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from c-interface-test.cc:89: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)': c-interface.cc:4521:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 4521 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -10575,6 +10669,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-alignment.cc:43: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-scripting.lo cc-interface-scripting.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from cc-interface-molecular-representation.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)': c-interface.cc:7673:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 7673 | GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button); @@ -10589,39 +10697,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from c-interface-test.cc:94: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from c-interface-waters.cc:66: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-scripting.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, from cc-interface-graphics.cc:31: @@ -10629,19 +10711,12 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, from c-interface-test.cc:102: @@ -10649,6 +10724,13 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10663,49 +10745,24 @@ 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-alignment.cc:43: + from cc-interface-merge.cc:42: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-merge.cc:38: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:37, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from cc-interface-molecular-representation.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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-DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10714,30 +10771,16 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from c-interface-test.cc:438: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10752,19 +10795,12 @@ 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-merge.cc:42: + from cc-interface-molecular-representation.cc:39: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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-I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-png.cc -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-png.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10778,12 +10814,21 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-molecular-representation.cc:39: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from c-interface-test.cc:438: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from cc-interface-scripting.cc:43: @@ -10791,22 +10836,21 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from cc-interface-png.cc:49: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-molecular-symmetry.cc:37: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)': c-interface-test.cc:1569:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1569 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); @@ -10814,27 +10858,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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-In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from change-dir.cc:39: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from change-dir.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10883,25 +10919,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-png.cc:55: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-application.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-application.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: @@ -10909,23 +10933,7 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -10938,11 +10946,39 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cc-interface.hh:30, - from cc-interface-png.cc:53: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from cc-interface-map-utils.cc:31: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from cc-interface-png.cc:55: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-colour.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-colour.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from command-line.cc:61: @@ -10950,7 +10986,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-colour.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-colour.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10959,23 +10994,25 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from cc-interface.hh:30, + from cc-interface-png.cc:53: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from cc-interface-map-utils.cc:31: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-align.lo coot-align.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from command-line-extern.cc:41: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -10989,54 +11026,44 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from cmtz-interface.cc:58: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" 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-D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2.c In file included from cc-interface.hh:37, from cfc.cc:44: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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+../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB 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cmtz-interface.cc:58: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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--mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from coot-align.cc:35: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from cfc.cc:45: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11167,32 +11192,51 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from cfc.cc:45: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from command-line-extern.cc:49: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-setup-python.lo coot-setup-python.cc -In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, - from coot-nomenclature.cc:26: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, + from coot-nomenclature.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-setup-python.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-setup-python.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot-phi-psi.lo coot-phi-psi.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from cfc-widgets.hh:28, + from cfc.cc:40: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11218,25 +11262,19 @@ /usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1545:3: note: declared here 1545 | G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS), | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from cfc-widgets.hh:28, - from cfc.cc:40: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-phi-psi.cc -fPIC -DPIC -o .libs/coot-phi-psi.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot_pythonmodule.lo coot_pythonmodule.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -11303,46 +11336,33 @@ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c flev.cc -fPIC -DPIC -o .libs/flev.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-tick-function.cc:43: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from draw-generic-display-objects.cc:36: + from draw.cc:35: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from coot-setup-python.cc:41: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from curlew-gtk4.cc:32: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11355,26 +11375,26 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from curlew-gtk4.cc:32: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-tick-function.cc:43: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from dynamic-validation.cc:27: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11396,27 +11416,12 @@ /usr/include/python3.12/sysmodule.h:13:38: note: declared here 13 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **); | ^~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from event-controller-callbacks.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -11431,45 +11436,24 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-tick-function.cc:38: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from curlew-gtk4.hh:29, from curlew-gtk4.cc:29: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from ligand-check.hh:30, - from c-interface-ligands.hh:34, - from flev.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from fit-loop-gui.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from dynamic-validation.cc:27: + from event-controller-callbacks.cc:31: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, from draw-generic-display-objects.cc:38: @@ -11483,25 +11467,65 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from c-interface-ligands.hh:35: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from fit-loop-gui.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from flev.cc:39: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-tick-function.cc:38: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from ligand-check.hh:30, + from c-interface-ligands.hh:34, + from flev.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11515,34 +11539,73 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)': +draw-generic-display-objects.cc:209:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 209 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c old-generic-display-object.cc -fPIC -DPIC -o .libs/old-generic-display-object.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c old-generic-display-object.cc -fPIC -DPIC -o .libs/old-generic-display-object.o -draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)': -draw-generic-display-objects.cc:209:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 209 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from c-interface-ligands.hh:35: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from flev.cc:39: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11556,7 +11619,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 168 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); @@ -11578,12 +11640,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::on_glarea_motion(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)': event-controller-callbacks.cc:812:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 812 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11591,26 +11647,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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-DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11632,15 +11668,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here 57 | char *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc In file included from cc-interface.hh:37, from gaussian-surface.cc:28: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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geometry-graphs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/geometry-graphs.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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+../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from flev.cc:41: graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -11655,8 +11699,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { + | ^~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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.libs/graphics-info.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, from gaussian-surface.cc:29: @@ -11703,6 +11755,19 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -gl-rama-plot.cc: In member function 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> > gl_rama_plot_t::get_munged_offset_and_scale(screen_position_origins_t, const glm::vec2&, float, float, int, int) const': -gl-rama-plot.cc:418:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 418 | int glarea_width, int glarea_height) const { - | ^~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11733,22 +11788,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11778,18 +11816,25 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from generic-objects.cc:40: + from cc-interface.hh:30: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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(GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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| ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info.cc:72: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-defines.cc:36: @@ -11875,8 +11918,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 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graphics-info-gui.cc In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -11890,13 +11931,31 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-gui.lo graphics-info-gui.cc +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info.cc:43: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info.cc:97: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -11910,65 +11969,61 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-gui.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-gui.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-graphs.cc:51: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-draw-models.cc:27: + from graphics-info-draw.cc:48: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-draw.cc:48: + from graphics-info-draw-models.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info.cc:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-graphs.cc:51: +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info.cc:97: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12007,22 +12050,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-gui.cc:63: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-gui.cc:63: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -12072,32 +12100,18 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from graphics-info-draw.cc:43: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': -graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o +graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': +graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-init.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12106,14 +12120,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-draw.cc:43: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)': -graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 632 | gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12131,6 +12139,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 37 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()': +graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 58 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw.cc: In lambda function: graphics-info-draw.cc:1665:107: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 1665 | return std::pair(offset_rel, scales_new); @@ -12149,19 +12171,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info-graphs.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)': graphics-info-draw.cc:2222:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 2222 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation); @@ -12183,6 +12192,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info-graphs.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_buttons()': graphics-info-draw.cc:3240:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 3240 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation); @@ -12285,12 +12307,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info-graphs.cc: In lambda function: graphics-info-graphs.cc:169:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 169 | return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter)); @@ -12378,6 +12394,59 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-gui.cc:71: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-init.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-modelling.cc:65: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-intermediate.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-navigation.cc:54: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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-DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-modelling.cc:80: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-preferences.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-preferences.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12390,13 +12459,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-intermediate.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::show_refinement_and_regularization_parameters_frame()': graphics-info-gui.cc:136:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 136 | gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(overall_weight_combobox)); @@ -12475,6 +12543,13 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here 144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button (GtkDialog *dialog, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-navigation.cc:61: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::new_fill_combobox_with_coordinates_options(GtkWidget*, GCallback, int)': graphics-info-gui.cc:1778:51: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 1778 | GtkTreeModel *model_1 = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox_molecule)); @@ -12531,6 +12606,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:125:7: note: declared here 125 | void gtk_cell_layout_set_attributes (GtkCellLayout *cell_layout, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc graphics-info-gui.cc:1803:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 1803 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(combobox_molecule), model); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -12604,7 +12680,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_combobox_with_coordinates_options(GtkWidget*, GCallback, int)': graphics-info-gui.cc:1902:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 1902 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(2, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING); @@ -12661,6 +12736,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here 123 | void gtk_cell_layout_clear (GtkCellLayout *cell_layout); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': graphics-info-gui.cc:3101:50: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { @@ -12748,44 +12824,23 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-modelling.cc:65: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-navigation.cc:61: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12799,13 +12854,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-modelling.cc:80: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()': graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] 485 | validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT); @@ -12824,41 +12872,18 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': -graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': -graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12872,37 +12897,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-network.cc:33: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from graphics-info-mutate.cc:53: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-preferences.cc:35: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()': -graphics-info-draw.cc:1686:105: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, glm::vec<2, float, glm::packed_highp> >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1686 | auto p_s = get_munged_offset_and_scale(HUDTextureMesh::TOP_RIGHT, position_natural, 1.0, 1.0, w, h); - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -12915,6 +12915,21 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-mutate.cc:53: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': +graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': +graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)': graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 5576 | gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter); @@ -12949,16 +12964,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': -graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, from graphics-info-navigation.cc:63: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()': graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 825 | gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox)); @@ -13015,22 +13033,20 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here 327 | void gtk_tree_model_get_value (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': -graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-network.