Diff of the two buildlogs:

--
--- b1/build.log	2025-02-19 20:19:00.909005004 +0000
+++ b2/build.log	2025-02-19 20:37:02.756347216 +0000
@@ -1,6 +1,6 @@
 I: pbuilder: network access will be disabled during build
-I: Current time: Wed Feb 19 06:57:50 -12 2025
-I: pbuilder-time-stamp: 1739991470
+I: Current time: Wed Mar 25 16:42:08 +14 2026
+I: pbuilder-time-stamp: 1774406528
 I: Building the build Environment
 I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz]
 I: copying local configuration
@@ -28,52 +28,84 @@
 dpkg-source: info: applying SyntaxWarning.patch
 I: Not using root during the build.
 I: Installing the build-deps
-I: user script /srv/workspace/pbuilder/445812/tmp/hooks/D02_print_environment starting
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/D01_modify_environment starting
+debug: Running on ionos5-amd64.
+I: Changing host+domainname to test build reproducibility
+I: Adding a custom variable just for the fun of it...
+I: Changing /bin/sh to bash
+'/bin/sh' -> '/bin/bash'
+lrwxrwxrwx 1 root root 9 Mar 25 02:42 /bin/sh -> /bin/bash
+I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash
+I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/D01_modify_environment finished
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/D02_print_environment starting
 I: set
-  BUILDDIR='/build/reproducible-path'
-  BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other'
-  BUILDUSERNAME='pbuilder1'
-  BUILD_ARCH='amd64'
-  DEBIAN_FRONTEND='noninteractive'
-  DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=20 '
-  DISTRIBUTION='unstable'
-  HOME='/root'
-  HOST_ARCH='amd64'
+  BASH=/bin/sh
+  BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:globskipdots:hostcomplete:interactive_comments:patsub_replacement:progcomp:promptvars:sourcepath
+  BASH_ALIASES=()
+  BASH_ARGC=()
+  BASH_ARGV=()
+  BASH_CMDS=()
+  BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0")
+  BASH_LOADABLES_PATH=/usr/local/lib/bash:/usr/lib/bash:/opt/local/lib/bash:/usr/pkg/lib/bash:/opt/pkg/lib/bash:.
+  BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment")
+  BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="2" [2]="37" [3]="1" [4]="release" [5]="x86_64-pc-linux-gnu")
+  BASH_VERSION='5.2.37(1)-release'
+  BUILDDIR=/build/reproducible-path
+  BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other'
+  BUILDUSERNAME=pbuilder2
+  BUILD_ARCH=amd64
+  DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
+  DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all parallel=42 '
+  DIRSTACK=()
+  DISTRIBUTION=unstable
+  EUID=0
+  FUNCNAME=([0]="Echo" [1]="main")
+  GROUPS=()
+  HOME=/root
+  HOSTNAME=i-capture-the-hostname
+  HOSTTYPE=x86_64
+  HOST_ARCH=amd64
   IFS=' 	
   '
-  INVOCATION_ID='c9624301482742f28e9661e9f23fe936'
-  LANG='C'
-  LANGUAGE='en_US:en'
-  LC_ALL='C'
-  MAIL='/var/mail/root'
-  OPTIND='1'
-  PATH='/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games'
-  PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION='build'
-  PBUILDER_OPERATION='build'
-  PBUILDER_PKGDATADIR='/usr/share/pbuilder'
-  PBUILDER_PKGLIBDIR='/usr/lib/pbuilder'
-  PBUILDER_SYSCONFDIR='/etc'
-  PPID='445812'
-  PS1='# '
-  PS2='> '
+  INVOCATION_ID=60f8190b7333445cbe9ac68b5c9cbefb
+  LANG=C
+  LANGUAGE=et_EE:et
+  LC_ALL=C
+  MACHTYPE=x86_64-pc-linux-gnu
+  MAIL=/var/mail/root
+  OPTERR=1
+  OPTIND=1
+  OSTYPE=linux-gnu
+  PATH=/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path
+  PBCURRENTCOMMANDLINEOPERATION=build
+  PBUILDER_OPERATION=build
+  PBUILDER_PKGDATADIR=/usr/share/pbuilder
+  PBUILDER_PKGLIBDIR=/usr/lib/pbuilder
+  PBUILDER_SYSCONFDIR=/etc
+  PIPESTATUS=([0]="0")
+  POSIXLY_CORRECT=y
+  PPID=4074254
   PS4='+ '
-  PWD='/'
-  SHELL='/bin/bash'
-  SHLVL='2'
-  SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 18.1h 18h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Th2YhzQ8/pbuilderrc_WyCV --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/first-build-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Th2YhzQ8/b1 --logfile b1/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc'
-  SUDO_GID='110'
-  SUDO_UID='105'
-  SUDO_USER='jenkins'
-  TERM='unknown'
-  TZ='/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT+12'
-  USER='root'
-  _='/usr/bin/systemd-run'
-  http_proxy='http://46.16.76.132:3128'
+  PWD=/
+  SHELL=/bin/bash
+  SHELLOPTS=braceexpand:errexit:hashall:interactive-comments:posix
+  SHLVL=3
+  SUDO_COMMAND='/usr/bin/timeout -k 24.1h 24h /usr/bin/ionice -c 3 /usr/bin/nice -n 11 /usr/bin/unshare --uts -- /usr/sbin/pbuilder --build --configfile /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Th2YhzQ8/pbuilderrc_AnCW --distribution unstable --hookdir /etc/pbuilder/rebuild-hooks --debbuildopts -b --basetgz /var/cache/pbuilder/unstable-reproducible-base.tgz --buildresult /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Th2YhzQ8/b2 --logfile b2/build.log coot_1.1.09+dfsg-4.dsc'
+  SUDO_GID=110
+  SUDO_UID=105
+  SUDO_USER=jenkins
+  TERM=unknown
+  TZ=/usr/share/zoneinfo/Etc/GMT-14
+  UID=0
+  USER=root
+  _='I: set'
+  http_proxy=http://213.165.73.152:3128
 I: uname -a
-  Linux ionos1-amd64 6.1.0-31-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.1.128-1 (2025-02-07) x86_64 GNU/Linux
+  Linux i-capture-the-hostname 6.12.9+bpo-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.12.9-1~bpo12+1 (2025-01-19) x86_64 GNU/Linux
 I: ls -l /bin
-  lrwxrwxrwx 1 root root 7 Nov 22 14:40 /bin -> usr/bin
-I: user script /srv/workspace/pbuilder/445812/tmp/hooks/D02_print_environment finished
+  lrwxrwxrwx 1 root root 7 Nov 22  2024 /bin -> usr/bin
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/D02_print_environment finished
  -> Attempting to satisfy build-dependencies
  -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package
 Package: pbuilder-satisfydepends-dummy
@@ -700,7 +732,7 @@
 Get: 505 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 python3-requests all 2.32.3+dfsg-4 [72.1 kB]
 Get: 506 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 sharutils amd64 1:4.15.2-10 [268 kB]
 Get: 507 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 swig amd64 4.3.0-1 [1503 kB]
-Fetched 323 MB in 15s (22.1 MB/s)
+Fetched 323 MB in 20s (16.2 MB/s)
 Preconfiguring packages ...
 Selecting previously unselected package libsystemd-shared:amd64.
 (Reading database ... 
(Reading database ... 5%
(Reading database ... 10%
(Reading database ... 15%
(Reading database ... 20%
(Reading database ... 25%
(Reading database ... 30%
(Reading database ... 35%
(Reading database ... 40%
(Reading database ... 45%
(Reading database ... 50%
(Reading database ... 55%
(Reading database ... 60%
(Reading database ... 65%
(Reading database ... 70%
(Reading database ... 75%
(Reading database ... 80%
(Reading database ... 85%
(Reading database ... 90%
(Reading database ... 95%
(Reading database ... 100%
(Reading database ... 19798 files and directories currently installed.)
@@ -2329,8 +2361,8 @@
 Setting up tzdata (2025a-2) ...
 
 Current default time zone: 'Etc/UTC'
-Local time is now:      Wed Feb 19 19:05:05 UTC 2025.
-Universal Time is now:  Wed Feb 19 19:05:05 UTC 2025.
+Local time is now:      Wed Mar 25 02:44:03 UTC 2026.
+Universal Time is now:  Wed Mar 25 02:44:03 UTC 2026.
 Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it.
 
 Setting up libboost-atomic1.83.0:amd64 (1.83.0-4.1) ...
@@ -2817,7 +2849,11 @@
 Building tag database...
  -> Finished parsing the build-deps
 I: Building the package
-I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S  > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting
+Not re-configuring usrmerge for unstable
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished
+hostname: Name or service not known
+I: Running cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S  > ../coot_1.1.09+dfsg-4_source.changes
 dpkg-buildpackage: info: source package coot
 dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.09+dfsg-4
 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable
@@ -3136,8 +3172,8 @@
 -- Found Boost: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/cmake/Boost-1.83.0/BoostConfig.cmake (found version "1.83.0") found components: iostreams system python regex thread serialization
 -- Found Python: /usr/bin/python3 (found suitable version "3.13.2", minimum required is "3.10") found components: Interpreter Development.Module Development.SABIModule
 -- Note: MAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS was not enabled
--- Configuring done (8.5s)
--- Generating done (0.3s)
+-- Configuring done (2.3s)
+-- Generating done (0.1s)
 CMake Warning:
   Manually-specified variables were not used by the project:
 
@@ -3152,7 +3188,7 @@
 -- Build files have been written to: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu
 make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg'
    dh_auto_build
-	make -j20
+	make -j42
 make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg'
 Making all in auxil
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/auxil'
@@ -3198,11 +3234,11 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/macros'
 Making all in compat
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt.lo getopt.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o getopt1.lo getopt1.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt1.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/getopt1.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo  
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c getopt.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/getopt.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-compat.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu getopt.lo getopt1.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/getopt.o .libs/getopt1.o   -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-compat.so.0 -o .libs/libcoot-compat.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-compat.so.0" && ln -s "libcoot-compat.so.0.0.0" "libcoot-compat.so.0")
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@@ -3210,41 +3246,41 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat'
 Making all in utils
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils'
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gdk-keysyms.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gdk-keysyms.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-fasta.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-fasta.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DBACKWARD_HAS_DW=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c radix.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/radix.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-utils.lo coot-fasta.lo atomic-numbers.lo setup-syminfo.lo gdk-keysyms.lo hsv-rgb.lo dodec.lo win-compat.lo threads.lo align-utils.lo base64-encode-decode.lo pir-alignment.lo split-indices.lo radix.lo logging.lo insertion-sort.lo colour-holder.lo  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -ldw -lelf  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-utils.o .libs/coot-fasta.o .libs/atomic-numbers.o .libs/setup-syminfo.o .libs/gdk-keysyms.o .libs/hsv-rgb.o .libs/dodec.o .libs/win-compat.o .libs/threads.o .libs/align-utils.o .libs/base64-encode-decode.o .libs/pir-alignment.o .libs/split-indices.o .libs/radix.o .libs/logging.o .libs/insertion-sort.o .libs/colour-holder.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -ldw -lelf -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-utils.so.0 -o .libs/libcoot-utils.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-utils.so.0" && ln -s "libcoot-utils.so.0.0.0" "libcoot-utils.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-utils.so" && ln -s "libcoot-utils.so.0.0.0" "libcoot-utils.so")
@@ -3252,13 +3288,13 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils'
 Making all in protein_db
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db.lo protein_db.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db_utils.lo protein_db_utils.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o rna_db.lo rna_db.cpp
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db_utils.lo protein_db_utils.cpp
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o rna_db.lo rna_db.cpp
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db_utils.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db_utils.o
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/protein_db.o .libs/protein_db_utils.o .libs/rna_db.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-protein-db.so.0 -o .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so.0" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-protein-db.so" && ln -s "libcoot-protein-db.so.0.0.0" "libcoot-protein-db.so")
@@ -3266,13 +3302,13 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db'
 Making all in mini-mol
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mini-mol.lo mini-mol.cc
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mini-mol-utils.lo mini-mol-utils.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so.0" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-mini-mol.so" && ln -s "libcoot-mini-mol.so.0.0.0" "libcoot-mini-mol.so")
@@ -3280,53 +3316,53 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol'
 Making all in geometry
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry'
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat/.libs ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so.0" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-geometry.so" && ln -s "libcoot-geometry.so.0.0.0" "libcoot-geometry.so")
@@ -3334,33 +3370,33 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry'
 Making all in lidia-core
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core'
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3  
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c chemical-feature-clusters.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/chemical-feature-clusters.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c atom-types.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/atom-types.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_SQLITE3 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c svg-molecule.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/svg-molecule.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so.0" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-lidia-core.so" && ln -s "libcoot-lidia-core.so.0.0.0" "libcoot-lidia-core.so")
@@ -3369,167 +3405,167 @@
 Making all in coot-utils
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils'
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so.0" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.so" && ln -s "libcoot-coord-utils.so.0.0.0" "libcoot-coord-utils.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-utils.la" && ln -s "../libcoot-coord-utils.la" "libcoot-coord-utils.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread -lz 
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread -lz 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.so.0" && ln -s "libcoot-coord-extras.so.0.0.0" "libcoot-coord-extras.so.0")
@@ -3538,23 +3574,23 @@
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.so" && ln -s "libcoot-map-utils.so.0.0.0" "libcoot-map-utils.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-coord-extras.la" && ln -s "../libcoot-coord-extras.la" "libcoot-coord-extras.la" )
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-utils.la" && ln -s "../libcoot-map-utils.la" "libcoot-map-utils.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-mmrrcc mmrrcc.o ./libcoot-map-utils.la ./libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0
-libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0")
 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-mmrrcc mmrrcc.o  ./.libs/libcoot-map-utils.so ./.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2
+libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so.0" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.so" && ln -s "libcoot-map-heavy.so.0.0.0" "libcoot-map-heavy.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-map-heavy.la" && ln -s "../libcoot-map-heavy.la" "libcoot-map-heavy.la" )
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils'
 Making all in angles
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-theta_2-autogen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo.lo `test -f 'AngleInfo.cc' || echo './'`AngleInfo.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.lo `test -f 'AngleInfo-theta_2-autogen.cc' || echo './'`AngleInfo-theta_2-autogen.cc
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 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-angle-torsions-autogen.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AngleInfo-theta_2-autogen.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/libcoot_AngleInfo_la-AngleInfo-theta_2-autogen.o
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-AngleInfo.so.0" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-AngleInfo.so" && ln -s "libcoot-AngleInfo.so.0.0.0" "libcoot-AngleInfo.so")
@@ -3562,19 +3598,19 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles'
 Making all in ccp4mg-utils
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils'
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libccp4mg-utils.so.0" && ln -s "libccp4mg-utils.so.0.0.0" "libccp4mg-utils.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libccp4mg-utils.so" && ln -s "libccp4mg-utils.so.0.0.0" "libccp4mg-utils.so")
@@ -3582,11 +3618,11 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils'
 Making all in db-main
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main'
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/db-main.o .libs/db-strands.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so.0" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-db-main.so" && ln -s "libcoot-db-main.so.0.0.0" "libcoot-db-main.so")
@@ -3595,43 +3631,43 @@
 Making all in analysis
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis'
 g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o bfactan.o bfactan.cc
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 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-analysis.la" && ln -s "../libcoot-analysis.la" "libcoot-analysis.la" )
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-bfactan bfactan.o libcoot-analysis.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-bfactan bfactan.o  ./.libs/libcoot-analysis.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis'
 Making all in cootaneer
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o buccaneer-lib.lo buccaneer-lib.cpp
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcootaneer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu buccaneer-lib.lo buccaneer-prot.lo buccaneer-sequence.lo cootaneer-sequence.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/buccaneer-lib.o .libs/buccaneer-prot.o .libs/buccaneer-sequence.o .libs/cootaneer-sequence.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcootaneer.so.0 -o .libs/libcootaneer.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootaneer.so.0" && ln -s "libcootaneer.so.0.0.0" "libcootaneer.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootaneer.so" && ln -s "libcootaneer.so.0.0.0" "libcootaneer.so")
@@ -3640,132 +3676,151 @@
 Making all in ideal
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal'
 g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mini-rsr.o mini-rsr.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o make-restraints.lo make-restraints.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o ng.lo ng.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o chi-squareds.lo chi-squareds.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mods.lo mods.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o flanking.lo flanking.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c neutron.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/neutron.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpng16  -lm 
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c zo-rama.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/zo-rama.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpng16  -lm 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs -lpthread ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so.0" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.so" && ln -s "libcoot-ideal.so.0.0.0" "libcoot-ideal.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ideal.la" && ln -s "../libcoot-ideal.la" "libcoot-ideal.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o mini-rsr-bin mini-rsr.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o coot-ligand-validation-bin lv.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o mini-rsr-bin mini-rsr.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++   -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -lmmdb2  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2   -Wl,-z,relro -o coot-ligand-validation-bin lv.o ./libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lpthread 
 libtool: link: g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-ligand-validation-bin lv.o  -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 ./.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -lpthread
 libtool: link: g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/mini-rsr-bin mini-rsr.o  ./.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal'
 Making all in ligand
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand'
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 In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64,
                  from /usr/include/c++/14/string:51,
                  from /usr/include/c++/14/bits/locale_classes.h:40,
@@ -3794,25 +3849,31 @@
 residue_by_phi_psi.cc:682:80: note: '<anonymous>' declared here
   682 |             atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos);
       |                                                                                ^
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rama-rsr-extend-fragments.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I..  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o dSFMT.lo dSFMT.c
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c new-residue-by-3-phi-psi.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o
-libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c dSFMT.c  -fPIC -DPIC -o .libs/dSFMT.o
+In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64,
+                 from /usr/include/c++/14/string:51,
+                 from /usr/include/c++/14/stdexcept:39,
+                 from ../coot-utils/coot-coord-utils.hh:26,
+                 from new-residue-by-3-phi-psi.cc:28:
+In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_<std::is_move_assignable<_Tp>, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]',
+    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13,
+    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80:
+/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '<unnamed>.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::upstream_C.std::pair<bool, clipper::Coord_orth>::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
+  938 |         second = std::forward<second_type>(__p.second);
+      |         ^~~~~~
+new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const':
+new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '<anonymous>' declared here
+  127 |             atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos);
+      |                                                                                ^
+In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_<std::is_move_assignable<_Tp>, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]',
+    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13,
+    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80:
+/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '<unnamed>.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::downstream_N.std::pair<bool, clipper::Coord_orth>::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
+  938 |         second = std::forward<second_type>(__p.second);
+      |         ^~~~~~
+new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const':
+new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '<anonymous>' declared here
+  127 |             atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos);
+      |                                                                                ^
 In file included from /usr/include/clipper/core/cell.h:50,
                  from /usr/include/clipper/core/coords.h:49,
                  from /usr/include/clipper/core/fftmap.h:49,
@@ -3939,45 +4000,20 @@
 trace.cc:223:29: note: 'rtop_best.clipper::RTop_orth::<unnamed>.clipper::RTop<double>::trn_.clipper::Vec3<double>::vec[2]' was declared here
   223 |          clipper::RTop_orth rtop_best;
       |                             ^~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/c++/14/bits/stl_algobase.h:64,
-                 from /usr/include/c++/14/string:51,
-                 from /usr/include/c++/14/stdexcept:39,
-                 from ../coot-utils/coot-coord-utils.hh:26,
-                 from new-residue-by-3-phi-psi.cc:28:
-In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_<std::is_move_assignable<_Tp>, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]',
-    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13,
-    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80:
-/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '<unnamed>.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::upstream_C.std::pair<bool, clipper::Coord_orth>::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
-  938 |         second = std::forward<second_type>(__p.second);
-      |         ^~~~~~
-new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const':
-new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '<anonymous>' declared here
-  127 |             atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos);
-      |                                                                                ^
-In member function 'std::pair<_T1, _T2>& std::pair<_T1, _T2>::operator=(std::__conditional_t<((bool)std::__and_<std::is_move_assignable<_Tp>, std::is_move_assignable<_T2> >::value), std::pair<_T1, _T2>&&, std::__nonesuch&&>) [with _T1 = bool; _T2 = clipper::Coord_orth]',
-    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t& coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::operator=(coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t&&)' at new-residue-by-3-phi-psi.hh:54:13,
-    inlined from 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const' at new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80:
-/usr/include/c++/14/bits/stl_pair.h:938:9: warning: '<unnamed>.coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t::downstream_N.std::pair<bool, clipper::Coord_orth>::second' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
-  938 |         second = std::forward<second_type>(__p.second);
-      |         ^~~~~~
-new-residue-by-3-phi-psi.cc: In member function 'coot::new_residue_by_3_phi_psi::connecting_atoms_t coot::new_residue_by_3_phi_psi::get_connecting_residue_atoms() const':
-new-residue-by-3-phi-psi.cc:127:80: note: '<anonymous>' declared here
-  127 |             atoms_in_residue = connecting_atoms_t(N_at_pos, CA_at_pos, C_at_pos);
-      |                                                                                ^
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread 
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.so" && ln -s "libcoot-ligand.so.0.0.0" "libcoot-ligand.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-ligand.la" && ln -s "../libcoot-ligand.la" "libcoot-ligand.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-findligand-bin find-ligand.o ./libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../utils/libcoot-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-make-ligands-db make-ligands-db.o ./libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../utils/libcoot-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../compat/libcoot-compat.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-identify-protein-bin identify-protein.o ./libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-identify-protein-bin identify-protein.o  ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -fopenmp
+libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-make-ligands-db make-ligands-db.o  ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -fopenmp
 libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-findligand-bin find-ligand.o  ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp
 libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-findwaters-bin find-waters.o  ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp
-libtool: link: g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-make-ligands-db make-ligands-db.o  ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -fopenmp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot-ligand.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-res-tracer.so.0" && ln -s "libcoot-res-tracer.so.0.0.0" "libcoot-res-tracer.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-res-tracer.so" && ln -s "libcoot-res-tracer.so.0.0.0" "libcoot-res-tracer.so")
@@ -3985,39 +4021,39 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand'
 Making all in coords
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Bond_lines.lo Bond_lines.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c phi-psi-prob.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/phi-psi-prob.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rotamer-markup.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/rotamer-markup.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rama-plot-phi-psi.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/rama-plot-phi-psi.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DXDATADIR='"/usr/share"'  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coords.so.0" && ln -s "libcoot-coords.so.0.0.0" "libcoot-coords.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-coords.so" && ln -s "libcoot-coords.so.0.0.0" "libcoot-coords.so")
@@ -4025,16 +4061,16 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords'
 Making all in density-contour
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Vectors.lo Vectors.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CIsoSurface.lo CIsoSurface.cpp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o density-contour-triangles.lo density-contour-triangles.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o occlusion.lo occlusion.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Vectors.lo Vectors.cpp
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CIsoSurface.lo CIsoSurface.cpp
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o density-contour-triangles.lo density-contour-triangles.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o occlusion.lo occlusion.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c occlusion.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/occlusion.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CIsoSurface.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CIsoSurface.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c occlusion.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/occlusion.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c density-contour-triangles.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/density-contour-triangles.o
 CIsoSurface.cpp: In member function 'coot::CartesianPairInfo CIsoSurface<T>::GenerateSurface_from_NXmap(const clipper::NXmap<T>&, T, float, coot::Cartesian, int) [with T = float]':
 CIsoSurface.cpp:786:24: warning: 'grid_min' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
   786 |    clipper::Grid_range grid(grid_min, grid_max);
@@ -4057,7 +4093,7 @@
 CIsoSurface.cpp:785:24: note: 'grid_max' declared here
   785 |    clipper::Coord_grid grid_max;
       |                        ^~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so.0" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-isosurface.so" && ln -s "libcoot-isosurface.so.0.0.0" "libcoot-isosurface.so")
@@ -4065,13 +4101,13 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour'
 Making all in skeleton
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o dm-utils.lo dm-utils.cc
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-skeleton.so.0" && ln -s "libcoot-skeleton.so.0.0.0" "libcoot-skeleton.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-skeleton.so" && ln -s "libcoot-skeleton.so.0.0.0" "libcoot-skeleton.so")
@@ -4079,15 +4115,15 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton'
 Making all in high-res
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res'
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 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-high-res.so" && ln -s "libcoot-high-res.so.0.0.0" "libcoot-high-res.so")
@@ -4095,9 +4131,9 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res'
 Making all in build
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build'
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 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CalphaBuild.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/CalphaBuild.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/CalphaBuild.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles/.libs ../angles/.libs/libcoot-AngleInfo.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so.0" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-cabuild.so" && ln -s "libcoot-cabuild.so.0.0.0" "libcoot-cabuild.so")
@@ -4107,53 +4143,69 @@
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles'
 Making all in CXXSurface
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXCircle.lo CXXCircle.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXCircleNode.lo CXXCircleNode.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXCoord.lo CXXCoord.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXFortranFile.lo CXXFortranFile.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXNewHood.lo CXXNewHood.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereElement.lo CXXSphereElement.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereNode.lo CXXSphereNode.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangle.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSphereTriangleEdge.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSurface.lo CXXSurface.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSurfaceVertex.lo CXXSurfaceVertex.cpp
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 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXChargeTable.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXChargeTable.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSpace.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSpace.o
+CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+   87 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
+CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+  157 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+  431 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
+  569 | #warning Compiling for OMP
+      |  ^~~~~~~
 CXXCreator.cpp:803:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
   803 | #warning Compiling for OMP
       |  ^~~~~~~
-CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)':
-CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-   32 |         if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) {
-      |             ~~~~~~~~~~~~^~~
 In file included from CXXTorusNode.h:27,
                  from CXXTorusNode.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
@@ -4172,20 +4224,61 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)':
-CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  361 |         if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) {
-      |             ~~~~~~~~~^~~~
-CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  361 |         if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) {
-      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~
-CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  361 |         if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) {
-      |                                                                  ~~~~~~^~~~
-CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)':
-CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
-  743 |         if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) {
-      |             ~~~~~~~~^~~~~~~~
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXTorusElement.cpp:26:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXTriangle.h:27,
+                 from CXXTriangle.cpp:25:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXCircle.cpp:26:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from CXXSpace.h:25,
                  from CXXSpace.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
@@ -4205,6 +4298,30 @@
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXNewHood.cpp:27:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXBall.cpp:25:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
                  from CXXCircleNode.cpp:24:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
@@ -4214,14 +4331,44 @@
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
       |                ^
 CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
 CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
 CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)':
+CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  192 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
+      |                   ~^~~~~~~
+CXXFortranFile.cpp:203:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  203 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
+      |                   ~^~~~~~~
+CXXFortranFile.cpp: In member function 'int CXXFortranFile::putFortranData(char*, size_t, size_t, int)':
+CXXFortranFile.cpp:246:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  246 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
+      |                   ~^~~~~~~
+CXXFortranFile.cpp:257:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  257 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
+      |                   ~^~~~~~~
+CXXFFTSolventMap.cpp: In constructor 'SolventMap::SolventMap(fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real, fftw_real)':
+CXXFFTSolventMap.cpp:32:25: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+   32 |         if (probeRadius < 0 | gridSpacing < 0) {
+      |             ~~~~~~~~~~~~^~~
 In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
                  from CXXQADSurfaceStaticData.cpp:24:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
@@ -4240,8 +4387,58 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::convoluteSolidProbe(fftw_real, int, int, float)':
+CXXFFTSolventMap.cpp:361:22: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  361 |         if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) {
+      |             ~~~~~~~~~^~~~
+CXXFFTSolventMap.cpp:361:59: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  361 |         if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) {
+      |                                            ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~
+CXXFFTSolventMap.cpp:361:72: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  361 |         if (FFTProbe == 0 | FFTGrid == 0 | FourierScratch == 0 | Probe == 0) {
+      |                                                                  ~~~~~~^~~~
 In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXNewHood.cpp:27:
+                 from CXXSurfaceMaker.cpp:31:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+CXXFFTSolventMap.cpp: In member function 'int SolventMap::dumpXSlice(int, int, int)':
+CXXFFTSolventMap.cpp:743:21: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
+  743 |         if (SliceNr > dim[0] | SliceNr < 1) {
+      |             ~~~~~~~~^~~~~~~~
+In file included from CXXSphereTriangleEdge.h:29,
+                 from CXXSphereTriangleEdge.cpp:26:
+CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from CXXCreator.h:41,
+                 from CXXCreator.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4345,7 +4542,6 @@
 CXXSpace.cpp:261:67: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   261 |         if (i < 0 | j < 0 | k < 0 | i == dim[0] | j == dim[1] | k == dim[2]) {
       |                                                                 ~~^~~~~~~~~
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXException.lo CXXException.cpp
 CXXSpace.cpp: In member function 'int CXXSpace::dumpSpaceSlice(int, int, int)':
 CXXSpace.cpp:507:23: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   507 |         if (dimension > 2 | dimension < 0) {
@@ -4362,11 +4558,6 @@
 CXXSpace.cpp:541:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if'
   541 |                                                                 break;
       |                                                                 ^~~~~
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXSurfaceVertex.cpp:25:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
 CXXSpace.cpp:578:57: warning: this 'if' clause does not guard... [-Wmisleading-indentation]
   578 |                                                         if (i == (dim[0]-1))
       |                                                         ^~
@@ -4382,80 +4573,19 @@
 CXXSpace.cpp:620:57: warning: this 'if' clause does not guard... [-Wmisleading-indentation]
   620 |                                                         if (i == (dim[0]-1))
       |                                                         ^~
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
 CXXSpace.cpp:623:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if'
   623 |                                                                 break;
       |                                                                 ^~~~~
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 CXXSpace.cpp:628:57: warning: this 'if' clause does not guard... [-Wmisleading-indentation]
   628 |                                                         if (i == (dim[0]-1))
       |                                                         ^~
 CXXSpace.cpp:631:65: note: ...this statement, but the latter is misleadingly indented as if it were guarded by the 'if'
   631 |                                                                 break;
       |                                                                 ^~~~~
-CXXFortranFile.cpp: In member function 'size_t CXXFortranFile::getFortranData(char*, size_t, size_t, int)':
-CXXFortranFile.cpp:192:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  192 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
-      |                   ~^~~~~~~
-CXXFortranFile.cpp:203:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  203 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
-      |                   ~^~~~~~~
-CXXFortranFile.cpp: In member function 'int CXXFortranFile::putFortranData(char*, size_t, size_t, int)':
-CXXFortranFile.cpp:246:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  246 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
-      |                   ~^~~~~~~
-CXXFortranFile.cpp:257:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  257 |     for (int i=0; i<nItems; i++){
-      |                   ~^~~~~~~
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXSphereElement.cpp:26:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXCircle.cpp:26:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXQADSurface.cpp:24:
+                 from CXXTriangle.h:27,
+                 from CXXSurface.h:39,
+                 from CXXSurface.cpp:29:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4473,8 +4603,7 @@
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXTriangle.h:27,
-                 from CXXTriangle.cpp:25:
+                 from CXXSurfaceVertex.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4491,10 +4620,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from CXXCoord.cpp:25:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
 In file included from CXXSphereTriangle.h:28,
                  from CXXSphereTriangle.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
@@ -4513,22 +4638,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXException.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXException.o
-In file included from CXXSphereNode.h:30,
-                 from CXXSphereNode.cpp:25:
+In file included from CXXCoord.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4545,8 +4655,8 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from CXXCreator.h:41,
-                 from CXXCreator.cpp:25:
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXQADSurface.cpp:24:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4563,8 +4673,25 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from CXXSphereTriangleEdge.h:29,
-                 from CXXSphereTriangleEdge.cpp:26:
+CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, double, CXXSurfaceMaker*, int)':
+CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   88 |         for (int i=0; i< nBalls; i++){
+      |                       ~^~~~~~~~
+CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   93 |         if (!(i%100) || i==nBalls-1) {
+      |                         ~^~~~~~~~~~
+CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector<CXXCircleNode>&, double, std::map<CXXCircleNode*, std::vector<CXXCircleNode*> >&)':
+CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator<CXXCircleNode*, std::vector<CXXCircleNode> > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  176 |                 for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){
+      |                                             ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  129 |     for (int i=0; i<nBalls; i++){
+      |                   ~^~~~~~~
+CXXBall.cpp:160:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  160 |     for (int i=0; i<trimmedBalls.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
+                 from CXXSphereElement.cpp:26:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4581,13 +4708,113 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXUtils.lo CXXUtils.cpp
-CXXCircleNode.cpp: In static member function 'static int CXXCircleNode::probeContacts(std::vector<CXXCircleNode>&, double, std::map<CXXCircleNode*, std::vector<CXXCircleNode*> >&)':
-CXXCircleNode.cpp:176:59: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<__gnu_cxx::__normal_iterator<CXXCircleNode*, std::vector<CXXCircleNode> > >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  176 |                 for (int iCentralProbe = 0; iCentralProbe < centralBin.size(); iCentralProbe++){
-      |                                             ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXTorusElement.cpp:26:
+CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::ballContacts(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, std::map<const CXXBall*, std::vector<const CXXBall*> >&)':
+CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  295 |     for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){
+      |                       ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)':
+CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  155 |         for (int i=0; i<nTriangles; i++){
+      |                       ~^~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurface::measuredProperties()':
+CXXSurface.cpp:212:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  212 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
+      |                              ~^~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp:225:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  225 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
+      |                              ~^~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateVDWFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
+CXXSurfaceMaker.cpp:193:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  193 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:196:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  196 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(vdwBallPntrs[i]);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:198:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  198 |     for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:204:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  204 |                 delete static_cast<const CXXAtomBall *>(contextBallPntrs[i]);
+      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'std::string CXXSurface::report()':
+CXXSurface.cpp:266:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  266 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
+      |                              ~^~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateAccessibleFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
+CXXSurfaceMaker.cpp:255:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  255 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:258:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  258 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(vdwBallPntrs[i]);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp:279:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  279 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
+      |                              ~^~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:260:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  260 |     for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:266:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  266 |                 delete static_cast<const CXXAtomBall *>(contextBallPntrs[i]);
+      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::writeAsGrasp(std::string)':
+CXXSurface.cpp:409:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  409 |         for (i=0; i<nTriangles; i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::colorByColourArray(const std::vector<double*>&, mmdb::Manager*, int)':
+CXXSurface.cpp:497:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  497 |     for (int i=0; i< nVerts; i++){
+      |                   ~^~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithVectorData(size_t, std::string, size_t, double*)':
+CXXSurface.cpp:585:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  585 |     if (int(vertices.size()) < start + count){
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithPointerData(size_t, std::string, size_t, void**)':
+CXXSurface.cpp:599:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  599 |     if (int(vertices.size()) < start + count){
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
+CXXSurfaceMaker.cpp:509:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  509 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:512:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  512 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(vdwBallPntrs[i]);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:514:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  514 |     for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:517:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  517 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(contextBallPntrs[i]);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:520:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  520 |     for (int i = 0; i < reentrantProbes.size(); i++)
+      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp:522:9: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXReentrantProbeBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+  522 |         delete static_cast<const CXXReentrantProbeBall *>(reentrantProbes[i]);
+      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::setCoord(const std::string&, size_t, const CXXCoord<double>&)':
+CXXSurface.cpp:817:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  817 |     if (int(vertices.size()) <= iVertex){
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
+CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurfaceMaker::measuredProperties()':
+CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurface>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  571 |     for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++)
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::getCoord(size_t, size_t, double*)':
+CXXSurface.cpp:950:14: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+  950 |     if (type <= int(vectors.size())){
+      |         ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp: In member function 'void CXXSurface::compress(double)':
+CXXSurface.cpp:1013:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurfaceVertex>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+ 1013 |     for (int i=0; i<vertices.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp:1015:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurfaceVertex>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+ 1015 |         for (int j=0; j<compressedVertices.size() && uniqueAndDrawn; j++){
+      |                       ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CXXSurface.cpp:1031:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXTriangle>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+ 1031 |     for (int i=0; i<triangles.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from CXXSphereNode.h:30,
+                 from CXXSphereNode.cpp:25:
 CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -4604,9 +4831,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXUtils.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXUtils.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXBall.lo CXXBall.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o CXXSurfaceMaker.lo CXXSurfaceMaker.cpp
 CXXCreator.cpp: In member function 'int CXXCreator::distributeAtomCharge(CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, CXXCoord<double>, int)':
 CXXCreator.cpp:261:28: warning: suggest parentheses around comparison in operand of '|' [-Wparentheses]
   261 |     if (distanceVector.x() < 0 | distanceVector.y() < 0 | distanceVector.z() < 0) {
@@ -4672,199 +4896,11 @@
 CXXSphereElement.cpp:673:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   673 |         for (int i=0; i<nEdges(); i++){
       |                       ~^~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXBall.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXBall.o
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXTriangle.h:27,
-                 from CXXSurface.h:39,
-                 from CXXSurface.cpp:29:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CXXSurfaceMaker.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/CXXSurfaceMaker.o
-CXXBall.cpp:87:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-   87 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
-CXXBall.cpp:157:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-  157 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:431:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-  431 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:569:2: warning: #warning Compiling for OMP [-Wcpp]
-  569 | #warning Compiling for OMP
-      |  ^~~~~~~
 CXXQADSurface.cpp: In member function 'int CXXQADSurface::contourMap(double)':
 CXXQADSurface.cpp:599:75: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'size_t' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
   599 |                                                                  iCompare >=compareStart && !iEquivalent;
       |                                                                  ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::readGraspFile(std::string)':
-CXXSurface.cpp:155:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  155 |         for (int i=0; i<nTriangles; i++){
-      |                       ~^~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurface::measuredProperties()':
-CXXSurface.cpp:212:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  212 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
-      |                              ~^~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp:225:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  225 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
-      |                              ~^~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'std::string CXXSurface::report()':
-CXXSurface.cpp:266:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  266 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
-      |                              ~^~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp:279:31: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  279 |         for (i=0, area = 0.; i<nTriangles; i++){
-      |                              ~^~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::writeAsGrasp(std::string)':
-CXXSurface.cpp:409:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  409 |         for (i=0; i<nTriangles; i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::colorByColourArray(const std::vector<double*>&, mmdb::Manager*, int)':
-CXXSurface.cpp:497:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  497 |     for (int i=0; i< nVerts; i++){
-      |                   ~^~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithVectorData(size_t, std::string, size_t, double*)':
-CXXSurface.cpp:585:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  585 |     if (int(vertices.size()) < start + count){
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::updateWithPointerData(size_t, std::string, size_t, void**)':
-CXXSurface.cpp:599:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  599 |     if (int(vertices.size()) < start + count){
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'size_t CXXSurface::setCoord(const std::string&, size_t, const CXXCoord<double>&)':
-CXXSurface.cpp:817:30: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  817 |     if (int(vertices.size()) <= iVertex){
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'int CXXSurface::getCoord(size_t, size_t, double*)':
-CXXSurface.cpp:950:14: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'const size_t' {aka 'const long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-  950 |     if (type <= int(vectors.size())){
-      |         ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp: In member function 'void CXXSurface::compress(double)':
-CXXSurface.cpp:1013:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurfaceVertex>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
- 1013 |     for (int i=0; i<vertices.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp:1015:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurfaceVertex>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
- 1015 |         for (int j=0; j<compressedVertices.size() && uniqueAndDrawn; j++){
-      |                       ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurface.cpp:1031:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXTriangle>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
- 1031 |     for (int i=0; i<triangles.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXBall.cpp:25:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from CXXSurfaceVertex.h:26,
-                 from CXXSurfaceMaker.cpp:31:
-CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::triangulateBalls(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, double, CXXSurfaceMaker*, int)':
-CXXBall.cpp:88:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   88 |         for (int i=0; i< nBalls; i++){
-      |                       ~^~~~~~~~
-CXXBall.cpp:93:26: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   93 |         if (!(i%100) || i==nBalls-1) {
-      |                         ~^~~~~~~~~~
-CXXBall.cpp:129:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  129 |     for (int i=0; i<nBalls; i++){
-      |                   ~^~~~~~~
-CXXBall.cpp:160:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  160 |     for (int i=0; i<trimmedBalls.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXBall.cpp: In static member function 'static int CXXBall::ballContacts(std::vector<const CXXBall*>&, std::vector<const CXXBall*>&, std::map<const CXXBall*, std::vector<const CXXBall*> >&)':
-CXXBall.cpp:295:28: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  295 |     for (int iBall=0; iBall< balls.size(); iBall++){
-      |                       ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateVDWFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
-CXXSurfaceMaker.cpp:193:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  193 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:196:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  196 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(vdwBallPntrs[i]);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:198:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  198 |     for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:204:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  204 |                 delete static_cast<const CXXAtomBall *>(contextBallPntrs[i]);
-      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateAccessibleFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
-CXXSurfaceMaker.cpp:255:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  255 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:258:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  258 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(vdwBallPntrs[i]);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:260:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  260 |     for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:266:17: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  266 |                 delete static_cast<const CXXAtomBall *>(contextBallPntrs[i]);
-      |                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'int CXXSurfaceMaker::calculateFromAtoms(mmdb::Manager*, int, int, double, double, double, bool)':
-CXXSurfaceMaker.cpp:509:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  509 |     for (int i = 0; i < vdwBallPntrs.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:512:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  512 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(vdwBallPntrs[i]);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:514:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  514 |     for (int i = 0; i < contextBallPntrs.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:517:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXAtomBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  517 |             delete static_cast<const CXXAtomBall *>(contextBallPntrs[i]);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:520:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<const CXXBall*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  520 |     for (int i = 0; i < reentrantProbes.size(); i++)
-      |                     ~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp:522:9: warning: deleting object of polymorphic class type 'CXXReentrantProbeBall' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-  522 |         delete static_cast<const CXXReentrantProbeBall *>(reentrantProbes[i]);
-      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-CXXSurfaceMaker.cpp: In member function 'SurfaceParameters CXXSurfaceMaker::measuredProperties()':
-CXXSurfaceMaker.cpp:571:47: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXSurface>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  571 |     for (int iChildSurface = 0; iChildSurface < childSurfaces.size(); iChildSurface++)
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2  
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -fopenmp  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CXXCircle.lo CXXCircleNode.lo CXXCoord.lo CXXFortranFile.lo CXXNewHood.lo CXXSphereElement.lo CXXSphereNode.lo CXXSphereTriangle.lo CXXSphereTriangleEdge.lo CXXSurface.lo CXXSurfaceVertex.lo CXXTorusElement.lo CXXTorusNode.lo CXXTriangle.lo CXXQADSurface.lo CXXQADSurfaceStaticData.lo CXXCreator.lo CXXSpace.lo CXXFFTSolventMap.lo CXXChargeTable.lo CXXException.lo CXXUtils.lo CXXBall.lo CXXSurfaceMaker.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/CXXCircle.o .libs/CXXCircleNode.o .libs/CXXCoord.o .libs/CXXFortranFile.o .libs/CXXNewHood.o .libs/CXXSphereElement.o .libs/CXXSphereNode.o .libs/CXXSphereTriangle.o .libs/CXXSphereTriangleEdge.o .libs/CXXSurface.o .libs/CXXSurfaceVertex.o .libs/CXXTorusElement.o .libs/CXXTorusNode.o .libs/CXXTriangle.o .libs/CXXQADSurface.o .libs/CXXQADSurfaceStaticData.o .libs/CXXCreator.o .libs/CXXSpace.o .libs/CXXFFTSolventMap.o .libs/CXXChargeTable.o .libs/CXXException.o .libs/CXXUtils.o .libs/CXXBall.o .libs/CXXSurfaceMaker.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lsrfftw -lsfftw -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so")
@@ -4872,49 +4908,136 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
 Making all in CXXClasses
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo `test -f 'AtomPropertyRampColorRule.cpp' || echo './'`AtomPropertyRampColorRule.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo `test -f 'DirectedPositionedEntity.cpp' || echo './'`DirectedPositionedEntity.cpp
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+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo `test -f 'DiscreteSegment.cpp' || echo './'`DiscreteSegment.cpp
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+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo `test -f 'DishyBase.cpp' || echo './'`DishyBase.cpp
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c AtomPropertyRampColorRule.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DirectedPositionedEntity.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Representation.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DishyBase.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector3.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o
+In file included from MyMolecule.h:28,
+                 from MyMolecule.cpp:27:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from Representation.h:36,
+                 from Representation.cpp:33:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from CylindersPrimitive.h:29,
+                 from BoxSectionPrimitive.h:31,
+                 from BoxSectionPrimitive.cpp:32:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from DishyBase.h:31,
+                 from DishyBase.cpp:23:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
 In file included from ColorRule.h:29,
-                 from AtomPropertyRampColorRule.h:27,
-                 from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25:
+                 from ColorScheme.h:32,
+                 from SecondaryColorScheme.h:29,
+                 from SecondaryColorScheme.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4938,9 +5061,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from RepresentationInstance.h:32,
-                 from RepresentationInstance.cpp:25:
+In file included from CXXMatrix.h:28,
+                 from CXXMatrix.cpp:24:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4951,9 +5073,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from Representation.h:36,
-                 from Representation.cpp:33:
+In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4964,15 +5085,20 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from BondsPrimitive.h:28,
-                 from BondsPrimitive.cpp:25:
+In file included from PositionedEntity.h:28,
+                 from PositionedEntity.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from BallsPrimitive.h:33,
-                 from BallsPrimitive.cpp:28:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from CylinderPoint.h:29,
+                 from CylinderPoint.cpp:28:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4983,6 +5109,11 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+In file included from ColorRule.h:29,
+                 from AtomPropertyRampColorRule.h:27,
+                 from AtomPropertyRampColorRule.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    44 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -4991,8 +5122,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from DisplayPrimitive.cpp:25:
+In file included from Renderer.h:28,
+                 from Renderer.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5015,21 +5146,59 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
+In file included from ColorRule.h:29,
+                 from ColorRule.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
 In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from Light.h:29,
                  from Light.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
+In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from RepresentationInstance.h:32,
+                 from RepresentationInstance.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from CXXMatrix.h:28,
-                 from CXXMatrix.cpp:24:
+In file included from NRStuff.h:31,
+                 from DiscreteSegment.h:26,
+                 from DiscreteSegment.cpp:26:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from DisplayPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5041,9 +5210,22 @@
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
 In file included from ColorRule.h:29,
-                 from ColorScheme.h:32,
-                 from SecondaryColorScheme.h:29,
-                 from SecondaryColorScheme.cpp:25:
+                 from SolidColorRule.h:27,
+                 from SolidColorRule.cpp:26:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from BallsPrimitive.h:33,
+                 from BallsPrimitive.cpp:28:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5067,11 +5249,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from CylindersPrimitive.h:29,
-                 from BoxSectionPrimitive.h:31,
-                 from BoxSectionPrimitive.cpp:32:
+In file included from Polyhedron.h:32,
+                 from oglPolyhedron.h:29,
+                 from oglPolyhedron.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5082,8 +5262,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from MyMolecule.h:28,
-                 from MyMolecule.cpp:27:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from BondsPrimitive.h:28,
+                 from BondsPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5095,7 +5276,8 @@
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
 In file included from ColorRule.h:29,
-                 from ColorRule.cpp:25:
+                 from ColorScheme.h:32,
+                 from ColorScheme.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5119,9 +5301,9 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from ColorRule.h:29,
-                 from SolidColorRule.h:27,
-                 from SolidColorRule.cpp:26:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5132,8 +5314,10 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from RotatedTranslatedScaledEntity.cpp:25:
+In file included from MyMolecule.h:28,
+                 from MolecularRepresentation.h:32,
+                 from MolecularRepresentationInstance.h:30,
+                 from MolecularRepresentationInstance.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5144,9 +5328,10 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from NRStuff.h:31,
-                 from DiscreteSegment.h:26,
-                 from DiscreteSegment.cpp:26:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from SurfacePrimitive.h:28,
+                 from SurfacePrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5157,9 +5342,51 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-In file included from ColorRule.h:29,
-                 from ColorScheme.h:32,
-                 from ColorScheme.cpp:25:
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from CylindersPrimitive.h:29,
+                 from CylindersPrimitive.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from SticksPrimitive.h:31,