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-preferences.cc:35: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -13050,18 +13066,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13450,19 +13454,40 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:363:19: note: declared here 363 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair, std::pair > graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms()': +graphics-info-gui.cc:3101:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, std::pair >' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3101 | graphics_info_t::phi_psi_pairs_from_moving_atoms() { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13475,18 +13500,16 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const': +graphics-info-gui.cc:4509:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4509 | graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, from graphics-info-preferences.cc:38: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)': graphics-info-preferences.cc:711:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 711 | GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string); @@ -13759,18 +13782,32 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from graphics-info-mutate.cc:58: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" 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-../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-refine.lo graphics-info-refine.cc -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-info-render-scene.cc:27: -../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" 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../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-info-render-scene.cc:27: +../analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +../analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-refmac.cc:79: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-lsq.cc:39: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-render.cc:38: + from graphics-info-pick.cc:42: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-scripting.lo graphics-info-scripting.cc +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from graphics-info-refmac.cc:71: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-pick.cc:56: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-refmac.cc:79: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13905,19 +13897,13 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-refmac.cc:50: + from graphics-info-lsq.cc:39: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-info-residues.cc:33: + from graphics-info-render.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -13928,12 +13914,13 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-residues.cc:33: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13947,7 +13934,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -13961,15 +13947,8 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from graphics-info-render-scene.cc:40: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-render.cc:1203: + from graphics-info-pick.cc:56: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { @@ -13981,14 +13960,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-scripting.cc:34: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-refine.cc:31: @@ -13996,14 +13967,65 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from graphics-info-render-scene.cc:40: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-refmac.cc:50: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14016,6 +14038,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info-render-scene.cc: In lambda function: graphics-info-render-scene.cc:731:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 731 | gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation); @@ -14023,32 +14058,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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-../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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-DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-scripting.cc:34: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-render.cc:1203: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14068,9 +14096,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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-Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -14117,6 +14151,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from graphics-info-superpose.cc:33: @@ -14131,35 +14167,16 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-view.hh:21, - from graphics-ligand-view.cc:30: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from graphics-info-trackball.cc:57: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from meshed-generic-display-object.hh:30, - from coot-render.hh:40, - from graphics-ligand-view.hh:24: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o gtkglarea-rama-plot.lo gtkglarea-rama-plot.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtkglarea-rama-plot.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtkglarea-rama-plot.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from graphics-info-state.cc:34: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from graphics-info-state.cc:39: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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-I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-manual.cc -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-info-trackball.cc:57: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from graphics-ligand-view.hh:21, + from graphics-ligand-view.cc:30: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14220,12 +14225,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from /usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/13/bits/specfun.h:43, from /usr/include/c++/13/cmath:3699, @@ -14238,15 +14237,41 @@ /usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h:922:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 922 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' 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~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from graphics-info-state.cc:34: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from graphics-info-state.cc:39: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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from cc-interface.hh:37, + from gtk-manual.cc:38: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14289,51 +14332,29 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:37, - from gtk-manual.cc:38: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Instanced-Markup-Mesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/Instanced-Markup-Mesh.o +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o init-from-gtkbuilder.lo init-from-gtkbuilder.cc In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36: + from gtkglarea-rama-plot.cc:23: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -graphics-ligand-view.cc: In member function 'void graphics_ligand_bond::gl_bond_double_aromatic_bond(const lig_build::pos_t&, const lig_build::pos_t&, bool, bool)': -graphics-ligand-view.cc:278:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 278 | make_double_aromatic_short_stick(pos_1, pos_2, shorten_first, shorten_second); - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from gtkglarea-rama-plot.cc:23: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c init-from-gtkbuilder.cc -fPIC -DPIC -o .libs/init-from-gtkbuilder.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from Instanced-Markup-Mesh.cc:242: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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../src/command-arg.hh:33, from ../src/graphics-info.h:66, from gtk-utils.cc:26: @@ -14341,52 +14362,28 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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| PyEval_CallObjectWithKeywords((callable), (arg), _PyObject_CAST(_Py_NULL)) - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -key-bindings.cc:55:32: note: in expansion of macro 'PyEval_CallObject' - 55 | PyObject *result_py = PyEval_CallObject(function_py, arg_list); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/python3.12/ceval.h:27:43: note: declared here - 27 | Py_DEPRECATED(3.9) PyAPI_FUNC(PyObject *) PyEval_CallObjectWithKeywords( - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" 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-pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o LigandViewMesh.lo LigandViewMesh.cc -In file included from ../src/molecule-class-info.h:127, - from ../src/graphics-info.h:72: +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from gtk-manual.cc:46: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c key-bindings.cc -fPIC -DPIC -o .libs/key-bindings.o +graphics-ligand-view.cc: In member function 'void graphics_ligand_bond::gl_bond_double_aromatic_bond(const lig_build::pos_t&, const lig_build::pos_t&, bool, bool)': +graphics-ligand-view.cc:278:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 278 | make_double_aromatic_short_stick(pos_1, pos_2, shorten_first, shorten_second); + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from gtk-manual.cc:46: + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -14397,7 +14394,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o lbg-callbacks-outer.lo lbg-callbacks-outer.cc +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14411,6 +14413,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.cc:35: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 94 | gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation); @@ -14432,59 +14447,24 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../src/graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from ../src/graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz 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/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../src/gtk-utils.hh:26, - from gtk-utils.cc:24: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-DPIC -o .libs/matrix-utils.o -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.cc:35: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../src/molecule-class-info.h:127, + from ../src/graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /usr/include/python3.12/Python.h:95, + from key-bindings.cc:28: +key-bindings.cc: In member function 'gboolean key_bindings_t::run() const': +/usr/include/python3.12/ceval.h:34:34: warning: 'PyObject* PyEval_CallObjectWithKeywords(PyObject*, PyObject*, PyObject*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 34 | PyEval_CallObjectWithKeywords((callable), (arg), _PyObject_CAST(_Py_NULL)) + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +key-bindings.cc:55:32: note: in expansion of macro 'PyEval_CallObject' + 55 | PyObject *result_py = PyEval_CallObject(function_py, arg_list); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/python3.12/ceval.h:27:43: note: declared here + 27 | Py_DEPRECATED(3.9) PyAPI_FUNC(PyObject *) PyEval_CallObjectWithKeywords( + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ gtk-manual.cc: In function 'GtkWidget* create_symmetry_colour_selection_window()': gtk-manual.cc:97:49: warning: 'GtkWidget* gtk_color_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 97 | colorseldialog = gtk_color_chooser_dialog_new("Symmetry Colour Selection", parent_window); @@ -14587,22 +14567,78 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LigandViewMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/LigandViewMesh.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from ../src/graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from ../src/graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c lbg-callbacks-outer.cc -fPIC -DPIC -o .libs/lbg-callbacks-outer.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o make-a-dodec.lo make-a-dodec.cc +../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../src/gtk-utils.hh:26, + from gtk-utils.cc:24: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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-DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit 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static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14616,26 +14652,22 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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-../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -14701,6 +14728,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, + from lbg-interface.cc:39: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104, from molecule-class-info-analysis.cc:28: @@ -14708,34 +14742,16 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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| const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from cc-interface.hh:39, - from lbg-interface.cc:39: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 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.libs/molecule-class-info-maps-2.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104, - from molecule-class-info-build.cc:36: + from molecule-class-info-alignment.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -14746,11 +14762,6 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104, from molecule-class-info-bonds.cc:22: @@ -14758,6 +14769,12 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14789,6 +14806,11 @@ ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14802,19 +14824,25 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104, + from molecule-class-info-build.cc:36: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-o molecule-class-info-kdc.lo molecule-class-info-kdc.cc +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14835,6 +14871,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-kdc.lo molecule-class-info-kdc.cc -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104, - from molecule-class-info-maps.cc:56: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 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coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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+libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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from molecule-class-info-maps-2.cc:209: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -14921,8 +14941,6 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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molecule-class-info-molecular-symmetry.cc:22: @@ -14930,8 +14948,13 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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molecule-class-info-maps-2.cc:26: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:64, from /usr/include/c++/13/bits/specfun.h:43, from /usr/include/c++/13/cmath:3699, @@ -14944,8 +14967,27 @@ /usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h:922:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair, float>' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 922 | make_pair(_T1&& __x, _T2&& __y) | ^~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-kk.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kk.o +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104, + from molecule-class-info-kdc.cc:32: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from molecule-class-info-dots.cc:28: @@ -14953,19 +14995,24 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-maps-2.cc:209: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104, - from molecule-class-info-kdc.cc:32: +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-mutate.cc:52: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-surface.lo molecule-class-info-surface.cc In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from molecule-class-info-other.cc:64: @@ -14973,7 +15020,6 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-surface.o In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from molecule-class-info-refine.cc:36: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -14992,18 +15038,29 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-mutate.cc:52: + from molecule-class-info-residues.cc:45: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, + from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, + from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, + from ../build/CalphaBuild.hh:28, + from molecule-class-info.h:105: +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': +/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } + | ^~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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-DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-surface.lo molecule-class-info-surface.cc +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15019,112 +15076,76 @@ | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-residues.cc:45: + from molecule-class-info-other.cc:67: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info-surface.cc:36: +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-surface.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-surface.o +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-string.lo molecule-class-info-string.cc -In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, - from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, - from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, - from ../build/CalphaBuild.hh:28, - from molecule-class-info.h:105: -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': -/usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } - | ^~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-other.cc:67: +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104, + from molecule-class-info-kk.cc:25: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 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warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-mutate.cc:58: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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molecule-class-info-kk.cc:25: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-surface.cc:39: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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-DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-string.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-string.o In file included from molecule-class-info.h:127, from molecule-class-info-refine.cc:40: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: +In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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-Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-mutate.cc:58: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo 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-fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-patterson.lo molecule-class-info-patterson.cc -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15138,6 +15159,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-patterson.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-patterson.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15157,52 +15179,28 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-ncs.lo molecule-class-info-ncs.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit 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-o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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-DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104, - from molecule-class-info-string.cc:32: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': -molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, - from molecule-class-info-ncs.cc:45: + from molecule-class-info-surface.cc:36: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +molecule-class-info-mutate.cc: In member function 'void molecule_class_info_t::spin_search(clipper::Xmap&, const std::string&, int, const std::string&, const std::pair, std::__cxx11::basic_string >&, const std::vector >&)': +molecule-class-info-mutate.cc:1349:47: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1349 | float angle = coot::util::spin_search(xmap, res, tors).first; + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-ncs.lo molecule-class-info-ncs.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mol-tris.lo molecule-class-info-mol-tris.cc +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-surface.cc:39: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': molecule-class-info-other.cc:3894:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { @@ -15214,42 +15212,51 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104, - from molecule-class-info-ncs.cc:47: + from molecule-class-info-string.cc:32: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 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-DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 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-Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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molecule-class-info-geometry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from molecule-class-info-ncs.cc:49: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator.o +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from molecule-class-info-ncs.cc:45: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/contrib/function_object_bases.h:50, from /usr/include/clipper/contrib/skeleton.h:50, @@ -15263,51 +15270,50 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::I_sigI]': molecule-class-info-patterson.cc:196:24: required from here /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51: -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from gtk-manual.h:26, - from molecule-class-info.h:102: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] - 63 | #pragma mark - - | -../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] - 64 | #pragma mark Debug routine - | -molecule-class-info-ncs.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string&) const': -molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { - | ^~~~~ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from molecule-class-info-mol-tris.cc:31: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson(std::string, std::string, std::string, float)': +molecule-class-info-patterson.cc:111:54: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; + | ^ +molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson_using_intensities(std::string, std::string, std::string, float)': +molecule-class-info-patterson.cc:196:31: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { + | ~~~~~~~~~~~~~^ +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104, + from molecule-class-info-ncs.cc:47: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': +molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': +molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson(std::string, std::string, std::string, float)': -molecule-class-info-patterson.cc:111:54: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 111 | clipper::data32::F_sigF f = fsig[ih.hkl()]; - | ^ -molecule-class-info-patterson.cc: In member function 'bool molecule_class_info_t::make_patterson_using_intensities(std::string, std::string, std::string, float)': -molecule-class-info-patterson.cc:196:31: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::I_sigI' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 196 | if (!isig[ih.hkl()].missing()) { - | ~~~~~~~~~~~~~^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15321,22 +15327,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_phi_psi(int) const': -molecule-class-info-other.cc:3628:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3628 | molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair > molecule_class_info_t::get_clash_score(const coot::minimol::molecule&, bool, int) const': -molecule-class-info-other.cc:3805:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 3805 | std::pair rotamer_info = get_minimol_pos(a_rotamer); - | ^ -In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, - from molecule-class-info.h:104, - from molecule-class-info-geometry.cc:29: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o +In file included from molecule-class-info.h:127: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, from molecule-class-info.h:104, from molecule-class-info-widget-work.cc:27: @@ -15344,6 +15340,21 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" 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-I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from molecule-class-info-ncs.cc:49: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator.o +In file included from molecular-mesh-generator.cc:43: +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] + 63 | #pragma mark - + | +../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] + 64 | #pragma mark Debug routine + | libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35: ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas] @@ -15352,19 +15363,32 @@ ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas] 64 | #pragma mark Debug routine | +In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51: +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from gtk-manual.h:26, + from molecule-class-info.h:102: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-ncs.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string&) const': +molecule-class-info-ncs.cc:2623:77: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2623 | molecule_class_info_t::chain_centre_and_radius(const std::string &chain_id) const { + | ^~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" 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-o obj_loader.lo obj_loader.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid 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-DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o -In file included from molecule-class-info.h:127: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o positron-plot.lo positron-plot.cc +In file included from ../mini-mol/mini-mol.hh:29, + from molecule-class-info.h:104, + from molecule-class-info-geometry.cc:29: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o probe-clash-score.lo probe-clash-score.cc In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from pick.cc:38: @@ -15394,11 +15427,23 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 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molecule_class_info_t::get_phi_psi(int atom_index) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +molecule-class-info-other.cc: In member function 'std::pair molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule&) const': +molecule-class-info-other.cc:3894:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 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is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 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- 3894 | molecule_class_info_t::get_minimol_pos(const coot::minimol::molecule &a_rotamer) const { - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 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-DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pumpkin.cc -fPIC -DPIC -o .libs/pumpkin.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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const { - | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from pick.cc:43: @@ -15439,55 +15470,47 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. 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-DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 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plot_data_t::fill_plot_data_from_positron_metadata(const std::string&, const std::string&)': positron-plot.cc:259:81: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 259 | std::pair sane_min_max = get_sane_min_v_max_v(mdc.metadata); | ^ libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 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enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount 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In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from Texture.cc:37: +In file included from sound.cc:44: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 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from text-rendering-utils.cc:51: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ 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-../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from restraints-editor.cc:40: + from rsr-functions.cc:27: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, - from rsr-functions.cc:27: + from screendump-tga.cc:36: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 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'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON 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-DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c TextureMesh.cc -fPIC -DPIC -o .libs/TextureMesh.o In file included from ../ideal/simple-restraint.hh:162, from testing-2.cc:24: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from testing-2.cc:25: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from ../coords/mmdb.hh:27, - from testing.hh:26, - from testing-2.cc:28: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 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-D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -15643,11 +15660,23 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: + from graphics-info.h:72, + from restraints-editor.cc:49: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from Texture.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from sdf-interface.cc:43: @@ -15655,19 +15684,23 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 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-DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o tomo-tools.lo tomo-tools.cc In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from restraints-editor.cc:49: + from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from ../coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from testing-2.cc:25: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15680,37 +15713,28 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from ../coords/mmdb.hh:27, + from testing.hh:26, + from testing-2.cc:28: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from sound.cc:45: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 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-DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c -In file included from tomo-tools.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c -o trackball.lo trackball.c +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 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-DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -15723,19 +15747,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)': restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 126 | GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, @@ -16182,6 +16193,19 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here 63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new (int n_columns, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ restraints-editor.cc:665:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 665 | gtk_tree_store_new (natoms+2, G_TYPE_STRING, | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16532,6 +16556,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:363:19: note: declared here 363 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ restraints-editor.cc:942:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations] 942 | v = gtk_tree_model_iter_next (GTK_TREE_MODEL(view_and_store_angles.store), &iter); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -16714,12 +16744,6 @@ 131 | void gtk_tree_store_append (GtkTreeStore *tree_store, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ libtool: compile: gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.12 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c trackball.c -fPIC -DPIC -o .libs/trackball.o -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=] 262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4]) | ~~~~~~^~~~~ @@ -16739,7 +16763,40 @@ trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *' 82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest); | ~~~~~~~^~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 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-DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c user-mods.cc -fPIC -DPIC -o .libs/user-mods.o +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from sound.cc:45: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from ../lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from ../coords/mmdb.hh:27, from testing.hh:26, @@ -16755,20 +16812,6 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 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-DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c user-mods.cc -fPIC -DPIC -o .libs/user-mods.o -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o xmap-utils.lo xmap-utils.cc -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16782,7 +16825,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/aarch64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/graphene-1.0/include -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c xmap-utils.cc -fPIC -DPIC -o .libs/xmap-utils.o In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -16802,6 +16844,16 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from user-mods.cc:37: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from tomo-tools.cc:30: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from testing.cc:50: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -16813,24 +16865,7 @@ ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from user-mods.cc:37: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 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idx) { | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include 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graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16856,28 +16905,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from tomo-tools.cc:34: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ 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graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" 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'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16891,13 +16919,33 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from tomo-tools.cc:34: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" 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+libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/aarch64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 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lig_build::atom_t&, bool, bool) const': ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" 