+                 from SticksPrimitive.cpp:28:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from MyMolecule.h:28,
+                 from CompoundSelection.h:35,
+                 from CompoundSelection.cpp:25:
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   40 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   44 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   57 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   65 | #pragma omp simd
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
+   73 | #pragma omp simd
+In file included from DisplayPrimitive.h:32,
+                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
+                 from FlatFanPrimitive.h:29,
+                 from FlatFanPrimitive.cpp:25:
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    40 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
@@ -5186,6 +5413,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector<CXXCoord<float> >&)':
+DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   41 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++)
+      |                        ~^~~~~~~~
+DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   46 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++) {
+      |                        ~^~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5234,6 +5468,20 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from oglPolyhedron.h:29,
+                 from SpherePrimitive.h:30,
+                 from Representation.cpp:36:
+Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
+Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()':
+BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   72 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
+BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  105 |     for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5250,13 +5498,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo `test -f 'Polyhedron.cpp' || echo './'`Polyhedron.cpp
-In file included from oglPolyhedron.h:29,
-                 from BallsPrimitive.cpp:30:
-Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
-Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5273,13 +5514,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()':
-BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
-   96 |         for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){
-      |                               ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
-  110 |         for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){
-      |                             ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5307,18 +5541,18 @@
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
       |                ^
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
@@ -5328,14 +5562,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from oglPolyhedron.h:29,
-                 from SpherePrimitive.h:30:
-Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
-Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Polyhedron.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo `test -f 'SticksPrimitive.cpp' || echo './'`SticksPrimitive.cpp
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5400,42 +5626,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo `test -f 'CompoundSelection.cpp' || echo './'`CompoundSelection.cpp
-In file included from oglPolyhedron.h:29,
-                 from SpherePrimitive.h:30,
-                 from Representation.cpp:36:
-Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
-Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SticksPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo `test -f 'PositionedEntity.cpp' || echo './'`PositionedEntity.cpp
-ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=]
-   95 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int> &handles){
-      |                       ^~~~~~~~~~~~
-SecondaryColorScheme.h:52:23: note:   by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)'
-   52 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){
-      |                       ^~~~~~~~~~~~
-ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr<ColorScheme> ColorScheme::colorRampChainsScheme()':
-ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string<char>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   61 |     for (int i=0; i<chainIds.length(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CompoundSelection.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo `test -f 'SurfacePrimitive.cpp' || echo './'`SurfacePrimitive.cpp
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from SticksPrimitive.h:31,
-                 from SticksPrimitive.cpp:28:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5452,7 +5642,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo `test -f 'CylinderPoint.cpp' || echo './'`CylinderPoint.cpp
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5485,8 +5674,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo `test -f 'Renderer.cpp' || echo './'`Renderer.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo `test -f 'VertexColorNormalPrimitive.cpp' || echo './'`VertexColorNormalPrimitive.cpp
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5503,24 +5690,37 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c PositionedEntity.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o
-In file included from MyMolecule.h:28,
-                 from CompoundSelection.h:35,
-                 from CompoundSelection.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
+DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()':
+DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   44 |     for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()':
+DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   83 |     for (int iCalpha=0; iCalpha<calphas.size(); iCalpha++){
+      |                         ~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp:88:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   88 |                 && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   98 |             if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
+      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
+DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()':
+DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  135 |     for (int i=0; i<calphas.size(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from MyMolecule.cpp:36:
+DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector<CXXCoord<float> >&)':
+DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   41 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++)
+      |                        ~^~~~~~~~
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
       |                ^
@@ -5529,10 +5729,31 @@
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   46 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++) {
+      |                        ~^~~~~~~~
+ColorScheme.h:95:23: warning: 'virtual FCXXCoord ColorScheme::colorForAtom(const mmdb::Atom*, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int>&)' was hidden [-Woverloaded-virtual=]
+   95 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(const mmdb::Atom* atom, std::map<std::shared_ptr<ColorRule>, int> &handles){
+      |                       ^~~~~~~~~~~~
+SecondaryColorScheme.h:52:23: note:   by 'virtual FCXXCoord SecondaryColorScheme::colorForAtom(mmdb::Atom*)'
+   52 |     virtual FCXXCoord colorForAtom(mmdb::Atom* atom){
+      |                       ^~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5549,7 +5770,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c SurfacePrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5566,126 +5786,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateNormals()':
-DiscreteSegment.cpp:44:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   44 |     for (int i=1; i<(calphas.size()-1); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::smoothBetas()':
-DiscreteSegment.cpp:83:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   83 |     for (int iCalpha=0; iCalpha<calphas.size(); iCalpha++){
-      |                         ~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylinderPoint.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o
-DiscreteSegment.cpp:88:38: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   88 |                 && iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp:98:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   98 |             if (iCalpha+nInStrand < calphas.size()){
-      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
-DiscreteSegment.cpp: In member function 'void DiscreteSegment::evaluateSplines()':
-DiscreteSegment.cpp:135:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<mmdb::Atom*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  135 |     for (int i=0; i<calphas.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from PositionedEntity.h:28,
-                 from PositionedEntity.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-BoxSectionPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BoxSectionPrimitive::generateArrays()':
-BoxSectionPrimitive.cpp:72:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   72 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~
-BoxSectionPrimitive.cpp:105:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  105 |     for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
-      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c VertexColorNormalPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Renderer.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo `test -f 'CylindersPrimitive.cpp' || echo './'`CylindersPrimitive.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo `test -f 'oglPolyhedron.cpp' || echo './'`oglPolyhedron.cpp
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from SurfacePrimitive.h:28,
-                 from SurfacePrimitive.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-In file included from CylinderPoint.h:29,
-                 from CylinderPoint.cpp:28:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-In file included from MyMolecule.cpp:36:
-DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector<CXXCoord<float> >&)':
-DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   41 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++)
-      |                        ~^~~~~~~~
-DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   46 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++) {
-      |                        ~^~~~~~~~
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c CylindersPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo `test -f 'MolecularRepresentationInstance.cpp' || echo './'`MolecularRepresentationInstance.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo `test -f 'Quaternion.cpp' || echo './'`Quaternion.cpp
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c oglPolyhedron.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o
-In file included from Renderer.h:28,
-                 from Renderer.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo `test -f 'Vector2.cpp' || echo './'`Vector2.cpp
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo `test -f 'Vector3.cpp' || echo './'`Vector3.cpp
-In file included from Polyhedron.h:32,
-                 from oglPolyhedron.h:29,
-                 from oglPolyhedron.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5702,9 +5802,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c MolecularRepresentationInstance.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Quaternion.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo `test -f 'lfit.c' || echo './'`lfit.c
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5721,68 +5818,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from CylindersPrimitive.h:29,
-                 from CylindersPrimitive.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector3.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Vector2.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o
-In file included from MolecularRepresentation.cpp:28:
-DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector<CXXCoord<float> >&)':
-DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   41 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++)
-      |                        ~^~~~~~~~
-DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   46 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++) {
-      |                        ~^~~~~~~~
-In file included from MyMolecule.h:28,
-                 from MolecularRepresentation.h:32,
-                 from MolecularRepresentationInstance.h:30,
-                 from MolecularRepresentationInstance.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()':
-CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   36 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   39 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   42 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
-   45 |             delete p;
-      |             ^~~~~~~~
-In file included from oglPolyhedron.h:29,
-                 from SpherePrimitive.h:30,
-                 from MolecularRepresentation.cpp:29:
-Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
-Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c lfit.c  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5794,11 +5829,18 @@
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
+Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
+Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
@@ -5828,7 +5870,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo `test -f 'DishyBase.cpp' || echo './'`DishyBase.cpp
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5845,8 +5886,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I../.. -pthread -I/usr/include      -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo `test -f 'FlatFanPrimitive.cpp' || echo './'`FlatFanPrimitive.cpp
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c DishyBase.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5863,36 +5902,18 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from oglPolyhedron.h:29,
+                 from BallsPrimitive.cpp:30:
+Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
+Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+In file included from oglPolyhedron.h:29,
+                 from SpherePrimitive.h:30:
 Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
 Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
    58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
       |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I../.. -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c FlatFanPrimitive.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o
-In file included from DishyBase.h:31,
-                 from DishyBase.cpp:23:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
-oglPolyhedron.cpp: In member function 'virtual void oglPolyhedron::generateArrays()':
-oglPolyhedron.cpp:48:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXCoord<float> >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   48 |         for (int i=0; i<vertices.size(); i++){
-      |                       ~^~~~~~~~~~~~~~~~
-oglPolyhedron.cpp:57:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<PolyhedronFace>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   57 |         for (int i=0; i<faces.size(); i++){
-      |                       ~^~~~~~~~~~~~~
-oglPolyhedron.cpp:63:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<PolyhedronFace>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   63 |         for (int i=0; i<faces.size(); i++){
-      |                       ~^~~~~~~~~~~~~
-oglPolyhedron.cpp:64:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
-   64 |                 for (int j=0; j<face(i).nIndices(); j++){
-      |                               ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5925,27 +5946,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector<CXXCoord<float> >&)':
-DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   41 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++)
-      |                        ~^~~~~~~~
-DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-   46 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++) {
-      |                        ~^~~~~~~~
-In file included from DisplayPrimitive.h:32,
-                 from VertexColorNormalPrimitive.h:27,
-                 from FlatFanPrimitive.h:29,
-                 from FlatFanPrimitive.cpp:25:
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:40: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   40 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:44: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   44 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:57: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   57 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:65: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   65 | #pragma omp simd
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
-   73 | #pragma omp simd
+BallsPrimitive.cpp: In member function 'virtual void BallsPrimitive::generateArrays()':
+BallsPrimitive.cpp:96:39: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
+   96 |         for (int iVertex = 0; iVertex < ((Polyhedron *)poly)->nVertices(); iVertex++){
+      |                               ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+BallsPrimitive.cpp:110:35: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
+  110 |         for (int iFace = 0; iFace < ((Polyhedron *)poly)->nFaces(); iFace++){
+      |                             ~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -5978,14 +5985,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()':
-MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<DiscreteSegment*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  542 |     for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){
-      |                            ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~
-MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()':
-MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<DiscreteSegment*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
-  740 |     for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){
-      |                            ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~
 CylindersPrimitive.cpp: In member function 'virtual void CylindersPrimitive::generateArrays()':
 CylindersPrimitive.cpp:85:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
    85 |     for (int i=0; i< points.size(); i++){
@@ -5993,6 +5992,32 @@
 CylindersPrimitive.cpp:113:23: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CylinderPoint>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   113 |        for (int i=0; i< points.size()-1; i++){
       |                      ~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+oglPolyhedron.cpp: In member function 'virtual void oglPolyhedron::generateArrays()':
+oglPolyhedron.cpp:48:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<CXXCoord<float> >::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   48 |         for (int i=0; i<vertices.size(); i++){
+      |                       ~^~~~~~~~~~~~~~~~
+oglPolyhedron.cpp:57:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<PolyhedronFace>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   57 |         for (int i=0; i<faces.size(); i++){
+      |                       ~^~~~~~~~~~~~~
+oglPolyhedron.cpp:63:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<PolyhedronFace>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   63 |         for (int i=0; i<faces.size(); i++){
+      |                       ~^~~~~~~~~~~~~
+oglPolyhedron.cpp:64:32: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'long unsigned int' [-Wsign-compare]
+   64 |                 for (int j=0; j<face(i).nIndices(); j++){
+      |                               ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp: In destructor 'CompoundSelection::~CompoundSelection()':
+CompoundSelection.cpp:36:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'CompoundSelection' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   36 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp:39:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBStringPrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   39 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp:42:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSecondaryTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   42 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
+CompoundSelection.cpp:45:13: warning: deleting object of polymorphic class type 'MMDBSubsetTypePrimitive' which has non-virtual destructor might cause undefined behavior [-Wdelete-non-virtual-dtor]
+   45 |             delete p;
+      |             ^~~~~~~~
 SurfacePrimitive.cpp: In member function 'virtual void SurfacePrimitive::generateArrays()':
 SurfacePrimitive.cpp:100:24: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   100 |         for (int i=0; i< childSurface.numberOfTriangles(); i++){
@@ -6004,22 +6029,33 @@
 SurfacePrimitive.cpp:161:42: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   161 |             for (int iVertex = 0; iVertex<mySurface.numberOfVertices(); iVertex++){
       |                                   ~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from MolecularRepresentation.cpp:28:
+DishyBase.h: In constructor 'DishyPlaneLSQ_t::DishyPlaneLSQ_t(const std::vector<CXXCoord<float> >&)':
+DishyBase.h:41:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   41 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++)
+      |                        ~^~~~~~~~
+DishyBase.h:46:25: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::size_t' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   46 |          for (int i=0; i<n_atoms; i++) {
+      |                        ~^~~~~~~~
+In file included from oglPolyhedron.h:29,
+                 from SpherePrimitive.h:30,
+                 from MolecularRepresentation.cpp:29:
+Polyhedron.h: In constructor 'PolyhedronFace::PolyhedronFace(int, int*)':
+Polyhedron.h:58:36: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<unsigned int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+   58 |                 if (indices.size() != indexCount) indices.resize(indexCount);
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+ColorScheme.cpp: In static member function 'static std::shared_ptr<ColorScheme> ColorScheme::colorRampChainsScheme()':
+ColorScheme.cpp:61:20: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::__cxx11::basic_string<char>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+   61 |     for (int i=0; i<chainIds.length(); i++){
+      |                   ~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawRibbon()':
+MolecularRepresentation.cpp:542:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<DiscreteSegment*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  542 |     for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){
+      |                            ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~
+MolecularRepresentation.cpp: In member function 'int MolecularRepresentation::drawCalphas()':
+MolecularRepresentation.cpp:740:37: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<DiscreteSegment*>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
+  740 |     for (int iSegment = 0; iSegment < segments.size(); iSegment++){
+      |                            ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~
 MyMolecule.cpp: In member function 'int MyMolecule::loadCoords(char*, int)':
 MyMolecule.cpp:92:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 8 bytes from a string of length 225 [-Wstringop-truncation]
    92 |                 strncpy (field, tokenBuffer+30, 8);
@@ -6036,7 +6072,7 @@
 MyMolecule.cpp:101:25: warning: 'char* __builtin_strncpy(char*, const char*, long unsigned int)' output may be truncated copying 6 bytes from a string of length 195 [-Wstringop-truncation]
   101 |                 strncpy (field, tokenBuffer+60, 6);
       |                         ^
-/bin/bash ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo  ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2   
+/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu  -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo  ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2   
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so" && ln -s "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0" "libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so")
@@ -6048,15 +6084,15 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles'
 Making all in pli
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein-ligand-interactions.lo protein-ligand-interactions.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o flev-annotations.lo flev-annotations.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pi-stacking.lo pi-stacking.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o sdf-interface.lo sdf-interface.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c flev-annotations.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/flev-annotations.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c flev-annotations.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/flev-annotations.o
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 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-pli.so.0" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-pli.so" && ln -s "libcoot-pli.so.0.0.0" "libcoot-pli.so")
@@ -6072,19 +6108,19 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python-tests'
 Making all in cootilus
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o nucleicacid_db.lo nucleicacid_db.cpp
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 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c nautilus-join.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/nautilus-join.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcootilus.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu nucleicacid_db.lo nautilus-tools.lo nautilus-ss-find.lo nautilus-join.lo nautilus-target.lo cootilus-build.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cootilus-build.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/cootilus-build.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcootilus.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu nucleicacid_db.lo nautilus-tools.lo nautilus-ss-find.lo nautilus-join.lo nautilus-target.lo cootilus-build.lo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/nucleicacid_db.o .libs/nautilus-tools.o .libs/nautilus-ss-find.o .libs/nautilus-join.o .libs/nautilus-target.o .libs/cootilus-build.o   -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcootilus.so.0 -o .libs/libcootilus.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootilus.so.0" && ln -s "libcootilus.so.0.0.0" "libcootilus.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcootilus.so" && ln -s "libcootilus.so.0.0.0" "libcootilus.so")
@@ -6092,33 +6128,33 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus'
 Making all in pyrogen
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mmff-restraints.lo mmff-restraints.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o py-restraints.lo py-restraints.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cairo-molecule.lo cairo-molecule.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o atom_types.lo atom_types.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o mmff-restraints.lo mmff-restraints.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o py-restraints.lo py-restraints.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cairo-molecule.lo cairo-molecule.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o atom_types.lo atom_types.cc
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 ../pyrogen/restraints.hh:57: Warning 389: operator[] ignored (consider using %extend)
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pyrogen-swig.lo pyrogen-swig.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pyrogen-swig.lo pyrogen-swig.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -pthread -I/usr/include -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -I/usr/include/python3.13 -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -I.. -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pyrogen-swig.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/pyrogen-swig.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so.0" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.so" && ln -s "libcoot_py_restraints.so.0.0.0" "libcoot_py_restraints.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot_py_restraints.la" && ln -s "../libcoot_py_restraints.la" "libcoot_py_restraints.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/restraints-boost.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so.0" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.so" && ln -s "pyrogen_boost.so.0.0.0" "pyrogen_boost.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "pyrogen_boost.la" && ln -s "../pyrogen_boost.la" "pyrogen_boost.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1   -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcoot_py_restraints.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so.0" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_pyrogen_swig.so" && ln -s "_pyrogen_swig.so.0.0.0" "_pyrogen_swig.so")
@@ -6182,52 +6218,75 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/sounds'
 Making all in api
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-molecule.lo coot-molecule.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-colour.lo coot-colour.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o add-terminal-residue.lo add-terminal-residue.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o rama-plot-phi-psi.lo rama-plot-phi-psi.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o colour-functions.lo colour-functions.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-merge-molecules.cc
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+swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-swig.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o
+molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored)
+molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored)
+molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored)
+molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored)
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from coot-molecule-moltris.cc:31:
@@ -6241,14 +6300,8 @@
    65 | #pragma omp simd
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:73: warning: ignoring '#pragma omp simd' [-Wunknown-pragmas]
    73 | #pragma omp simd
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o moorhen-h-bonds.lo moorhen-h-bonds.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-bucca-ml-growing.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o instancing.lo instancing.cc
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecules-container-maps.lo molecules-container-maps.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-molecule-change-chain-id.lo coot-molecule-change-chain-id.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo `test -f 'wrap-coot-api.cc' || echo './'`wrap-coot-api.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -6265,29 +6318,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecules-container-maps.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecules-container-maps.o
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-swig -o wrap-coot-api.cc -python -c++ coot-headless-api.i
-molecules-container.hh:953: Warning 325: Nested class not currently supported (auto_read_mtz_info_t ignored)
-molecules-container.hh:1042: Warning 325: Nested class not currently supported (r_factor_stats ignored)
-molecules-container.hh:1709: Warning 325: Nested class not currently supported (fit_ligand_info_t ignored)
-molecules-container.hh:1824: Warning 325: Nested class not currently supported (ltj_stats_t ignored)
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1  -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include  -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo `test -f 'molecules-container-swig.cc' || echo './'`molecules-container-swig.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SSMLIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c wrap-coot-api.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lssm -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lssm -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3  -lgsl -lgslcblas -lm  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/.libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so.0" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.so" && ln -s "libcoot-api.so.0.0.0" "libcoot-api.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-api.la" && ln -s "../libcoot-api.la" "libcoot-api.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/.libs ./.libs/libcoot-api.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so.0" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot_headless_api.so" && ln -s "_coot_headless_api.so.0.0.0" "_coot_headless_api.so")
@@ -6296,36 +6332,32 @@
 Making all in layla
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c python_utils.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/python_utils.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/core.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/core.o
-ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()':
-ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<std::unique_ptr<coot::ligand_editor_canvas::impl::StateSnapshot> >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
-   74 |     if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) {
-      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -I.. -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DUSE_PYTHON=1 -I/usr/include/python3.13 -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -pthread -DUSE_LIBCURL=1 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c ligand_editor_canvas/tools.cpp  -fPIC -DPIC -o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o
 ligand_editor_canvas/model.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()':
 ligand_editor_canvas/model.cpp:564:16: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'int' and 'std::vector<int>::size_type' {aka 'long unsigned int'} [-Wsign-compare]
   564 |         while(i!=ring.size()) {
@@ -6347,6 +6379,10 @@
 ligand_editor_canvas/model.cpp:872:68: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'unsigned int' and 'const int' [-Wsign-compare]
   872 |             unsigned int the_other_atom_idx = bond->first_atom_idx == atom_idx ? bond->second_atom_idx : bond->first_atom_idx;
       |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
+ligand_editor_canvas/core.cpp: In member function 'void coot::ligand_editor_canvas::impl::WidgetCoreData::undo_edition()':
+ligand_editor_canvas/core.cpp:74:34: warning: comparison of integer expressions of different signedness: 'std::vector<std::unique_ptr<coot::ligand_editor_canvas::impl::StateSnapshot> >::size_type' {aka 'long unsigned int'} and 'int' [-Wsign-compare]
+   74 |     if(this->state_stack->size() > this->state_stack_pos + 1) {
+      |        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 ligand_editor_canvas/model.cpp: In instantiation of 'coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::<lambda(auto:30)> [with auto:30 = std::shared_ptr<coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond>]':
 /usr/include/c++/14/bits/predefined_ops.h:318:23:   required from 'bool __gnu_cxx::__ops::_Iter_pred<_Predicate>::operator()(_Iterator) [with _Iterator = __gnu_cxx::__normal_iterator<std::shared_ptr<coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond>*, std::vector<std::shared_ptr<coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::Bond> > >; _Predicate = coot::ligand_editor_canvas::CanvasMolecule::process_alignment_in_rings()::<lambda(auto:30)>]'
   318 |         { return bool(_M_pred(*__it)); }
@@ -6819,26 +6855,26 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkmessagedialog.h:81:12: note: declared here