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gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16911,13 +16959,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.12\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 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-DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, @@ -16926,23 +16967,26 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from single-map-properties-dialog.cc:30: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from single-map-properties-dialog.cc:32: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ +In file included from command-arg.hh:33, + from graphics-info.h:66, + from validation.cc:28: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from widget-from-builder.cc:28: @@ -16950,6 +16994,36 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:64, + from /usr/include/c++/13/bits/specfun.h:43, + from /usr/include/c++/13/cmath:3699, + from /usr/include/c++/13/math.h:36, + from /usr/include/python3.12/pyport.h:195, + from /usr/include/python3.12/Python.h:38, + from sdf-interface.cc:23: +In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', + inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: +/usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h:688:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] + 688 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': +sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here + 403 | clipper::Coord_orth v; + | ^ +testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': +testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); + | ^ +testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': +testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from view.cc:27: @@ -16957,6 +17031,25 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from single-map-properties-dialog.hh:32, + from single-map-properties-dialog.cc:31: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -16970,27 +17063,34 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from command-arg.hh:33, - from graphics-info.h:66, - from validation.cc:28: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +single-map-properties-dialog.cc: In function 'void on_colour_chooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': +single-map-properties-dialog.cc:364:33: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 364 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(dialog), &color); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here + 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +single-map-properties-dialog.cc: In function 'void show_map_colour_selector_with_parent(int, GtkWidget*)': +single-map-properties-dialog.cc:385:70: warning: 'GtkWidget* gtk_color_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 385 | GtkWidget *colour_chooser_dialog = gtk_color_chooser_dialog_new("Test", GTK_WINDOW(parent_window)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooserdialog.h:38:13: note: declared here + 38 | GtkWidget * gtk_color_chooser_dialog_new (const char *title, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +single-map-properties-dialog.cc:392:33: warning: 'void gtk_color_chooser_set_rgba(GtkColorChooser*, const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 392 | gtk_color_chooser_set_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colour_chooser_dialog), map_colour_p); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:69:10: note: declared here + 69 | void gtk_color_chooser_set_rgba (GtkColorChooser *chooser, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from cc-interface.hh:39, from spherical-density.cc:32: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -testing.cc: In function 'int test_ligand_conformer_torsion_angles()': -testing.cc:1631:83: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1631 | std::pair p = conformer_info[i].get_set_and_real_torsions(itor); - | ^ -testing.cc: In function 'int test_lsq_plane()': -testing.cc:2629:65: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2629 | std::pair d = coot::lsq_plane_deviation(v, pt); - | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -17004,13 +17104,6 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from single-map-properties-dialog.cc:32: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -17022,6 +17115,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17035,75 +17134,12 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ In file included from cc-interface.hh:39, from validation.cc:30: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from single-map-properties-dialog.hh:32, - from single-map-properties-dialog.cc:31: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -In file included from /usr/include/c++/13/bits/stl_algobase.h:64, - from /usr/include/c++/13/bits/specfun.h:43, - from /usr/include/c++/13/cmath:3699, - from /usr/include/c++/13/math.h:36, - from /usr/include/python3.12/pyport.h:195, - from /usr/include/python3.12/Python.h:38, - from sdf-interface.cc:23: -In constructor 'constexpr std::pair<_T1, _T2>::pair(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = bool; _U2 = clipper::Coord_orth&; typename std::enable_if<(std::_PCC::_MoveConstructiblePair<_U1, _U2>() && std::_PCC::_ImplicitlyMoveConvertiblePair<_U1, _U2>()), bool>::type = true; _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]', - inlined from 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)' at sdf-interface.cc:413:56: -/usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h:688:42: warning: 'v' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized] - 688 | : first(std::forward<_U1>(__x)), second(std::forward<_U2>(__y)) - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -sdf-interface.cc: In function 'std::pair chemical_features::get_normal_info(RDKit::MolChemicalFeature*, const RDKit::ROMol&, const RDKit::Conformer&)': -sdf-interface.cc:403:24: note: 'v' declared here - 403 | clipper::Coord_orth v; - | ^ -single-map-properties-dialog.cc: In function 'void on_colour_chooser_dialog_response(GtkDialog*, int)': -single-map-properties-dialog.cc:364:33: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 364 | gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(dialog), &color); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here - 66 | void gtk_color_chooser_get_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc: In function 'void show_map_colour_selector_with_parent(int, GtkWidget*)': -single-map-properties-dialog.cc:385:70: warning: 'GtkWidget* gtk_color_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 385 | GtkWidget *colour_chooser_dialog = gtk_color_chooser_dialog_new("Test", GTK_WINDOW(parent_window)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooserdialog.h:38:13: note: declared here - 38 | GtkWidget * gtk_color_chooser_dialog_new (const char *title, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -single-map-properties-dialog.cc:392:33: warning: 'void gtk_color_chooser_set_rgba(GtkColorChooser*, const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 392 | gtk_color_chooser_set_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(colour_chooser_dialog), map_colour_p); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:69:10: note: declared here - 69 | void gtk_color_chooser_set_rgba (GtkColorChooser *chooser, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -17118,8 +17154,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, - from graphics-info.h:33: + from widget-from-builder.hh:31, + from widget-from-builder.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -17131,8 +17167,8 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from widget-from-builder.hh:31, - from widget-from-builder.cc:27: + from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30, + from graphics-info.h:33: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -17144,7 +17180,7 @@ testing.cc:2615:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2615 | int test_lsq_plane() { | ^~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo scm-boot-guile.lo c-interface-analysis.lo c-interface-bonds.lo c-interface-build.lo c-interface-build-morph.lo c-interface-build-main-chain.lo c-interface-build-side-chain.lo c-interface-build-symmetry.lo c-interface-build-gui.lo c-interface-curlew.lo c-interface-database.lo c-interface-gui.lo c-interface-gtk2.lo c-interface-info.lo c-interface-kk.lo c-interface-image.lo c-interface-ligands-gui.lo c-interface-ligands.lo c-interface-maps.lo c-interface-mmdb.lo c-interface-mogul.lo c-interface-mogul-scripting.lo c-interface-mutate.lo c-interface-ncs.lo c-interface-network.lo c-interface-nucleotides.lo c-interface-pisa.lo c-interface-pisa-gui.lo c-interface-preferences.lo c-interface-python.lo c-interface-refine.lo c-interface-residues.lo c-interface-refmac.lo simple-refmac.lo c-interface-scm.lo c-interface-sequence.lo c-interface-sfs.lo c-interface-sharpen.lo c-interface-superpose.lo c-interface-validate.lo c-interface-view.lo c-interface-widgets.lo c-interface-waters.lo c-interface-waters-gui.lo c-interface.lo c-interface-test.lo cc-interface-alignment.lo cc-interface-graphics.lo cc-interface-merge.lo cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-scripting.lo cc-interface-map-utils.lo cc-interface-png.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cfc.lo change-dir.lo cmtz-interface.lo command-line.lo command-line-extern.lo coot-application.lo coot-colour.lo coot-align.lo coot-nomenclature.lo coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2-python.lo coot-hydrogens.lo coot-phi-psi.lo coot_pythonmodule.lo coot-setup-python.lo coot_wrap_guile.lo curlew-gtk4.lo draw.lo graphics-info-tick-function.lo drag-and-drop.lo draw-generic-display-objects.lo dynamic-validation.lo eyes.lo event-controller-callbacks.lo fit-loop-gui.lo flev.lo framebuffer.lo old-generic-display-object.lo gaussian-surface.lo generic-objects.lo geometry-graphs.lo get-residue.lo get-monomer.lo gl-rama-plot.lo globjects.lo globularize.lo graphics-info.lo graphics-info-defines.lo graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-draw.lo graphics-info-draw-models.lo graphics-info-graphs.lo graphics-info-gui.lo graphics-info-init.lo graphics-info-intermediate.lo graphics-info-modelling.lo graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-preferences.lo graphics-info-network.lo graphics-info-mutate.lo graphics-info-lsq.lo graphics-info-opengl.lo graphics-info-pick.lo graphics-info-refmac.lo graphics-info-render.lo graphics-info-render-scene.lo graphics-info-residues.lo graphics-info-refine.lo graphics-info-scripting.lo 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-lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lfreetype -lsqlite3 -lpthread +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 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-I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c -o coot.lo coot.cc swig -o coot_wrap_python_pre.cc -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DCOOT_USE_GTK2_INTERFACE -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/python3.12 -DUSE_PYTHON -DUSE_LIBCURL -I../src -I.. -shadow -python -c++ ../src/coot.i libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.08\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 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idx) { | ^ +In file included from cc-interface.hh:37, + from glade-callbacks-shader-settings.cc:24: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)': glade-callbacks-preferences.cc:1109:43: warning: 'int gtk_combo_box_get_active(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] 1109 | gint ival = gtk_combo_box_get_active(GTK_COMBO_BOX(w)); @@ -17219,8 +17261,7 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:84:15: note: declared here 84 | int gtk_combo_box_get_active (GtkComboBox *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:37, - from glade-callbacks-shader-settings.cc:24: +In file included from main.cc:75: ../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -17236,12 +17277,7 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from main.cc:75: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la 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-lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la 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-lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from setup-gui-components.cc:28: @@ -17256,9 +17292,10 @@ ../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.08\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.08\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.08\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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-DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp In file included from command-arg.hh:33, from graphics-info.h:66, from new-startup.cc:32: @@ -17273,22 +17310,28 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, + from graphics-info.h:72, + from main.cc:81: +../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks.cc:53: + from glade-callbacks-main-window.cc:57: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72, - from glade-callbacks-main-window.cc:57: + from glade-callbacks.cc:53: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': ../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -17299,13 +17342,12 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from molecule-class-info.h:127, - from graphics-info.h:72, - from main.cc:81: -../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -../ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -17320,7 +17362,7 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from create-menu-item-actions.cc:28: + from setup-gui-components.cc:27: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -17330,6 +17372,132 @@ ../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from main.cc:23: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': +setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:93: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here + 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here + 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': +setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here + 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] + 171 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here + 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': +setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] + 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:97: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here + 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In lambda function: +setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 191 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here + 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:263: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here + 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here + 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': +setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here + 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here + 108 | void gtk_entry_completion_set_popup_completion (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 217 | gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here + 127 | void gtk_entry_completion_set_text_column (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 218 | gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here + 85 | void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here + 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here + 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here + 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] + 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here + 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ +setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here + 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from molecule-class-info.h:127, from graphics-info.h:72: ../ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': @@ -17337,11 +17505,82 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from cc-interface.hh:39, + from main.cc:96: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, + from graphics-info.h:151: +../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from glade-callbacks-main-window.