    81 | GtkWidget* gtk_message_dialog_new      (GtkWindow      *parent,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so.0" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.so" && ln -s "libcoot-layla.so.0.0.0" "libcoot-layla.so")
 libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libcoot-layla.la" && ln -s "../libcoot-layla.la" "libcoot-layla.la" )
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DUSE_SQLITE3   -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o layla main.o libcoot-layla.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lglib-2.0  
 libtool: link: g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/layla main.o  -lcurl ./.libs/libcoot-layla.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla'
 Making all in validation-graphs
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs'
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 validation-graph-widget.cc: In function 'void coot_validation_graph_snapshot(GtkWidget*, GtkSnapshot*)':
 validation-graph-widget.cc:229:66: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   229 |     GtkStyleContext* style_context = gtk_widget_get_style_context(widget);
@@ -6859,7 +6895,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:112:6: note: declared here
   112 | void gtk_style_context_get_color            (GtkStyleContext *context,
       |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3   -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lpthread 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lsqlite3   -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lpthread 
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-heavy.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so.0" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libcoot-validation-graphs.so" && ln -s "libcoot-validation-graphs.so.0.0.0" "libcoot-validation-graphs.so")
@@ -6867,61 +6903,149 @@
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs'
 Making all in src
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o init_coot_as_python_module.lo init_coot_as_python_module.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-gui.cc:72:
+                 from c-interface-mogul.cc:33:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-scm.cc:35:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-refine.cc:41:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -6963,7 +7087,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-build.cc:66:
+                 from c-interface-mmdb.cc:40:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -6984,7 +7108,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-build-gui.cc:59:
+                 from c-interface-nucleotides.cc:39:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7005,7 +7129,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-bonds.cc:49:
+                 from c-interface-analysis.cc:36:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7014,11 +7138,19 @@
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-gtk2.cc:59:
+                 from c-interface-pisa-gui.cc:32:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7035,6 +7167,82 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-network.cc:52:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from simple-refmac.cc:35:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-residues.cc:40:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-ncs.cc:51:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
@@ -7068,7 +7276,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-build-main-chain.cc:63:
+                 from c-interface-python.cc:40:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7089,7 +7297,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-build-side-chain.cc:66:
+                 from c-interface-ligands.cc:51:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7110,7 +7318,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-build-symmetry.cc:64:
+                 from c-interface-preferences.cc:64:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7131,7 +7339,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-analysis.cc:36:
+                 from c-interface-bonds.cc:49:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7152,7 +7360,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-curlew.cc:70:
+                 from c-interface-build-side-chain.cc:66:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7173,7 +7381,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-ligands.cc:51:
+                 from c-interface-pisa.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7190,20 +7398,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-utils.hh:26,
-                 from curl-utils.hh:36,
-                 from c-interface-gui.cc:70:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -7225,94 +7419,69 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()':
-c-interface-gui.cc:156:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  156 |          GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser));
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here
-  172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:267:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  267 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:823:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  823 |    GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget));
-      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:174:13: note: declared here
-  174 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar   (GtkDialog *dialog);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:1194:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1194 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1196:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1196 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:1317:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1317 |       gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)':
-c-interface-gui.cc:1649:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1649 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1650 |                               GTK_FILE_FILTER (filterall));
-      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here
-  136 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1651:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1651 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1652 |                               GTK_FILE_FILTER (filterselect));
-      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here
-  136 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1656:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1656 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1657 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterselect));
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here
-  147 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:1660:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1660 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
-      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1661 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterall));
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here
-  147 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)':
-c-interface-gui.cc:1676:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 1676 |   gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection),
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
- 1677 |                                GTK_FILE_FILTER (filter));
-      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here
-  136 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-mutate.cc:49:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-build.cc:66:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-sharpen.cc:29:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -7334,31 +7503,28 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()':
-c-interface-gui.cc:2115:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2115 |    if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2116:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2116 |    if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2117:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2117 |    if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2118:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2118 |    if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-superpose.cc:38:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-waters-gui.lo c-interface-waters-gui.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -7380,81 +7546,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:2180:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 2180 |       GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new();
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here
-   74 | GtkWidget    *gtk_combo_box_new                      (void);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()':
-c-interface-gui.cc:2205:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 2205 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:2206:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 2206 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In lambda function:
-c-interface-gui.cc:3359:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3359 |              gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
-      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
-   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()':
-c-interface-gui.cc:3368:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3368 |           GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba);
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
-   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:3746:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3746 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
-  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)':
-c-interface-gui.cc:3773:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 3773 |    GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser));
-      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
-  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()':
-c-interface-gui.cc:4475:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4475 |       gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
-   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:4484:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4484 |       gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str());
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gui.cc:4485:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4485 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-maps.cc:52:
+                 from c-interface-gui.cc:72:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7471,36 +7567,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from init_coot_as_python_module.cc:34:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-mmdb.cc:40:
+                 from c-interface-sequence.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7517,37 +7588,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-ligands-gui.cc:54:
+                 from c-interface-gtk2.cc:59:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7564,241 +7609,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface.h:82,
-                 from c-interface-gtk2.cc:56:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
-c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  101 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-  102 |                        0, &file_name,
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
-  103 |                        -1);
-      |                        ~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
-  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  104 |    tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path);
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:209:14: note: declared here
-  209 | char        *gtk_tree_path_to_string        (GtkTreePath       *path);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
-c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  143 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-  144 |                        0, &file_name,
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
-  145 |                        -1);
-      |                        ~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
-  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  151 |       if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) {
-      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here
-  316 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter        (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  154 |          gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
-   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from atom-overlaps.cc:39:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)':
-c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  248 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)':
-c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  420 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox));
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
-c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  914 |    char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
-      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()':
-c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1617 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1618 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1619 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1620 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1621 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-curlew.cc:63:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-image.cc:47:
+                 from c-interface-build-gui.cc:59:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7815,107 +7630,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-mogul.lo c-interface-mogul.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-mogul.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-mogul.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)':
-c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  132 |                r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf);
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here
-   78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf    (GdkPixbuf       *pixbuf);
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-mogul.cc:33:
+                 from c-interface-refmac.cc:33:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7932,13 +7651,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-refine.lo c-interface-refine.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-ncs.cc:51:
+                 from c-interface-build-main-chain.cc:63:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7959,7 +7677,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-mutate.cc:49:
+                 from c-interface-curlew.cc:70:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7976,13 +7694,74 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-residues.lo c-interface-residues.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-residues.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-residues.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-nucleotides.cc:39:
+                 from c-interface-build-symmetry.cc:64:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-maps.cc:52:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-validate.cc:52:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-view.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -7999,6 +7778,107 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-ligands-gui.cc:54:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-widgets.cc:36:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from c-interface-waters.cc:51:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from init_coot_as_python_module.cc:34:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8207,23 +8087,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:204:24: note: declared here
   204 | GtkTreeSelection      *gtk_tree_view_get_selection                 (GtkTreeView               *tree_view);
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-pisa.cc:34:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
 c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::on_mogul_angles_selection_changed(GtkTreeSelection*, gpointer)':
 c-interface-mogul.cc:507:48: warning: 'gboolean gtk_tree_selection_get_selected(GtkTreeSelection*, GtkTreeModel**, GtkTreeIter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   507 |    gboolean r = gtk_tree_selection_get_selected(treeselection, &model, &iter);
@@ -8231,10 +8094,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeselection.h:96:18: note: declared here
    96 | gboolean         gtk_tree_selection_get_selected        (GtkTreeSelection            *selection,
       |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 c-interface-mogul.cc:515:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   515 |       gtk_tree_model_get(model, &iter,
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
@@ -8259,6 +8118,19 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
   369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-mogul.cc: In function 'void coot::fill_mogul_torsions_tab(GtkTreeView*, GtkWidget*, const mogul&, mmdb::Residue*)':
 c-interface-mogul.cc:591:58: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   591 |    GtkTreeStore *tree_store_torsions = gtk_tree_store_new(6,
@@ -8335,70 +8207,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
   369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-network.cc:52:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-pisa-gui.cc:32:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-preferences.cc:64:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-refmac.lo c-interface-refmac.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8412,49 +8220,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-refmac.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-refmac.o
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-refine.cc:41:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-python.cc:40:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8476,14 +8241,24 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-mutate.cc:44:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from c-interface-residues.cc:39:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o simple-refmac.lo simple-refmac.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c simple-refmac.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/simple-refmac.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-scm.lo c-interface-scm.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-scm.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-scm.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8496,27 +8271,135 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-residues.cc:40:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-mutate.cc:44:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-network.cc:35:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)':
+c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
+  427 |      info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD;
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from graphics-info.h:138:
+/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2897:3: note: declared here
+ 2897 |   CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD
+      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-network.cc:435:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
+  435 |      info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD;
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2880:3: note: declared here
+ 2880 |   CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD
+      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8529,6 +8412,113 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc: In function 'void show_preferences()':
+c-interface-preferences.cc:102:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  102 |             gtk_combo_box_text_append_text(combobox, s.c_str());
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc:118:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  118 |             gtk_combo_box_text_append_text(combobox, fonts[j].c_str());
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()':
+simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   63 |       gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file),
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   64 |                                      g.mtz_file_for_refmac.c_str());
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   65 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
+c-interface-preferences.cc:291:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  291 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(w), ivalue);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc: In lambda function:
+c-interface-preferences.cc:473:49: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  473 |                       gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
+      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
+   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
+c-interface-preferences.cc:484:77: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  484 |                    GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour);
+      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
+   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-pisa-gui.cc: In function 'void coot::pisa_interfaces_gui(const std::vector<pisa_interface_t>&)':
 c-interface-pisa-gui.cc:53:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
    53 |          gtk_tree_store_new (12, G_TYPE_INT, G_TYPE_INT, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING,
@@ -8549,12 +8539,38 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here
   201 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-pisa-gui.cc:60:31: warning: 'void gtk_tree_store_append(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
    60 |          gtk_tree_store_append(tree_store_interfaces, &toplevel, NULL);
       |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here
   131 | void          gtk_tree_store_append           (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 c-interface-pisa-gui.cc:61:28: warning: 'void gtk_tree_store_set(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
    61 |          gtk_tree_store_set(tree_store_interfaces, &toplevel,
       |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -8673,24 +8689,36 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-network.cc:35:
+                 from atom-overlaps.cc:39:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface.h:82,
+                 from c-interface-gtk2.cc:56:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from c-interface-refmac.cc:32:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-network.cc: In function 'PyObject* curl_progress_info_py(const char*)':
-c-interface-network.cc:427:13: warning: 'CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
-  427 |      info = CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD;
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from graphics-info.h:138:
-/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2897:3: note: declared here
- 2897 |   CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD
-      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-network.cc:435:13: warning: 'CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD' is deprecated: since 7.55.0. Use CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD_T [-Wdeprecated-declarations]
-  435 |      info = CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD;
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl/curl.h:2880:3: note: declared here
- 2880 |   CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD
-      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8717,44 +8745,65 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc: In function 'void show_preferences()':
-c-interface-preferences.cc:102:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  102 |             gtk_combo_box_text_append_text(combobox, s.c_str());
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc:118:43: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  118 |             gtk_combo_box_text_append_text(combobox, fonts[j].c_str());
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
-c-interface-preferences.cc:291:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  291 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(w), ivalue);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc: In lambda function:
-c-interface-preferences.cc:473:49: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  473 |                       gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
-      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
-   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
-c-interface-preferences.cc:484:77: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  484 |                    GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&bg_colour);
-      |                                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
-   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_sort_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
+c-interface-gtk2.cc:101:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  101 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+  102 |                        0, &file_name,
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
+  103 |                        -1);
+      |                        ~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
+  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc:104:43: warning: 'char* gtk_tree_path_to_string(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  104 |    tree_path_str = gtk_tree_path_to_string(path);
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:209:14: note: declared here
+  209 | char        *gtk_tree_path_to_string        (GtkTreePath       *path);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc: In function 'gboolean fileselection_filter_button_foreach_func(GtkTreeModel*, GtkTreePath*, GtkTreeIter*, gpointer)':
+c-interface-gtk2.cc:143:23: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  143 |    gtk_tree_model_get (model, iter,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+  144 |                        0, &file_name,
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~
+  145 |                        -1);
+      |                        ~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
+  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc:151:34: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  151 |       if (gtk_tree_model_get_iter(model, iter, path)) {
+      |           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here
+  316 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter        (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gtk2.cc:154:31: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  154 |          gtk_list_store_remove(GTK_LIST_STORE(model), iter);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
+   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-sequence.cc:28:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8768,7 +8817,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-sequence.lo c-interface-sequence.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8777,65 +8825,30 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from c-interface-residues.cc:39:
+                 from gtk-utils.hh:26,
+                 from curl-utils.hh:36,
+                 from c-interface-gui.cc:70:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-refmac.cc:33:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-superpose.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-superpose.o
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-scm.cc:35:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from simple-refmac.cc:35:
+                 from c-interface-image.cc:47:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -8852,15 +8865,279 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-waters-gui.lo c-interface-waters-gui.cc
+c-interface-build-gui.cc: In function 'void fill_move_molecule_here_dialog(GtkWidget*)':
+c-interface-build-gui.cc:248:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  248 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc: In function 'bool renumber_residues_from_widget(GtkWidget*)':
+c-interface-build-gui.cc:420:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  420 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_id_combobox));
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc: In function 'void mutate_sequence_chain_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
+c-interface-build-gui.cc:914:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  914 |    char *atc = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox));
+      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void open_cif_dictionary_file_selector_dialog()':
+c-interface-gui.cc:156:65: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  156 |          GtkWidget *aa_hbutton_box = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(filechooser));
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here
+  172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void fill_remarks_browswer_chooser(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:267:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  267 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_fast_ss_search_dialog()':
+c-interface-build-gui.cc:1617:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1617 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_temp_combobox), 0);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1618:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1618 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(helix_noaa_combobox), 1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1619:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1619 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_temp_combobox), 1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1620:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1620 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(strand_noaa_combobox), 0);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-build-gui.cc:1621:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1621 |   gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(radius_combobox),1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_coot_references_button(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:823:47: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_header_bar(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  823 |    GtkWidget *hbox = gtk_dialog_get_header_bar(GTK_DIALOG(widget));
+      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:174:13: note: declared here
+  174 | GtkWidget * gtk_dialog_get_header_bar   (GtkDialog *dialog);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_recentre_on_read_pdb_combobox(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:1194:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1194 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 0);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1196:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1196 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox), 1);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void store_window_size(int, GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:1317:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1317 |       gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_filter_button(GtkWidget*, short int)':
+c-interface-gui.cc:1649:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1649 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1650 |                               GTK_FILE_FILTER (filterall));
+      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here
+  136 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1651:30: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1651 |   gtk_file_chooser_add_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1652 |                               GTK_FILE_FILTER (filterselect));
+      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here
+  136 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1656:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1656 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1657 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterselect));
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here
+  147 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:1660:32: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1660 |     gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER (filechooser),
+      |     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1661 |                                 GTK_FILE_FILTER (filterall));
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here
+  147 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void add_filechooser_extra_filter_button(GtkWidget*, const gchar*, const gchar*)':
+c-interface-gui.cc:1676:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 1676 |   gtk_file_chooser_add_filter (GTK_FILE_CHOOSER (fileselection),
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ 1677 |                                GTK_FILE_FILTER (filter));
+      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:136:22: note: declared here
+  136 | void                 gtk_file_chooser_add_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()':
+c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  136 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check"
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-validate.cc:143:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  143 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox_molecule));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-validate.cc: In function 'void do_check_waters_by_widget(GtkWidget*)':
+c-interface-validate.cc:294:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  294 |    gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(action_combobox));
+      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void set_refine_params_comboboxes()':
+c-interface-gui.cc:2115:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2115 |    if (cb1) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb1), g.refine_params_dialog_geman_mcclure_alpha_combobox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2116:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2116 |    if (cb2) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb2), g.refine_params_dialog_rama_restraints_weight_combobox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2117:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2117 |    if (cb3) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb3), g.refine_params_dialog_lennard_jones_epsilon_combobox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2118:37: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2118 |    if (cb4) gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(cb4), g.refine_params_dialog_torsions_weight_combox_position);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void fill_chiral_volume_molecule_combobox(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:2180:50: warning: 'GtkWidget* gtk_combo_box_new()' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 2180 |       GtkWidget *combobox_new = gtk_combo_box_new();
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:74:15: note: declared here
+   74 | GtkWidget    *gtk_combo_box_new                      (void);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void pepflips_by_difference_map_dialog()':
+c-interface-gui.cc:2205:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 2205 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(model_combobox));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:2206:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 2206 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(map_combobox));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In lambda function:
+c-interface-gui.cc:3359:40: warning: 'void gtk_color_chooser_get_rgba(GtkColorChooser*, GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3359 |              gtk_color_chooser_get_rgba(GTK_COLOR_CHOOSER(self), &rgba);
+      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:83:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorchooser.h:66:10: note: declared here
+   66 | void     gtk_color_chooser_get_rgba       (GtkColorChooser *chooser,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_show_symmetry_window()':
+c-interface-gui.cc:3368:68: warning: 'GtkWidget* gtk_color_button_new_with_rgba(const GdkRGBA*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3368 |           GtkWidget *colour_button = gtk_color_button_new_with_rgba(&rgba);
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:82:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcolorbutton.h:53:14: note: declared here
+   53 | GtkWidget *  gtk_color_button_new_with_rgba (const GdkRGBA  *rgba);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void save_coordinates_using_widget(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:3746:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3746 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
+  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'void save_symmetry_coords_from_filechooser(GtkWidget*)':
+c-interface-gui.cc:3773:43: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 3773 |    GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(filechooser));
+      |                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
+  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_residue_editor_select_monomer_type_dialog()':
+c-interface-gui.cc:4475:36: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4475 |       gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:55:15: note: declared here
+   55 | void          gtk_combo_box_text_remove_all      (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:4484:38: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4484 |       gtk_combo_box_text_append_text (GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box), s.c_str());
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
+   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-gui.cc:4485:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4485 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combo_box), i);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
+   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-curlew.cc:63:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8870,16 +9147,40 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
                  from cc-interface.hh:30,
-                 from c-interface-refmac.cc:32:
+                 from c-interface-view.cc:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from c-interface-widgets.cc:34:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface-waters-gui.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface-waters-gui.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-sequence.cc:34:
+                 from c-interface-waters-gui.cc:50:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -8896,25 +9197,61 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from /usr/include/c++/14/istream:41,
-                 from /usr/include/c++/14/sstream:40,
-                 from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26,
-                 from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30,
-                 from ../validation-graphs/validation-information.hh:30,
-                 from graphics-info.h:32:
-In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits<char>]',
-    inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86:
-/usr/include/c++/14/ostream:302:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
-  302 |       { return _M_insert(__p); }
-      |                ~~~~~~~~~^~~~~
-c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
-c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here
-  225 |   GtkWidget *colour_button;
-      |              ^~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface.lo c-interface.cc
+c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)':
+c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  164 |             GtkWidget *d = gtk_dialog_new();
+      |                            ~~~~~~~~~~~~~~^~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here
+  130 | GtkWidget* gtk_dialog_new      (void);
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-widgets.cc:169:58: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  169 |             GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d));
+      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here
+  172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-widgets.cc:250:37: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  250 |                gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", GTK_RESPONSE_CLOSE);
+      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here
+  144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-widgets.cc: In function 'void simple_text_dialog(const std::string&, const std::string&, int, int)':
+c-interface-widgets.cc:608:36: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  608 |       GtkWidget *d = gtk_dialog_new();
+      |                      ~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here
+  130 | GtkWidget* gtk_dialog_new      (void);
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-widgets.cc:612:52: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  612 |       GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d)); // new method to get vbox fromm dialog
+      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here
+  172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
+      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-widgets.cc:634:54: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  634 |       GtkWidget *close_button = gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", 2);
+      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here
+  144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface.lo c-interface.cc
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c c-interface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/c-interface.o
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8928,6 +9265,30 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface-image.cc: In function 'GtkWidget* get_image_widget_for_comp_id(const std::string&, int)':
+c-interface-image.cc:132:45: warning: 'GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf(GdkPixbuf*)' is deprecated: Use 'gtk_image_new_from_paintable' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  132 |                r = gtk_image_new_from_pixbuf(pixbuf);
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:40,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkimage.h:78:12: note: declared here
+   78 | GtkWidget* gtk_image_new_from_pixbuf    (GdkPixbuf       *pixbuf);
+      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o c-interface-test.lo c-interface-test.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -8941,52 +9302,66 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-alignment.lo cc-interface-alignment.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-graphics.lo cc-interface-graphics.cc
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-superpose.cc:38:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-merge.lo cc-interface-merge.cc
-simple-refmac.cc: In function 'void wrapped_create_simple_refmac_dialog()':
-simple-refmac.cc:63:37: warning: 'void gtk_combo_box_text_append_text(GtkComboBoxText*, const char*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   63 |       gtk_combo_box_text_append_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combobox_file),
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   64 |                                      g.mtz_file_for_refmac.c_str());
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:42:15: note: declared here
-   42 | void          gtk_combo_box_text_append_text     (GtkComboBoxText     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-simple-refmac.cc:65:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   65 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(combobox_file), 0);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-scripting.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-scripting.o
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+In file included from /usr/include/c++/14/istream:41,
+                 from /usr/include/c++/14/sstream:40,
+                 from ../validation-graphs/../geometry/residue-and-atom-specs.hh:26,
+                 from ../validation-graphs/residue-validation-information.hh:30,
+                 from ../validation-graphs/validation-information.hh:30,
+                 from graphics-info.h:32:
+In member function 'std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::__ostream_type& std::basic_ostream<_CharT, _Traits>::operator<<(const void*) [with _CharT = char; _Traits = std::char_traits<char>]',
+    inlined from 'void update_preference_gui()' at c-interface-preferences.cc:452:86:
+/usr/include/c++/14/ostream:302:25: warning: 'colour_button' may be used uninitialized [-Wmaybe-uninitialized]
+  302 |       { return _M_insert(__p); }
+      |                ~~~~~~~~~^~~~~
+c-interface-preferences.cc: In function 'void update_preference_gui()':
+c-interface-preferences.cc:225:14: note: 'colour_button' was declared here
+  225 |   GtkWidget *colour_button;
+      |              ^~~~~~~~~~~~~
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-setup-python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-setup-python.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-sharpen.cc:29:
+                 from c-interface.cc:102:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9003,16 +9378,17 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-waters.cc:51:
+                 from cc-interface-graphics.cc:31:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9029,27 +9405,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-molecular-symmetry.cc
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-sequence.cc:28:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c drag-and-drop.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/drag-and-drop.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-widgets.cc:36:
+                 from cc-interface-alignment.cc:41:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9066,11 +9428,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o dynamic-validation.lo dynamic-validation.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-validate.cc:52:
+                 from cc-interface-merge.cc:38:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9087,11 +9450,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c dynamic-validation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/dynamic-validation.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o eyes.lo eyes.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-view.cc:34:
+                 from cc-interface-molecular-symmetry.cc:37:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9108,25 +9473,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-map-utils.lo cc-interface-map-utils.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c eyes.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/eyes.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-waters-gui.cc:50:
+                 from cc-interface-molecular-representation.cc:37:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9143,12 +9495,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-map-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-map-utils.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o event-controller-callbacks.lo event-controller-callbacks.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface.cc:102:
+                 from cc-interface-scripting.cc:43:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9165,29 +9517,16 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-png.lo cc-interface-png.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-molecular-representation.cc:37:
+                 from cc-interface-map-utils.cc:30:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c event-controller-callbacks.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/event-controller-callbacks.o
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
       |                ^
@@ -9200,12 +9539,15 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-png.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-png.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o fit-loop-gui.lo fit-loop-gui.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c fit-loop-gui.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/fit-loop-gui.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o flev.lo flev.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c flev.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/flev.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-graphics.cc:31:
+                 from cc-interface-png.cc:55:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9226,7 +9568,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-merge.cc:38:
+                 from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9251,81 +9593,33 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from c-interface-widgets.cc:34:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-widgets.cc: In function 'void remarks_dialog(int)':
-c-interface-widgets.cc:164:42: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  164 |             GtkWidget *d = gtk_dialog_new();
-      |                            ~~~~~~~~~~~~~~^~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkappchooserdialog.h:31,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:43:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here
-  130 | GtkWidget* gtk_dialog_new      (void);
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-widgets.cc:169:58: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  169 |             GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d));
-      |                               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here
-  172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-widgets.cc:250:37: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  250 |                gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", GTK_RESPONSE_CLOSE);
-      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here
-  144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-widgets.cc: In function 'void simple_text_dialog(const std::string&, const std::string&, int, int)':
-c-interface-widgets.cc:608:36: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  608 |       GtkWidget *d = gtk_dialog_new();
-      |                      ~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:130:12: note: declared here
-  130 | GtkWidget* gtk_dialog_new      (void);
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-widgets.cc:612:52: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_get_content_area(GtkDialog*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  612 |       GtkWidget *vbox = gtk_dialog_get_content_area(GTK_DIALOG(d)); // new method to get vbox fromm dialog
-      |                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:172:13: note: declared here
-  172 | GtkWidget * gtk_dialog_get_content_area (GtkDialog *dialog);
-      |             ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-widgets.cc:634:54: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_add_button(GtkDialog*, const char*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  634 |       GtkWidget *close_button = gtk_dialog_add_button(GTK_DIALOG(d), "Close", 2);
-      |                                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here
-  144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
-      |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
                  from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
                  from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc
+c-interface.cc: In function 'void mono_mode()':
+c-interface.cc:1174:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1174 |          int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget);
+      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:475:23: note: declared here
+  475 | int                   gtk_widget_get_allocated_width    (GtkWidget     *widget);
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface.cc:1175:54: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_height(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_height' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1175 |          int y_size = gtk_widget_get_allocated_height(gl_widget);
+      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here
+  477 | int                   gtk_widget_get_allocated_height   (GtkWidget     *widget);
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o old-generic-display-object.lo old-generic-display-object.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-alignment.cc:41:
+                 from cmtz-interface.cc:58:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9342,64 +9636,41 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-c-interface-validate.cc: In function 'GtkWidget* wrapped_create_check_waters_dialog()':
-c-interface-validate.cc:136:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_active(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  136 |       gtk_combo_box_set_active(GTK_COMBO_BOX(check_waters_action_combobox), 0); // "Check"
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
-   86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-validate.cc:143:25: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  143 |    gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox_molecule));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface-validate.cc: In function 'void do_check_waters_by_widget(GtkWidget*)':
-c-interface-validate.cc:294:50: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  294 |    gchar *at = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(action_combobox));
-      |                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)':
+c-interface.cc:4500:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4500 |       gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cfc.lo cfc.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cc-interface-user-defined-atom-colours.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cc-interface-user-defined-atom-colours.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from c-interface-view.cc:33:
+c-interface.cc: In function 'void make_image_povray_py(const char*)':
+c-interface.cc:4524:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4524 |    gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cfc.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cfc.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o generic-objects.lo generic-objects.cc
+c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)':
+c-interface.cc:7653:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 7653 |       GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button);
+      |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
+  713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+c-interface.cc:7654:34: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+ 7654 |       gtk_style_context_add_class(sc, "circular");
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
+   90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c old-generic-display-object.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/old-generic-display-object.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-scripting.cc:43:
+                 from command-line-extern.cc:41:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9416,12 +9687,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o change-dir.lo change-dir.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-molecular-symmetry.cc:37:
+                 from command-line.cc:61:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9438,38 +9709,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c change-dir.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/change-dir.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface.cc: In function 'void mono_mode()':
-c-interface.cc:1174:53: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_width(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_width' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1174 |          int x_size = gtk_widget_get_allocated_width(gl_widget);
-      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:475:23: note: declared here
-  475 | int                   gtk_widget_get_allocated_width    (GtkWidget     *widget);
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface.cc:1175:54: warning: 'int gtk_widget_get_allocated_height(GtkWidget*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_get_height' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1175 |          int y_size = gtk_widget_get_allocated_height(gl_widget);
-      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:477:23: note: declared here
-  477 | int                   gtk_widget_get_allocated_height   (GtkWidget     *widget);
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c generic-objects.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/generic-objects.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from c-interface-test.cc:102:
+                 from coot-application.cc:28:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9486,37 +9731,33 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-c-interface.cc: In function 'void make_image_povray(const char*)':
-c-interface.cc:4500:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4500 |       gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from cc-interface-graphics.cc:27:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface.cc: In function 'void make_image_povray_py(const char*)':
-c-interface.cc:4524:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4524 |    gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o cmtz-interface.lo cmtz-interface.cc
-c-interface.cc: In function 'void sequence_view(int)':
-c-interface.cc:7653:57: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 7653 |       GtkStyleContext *sc = gtk_widget_get_style_context(button);
-      |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
-  713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-c-interface.cc:7654:34: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
- 7654 |       gtk_style_context_add_class(sc, "circular");
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
-   90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c cmtz-interface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/cmtz-interface.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o command-line.lo command-line.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9530,6 +9771,8 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c geometry-graphs.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/geometry-graphs.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o get-residue.lo get-residue.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9539,10 +9782,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
                  from cc-interface.hh:30,
-                 from cc-interface-graphics.cc:27:
+                 from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o get-monomer.lo get-monomer.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c get-residue.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/get-residue.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c get-monomer.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/get-monomer.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9556,7 +9802,27 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c command-line.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/command-line.o
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from coot_pythonmodule.cc:123:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9574,7 +9840,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-map-utils.cc:30:
+                 from coot-setup-python.cc:41:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9595,7 +9861,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-png.cc:55:
+                 from c-interface-test.cc:102:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9625,24 +9891,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cc-interface-user-defined-atom-colours.cc:29:
+                 from draw.cc:35:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9659,24 +9912,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from cc-interface-molecular-symmetry.cc:34:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cmtz-interface.cc:58:
+                 from graphics-info-tick-function.cc:43:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9693,14 +9933,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-align.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-align.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gl-rama-plot.lo gl-rama-plot.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9714,11 +9947,54 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-rama-plot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gl-rama-plot.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from command-line.cc:61:
+                 from curlew-gtk4.cc:32:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from draw-generic-display-objects.cc:38:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from cfc.cc:45:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9735,11 +10011,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-nomenclature.lo coot-nomenclature.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-nomenclature.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-nomenclature.o
-libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c coot-glue-gtk2.c  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-glue-gtk2.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-glue-gtk2-python.lo coot-glue-gtk2-python.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9753,32 +10024,33 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-hydrogens.lo coot-hydrogens.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-glue-gtk2-python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-glue-gtk2-python.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-phi-psi.lo coot-phi-psi.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-hydrogens.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-hydrogens.o
-c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)':
-c-interface-test.cc:1569:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1569 |      gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
-      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-phi-psi.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-phi-psi.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_pythonmodule.lo coot_pythonmodule.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o globjects.lo globjects.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c globjects.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/globjects.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c globularize.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/globularize.o
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from dynamic-validation.cc:27:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9842,15 +10114,24 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_pythonmodule.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_pythonmodule.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot-setup-python.lo coot-setup-python.cc
-swig -o coot_wrap_guile_pre.cc -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DCOOT_USE_GTK2_INTERFACE -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0  -DUSE_LIBCURL -I../src -I.. -guile -c++  ../src/coot.i
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot-setup-python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot-setup-python.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from cfc.cc:45:
+                 from event-controller-callbacks.cc:31:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9867,14 +10148,36 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o curlew-gtk4.lo curlew-gtk4.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c curlew-gtk4.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/curlew-gtk4.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o draw.lo draw.cc
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from command-line.cc:56:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from command-line-extern.cc:41:
+                 from fit-loop-gui.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9891,15 +10194,96 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c draw.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/draw.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-tick-function.lo graphics-info-tick-function.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o drag-and-drop.lo drag-and-drop.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o draw-generic-display-objects.lo draw-generic-display-objects.cc
+coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)':
+coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  103 |       GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE);
+      |                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h:30,
+                 from /usr/include/glib-2.0/gio/gio.h:28,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcsssection.h:24,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:36,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29:
+/usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here
+ 1556 |   G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS),
+      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-defines.lo graphics-info-defines.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from coot_pythonmodule.cc:27:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-tick-function.cc:38:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-graphs.lo graphics-info-graphs.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from cfc-widgets.hh:28,
+                 from cfc.cc:40:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-gui.lo graphics-info-gui.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from coot-application.cc:28:
+                 from old-generic-display-object.cc:33:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9924,33 +10308,26 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cfc-widgets.hh:28,
-                 from cfc.cc:40:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from command-line.cc:56:
+                 from coot-setup-python.cc:30:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-tick-function.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-tick-function.o
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+coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)':
+coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+   71 |    PySys_SetArgv(argc, _argv);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125,
+                 from coot-setup-python.cc:24:
+/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here
+   10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **);
+      |                                      ^~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-gui.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-gui.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from coot_pythonmodule.cc:123:
+                 from gaussian-surface.cc:29:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9967,11 +10344,35 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)':
+draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  213 |                      gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
+      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-intermediate.lo graphics-info-intermediate.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from coot-setup-python.cc:41:
+                 from generic-objects.cc:50:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -9988,8 +10389,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o eyes.lo eyes.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c eyes.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/eyes.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-intermediate.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-intermediate.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -9998,29 +10398,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from curlew-gtk4.hh:29,
+                 from curlew-gtk4.cc:29:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o event-controller-callbacks.lo event-controller-callbacks.cc
-coot-application.cc: In function 'int start_using_application(int, char**)':
-coot-application.cc:103:69: warning: 'G_APPLICATION_FLAGS_NONE' is deprecated: Use 'G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  103 |       GtkApplication *app = gtk_application_new ("org.emsley.coot", G_APPLICATION_FLAGS_NONE);
-      |                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/glib-2.0/gio/giotypes.h:30,
-                 from /usr/include/glib-2.0/gio/gio.h:28,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcsssection.h:24,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:36,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29:
-/usr/include/glib-2.0/gio/gioenums.h:1556:3: note: declared here
- 1556 |   G_APPLICATION_FLAGS_NONE GIO_DEPRECATED_ENUMERATOR_IN_2_74_FOR(G_APPLICATION_DEFAULT_FLAGS),
-      |   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o fit-loop-gui.lo fit-loop-gui.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c event-controller-callbacks.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/event-controller-callbacks.o
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10034,11 +10418,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from draw-generic-display-objects.cc:38:
+                 from get-monomer.cc:29:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10054,15 +10439,15 @@
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-tick-function.cc:43:
+                 from get-residue.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
@@ -10076,14 +10461,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o framebuffer.lo framebuffer.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c framebuffer.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/framebuffer.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from curlew-gtk4.cc:32:
+                 from flev.cc:41:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10100,14 +10482,87 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c old-generic-display-object.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/old-generic-display-object.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gaussian-surface.lo gaussian-surface.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gaussian-surface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gaussian-surface.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from event-controller-callbacks.hh:29,
+                 from event-controller-callbacks.cc:30:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc