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': +graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] + 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, + from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, + from create-menu-item-actions.cc:28: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here + 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from cc-interface.hh:39, + from glade-callbacks-main-window.cc:59: +../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from cc-interface.hh:39, from create-menu-item-actions.cc:38: ../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': ../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:400:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 400 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:128: +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:429:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 429 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': +glade-callbacks-main-window.cc:460:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] + 460 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); + | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here + 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); + | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +In file included from probe-clash-score.hh:32, + from c-interface-ligands-swig.hh:35, + from coot_wrap_python.cc:3419: +../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)': create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 58 | const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering"); @@ -17609,18 +17848,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here 39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new (const char *title, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from setup-gui-components.cc:27: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ create-menu-item-actions.cc: In function 'void screenshot_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)': create-menu-item-actions.cc:2229:38: warning: 'void gtk_file_chooser_set_current_name(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] 2229 | gtk_file_chooser_set_current_name(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser), "coot-screendump.tga"); @@ -17643,133 +17870,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here 86 | void gtk_combo_box_set_active (GtkComboBox *combo_box, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()': -setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 162 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:93: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here - 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 163 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here - 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()': -setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 170 | gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here - 97 | void gtk_combo_box_set_model (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations] - 171 | gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here - 142 | void gtk_combo_box_set_id_column (GtkComboBox *combo_box, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()': -setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations] - 188 | gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:97: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here - 49 | void gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider *css_provider, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In lambda function: -setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 191 | GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:710:19: note: declared here - 710 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 192 | gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:263: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here - 64 | void gtk_style_context_add_provider (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 193 | gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild"); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here - 90 | void gtk_style_context_add_class (GtkStyleContext *context, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)': -setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 215 | GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new(); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here - 66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new (void); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 216 | gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here - 108 | void gtk_entry_completion_set_popup_completion (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 217 | gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here - 127 | void gtk_entry_completion_set_text_column (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 218 | gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here - 85 | void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 219 | gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here - 160 | void gtk_entry_set_completion (GtkEntry *entry, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 286 | GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here - 63 | GtkListStore *gtk_list_store_new (int n_columns, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 290 | gtk_list_store_append( store, &iter ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here - 125 | void gtk_list_store_append (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations] - 293 | gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 ); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here - 81 | void gtk_list_store_set (GtkListStore *list_store, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 296 | gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here - 74 | void gtk_entry_completion_set_model (GtkEntryCompletion *completion, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from probe-clash-score.hh:32, - from c-interface-ligands-swig.hh:35, - from coot_wrap_python.cc:3419: -../utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -../utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); @@ -17915,12 +18015,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here 55 | void gtk_combo_box_text_remove_all (GtkComboBoxText *combo_box); | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, - from graphics-info.h:151: -../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -../lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ glade-callbacks.cc:6518:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations] 6518 | gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(file_combobox), file_name); | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -17987,46 +18081,6 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:363:19: note: declared here 363 | void gtk_tree_model_get (GtkTreeModel *tree_model, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from glade-callbacks-main-window.cc:28: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from glade-callbacks-main-window.cc:59: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:400:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 400 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:128: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:429:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 429 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)': -glade-callbacks-main-window.cc:460:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] - 460 | GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog)); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here - 119 | GFile * gtk_file_chooser_get_file (GtkFileChooser *chooser); - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from graphics-ligand-mesh-molecule.hh:30, from graphics-info.h:151: ../lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': @@ -18041,24 +18095,6 @@ from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, - from main.cc:23: -/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here - 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, - | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from cc-interface.hh:39, - from main.cc:96: -../coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -../coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()': -graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations] - 1107 | gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation); - | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29, - from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33, from new-startup.cc:29: /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, @@ -18070,9 +18106,9 @@ /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:479:23: note: declared here 479 | void gtk_widget_get_allocation (GtkWidget *widget, | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o ./.libs/libcootsumo.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -fopenmp -/bin/bash ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo +/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""' -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo libtool: link: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0") libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so") @@ -18106,44 +18142,44 @@ make -f CMakeFiles/nanobind-static.dir/build.make CMakeFiles/nanobind-static.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o +[ 1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o +[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp -[ 2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/error.cpp /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o +[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc -[ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/cod-types.cc [ 3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/cod-atom-types.cc [ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc -[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/atom-types.cc [ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc +[ 4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/rdkit-interface.cc [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/cod-atom-type-t.cc -[ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/rdkit-interface.cc -[ 5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.12 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/implicit.cpp [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/bond-table-record-t.cc [ 5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o @@ -18172,10 +18208,17 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp [ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp -[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp [ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurface.cpp +[ 9%] Linking CXX static library libnanobind-static.a +/usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake +[ 9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1 +/usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o" +/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 9%] Built target nanobind-static [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o @@ -18184,15 +18227,8 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp [ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp -[ 10%] Linking CXX static library libnanobind-static.a -/usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1 [ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp -/usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o" -/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 11%] Built target nanobind-static [ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurface.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurface.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurface.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurface.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurface.cpp [ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSurfaceMaker.cpp.o @@ -18215,10 +18251,10 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BallsPrimitive.cpp [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp -[ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorRule.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp [ 15%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ColorScheme.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp @@ -18257,12 +18293,12 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/oglPolyhedron.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/oglPolyhedron.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/oglPolyhedron.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/oglPolyhedron.cpp [ 20%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Polyhedron.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp [ 20%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/PositionedEntity.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/PositionedEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/PositionedEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/PositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/PositionedEntity.cpp -[ 20%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o [ 20%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.cpp.o -MF 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-ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Quaternion.cpp [ 21%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Representation.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RepresentationInstance.cpp.o @@ -18295,6 +18331,8 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/rigid-body-fit.cc:2: @@ -18302,57 +18340,44 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/instancing.cc [ 25%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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-c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-colour.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/add-terminal-residue.cc:29: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc -[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.cc:35: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc:32: +[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc +[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-maps.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/add-terminal-residue.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: +[ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 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+/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-change-chain-id.cc:26: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-moltris.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.cc:38: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-bonds.cc:39: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.cc:38: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc:35: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -18439,12 +18499,7 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -18467,19 +18522,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-merge-molecules.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-backup.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ [ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, @@ -18490,10 +18545,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-validation.cc:35: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-refine.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18503,6 +18560,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -18520,39 +18579,26 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc +[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-replace-fragment.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-blender.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -18567,22 +18613,12 @@ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule-blender.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-blender.cc:3: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -18599,14 +18635,14 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, @@ -18616,10 +18652,32 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ [ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util 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match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -18631,12 +18689,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-mmrrcc.cc:2: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc:4: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg 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'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/rama-plot-phi-psi.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ +[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/daca.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/wligand.hh:25, @@ -18700,11 +18746,28 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc:4: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/daca.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18719,19 +18782,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/daca.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc:4: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc:2: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18742,11 +18797,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/daca.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/kolmogorov.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:6: @@ -18760,49 +18812,39 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/kolmogorov.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc:2: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 139 | std::pair median_and_iqr() const { - | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/kolmogorov.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 139 | std::pair median_and_iqr() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/bfkurt.cc -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/mogul.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +[ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/bfkurt.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/mogul.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/mogul.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -18813,29 +18855,23 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc:288: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/typed-distances.cc +[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/cablam.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc: In member function 'float molecules_container_t::fit_to_map_by_random_jiggle_with_blur_using_cid(int, int, const std::string&, float, int, float)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc:367:53: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 367 | auto p = coot::util::mean_and_variance(xmap); | ^ -[ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/cablam.cc [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc:288: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour/Vectors.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, @@ -18855,16 +18891,16 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o [ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/quat.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/mgtree.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour/gaussian-surface.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 36%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/mgtree.cc [ 37%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/cartesian.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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-DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pepflip.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pepflip.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pepflip.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/pepflip.cc [ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/parallel-planes.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/chi-squareds.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:50: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc +[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/make-restraints.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/ng.cc:31: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:50: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/parallel-planes.cc:23: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/make-restraints.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { - | ^~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/ng.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18936,25 +18958,25 @@ 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/torsion-bonds.