+event-controller-callbacks.cc: In lambda function:
+event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  168 |       gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc
+event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk4(GtkWidget*, double, double)':
+event-controller-callbacks.cc:487:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  487 |    gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk3(GtkWidget*, double, double)':
+event-controller-callbacks.cc:561:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  561 |    gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::on_glarea_motion(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)':
+event-controller-callbacks.cc:812:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  812 |    gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from widget-from-builder.hh:31,
+                 from fit-loop-gui.cc:30:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation-gtk2.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation-gtk2.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-preferences.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-preferences.o
+fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()':
+fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  184 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text));
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
+   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc
+c-interface-test.cc: In function 'PyObject* test_function_py(PyObject*, PyObject*)':
+c-interface-test.cc:1569:31: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1569 |      gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
+      |      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from draw.cc:35:
+                 from globularize.cc:31:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10124,13 +10579,14 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o generic-objects.lo generic-objects.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o geometry-graphs.lo geometry-graphs.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from dynamic-validation.cc:27:
+                 from graphics-info.cc:72:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10147,24 +10603,8 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from coot_pythonmodule.cc:27:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o get-monomer.lo get-monomer.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10173,21 +10613,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from coot-setup-python.cc:30:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-coot-setup-python.cc: In function 'void setup_python_basic(int, char**)':
-coot-setup-python.cc:71:17: warning: 'void PySys_SetArgv(int, wchar_t**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-   71 |    PySys_SetArgv(argc, _argv);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/python3.13/Python.h:125,
-                 from coot-setup-python.cc:24:
-/usr/include/python3.13/sysmodule.h:10:38: note: declared here
-   10 | Py_DEPRECATED(3.11) PyAPI_FUNC(void) PySys_SetArgv(int, wchar_t **);
-      |                                      ^~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gl-rama-plot.lo gl-rama-plot.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10201,6 +10633,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-refmac.lo graphics-info-refmac.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10209,17 +10642,13 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-tick-function.cc:38:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-draw-generic-display-objects.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_generic_objects(unsigned int)':
-draw-generic-display-objects.cc:213:47: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  213 |                      gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
-      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+                 from cc-interface.hh:30,
+                 from gaussian-surface.cc:28:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refmac.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refmac.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-render.lo graphics-info-render.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10228,8 +10657,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from curlew-gtk4.hh:29,
-                 from curlew-gtk4.cc:29:
+                 from generic-objects.cc:40:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -10237,7 +10665,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from event-controller-callbacks.cc:31:
+                 from graphics-info-defines.cc:36:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10254,16 +10682,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from fit-loop-gui.cc:34:
+                 from graphics-info-defines-gtk4.cc:27:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10280,6 +10705,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10293,7 +10723,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10307,34 +10736,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-defines.lo graphics-info-defines.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from gaussian-surface.cc:29:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from old-generic-display-object.cc:33:
+                 from graphics-info-draw-models.cc:27:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10355,7 +10761,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from flev.cc:41:
+                 from graphics-info-draw.cc:48:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10376,7 +10782,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from get-residue.cc:34:
+                 from graphics-info-graphs.cc:60:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10393,11 +10799,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-scripting.lo graphics-info-scripting.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from generic-objects.cc:50:
+                 from graphics-info-gui.cc:71:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10414,12 +10822,26 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-defines-gtk4.lo graphics-info-defines-gtk4.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from get-monomer.cc:29:
+                 from graphics-info-intermediate.cc:33:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10436,106 +10858,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw.lo graphics-info-draw.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-defines-gtk4.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-defines-gtk4.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from event-controller-callbacks.hh:29,
-                 from event-controller-callbacks.cc:30:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-event-controller-callbacks.cc: In lambda function:
-event-controller-callbacks.cc:168:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  168 |       gtk_widget_get_allocation(gl_area, &allocation);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk4(GtkWidget*, double, double)':
-event-controller-callbacks.cc:487:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  487 |    gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::do_drag_pan_gtk3(GtkWidget*, double, double)':
-event-controller-callbacks.cc:561:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  561 |    gtk_widget_get_allocation(widget, &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-event-controller-callbacks.cc: In member function 'void graphics_info_t::on_glarea_motion(GtkEventControllerMotion*, gdouble, gdouble, gpointer)':
-event-controller-callbacks.cc:812:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  812 |    gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-draw-models.lo graphics-info-draw-models.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-draw-models.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-draw-models.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from widget-from-builder.hh:31,
-                 from fit-loop-gui.cc:30:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-fit-loop-gui.cc: In function 'void fit_loop_using_dialog()':
-fit-loop-gui.cc:184:64: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  184 |       std::string chain_id = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(chain_combobox_text));
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:95:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
-   57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-graphs.lo graphics-info-graphs.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-graphs.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-graphs.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from globularize.cc:31:
+                 from graphics-info-init.cc:32:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10560,30 +10888,16 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from cc-interface.hh:30,
-                 from gaussian-surface.cc:28:
+                 from graphics-info.cc:43:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-gui.lo graphics-info-gui.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info.cc:72:
+                 from graphics-info-modelling.cc:80:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10600,26 +10914,14 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-init.lo graphics-info-init.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-gui.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-gui.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from generic-objects.cc:40:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-init.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-init.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-superpose.lo graphics-info-superpose.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-superpose.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-superpose.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-defines.cc:36:
+                 from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10636,26 +10938,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-intermediate.lo graphics-info-intermediate.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-defines-gtk4.cc:27:
+                 from graphics-info-navigation.cc:61:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10672,26 +10959,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-modelling.lo graphics-info-modelling.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-modelling.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-modelling.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-draw.cc:48:
+                 from graphics-info-preferences.cc:35:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10712,7 +10985,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-draw-models.cc:27:
+                 from graphics-info-network.cc:33:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10729,7 +11002,8 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation.lo graphics-info-navigation.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-ligand-mesh-molecule.lo graphics-ligand-mesh-molecule.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10738,7 +11012,23 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info.cc:43:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-mesh-molecule.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-mesh-molecule.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -10746,7 +11036,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-gui.cc:71:
+                 from graphics-info-mutate.cc:61:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10763,12 +11053,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gl-matrix.lo gl-matrix.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-init.cc:32:
+                 from graphics-info-lsq.cc:51:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -10785,7 +11075,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-navigation-gtk2.lo graphics-info-navigation-gtk2.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gl-matrix.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gl-matrix.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10799,30 +11089,20 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-navigation-gtk2.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-navigation-gtk2.o
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-graphs.cc:60:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-preferences.lo graphics-info-preferences.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-preferences.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-preferences.o
+graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()':
+graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   37 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()':
+graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   58 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10831,13 +11111,10 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from graphics-info-draw.cc:43:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-network.lo graphics-info-network.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-network.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-network.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -10846,32 +11123,11 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-draw.cc:43:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info-graphs.cc:24:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-intermediate.cc:33:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-mutate.lo graphics-info-mutate.cc
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static glm::mat4 graphics_info_t::get_molecule_mvp(bool)':
 graphics-info-draw.cc:632:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
   632 |       gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
@@ -10893,6 +11149,79 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc: In lambda function:
+graphics-info-graphs.cc:97:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   97 |                              return ! gtk_list_store_remove(list,iter);
+      |                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
+   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_validation_graph_model_list()':
+graphics-info-graphs.cc:93:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+   93 |    gtk_tree_model_foreach(
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^
+   94 |                           GTK_TREE_MODEL(validation_graph_model_list),
+      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   95 |                           +[](GtkTreeModel* model, GtkTreePath* path, GtkTreeIter* iter, gpointer data) -> gboolean {
+      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   96 |                              GtkListStore* list = GTK_LIST_STORE(model);
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   97 |                              return ! gtk_list_store_remove(list,iter);
+      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+   98 |                           },
+      |                           ~~
+   99 |                           NULL
+      |                           ~~~~
+  100 |                           );
+      |                           ~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here
+  379 | void              gtk_tree_model_foreach         (GtkTreeModel            *model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc:107:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  107 |          gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
+  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc:108:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  108 |          gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc: In lambda function:
+graphics-info-graphs.cc:169:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  169 |       return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter));
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
+   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_ramachandran_plot_model_list()':
+graphics-info-graphs.cc:172:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  172 |    gtk_tree_model_foreach(GTK_TREE_MODEL(ramachandran_plot_model_list), fn, NULL);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here
+  379 | void              gtk_tree_model_foreach         (GtkTreeModel            *model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc:179:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  179 |          gtk_list_store_append(ramachandran_plot_model_list, &iter);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
+  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-graphs.cc:180:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  180 |          gtk_list_store_set(ramachandran_plot_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_refinement_dialog_arrow_tab()':
 graphics-info-draw.cc:1678:32: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1678 |       gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
@@ -10907,6 +11236,48 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from graphics-info-opengl.cc:38:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from graphics-info-pick.cc:42:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_meshed_generic_display_object_meshes(unsigned int)':
 graphics-info-draw.cc:2222:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  2222 |          gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
@@ -10935,7 +11306,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-mutate.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-mutate.o
 graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ramachandran_plot()':
 graphics-info-draw.cc:3304:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  3304 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
@@ -10978,6 +11348,18 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-gui.cc:42:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-draw.cc: In member function 'std::pair<bool, mmdb::Atom*> graphics_info_t::check_if_hud_bar_moused_over_or_act_on_hud_bar_clicked(double, double, bool)':
 graphics-info-draw.cc:4008:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  4008 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
@@ -11020,90 +11402,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ligand_view()':
-graphics-info-draw.cc:5724:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 5724 |             gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)':
-graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 6164 |             gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-gui.cc:42:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_models_for_ssao()':
-graphics-info-draw-models.cc:37:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   37 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-draw-models.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_molecules_for_ssao()':
-graphics-info-draw-models.cc:58:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   58 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gl_area), &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()':
-graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  485 |       validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
-      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-init.cc:488:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  488 |       ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
-      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::show_refinement_and_regularization_parameters_frame()':
 graphics-info-gui.cc:136:33: warning: 'void gtk_combo_box_text_remove_all(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
   136 |    gtk_combo_box_text_remove_all(GTK_COMBO_BOX_TEXT(overall_weight_combobox));
@@ -11125,6 +11423,13 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_hud_ligand_view()':
+graphics-info-draw.cc:5724:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 5724 |             gtk_widget_get_allocation(graphics_info_t::glareas[0], &allocation);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-gui.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::add_status_bar_text(const std::string&)':
 graphics-info-gui.cc:334:28: warning: 'guint gtk_statusbar_push(GtkStatusbar*, guint, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   334 |          gtk_statusbar_push(GTK_STATUSBAR(statusbar), statusbar_context_id, sbt.c_str());
@@ -11161,6 +11466,13 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:111:22: note: declared here
   111 | void                 gtk_file_chooser_set_current_name    (GtkFileChooser       *chooser,
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-draw.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::draw_extra_distance_restraints(int)':
+graphics-info-draw.cc:6164:38: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 6164 |             gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glareas[0]), &allocation);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-gui.cc: In member function 'GtkWidget* graphics_info_t::dialog_box_of_buttons_internal(const std::string&, const std::vector<std::tuple<std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, void (*)(), void*> >&, const std::string&)':
 graphics-info-gui.cc:664:38: warning: 'GtkWidget* gtk_dialog_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   664 |    GtkWidget *dialog = gtk_dialog_new();
@@ -11182,6 +11494,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkdialog.h:144:12: note: declared here
   144 | GtkWidget* gtk_dialog_add_button        (GtkDialog   *dialog,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtkglarea-rama-plot.lo gtkglarea-rama-plot.cc
 graphics-info-gui.cc: In member function 'void graphics_info_t::new_fill_combobox_with_coordinates_options(GtkWidget*, GCallback, int)':
 graphics-info-gui.cc:1778:51: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1778 |    GtkTreeModel *model_1 = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox_molecule));
@@ -11440,31 +11753,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair<double, double> graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const':
-graphics-info-gui.cc:4516:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 4516 |    gtk_widget_get_allocation(glarea, &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info-graphs.cc:24:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-navigation.cc:61:
+                 from graphics-info-refmac.cc:79:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -11481,84 +11774,19 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info-graphs.cc: In lambda function:
-graphics-info-graphs.cc:97:60: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   97 |                              return ! gtk_list_store_remove(list,iter);
-      |                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
-   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_validation_graph_model_list()':
-graphics-info-graphs.cc:93:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-   93 |    gtk_tree_model_foreach(
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^
-   94 |                           GTK_TREE_MODEL(validation_graph_model_list),
-      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   95 |                           +[](GtkTreeModel* model, GtkTreePath* path, GtkTreeIter* iter, gpointer data) -> gboolean {
-      |                           ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   96 |                              GtkListStore* list = GTK_LIST_STORE(model);
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   97 |                              return ! gtk_list_store_remove(list,iter);
-      |                              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-   98 |                           },
-      |                           ~~
-   99 |                           NULL
-      |                           ~~~~
-  100 |                           );
-      |                           ~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here
-  379 | void              gtk_tree_model_foreach         (GtkTreeModel            *model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc:107:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  107 |          gtk_list_store_append(validation_graph_model_list, &iter);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
-  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc:108:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  108 |          gtk_list_store_set(validation_graph_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc: In lambda function:
-graphics-info-graphs.cc:169:45: warning: 'gboolean gtk_list_store_remove(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  169 |       return gboolean(!gtk_list_store_remove(list,iter));
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:95:15: note: declared here
-   95 | gboolean      gtk_list_store_remove           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::refresh_ramachandran_plot_model_list()':
-graphics-info-graphs.cc:172:26: warning: 'void gtk_tree_model_foreach(GtkTreeModel*, GtkTreeModelForeachFunc, gpointer)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  172 |    gtk_tree_model_foreach(GTK_TREE_MODEL(ramachandran_plot_model_list), fn, NULL);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:379:19: note: declared here
-  379 | void              gtk_tree_model_foreach         (GtkTreeModel            *model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc:179:31: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  179 |          gtk_list_store_append(ramachandran_plot_model_list, &iter);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
-  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-graphs.cc:180:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  180 |          gtk_list_store_set(ramachandran_plot_model_list, &iter, 0, label.c_str(), 1, i, -1);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc
+graphics-info-gui.cc: In member function 'std::pair<double, double> graphics_info_t::get_pointer_position_frac() const':
+graphics-info-gui.cc:4516:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 4516 |    gtk_widget_get_allocation(glarea, &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-modelling.cc:80:
+                 from graphics-info-render-scene.cc:40:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -11570,24 +11798,24 @@
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-preferences.cc:35:
+                 from graphics-info-render.cc:38:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
       |                ^
@@ -11596,6 +11824,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtkglarea-rama-plot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtkglarea-rama-plot.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11609,11 +11838,55 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-manual.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-manual.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-modelling.cc:48:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-init.cc: In member function 'void graphics_info_t::init()':
+graphics-info-init.cc:485:55: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  485 |       validation_graph_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
+      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-init.cc:488:56: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  488 |       ramachandran_plot_model_list = gtk_list_store_new(2,G_TYPE_STRING,G_TYPE_INT);
+      |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-navigation-gtk2.cc:42:
+                 from graphics-info-refine.cc:31:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -11630,14 +11903,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-lsq.lo graphics-info-lsq.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-opengl.lo graphics-info-opengl.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-opengl.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-opengl.o
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtk-utils.lo gtk-utils.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-network.cc:33:
+                 from graphics-info-residues.cc:33:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -11654,104 +11926,31 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-lsq.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-lsq.o
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-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-navigation.cc:48:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()':
-graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  825 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)':
-graphics-info-navigation.cc:874:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  874 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
-  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
-      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
-graphics-info-navigation.cc:949:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  949 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-widget-conversion-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-widget-conversion-utils.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o HUDMesh.lo HUDMesh.cc
+graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
+graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 5576 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
       |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
    89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:951:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  951 |       GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
+graphics-info-modelling.cc:5578:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 5578 |       GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
       |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
   100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:953:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  953 |       gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
+graphics-info-modelling.cc:5580:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 5580 |       gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here
   333 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const':
-graphics-info-navigation.cc:982:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  982 |       gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
-      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
-   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:984:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  984 |          GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
-      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
-  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-navigation.cc:989:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  989 |             gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
-      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here
-  333 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-render-scene.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-render-scene.o
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-mutate.cc:61:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c gtk-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/gtk-utils.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -11760,7 +11959,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-modelling.cc:48:
+                 from graphics-info-navigation.cc:48:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -11772,309 +11971,10 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-preferences.cc:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)':
-graphics-info-preferences.cc:712:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  712 |   GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string);
-      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here
-  201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string  (const char        *path);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:716:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  716 |   gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here
-  316 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter        (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:717:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  717 |   gtk_tree_model_get(model, &iter,
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
-  718 |                      0, &value,
-      |                      ~~~~~~~~~~
-  719 |                      3, &icon_pos, -1);
-      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
-  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:722:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  722 |   gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:730:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  730 |   gtk_tree_path_free (path);
-      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here
-  228 | void         gtk_tree_path_free             (GtkTreePath       *path);
-      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)':
-graphics-info-preferences.cc:775:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  775 |    GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new();
-      |                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here
-  193 | GtkWidget             *gtk_tree_view_new                           (void);
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:776:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  776 |    gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here
-  209 | void                   gtk_tree_view_set_headers_visible           (GtkTreeView               *tree_view,
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26,
-                 from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31,
-                 from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29:
-graphics-info-preferences.cc:790:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  790 |    GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT));
-      |                                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2656:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC'
- 2656 | #  define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct)       ((ct*) (void *) ip)
-      |                                                         ^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST'
-   30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj)            (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel))
-      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:790:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL'
-  790 |    GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT));
-      |                          ^~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:800:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  800 |    gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here
-  201 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:802:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  802 |    button_col = gtk_tree_view_column_new();
-      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
-   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:803:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  803 |    icon_col = gtk_tree_view_column_new();
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
-   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:804:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  804 |    text_col = gtk_tree_view_column_new();
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
-   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:809:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  809 |       gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