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc: In member function 'std::pair coot::simple_restraint::distortion(mmdb::Atom**, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.cc:4068:82: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4068 | coot::simple_restraint::distortion(mmdb::PAtom *atoms, const double &lj_epsilon) const { + | ^~~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/neutron.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/chi-squareds.cc:41: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -18965,20 +18987,30 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/pull-restraint.cc +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/neutron.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/model-bond-deltas.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/make-restraints.cc:43: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -18992,50 +19024,44 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ +[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/ng.cc: In member function 'void coot::restraints_container_t::analyze_for_bad_restraints(coot::restraint_type_t, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/ng.cc:2354:97: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2354 | std::pair distortion_pair = rest.distortion(atom, lennard_jones_epsilon); // 2nd arg is not used for bonds + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/neutron.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 41%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/pull-restraint.cc:30: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/neutron.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/link-restraints.cc +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/mods.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/mods.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/link-restraints.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/coot-compare-residues.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -19049,17 +19075,21 @@ 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc:24: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/link-restraints.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/extra-restraints.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/extra-restraints.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/chirals.cc:33: @@ -19067,16 +19097,20 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc:24: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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-DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/flanking.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/chirals.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19088,12 +19122,25 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/gradients.cc:39: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/flanking.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc:22: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -19104,36 +19151,25 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/regularize-minimol.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/regularize-minimol.cc:22: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc [ 44%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/phi-psi.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/lograma.cpp +[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/flanking.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/phi-psi.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.hh:37, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:30: @@ -19141,39 +19177,24 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/lograma.cpp +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc:23: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/distortion.cc:36: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 45%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/distortion.cc:36: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint-kk.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:37: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 63 | std::pair mean_and_variance() const { - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { - | ^~~~~ -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -19184,11 +19205,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/atomic-numbers.cc -[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/backward.cpp -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/atomic-numbers.cc:22: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19199,48 +19217,61 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); - | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, - | ^~~~ +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/atomic-numbers.cc +[ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/backward.cpp [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/colour-holder.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/process-dfs-in-range.cc:37: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/atomic-numbers.cc:22: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:36: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:37: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 63 | std::pair mean_and_variance() const { + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1393:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1393 | const zo::rama_table_set &zorts) const { + | ^~~~~ [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-fasta.cc [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-fasta.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/dodec.cc [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/radix.cc [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.cc:59: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/hsv-rgb.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-fasta.cc:25: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.cc:59: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); + | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/pir-alignment.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/gdk-keysyms.cc:23: @@ -19248,27 +19279,35 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/setup-syminfo.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/hsv-rgb.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/setup-syminfo.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:871:71: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 871 | std::pair grads = zorts.df(pp, rt); + | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, + | ^~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/pir-alignment.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/split-indices.cc -[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/logging.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/setup-syminfo.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/split-indices.cc +[ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o -MF 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, - | ^~~~ +[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, - | ^~~~ -[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong 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parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2613:27: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2613 | return zo_rama.df(residue_type, phir, psir); - | ~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/coot-atom-graph.cc:27: @@ -19320,11 +19348,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli/protein-ligand-interactions.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/high-res.cc:24: @@ -19332,8 +19357,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 52%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli/protein-ligand-interactions.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/sequence-assignment.cc:30: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/coot-atom-graph.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res/high-res.cc:27: @@ -19349,25 +19377,20 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/lidia-core-functions.cc [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-least-squares.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli/sdf-interface.cc:147: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 548 | bool at_2_is_singleton) const { - | ^ -[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-least-squares.cc [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/merge-atom-selections.cc:34: @@ -19377,6 +19400,19 @@ | ^ [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/gltf-export.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In static member function 'static void coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector*, void*, gsl_vector*)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:833:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 833 | coot::crankshaft::optimize_a_triple::df(const gsl_vector *v, + | ^~~~ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc: In member function 'std::pair coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair&, const std::string&, const std::string&, const zo::rama_table_set&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/crankshaft.cc:1390:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1390 | coot::crankshaft::probability_of_spin_orientation(const std::pair &ppp, + | ^~~~ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-selection-container.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/fib-sphere.cc [ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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-MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/blob-line.cc +[ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/blob-line.cc -[ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 57%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/merge-molecules.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc:29: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/blob-line.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils.cc:34: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 58%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc +[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/water-coordination.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/blob-line.cc:27: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/find-water-baddies.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/water-coordination.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/bonded-pairs.cc +[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/c-beta-deviations.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/c-beta-deviations.cc -[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.cc:32: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc: In constructor 'texture_as_floats_t::texture_as_floats_t(const clipper::Xmap&, int, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/texture-as-floats.cc:40:67: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 40 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); | ^ +[ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tools.cc +[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc +[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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-MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/helix-like.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-rama.cc:24: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/secondary-structure-headers.cc -[ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/helix-like.cc [ 61%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/polar-atoms.cc [ 61%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/plane-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc [ 61%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc +[ 61%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/jed-flip.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc:31: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19500,20 +19536,20 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/jed-flip.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/jed-flip.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-tree-extras.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-overlaps.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-extras.hh:33, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/jed-flip.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/jed-flip.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19528,53 +19564,46 @@ [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/mutate.cc [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/mutate.cc:644: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/elastic.cc [ 63%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg 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-DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-h-bonds.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/elastic.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:39: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/mutate.cc:644: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" 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-DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o -MF 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-DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc -[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In function 'std::pair coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap&)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:892:63: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 892 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc:43: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:3761: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc +[ 64%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/fast-eigens.cc In file included from /usr/include/clipper/core/hkl_datatypes.h:49, from /usr/include/clipper/core/hkl_compute.h:48, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:32: @@ -19597,20 +19626,13 @@ /usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h: In instantiation of 'constexpr std::pair::type>::__type, typename std::__strip_reference_wrapper::type>::__type> std::make_pair(_T1&&, _T2&&) [with _T1 = double; _T2 = double; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = double; typename decay<_Tp>::type = double; typename __strip_reference_wrapper::type>::__type = double; typename decay<_Tp2>::type = double]': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4575:69: required from here /usr/include/c++/13/bits/stl_pair.h:922:5: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc -[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/lsq-improve.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc:31: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/glyco-torsions.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'void clipper::HKL_data::compute(const clipper::HKL_data&, const clipper::HKL_data&, const C&) [with S1 = clipper::datatypes::F_sigF; S2 = clipper::datatypes::Phi_fom; C = clipper::datatypes::Compute_fphi_from_fsigf_phifom; T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:311:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 311 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src1[ih], src2[ih] ); } @@ -19619,6 +19641,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:892:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 892 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4575:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4575 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); @@ -19627,22 +19651,41 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4632:55: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 4632 | std::pair mv = mean_and_variance(xmap); | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-shelx-ins.cc:31: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/contacts-by-bricks.cc:31: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 65%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/lsq-improve.cc [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4575:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 4575 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); - | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/trim.cc:21: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc: In lambda function: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:4575:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 4575 | data.push_back(std::make_pair(static_cast(i), static_cast(r))); + | ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.hh:28, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.h:31, @@ -19652,13 +19695,11 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In instantiation of 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:209:29: required from here /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:153:67: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 153 | for ( HRI ih = fo.first(); !ih.last(); ih.next() ) fo_all[ih] = fo0[ih.hkl()]; @@ -19670,13 +19711,10 @@ | ^~~~~~~~~~~ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-heavy.hh:28, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/strand-fragments.cc +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/bonded-atoms.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-coord-lsq.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19686,41 +19724,30 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.cc:892:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 892 | coot::util::mean_and_variance(const clipper::Xmap &xmap) { | ^~~~ -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/bonded-atoms.cc -[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI 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-DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/positron.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc: In constructor 'coot::util::fffear_search::fffear_search(mmdb::Manager*, int, const clipper::Xmap&, float, bool)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-fffear.cc:159:70: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 159 | std::pair mv = coot::util::mean_and_variance(xmap); | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/positron.cc:32: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc +[ 67%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/fragment-container.