-  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:857:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  857 |       gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel,
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  858 |                          BUTTON_COL, "",
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~
-  859 |                          ICON_COL, icon,
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~
-  860 |                          TEXT_COL, item.icon_text.c_str(),
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  861 |                          INDEX_COL, item.icon_pos,
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  862 |                          -1);
-      |                          ~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:866:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  866 |    button_col = gtk_tree_view_column_new();
-      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
-   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:867:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  867 |    gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here
-  226 | int                    gtk_tree_view_append_column                 (GtkTreeView               *tree_view,
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:868:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  868 |    button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new();
-      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here
-   40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new            (void);
-      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:869:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  869 |    gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here
-   91 | void                    gtk_tree_view_column_pack_start          (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:871:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  871 |    gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  872 |                                        "active", BUTTON_COL,
-      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  873 |                                        NULL);
-      |                                        ~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here
-  106 | void                    gtk_tree_view_column_set_attributes      (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:885:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  885 |    icon_col = gtk_tree_view_column_new();
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
-   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:886:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  886 |    gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here
-  226 | int                    gtk_tree_view_append_column                 (GtkTreeView               *tree_view,
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:887:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  887 |    icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new();
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here
-   39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new      (void);
-      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:888:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  888 |    gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here
-   91 | void                    gtk_tree_view_column_pack_start          (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:889:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  889 |    gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  890 |                                        "pixbuf", ICON_COL,
-      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  891 |                                        NULL);
-      |                                        ~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here
-  106 | void                    gtk_tree_view_column_set_attributes      (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:894:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  894 |    text_col = gtk_tree_view_column_new();
-      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
-   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:895:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  895 |    gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here
-  226 | int                    gtk_tree_view_append_column                 (GtkTreeView               *tree_view,
-      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:896:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  896 |    text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new();
-      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here
-   62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new      (void);
-      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:897:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  897 |    gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here
-   91 | void                    gtk_tree_view_column_pack_start          (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:898:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  898 |    gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer,
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  899 |                                        "text", TEXT_COL,
-      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  900 |                                        NULL);
-      |                                        ~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here
-  106 | void                    gtk_tree_view_column_set_attributes      (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
-      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)':
-graphics-info-preferences.cc:987:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  987 |   if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) {
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here
-  327 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter_first  (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:989:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  989 |       gtk_tree_model_get(model, &iter,
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
-  990 |                          0, &button_value,
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~
-  991 |                          3, &col_index, -1);
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
-  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  997 |         gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1);
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1000 |         gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1);
-      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1003 |     } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter));
-      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here
-  341 | gboolean          gtk_tree_model_iter_next       (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-modelling.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::move_molecule_here_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
-graphics-info-modelling.cc:5576:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 5576 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
-   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-modelling.cc:5578:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 5578 |       GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
-      |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
-  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-modelling.cc:5580:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 5580 |       gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here
-  333 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
                  from graphics-info-navigation-gtk2.cc:28:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-residues.lo graphics-info-residues.cc
 In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26,
                  from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31,
                  from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24,
@@ -12180,6 +12080,32 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:131:15: note: declared here
   131 | void          gtk_tree_store_append           (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_new_mol()':
+graphics-info-navigation.cc:825:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  825 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:68:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In member function 'void graphics_info_t::update_go_to_atom_window_on_other_molecule_chosen(int)':
+graphics-info-navigation.cc:874:28: warning: 'void gtk_cell_layout_clear(GtkCellLayout*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  874 |       gtk_cell_layout_clear(GTK_CELL_LAYOUT(combobox));
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcelllayout.h:123:7: note: declared here
+  123 | void  gtk_cell_layout_clear              (GtkCellLayout         *cell_layout);
+      |       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::go_to_atom_mol_combobox_changed(GtkWidget*, gpointer)':
+graphics-info-navigation.cc:949:50: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  949 |    gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
+   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:951:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  951 |       GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
+      |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:280:28: warning: 'void gtk_tree_store_set(GtkTreeStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   280 |          gtk_tree_store_set(tree_store, &child,
       |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12189,17 +12115,28 @@
       |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   283 |                             -1);
       |                             ~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
+  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:81:15: note: declared here
    81 | void          gtk_tree_store_set              (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:288:66: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   288 |       GtkCellRenderer *cell_renderer = gtk_cell_renderer_text_new();
       |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+graphics-info-navigation.cc:953:31: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  953 |       gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here
    62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new      (void);
       |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here
+  333 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:290:76: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new_with_attributes(const char*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
   290 |       GtkTreeViewColumn *column = gtk_tree_view_column_new_with_attributes ("Chains", cell_renderer, "markup", 0, NULL);
       |                                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12226,15 +12163,34 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeselection.h:76:18: note: declared here
    76 | void             gtk_tree_selection_set_mode            (GtkTreeSelection            *selection,
       |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc: In member function 'int graphics_info_t::combobox_get_imol(GtkComboBox*) const':
+graphics-info-navigation.cc:982:53: warning: 'gboolean gtk_combo_box_get_active_iter(GtkComboBox*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  982 |       gboolean state = gtk_combo_box_get_active_iter(GTK_COMBO_BOX(combobox), &iter);
+      |                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:89:15: note: declared here
+   89 | gboolean      gtk_combo_box_get_active_iter  (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:300:45: warning: 'void gtk_tree_selection_set_select_function(GtkTreeSelection*, GtkTreeSelectionFunc, gpointer, GDestroyNotify)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   300 |       gtk_tree_selection_set_select_function(tree_sel, residue_tree_selection_func, NULL, NULL);
       |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeselection.h:81:18: note: declared here
    81 | void             gtk_tree_selection_set_select_function (GtkTreeSelection            *selection,
       |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:984:55: warning: 'GtkTreeModel* gtk_combo_box_get_model(GtkComboBox*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  984 |          GtkTreeModel *model = gtk_combo_box_get_model(GTK_COMBO_BOX(combobox));
+      |                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:100:15: note: declared here
+  100 | GtkTreeModel *gtk_combo_box_get_model        (GtkComboBox     *combo_box);
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:307:52: warning: 'GtkTreeModel* gtk_tree_view_get_model(GtkTreeView*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
   307 |       GtkTreeModel *model = gtk_tree_view_get_model(GTK_TREE_VIEW(atom_list));
       |                             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-navigation.cc:989:37: warning: 'void gtk_tree_model_get_value(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, int, GValue*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  989 |             gtk_tree_model_get_value(model, &iter, 0, &label_as_value);
+      |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:333:19: note: declared here
+  333 | void              gtk_tree_model_get_value       (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:199:24: note: declared here
   199 | GtkTreeModel          *gtk_tree_view_get_model                     (GtkTreeView               *tree_view);
       |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12426,6 +12382,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
   369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/HUDMesh.o
 graphics-info-navigation-gtk2.cc:654:31: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   654 |             gtk_tree_model_get(model, &iter, RESIDUE_COL, &atom_data, -1);
       |             ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12451,9 +12408,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
   369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-residues.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-residues.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-refine.lo graphics-info-refine.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-refine.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-refine.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12462,11 +12416,274 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from graphics-info-preferences.cc:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::preferences_toolbar_icon_toggled(GtkCellRendererToggle*, gchar*, gpointer, int)':
+graphics-info-preferences.cc:712:53: warning: 'GtkTreePath* gtk_tree_path_new_from_string(const char*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  712 |   GtkTreePath *path = gtk_tree_path_new_from_string (path_string);
+      |                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellarea.h:30,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:64:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:201:14: note: declared here
+  201 | GtkTreePath *gtk_tree_path_new_from_string  (const char        *path);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:716:26: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  716 |   gtk_tree_model_get_iter(model, &iter, path);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:316:19: note: declared here
+  316 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter        (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:717:21: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  717 |   gtk_tree_model_get(model, &iter,
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
+  718 |                      0, &value,
+      |                      ~~~~~~~~~~
+  719 |                      3, &icon_pos, -1);
+      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
+  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:722:22: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  722 |   gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, value, -1);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:730:22: warning: 'void gtk_tree_path_free(GtkTreePath*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  730 |   gtk_tree_path_free (path);
+      |   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:228:14: note: declared here
+  228 | void         gtk_tree_path_free             (GtkTreePath       *path);
+      |              ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc: In member function 'void graphics_info_t::fill_preferences_toolbar_icons(GtkWidget*, GtkWidget*, int)':
+graphics-info-preferences.cc:775:45: warning: 'GtkWidget* gtk_tree_view_new()' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  775 |    GtkWidget *icons_tree = gtk_tree_view_new();
+      |                            ~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:193:24: note: declared here
+  193 | GtkWidget             *gtk_tree_view_new                           (void);
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:776:37: warning: 'void gtk_tree_view_set_headers_visible(GtkTreeView*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  776 |    gtk_tree_view_set_headers_visible(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), FALSE);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:209:24: note: declared here
+  209 | void                   gtk_tree_view_set_headers_visible           (GtkTreeView               *tree_view,
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/glib-2.0/gobject/gobject.h:26,
+                 from /usr/include/glib-2.0/gobject/gbinding.h:31,
+                 from /usr/include/glib-2.0/glib-object.h:24,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcssenumtypes.h:11,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/css/gtkcss.h:33,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:29:
+graphics-info-preferences.cc:790:59: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  790 |    GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT));
+      |                                         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/glib-2.0/gobject/gtype.h:2656:57: note: in definition of macro '_G_TYPE_CIC'
+ 2656 | #  define _G_TYPE_CIC(ip, gt, ct)       ((ct*) (void *) ip)
+      |                                                         ^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:30:41: note: in expansion of macro 'G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST'
+   30 | #define GTK_TREE_MODEL(obj)            (G_TYPE_CHECK_INSTANCE_CAST ((obj), GTK_TYPE_TREE_MODEL, GtkTreeModel))
+      |                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:790:26: note: in expansion of macro 'GTK_TREE_MODEL'
+  790 |    GtkTreeModel *model = GTK_TREE_MODEL(gtk_list_store_new(4, G_TYPE_BOOLEAN, GDK_TYPE_PIXBUF, G_TYPE_STRING, G_TYPE_INT));
+      |                          ^~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:800:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  800 |    gtk_tree_view_set_model(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), model);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:201:24: note: declared here
+  201 | void                   gtk_tree_view_set_model                     (GtkTreeView               *tree_view,
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:802:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  802 |    button_col = gtk_tree_view_column_new();
+      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:26:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
+   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:803:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  803 |    icon_col = gtk_tree_view_column_new();
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
+   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:804:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  804 |    text_col = gtk_tree_view_column_new();
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
+   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:809:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  809 |       gtk_list_store_append(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
+  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:857:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  857 |       gtk_list_store_set(GTK_LIST_STORE(model), &toplevel,
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  858 |                          BUTTON_COL, "",
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~
+  859 |                          ICON_COL, icon,
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~
+  860 |                          TEXT_COL, item.icon_text.c_str(),
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  861 |                          INDEX_COL, item.icon_pos,
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  862 |                          -1);
+      |                          ~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:866:41: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  866 |    button_col = gtk_tree_view_column_new();
+      |                 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
+   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:867:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  867 |    gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), button_col);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here
+  226 | int                    gtk_tree_view_append_column                 (GtkTreeView               *tree_view,
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:868:50: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_toggle_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  868 |    button_renderer = gtk_cell_renderer_toggle_new();
+      |                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:77:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertoggle.h:40:18: note: declared here
+   40 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_toggle_new            (void);
+      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:869:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  869 |    gtk_tree_view_column_pack_start(button_col, GTK_CELL_RENDERER(button_renderer), TRUE);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here
+   91 | void                    gtk_tree_view_column_pack_start          (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:871:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  871 |    gtk_tree_view_column_set_attributes(button_col, button_renderer,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  872 |                                        "active", BUTTON_COL,
+      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  873 |                                        NULL);
+      |                                        ~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here
+  106 | void                    gtk_tree_view_column_set_attributes      (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:885:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  885 |    icon_col = gtk_tree_view_column_new();
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
+   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:886:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  886 |    gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), icon_col);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here
+  226 | int                    gtk_tree_view_append_column                 (GtkTreeView               *tree_view,
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:887:48: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_pixbuf_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  887 |    icon_renderer = gtk_cell_renderer_pixbuf_new();
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:72:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendererpixbuf.h:39:18: note: declared here
+   39 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_pixbuf_new      (void);
+      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:888:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  888 |    gtk_tree_view_column_pack_start(icon_col, icon_renderer, TRUE);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here
+   91 | void                    gtk_tree_view_column_pack_start          (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:889:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  889 |    gtk_tree_view_column_set_attributes(icon_col, icon_renderer,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  890 |                                        "pixbuf", ICON_COL,
+      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  891 |                                        NULL);
+      |                                        ~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here
+  106 | void                    gtk_tree_view_column_set_attributes      (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:894:39: warning: 'GtkTreeViewColumn* gtk_tree_view_column_new()' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  894 |    text_col = gtk_tree_view_column_new();
+      |               ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:83:25: note: declared here
+   83 | GtkTreeViewColumn      *gtk_tree_view_column_new                 (void);
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:895:31: warning: 'int gtk_tree_view_append_column(GtkTreeView*, GtkTreeViewColumn*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  895 |    gtk_tree_view_append_column(GTK_TREE_VIEW(icons_tree), text_col);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:226:24: note: declared here
+  226 | int                    gtk_tree_view_append_column                 (GtkTreeView               *tree_view,
+      |                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:896:46: warning: 'GtkCellRenderer* gtk_cell_renderer_text_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  896 |    text_renderer = gtk_cell_renderer_text_new();
+      |                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrendereraccel.h:24,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:70:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcellrenderertext.h:62:18: note: declared here
+   62 | GtkCellRenderer *gtk_cell_renderer_text_new      (void);
+      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:897:35: warning: 'void gtk_tree_view_column_pack_start(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, gboolean)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  897 |    gtk_tree_view_column_pack_start(text_col, text_renderer, TRUE);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:91:25: note: declared here
+   91 | void                    gtk_tree_view_column_pack_start          (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:898:39: warning: 'void gtk_tree_view_column_set_attributes(GtkTreeViewColumn*, GtkCellRenderer*, ...)' is deprecated: Use 'GtkColumnView and GtkColumnViewColumn' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  898 |    gtk_tree_view_column_set_attributes(text_col, text_renderer,
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  899 |                                        "text", TEXT_COL,
+      |                                        ~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  900 |                                        NULL);
+      |                                        ~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeviewcolumn.h:106:25: note: declared here
+  106 | void                    gtk_tree_view_column_set_attributes      (GtkTreeViewColumn       *tree_column,
+      |                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc: In static member function 'static void graphics_info_t::update_toolbar_icons(GtkTreeModel*, int)':
+graphics-info-preferences.cc:987:36: warning: 'gboolean gtk_tree_model_get_iter_first(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  987 |   if (gtk_tree_model_get_iter_first(model, &iter)) {
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:327:19: note: declared here
+  327 | gboolean          gtk_tree_model_get_iter_first  (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:989:25: warning: 'void gtk_tree_model_get(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  989 |       gtk_tree_model_get(model, &iter,
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
+  990 |                          0, &button_value,
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~
+  991 |                          3, &col_index, -1);
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
+  369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:997:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  997 |         gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 1, -1);
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:1000:28: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1000 |         gtk_list_store_set (GTK_LIST_STORE (model), &iter, 0, 0, -1);
+      |         ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info-preferences.cc:1003:38: warning: 'gboolean gtk_tree_model_iter_next(GtkTreeModel*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1003 |     } while (gtk_tree_model_iter_next(model, &iter));
+      |              ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:341:19: note: declared here
+  341 | gboolean          gtk_tree_model_iter_next       (GtkTreeModel *tree_model,
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12475,7 +12692,8 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-mutate.cc:58:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12483,70 +12701,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-lsq.cc:51:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-pick.cc:42:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-opengl.cc:38:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-render.cc:38:
+                 from graphics-info-scripting.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12563,12 +12718,35 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-scripting.lo graphics-info-scripting.cc
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-mutate.cc:58:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-lsq.cc:39:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-render-scene.cc:40:
+                 from graphics-info-state.cc:38:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12585,12 +12763,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-scripting.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-scripting.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-refmac.cc:79:
+                 from graphics-info-statics.cc:32:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12607,13 +12784,24 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-state.lo graphics-info-state.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-state.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-state.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-residues.cc:33:
+                 from graphics-info-superpose.cc:33:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12630,6 +12818,9 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c HUDTextureMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/HUDTextureMesh.o
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o Instanced-Markup-Mesh.lo Instanced-Markup-Mesh.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12638,7 +12829,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-lsq.cc:39:
+                 from graphics-info-refmac.cc:50:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12646,7 +12837,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-refine.cc:31:
+                 from graphics-info-trackball.cc:57:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12663,7 +12854,8 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-statics.lo graphics-info-statics.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12677,7 +12869,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-statics.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-statics.o
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12691,8 +12883,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12705,16 +12895,10 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)':
+graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  350 |    gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12725,13 +12909,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info-opengl.cc: In static member function 'static glm::vec4 graphics_info_t::unproject(float, float, float)':
-graphics-info-opengl.cc:350:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  350 |    gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12740,7 +12917,8 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-refmac.cc:50:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -12757,7 +12935,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-info-trackball.lo graphics-info-trackball.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c key-bindings.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/key-bindings.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12771,35 +12953,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LigandViewMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/LigandViewMesh.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-scripting.cc:34:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-info-trackball.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-info-trackball.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o graphics-ligand-view.lo graphics-ligand-view.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c graphics-ligand-view.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/graphics-ligand-view.o
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-state.cc:38:
+                 from gtkglarea-rama-plot.cc:23:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12820,7 +12979,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-statics.cc:32:
+                 from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12837,14 +12996,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-superpose.cc:33:
+                 from gtk-manual.cc:46:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12861,9 +13018,23 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtkglarea-rama-plot.lo gtkglarea-rama-plot.cc
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+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from graphics-info-state.cc:34:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o make-a-dodec.lo make-a-dodec.cc
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12877,12 +13048,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o gtk-manual.lo gtk-manual.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-info-trackball.cc:57:
+                 from ../src/molecule-class-info.h:85,
+                 from ../src/graphics-info.h:72,
+                 from gtk-utils.cc:26:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -12899,23 +13069,9 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from graphics-info-state.cc:34:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12929,11 +13085,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o HUDMesh.lo HUDMesh.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o HUDTextureMesh.lo HUDTextureMesh.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12947,12 +13099,14 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Instanced-Markup-Mesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/Instanced-Markup-Mesh.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c Mesh-from-graphical-bonds.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/Mesh-from-graphical-bonds.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -12966,109 +13120,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LinesMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/LinesMesh.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o LigandViewMesh.lo LigandViewMesh.cc