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_sigF]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/positron.cc /usr/include/clipper/core/hkl_data.h: In member function 'T clipper::HKL_data::operator[](const clipper::HKL&) const [with T = clipper::datatypes::F_phi]': /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:478:23: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 478 | template T HKL_data::operator[] (const HKL& hkl) const | ^~~~~~~~~~~ -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/peak-search.cc +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp: In function 'void coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data >&, const clipper::HKL_data&, mmdb::Manager*, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_sigF' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 121 | coot::shift_field_b_factor_refinement(const clipper::HKL_data< clipper::datatypes::F_sigF > &fo0, | ^~~~ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:121:1: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 -[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/xmap-stats.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/positron.cc:32: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19729,19 +19756,37 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot_shiftfield.cpp:209:29: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::F_phi' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | fphi[ih] = fc[ih.hkl()]; | ^ +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/peak-search.cc +[ 68%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/xmap-stats.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/maps-spherical.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/sfcalc-genmap.cc [ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/reduce.cc -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/sfcalc-genmap.cc [ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/contact-info.cc +[ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/hole.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/reduce.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 69%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/hole.cc +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" 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+/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/read-sm-cif.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/clipper.h:7, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/sfcalc-genmap.cc:30: @@ -19749,26 +19794,17 @@ /usr/include/clipper/core/hkl_data.h:308:96: note: parameter passing for argument of type 'clipper::datatypes::ABCD' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 308 | { for (HKL_info::HKL_reference_index ih=parent_hkl_info->first(); !ih.last(); ih.next()) list[ih.index()] = op( ih, src[ih] ); } | ^~~~ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/hole.cc:28: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/hole.cc: In member function 'std::pair coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth&, int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/hole.cc:253:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 253 | coot::hole::optimize_point(const clipper::Coord_orth &pt, int selhnd) { | ^ -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/slurp-map.cc -[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 70%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils 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when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -19797,12 +19833,14 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time 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-fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/utils.cc [ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/phenix-geo-bonds.cc:25: @@ -19815,8 +19853,8 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb-crystal.cc:48: @@ -19829,8 +19867,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/Cartesian.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.cc:43: @@ -19853,40 +19889,29 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/rotamer-markup.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/rotamer-markup.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/rotamer-markup.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/rotamer-markup.cc [ 75%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb-extras.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/rotamer-markup.cc:29: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/Bond_lines.cc [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse.cc -[ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse.cc:33: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/rotamer-markup.cc:29: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/main-chain.cc [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/protein-geometry.cc [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc:33: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/dict-utils.cc +[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/read-sbase.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/Bond_lines.cc:36: @@ -19894,15 +19919,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/dict-utils.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/Bond_lines.cc:41: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/read-sbase.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb-extras.cc:35: @@ -19910,9 +19926,19 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse-link.cc:33: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/hydrophobic.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/dict-utils.cc:26: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/Bond_lines.cc:41: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse.cc:33: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19922,35 +19948,45 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/protein-geometry.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/cif-parse-mon-lib.cc:25: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/dict-utils.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ [ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/energy-lib.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/energy-lib.cc:29: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/protein-geometry.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/srs-interface.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/energy-lib.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/dictionary-residue.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/energy-lib.cc:29: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/srs-interface.cc [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/srs-interface.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB 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-c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/protein-geometry-mmdb.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/srs-interface.cc:31: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/residue-and-atom-specs.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19965,12 +20001,12 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 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CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/lbg-graph.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/link.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/chem_mods.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/chem_mods.cc:28: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/link.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -19981,15 +20017,15 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/mol-utils-2.cc [ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/intercept-3GP.cc -[ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/build/CalphaBuild.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/glyco-tools.cc:35: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry/intercept-3GP.cc +[ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat 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CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/atom-quads.cc +[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootilus/cootilus-build.cpp In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/atom-quads.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc: In member function 'std::pair coot::minimol::molecule::get_pos() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { - | ^~~~~ -[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD 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[ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootilus/nautilus-join.cpp [ 84%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootilus/nautilus-ss-find.cpp +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc: In member function 'std::pair coot::minimol::molecule::get_pos() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.cc:1654:36: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1654 | coot::minimol::molecule::get_pos() const { + | ^~~~~ [ 84%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootilus/nautilus-target.cpp [ 84%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-tools.cpp.o @@ -20033,15 +20069,21 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils 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CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.cc:25: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +[ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK 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CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh: In member function 'std::pair lig_build::bond_t::coords_for_single_bond(const lig_build::atom_t&, const lig_build::atom_t&, bool, bool) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 548 | bool at_2_is_singleton) const { + | ^ [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/dipole.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/chi-angles-autogen.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-score-card.hh:31, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-score-card.cc:26: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL 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-MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/helix-placement.cc -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util 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std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/dunbrack.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/dunbrack.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ +[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.cc:60: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-score-card.hh:31, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-score-card.cc:26: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/helix-placement.cc:43: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.cc:60: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/dunbrack.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lbg-molfile.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords/mmdb.hh:27, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.cc:69: @@ -20119,6 +20137,11 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core/lig-build.hh:548:84: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 548 | bool at_2_is_singleton) const { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/dunbrack.cc:27: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.cc:72: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': @@ -20127,25 +20150,38 @@ | ^ [ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/primitive-chi-angles.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); - | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:28: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/helix-placement.cc:43: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc: In function 'std::pair > coot::get_clash_score(const minimol::molecule&, atom_selection_container_t, int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/backrub-rotamer.cc:596:76: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 596 | std::pair rotamer_info = a_rotamer.get_pos(); + | ^ [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/richardson-rotamers.cc [ 90%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligands-db.cc +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-extras.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rotamer-tables.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-extras.cc In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -20159,8 +20195,6 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:38: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 @@ -20170,6 +20204,12 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand-extras.cc:176:73: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 176 | coot::ligand::mean_and_variance_where_the_atoms_are(mmdb::Manager *mol) const { | ^~~~~ +[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.cc +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { + | ^~~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, @@ -20180,32 +20220,20 @@ | ^ [ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/base-pairing.cc -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In member function 'std::pair coot::density_box_t::mean_and_variance() const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:42: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~~ [ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ideal-rna.cc +[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2408:64: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2408 | std::pair mi = s.median_and_iqr(); | ^ -[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/wiggly-ligand.cc [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/torsion-general.cc [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/joining-residues.cc [ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/richardson-rotamer.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/joining-residues.cc:27: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ [ 93%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, @@ -20219,95 +20247,103 @@ /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB 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-I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/tube-finder.cc -[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ -[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rotamer.cc -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS 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-/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:1293:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 1293 | coot::density_box_t::mean_and_variance() const { - | ^~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rigid-body.hh:25, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rigid-body.cc:23: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/residue_by_phi_psi.hh:37, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/joining-residues.cc:27: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/smith-waterman.cc:31: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rigid-body.hh:25, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rigid-body.cc:23: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/tube-finder.cc +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/tube-finder.cc:30: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh: In member function 'std::pair coot::stats::single::median_and_iqr() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis/stats.hh:139:59: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 139 | std::pair median_and_iqr() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc:43: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { - | ^ -[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main/db-main.cc -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main/db-main.cc:35: +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/smith-waterman.cc:31: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rotamer.cc:33: +[ 94%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/rotamer.cc +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol-utils.hh:22, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/fast-ss-search.cc:43: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/src/coot-nomenclature.cc /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/tube-finder.cc: In constructor 'coot::tube_finder_t::tube_finder_t(const clipper::Xmap&)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/tube-finder.cc:45:69: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 45 | std::pair mv = util::mean_and_variance(blurred_xmap); | ^ +[ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o 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coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ [ 95%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils 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static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, - | ^~~~ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/write-png.cc:28: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:162, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/src/coot-nomenclature.cc:26: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc: In static member function 'static void coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string&, int, double, double, double, double)': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/side-chain-densities.cc:2302:1: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2302 | coot::side_chain_densities::combine_directory(const std::string &rot_dir, int n_steps, + | ^~~~ [ 96%] Linking CXX shared library libcootapi.so /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cootapi.dir/link.txt --verbose=1 /usr/bin/c++ -fPIC -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -shared -Wl,-soname,libcootapi.so.1.1 -o libcootapi.so.1.1 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"CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o" 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"CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-tools.cpp.o" CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-shared.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-molfile.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o" 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/chapi.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color=" make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color=" +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build -make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build +make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build +make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -make -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build -[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/find-ligand.cc +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o +[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/test-molecules-container.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" 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-DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/filo-tests.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/find-ligand.cc /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST 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CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc -[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/find-waters.cc +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o +[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/mini-rsr.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING 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CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/test-molecules-container.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/filo-tests.cc +/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DVERSION=\"1.x-pre\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/lucrezia-tests.cc In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/ligand.hh:32, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand/find-waters.cc:45: @@ -20396,22 +20432,17 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/lucrezia-tests.hh:2, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/lucrezia-tests.cc:2: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol/mini-mol.hh:29, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/test-molecules-container.cc:7: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc:9: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { @@ -20420,12 +20451,22 @@ from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/atom-tree.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:42, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/molecules-container.hh:19, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/lucrezia-tests.hh:2, - from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/lucrezia-tests.cc:2: + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/test-molecules-container.cc:7: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh: In member function 'std::pair coot::gauss_legendre_t::weight_abscissa(int)': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils/coot-utils.hh:209:57: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 209 | std::pair weight_abscissa(int idx) { | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:174, + from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/mini-rsr.cc:60: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh: In member function 'std::pair zo::rama_coeffs::df(const zo::realtype&, const zo::realtype&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/zo-rama.hh:85:98: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 85 | std::pair df(const realtype &rama_phi, const realtype &rama_psi) const { + | ^ +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { @@ -20446,45 +20487,40 @@ /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 2612 | const double &phir, const double &psir) const { | ^ -[ 97%] Linking CXX executable findwaters -/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 -/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' -[ 97%] Built target findwaters +In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': +/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 + 2612 | const double &phir, const double &psir) const { + | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +[ 97%] Linking CXX executable findwaters +/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1 +/usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/aarch64-linux-gnu/libmmdb2.so In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ -In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:47: -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh: In member function 'std::pair coot::restraints_container_t::zo_rama_grad(const std::string&, const double&, const double&) const': -/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal/simple-restraint.hh:2612:90: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 - 2612 | const double &phir, const double &psir) const { - | ^ In file included from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-map-utils.hh:33, from /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api/coot-molecule.hh:75: /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh: In member function 'std::pair coot::util::density_stats_info_t::mean_and_variance() const': /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils/coot-density-stats.hh:63:62: note: parameter passing for argument of type 'std::pair' when C++17 is enabled changed to match C++14 in GCC 10.1 63 | std::pair mean_and_variance() const { | ^ +make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/obj-aarch64-linux-gnu' +[ 97%] Built target findwaters In file included from /usr/include/clipper/core/container_hkl.h:50, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_types.h:49, from /usr/include/clipper/ccp4/ccp4_mtz_io.h:49, @@ -20609,7 +20645,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/compat' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/compat' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; }) @@ -20623,7 +20659,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; }) @@ -20637,7 +20673,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/protein_db' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/protein_db' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; }) @@ -20653,9 +20689,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; }) @@ -20670,9 +20706,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 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(cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/geometry; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol 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/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; }) @@ -20687,9 +20723,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers 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libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol 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/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0 || { rm -f libcoot-lidia-core.so.0 && ln -s libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0; }; }) @@ -20704,30 +20740,30 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-utils.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 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install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; }) @@ -20735,7 +20771,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -20752,7 +20788,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/angles' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/angles' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; }) @@ -20766,7 +20802,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ccp4mg-utils' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; }) @@ -20780,9 +20816,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/db-main.o .libs/db-strands.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; }) @@ -20797,9 +20833,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; }) @@ -20807,7 +20843,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-analysis.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -20823,7 +20859,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootaneer' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootaneer' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; }) @@ -20837,9 +20873,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; }) @@ -20849,7 +20885,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -20880,16 +20916,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-ligand.la libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; }) @@ -20899,7 +20935,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c findwaters findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c findligand-bin findwaters-bin coot-make-ligands-db identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c findligand-bin findwaters-bin coot-make-ligands-db identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -20969,9 +21005,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; }) @@ -20986,9 +21022,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; }) @@ -21003,9 +21039,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/skeleton' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/skeleton' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; }) @@ -21020,9 +21056,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall 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-Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; }) @@ -21037,9 +21073,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/build' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/build; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/CalphaBuild.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0; }; }) @@ -21056,7 +21092,7 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so; }; }) @@ -21070,9 +21106,9 @@ make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo 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-lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0; }; }) @@ -21097,9 +21133,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-pli.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pli; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-pli.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-pli.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0 || { rm -f libcoot-pli.so.0 && ln -s libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0; }; }) @@ -21128,7 +21164,7 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootilus' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/cootilus' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootilus.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcootilus.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0 || { rm -f libcootilus.so.0 && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so || { rm -f libcootilus.so && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so; }; }) @@ -21144,9 +21180,9 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; }) @@ -21154,16 +21190,16 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; }) libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; }) libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; }) @@ -21319,9 +21355,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-ligand -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-analysis -lcoot-isosurface -lcoot-map-heavy -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coords -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; }) @@ -21329,9 +21365,9 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-api.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-api -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; }) @@ -21352,9 +21388,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/layla' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/layla' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 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-lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/layla; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; }) @@ -21362,7 +21398,7 @@ libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libcoot-layla.la libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla @@ -21376,9 +21412,9 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/validation-graphs' make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/validation-graphs' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/validation-graphs; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 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libcootsumo.so.0 || { rm -f libcootsumo.so.0 && ln -s libcootsumo.so.0.0.0 libcootsumo.so.0; }; }) @@ -21407,7 +21443,7 @@ /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/install -c coot coot-density-score-by-residue '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec' libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../layla/libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-extras.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' @@ -21434,9 +21470,9 @@ libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/aarch64-linux-gnu' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install /usr/bin/install -c _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_coot.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/src; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-aarch64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.12 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcootsumo -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-geometry -lcoot-pli -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lpython3.12 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -fopenmp -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot.so.0.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot.so.0.0.0 _coot.so.0 || { rm -f _coot.so.0 && ln -s _coot.so.0.0.0 _coot.so.0; }; }) @@ -21650,16 +21686,16 @@ make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu' install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/bin' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot' install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la' +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) Byte-compiling python modules... -pyrogen.pyatom_types.pylibtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/aarch64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) -jay_util.pytautomer.py/usr/lib/python3/dist-packages/coot/tautomer.py:289: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\C' +pyrogen.pyatom_types.pyjay_util.pytautomer.py/usr/lib/python3/dist-packages/coot/tautomer.py:289: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\C' pyrogen_swig.pycoot_git.py Byte-compiling python modules (optimized versions) ... pyrogen.pyatom_types.pyjay_util.pytautomer.pypyrogen_swig.pycoot_git.py @@ -21672,9 +21708,9 @@ install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/aarch64-linux-gnu' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' - /bin/bash ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' + /bin/sh ../libtool --mode=install install --strip-program=true _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages' libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lpython3.12 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.12 -lcairo -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -21683,7 +21719,7 @@ libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la' -libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) +libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/libtool" --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -mbranch-protection=standard -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp) libtool: relink: g++ -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtbeginS.o .libs/restraints-boost.o -L/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python311 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13 -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../../lib -L/lib/aarch64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/crtendS.o /usr/lib/gcc/aarch64-linux-gnu/13/../../../aarch64-linux-gnu/crtn.o -g -O2 -fstack-protector-strong -mbranch-protection=standard -Wl,-z -Wl,relro -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified @@ -21769,24 +21805,24 @@ diversion by libc6 from: /lib/ld-linux-aarch64.so.1 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect diversion by libc6 to: /lib/ld-linux-aarch64.so.1.usr-is-merged -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftw3d_create_plan used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftwnd_one_complex_to_real used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftwnd_one_real_to_complex used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftwnd_destroy_plan used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PySequence_Size: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyLong_Type: it's probably a plugin +dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) +dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyErr_SetString: it's probably a plugin dpkg-shlibdeps: warning: 94 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-312-aarch64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol _Py_NoneStruct: it's probably a plugin -dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) -dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftwnd_one_complex_to_real used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftw3d_create_plan used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftwnd_destroy_plan used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol rfftwnd_one_real_to_complex used by debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/aarch64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols) make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.08+dfsg' dh_installdeb @@ -21794,13 +21830,13 @@ dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined dh_md5sums dh_builddeb -dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.08+dfsg-3_all.deb'. -dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.08+dfsg-3_all.deb'. +dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.08+dfsg-3_arm64.deb'. dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.08+dfsg-3_arm64.buildinfo dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.08+dfsg-3_arm64.changes dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included) @@ -21808,12 +21844,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2165286/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/3054681 and its subdirectories -I: Current time: Thu Jul 31 08:21:58 -12 2025 -I: pbuilder-time-stamp: 1753993318 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2165286 and its subdirectories +I: Current time: 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