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from gtkglarea-rama-plot.cc:23:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c LigandViewMesh.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/LigandViewMesh.o
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-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from gtk-manual.cc:46:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c make-a-dodec.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/make-a-dodec.o
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-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from graphics-ligand-mesh-molecule.cc:36:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c matrix-utils.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/matrix-utils.o
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-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from ../src/molecule-class-info.h:85,
-                 from ../src/graphics-info.h:72,
-                 from gtk-utils.cc:26:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -13090,6 +13144,15 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-analysis.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-analysis.o
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -13103,6 +13166,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps.lo molecule-class-info-maps.cc
 gtkglarea-rama-plot.cc: In function 'void gtkgl_rama_on_glarea_render(GtkWidget*)':
 gtkglarea-rama-plot.cc:94:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
    94 |          gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(gtk_gl_area), &allocation);
@@ -13124,46 +13188,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecular-mesh-generator.hh:44,
-                 from Model.hh:39,
-                 from Model.cc:37:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -13278,31 +13305,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecular-mesh-generator.hh:44,
-                 from Mesh-from-graphical-bonds.cc:703:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-analysis.lo molecule-class-info-analysis.cc
 ../src/graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 ../src/graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -13316,29 +13318,20 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-analysis.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-analysis.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-bonds.lo molecule-class-info-bonds.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-bonds.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-bonds.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from lbg-interface.cc:28:
+                 from molecular-mesh-generator.hh:44,
+                 from Model.hh:39,
+                 from Model.cc:37:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13355,12 +13348,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps.lo molecule-class-info-maps.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-alignment.cc:27:
+                 from molecular-mesh-generator.hh:44,
+                 from Mesh-from-graphical-bonds.cc:703:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13377,13 +13369,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-maps-2.lo molecule-class-info-maps-2.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-maps-2.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-maps-2.o
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-other.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-other.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from meshed-generic-display-object.cc:37:
+                 from molecule-class-info-alignment.cc:27:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13400,12 +13391,10 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-molecular-symmetry.lo molecule-class-info-molecular-symmetry.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from model-molecule-meshes.cc:34:
+                 from molecule-class-info-analysis.cc:28:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13422,14 +13411,29 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-molecular-symmetry.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-molecular-symmetry.o
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-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-dots.lo molecule-class-info-dots.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-kdc.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kdc.o
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-analysis.cc:28:
+                 from molecule-class-info-bonds.cc:22:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13446,12 +13450,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-bonds.cc:22:
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from lbg-interface.cc:28:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13468,26 +13471,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-dots-internal.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-dots-internal.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-other.lo molecule-class-info-other.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-other.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-other.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-kk.lo molecule-class-info-kk.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-build.cc:36:
+                 from molecule-class-info-molecular-symmetry.cc:22:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13504,7 +13492,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-mutate.lo molecule-class-info-mutate.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-kk.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kk.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -13528,7 +13516,7 @@
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-molecular-symmetry.cc:22:
+                 from molecule-class-info-build.cc:36:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13545,42 +13533,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-residues.lo molecule-class-info-residues.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mutate.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mutate.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-residues.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-residues.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-refine.lo molecule-class-info-refine.cc
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from molecule-class-info.cc:90:
+                 from model-molecule-meshes.cc:34:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13597,10 +13554,13 @@
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       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-surface.lo molecule-class-info-surface.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-maps.cc:56:
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from meshed-generic-display-object.cc:37:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13620,7 +13580,7 @@
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-kdc.cc:32:
+                 from molecule-class-info-maps.cc:56:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13637,11 +13597,18 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-surface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-surface.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from molecule-class-info-mutate.cc:52:
+                 from molecule-class-info-kdc.cc:32:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13658,6 +13625,10 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -13679,6 +13650,10 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator-mol-tris.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator-mol-tris.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -13687,48 +13662,32 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.hh:29,
-                 from molecule-class-info.cc:80:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from molecule-class-info-bonds.cc:24:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.h:26,
-                 from molecule-class-info.h:102:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-kk.lo molecule-class-info-kk.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-surface.lo molecule-class-info-surface.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-surface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-surface.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-kk.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-kk.o
-In file included from molecule-class-info-maps.cc:79:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.h:26,
-                 from molecule-class-info.h:102:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc
+In file included from molecular-mesh-generator.cc:43:
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
+   63 | #pragma mark -
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
+   64 | #pragma mark Debug routine
+In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35:
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
+   63 | #pragma mark -
+../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
+   64 | #pragma mark Debug routine
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pick.lo pick.cc
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pick.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/pick.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from molecule-class-info-residues.cc:45:
+                 from molecule-class-info.cc:90:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13745,6 +13704,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c positron-plot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/positron-plot.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -13765,17 +13725,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o protein_db-interface.lo protein_db-interface.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from molecule-class-info-other.cc:67:
+                 from molecule-class-info-string.cc:32:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13792,8 +13747,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-ncs.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-ncs.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-mol-tris.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-mol-tris.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -13807,6 +13760,43 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c protein_db-interface.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/protein_db-interface.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -13823,7 +13813,8 @@
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-kk.cc:25:
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from molecule-class-info-mutate.cc:52:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13840,24 +13831,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-widget-work.lo molecule-class-info-widget-work.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-string.cc:32:
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from molecule-class-info-residues.cc:45:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13874,28 +13852,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-widget-work.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-widget-work.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecule-class-info-geometry.lo molecule-class-info-geometry.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecule-class-info-geometry.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecule-class-info-geometry.o
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator.lo molecular-mesh-generator.cc
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c molecular-mesh-generator.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/molecular-mesh-generator.o
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-patterson.cc:45:
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from molecule-class-info-other.cc:67:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13912,24 +13875,10 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from molecular-mesh-generator.cc:43:
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
-   63 | #pragma mark -
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
-   64 | #pragma mark Debug routine
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o molecular-mesh-generator-mol-tris.lo molecular-mesh-generator-mol-tris.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o obj_loader.lo obj_loader.cc
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-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c obj_loader.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/obj_loader.o
-In file included from molecular-mesh-generator-mol-tris.cc:35:
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:63: warning: ignoring '#pragma mark ' [-Wunknown-pragmas]
-   63 | #pragma mark -
-../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:64: warning: ignoring '#pragma mark Debug' [-Wunknown-pragmas]
-   64 | #pragma mark Debug routine
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-ncs.cc:47:
+                 from molecule-class-info-kk.cc:25:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13946,11 +13895,24 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from molecule-class-info-maps.cc:79:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from gtk-manual.h:26,
+                 from molecule-class-info.h:102:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from molecule-class-info-surface.cc:39:
+                 from molecule-class-info-geometry.cc:29:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13967,10 +13929,24 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o pick.lo pick.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c pick.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/pick.o
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28:
+In file included from molecule-class-info-bonds.cc:24:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from gtk-manual.h:26,
+                 from molecule-class-info.h:102:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from molecule-class-info-widget-work.cc:27:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -13987,8 +13963,36 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Renderer.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RendererGL.h:28:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from gtk-manual.hh:29,
+                 from molecule-class-info.cc:80:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from molecule-class-info-patterson.cc:45:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -14005,12 +14009,10 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o positron-plot.lo positron-plot.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c positron-plot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/positron-plot.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-geometry.cc:29:
+                 from molecule-class-info-ncs.cc:47:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -14027,10 +14029,13 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
-                 from molecule-class-info-widget-work.cc:27:
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from molecule-class-info-surface.cc:39:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -14068,8 +14073,12 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o probe-clash-score.lo probe-clash-score.cc
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o read-cif.lo read-cif.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -14083,8 +14092,10 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rama_mousey.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/rama_mousey.o
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -14098,7 +14109,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51:
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c rama_plot_with_canvas.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/rama_plot_with_canvas.o
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -14107,20 +14118,20 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.h:26,
-                 from molecule-class-info.h:102:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -14142,43 +14153,16 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-In file included from molecule-class-info-widget-work.cc:530:
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from gtk-manual.h:26,
-                 from molecule-class-info.h:102:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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 seq-view-interface.c: In function 'seq_lookup_widget':
 seq-view-interface.c:56:14: warning: unused variable 'parent' [-Wunused-variable]
    56 |   GtkWidget *parent = NULL, *found_widget = NULL;
@@ -14231,8 +14215,12 @@
 seq-view-interface.c:157:15: warning: unused variable 'window' [-Wunused-variable]
   157 |    GtkWidget *window = seq_lookup_widget(GTK_WIDGET(button), "sequence_view_dialog");
       |               ^~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o startup-utils.lo startup-utils.cc
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 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -14246,16 +14234,103 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o tomo-tools.lo tomo-tools.cc
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+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/include/python3.13 -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused -c trackball.c  -fPIC -DPIC -o .libs/trackball.o
 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c tomo-tools.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/tomo-tools.o
+In file included from molecule-class-info-ncs.cc:51:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from gtk-manual.h:26,
+                 from molecule-class-info.h:102:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=]
+  262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4])
+      |           ~~~~~~^~~~~
+In file included from trackball.c:54:
+trackball.h:82:18: note: previously declared as 'float *'
+   82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest);
+      |           ~~~~~~~^~
+trackball.c:262:30: warning: argument 2 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=]
+  262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4])
+      |                        ~~~~~~^~~~~
+trackball.h:82:29: note: previously declared as 'float *'
+   82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest);
+      |                      ~~~~~~~^~
+trackball.c:262:43: warning: argument 3 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=]
+  262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4])
+      |                                     ~~~~~~^~~~~~~
+trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *'
+   82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest);
+      |                                 ~~~~~~~^~~~
+In file included from molecule-class-info-widget-work.cc:530:
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from gtk-manual.h:26,
+                 from molecule-class-info.h:102:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o xmap-utils.lo xmap-utils.cc
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+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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+adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c view.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/view.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -14277,6 +14352,7 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -14302,6 +14378,28 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
+                 from rsr-functions.cc:27:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
                  from restraints-editor.cc:49:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
@@ -14319,7 +14417,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CC   --mode=compile gcc -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/include/python3.13  -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -O2 -D_REENTRANT -Wall -Wunused  -c -o trackball.lo trackball.c
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -14341,35 +14438,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o user-mods.lo user-mods.cc
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-trackball.c:262:17: warning: argument 1 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=]
-  262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4])
-      |           ~~~~~~^~~~~
-In file included from trackball.c:54:
-trackball.h:82:18: note: previously declared as 'float *'
-   82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest);
-      |           ~~~~~~~^~
-trackball.c:262:30: warning: argument 2 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=]
-  262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4])
-      |                        ~~~~~~^~~~~
-trackball.h:82:29: note: previously declared as 'float *'
-   82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest);
-      |                      ~~~~~~~^~
-trackball.c:262:43: warning: argument 3 of type 'float[4]' with mismatched bound [-Warray-parameter=]
-  262 | add_quats(float q1[4], float q2[4], float dest[4])
-      |                                     ~~~~~~^~~~~~~
-trackball.h:82:40: note: previously declared as 'float *'
-   82 | add_quats(float *q1, float *q2, float *dest);
-      |                                 ~~~~~~~^~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o xmap-utils.lo xmap-utils.cc
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 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from rsr-functions.cc:27:
+                 from sdf-interface.cc:43:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -14386,25 +14459,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
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-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from text-rendering-utils.cc:35:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o validation.lo validation.cc
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -14426,25 +14480,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c validation.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/validation.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from sdf-interface.cc:43:
+                 from TextureMesh.cc:48:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -14469,8 +14509,7 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from text-rendering-utils.cc:35:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -14482,7 +14521,8 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from restraints-editor.cc:37:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -14490,7 +14530,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from TextureMesh.cc:48:
+                 from single-map-properties-dialog.cc:32:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -14507,6 +14547,65 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from spherical-density.cc:30:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from restraints-editor.cc:37:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_atom_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)':
 restraints-editor.cc:126:56: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   126 |    GtkTreeStore *tree_store_atoms = gtk_tree_store_new (4, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING,
@@ -14681,6 +14780,23 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:81:15: note: declared here
    81 | void          gtk_tree_store_set              (GtkTreeStore *tree_store,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
+                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
+                 from molecule-class-info.h:85,
+                 from graphics-info.h:72,
+                 from validation.cc:28:
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   39 |     CXXCoord<T>() {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
 restraints-editor.cc: In member function 'void coot::restraints_editor::fill_info_tree_data(GtkWidget*, const coot::dictionary_residue_restraints_t&)':
 restraints-editor.cc:383:26: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   383 |       gtk_tree_store_new (7, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING, G_TYPE_STRING,
@@ -14690,6 +14806,10 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here
    63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new              (int           n_columns,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
+   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
+      |                ^
+../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 restraints-editor.cc:391:27: warning: 'void gtk_tree_view_set_model(GtkTreeView*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkListView' instead [-Wdeprecated-declarations]
   391 |    gtk_tree_view_set_model(tv_info, GTK_TREE_MODEL(tree_store_info));
       |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -15237,6 +15357,19 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreestore.h:63:15: note: declared here
    63 | GtkTreeStore *gtk_tree_store_new              (int           n_columns,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 restraints-editor.cc:807:29: warning: 'GtkTreeStore* gtk_tree_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GtkTreeListModel' instead [-Wdeprecated-declarations]
   807 |          gtk_tree_store_new (natoms+2, G_TYPE_STRING,
       |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -15497,28 +15630,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o view.lo view.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o widget-from-builder.lo widget-from-builder.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c view.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/view.o
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c widget-from-builder.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/widget-from-builder.o
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from spherical-density.cc:30:
+                 from widget-from-builder.cc:28:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -15548,24 +15664,11 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from single-map-properties-dialog.cc:32:
+                 from view.cc:27:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -15582,10 +15685,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-guile.sh coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
-adding gtk2 and guile ifdefs from coot_wrap_guile_pre.cc coot_wrap_guile.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_guile.lo coot_wrap_guile.cc
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_guile.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_guile.o
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -15607,69 +15706,6 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from validation.cc:28:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from widget-from-builder.cc:28:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
-                 from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
-                 from molecule-class-info.h:85,
-                 from graphics-info.h:72,
-                 from view.cc:27:
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   39 |     CXXCoord<T>() {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   43 |     CXXCoord<T>(const T *x){
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:43:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   49 |     CXXCoord<T>(const T x,const T y, const T z) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:49:16: note: remove the '< >'
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
-   52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
-      |                ^
-../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -15739,8 +15775,8 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
-                 from graphics-info.h:33:
+                 from widget-from-builder.hh:31,
+                 from widget-from-builder.cc:27:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -15752,8 +15788,8 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from widget-from-builder.hh:31,
-                 from widget-from-builder.cc:27:
+                 from ../validation-graphs/validation-graphs.hh:30,
+                 from graphics-info.h:33:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -15770,7 +15806,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo scm-boot-guile.lo c-interface-analysis.lo c-interface-bonds.lo c-interface-build.lo 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 libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot.o
 glade-callbacks-preferences.cc: In function 'void on_preferences_font_size_others_radiobutton_toggled(GtkToggleButton*, gpointer)':
@@ -15831,7 +15867,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from setup-gui-components.cc:28:
+                 from glade-callbacks-main-window.cc:57:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -15852,7 +15888,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from glade-callbacks.cc:53:
+                 from setup-gui-components.cc:28:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -15894,7 +15930,7 @@
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from main.cc:81:
+                 from glade-callbacks.cc:53:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -15911,12 +15947,11 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
                  from graphics-info.h:72,
-                 from glade-callbacks-main-window.cc:57:
+                 from main.cc:81:
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:39:16: warning: template-id not allowed for constructor in C++20 [-Wtemplate-id-cdtor]
    39 |     CXXCoord<T>() {
       |                ^
@@ -15933,6 +15968,8 @@
    52 |     CXXCoord<T>(const T x, const T y, const T z, const T r) {
       |                ^
 ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.h:52:16: note: remove the '< >'
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17  -Wl,-z,relro -o coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o libcootsumo.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coords/libcoot-coords.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../compat/libcoot-compat.la  -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor  -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups  -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lmmdb2  -lgsl -lgslcblas -lm  
+libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o  ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp
 In file included from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.h:28,
                  from ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.h:29,
                  from molecule-class-info.h:85,
@@ -15962,10 +15999,46 @@
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
                  from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from glade-callbacks-main-window.cc:28:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
                  from glade-callbacks.cc:28:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  403 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
+  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks-main-window.cc:432:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  432 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
+  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
+glade-callbacks-main-window.cc:463:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  463 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
+      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
+  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
+      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc
 glade-callbacks.cc: In function 'void on_save_coords_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, int)':
 glade-callbacks.cc:868:48: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   868 |       GFile *file   = gtk_file_chooser_get_file(chooser);
@@ -15996,6 +16069,97 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here
    39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new              (const char           *title,
       |            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from setup-gui-components.cc:27:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from main.cc:23:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
+graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
+ 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
+      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
+                 from create-menu-item-actions.cc:28:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
+  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
+      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()':
+setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  162 |    gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here
+   97 | void          gtk_combo_box_set_model        (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  163 |    gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here
+  142 | void          gtk_combo_box_set_id_column        (GtkComboBox *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()':
+setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  170 |    gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here
+   97 | void          gtk_combo_box_set_model        (GtkComboBox     *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  171 |    gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here
+  142 | void          gtk_combo_box_set_id_column        (GtkComboBox *combo_box,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()':
+setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  188 |    gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here
+   49 | void             gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider  *css_provider,
+      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc: In lambda function:
+setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  191 |       GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget);
+      |                                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
+  713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
+      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  192 |       gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION);
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here
+   64 | void gtk_style_context_add_provider    (GtkStyleContext  *context,
+      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  193 |       gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild");
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
+   90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
+      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 glade-callbacks.cc: In function 'void on_phs_coordinates_filechooserdialog1_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
 glade-callbacks.cc:5193:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
  5193 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(phs_filechooser));
@@ -16003,6 +16167,37 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
   119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)':
+setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  215 |    GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new();
+      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
+                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here
+   66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new                    (void);
+      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  216 |    gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here
+  108 | void                gtk_entry_completion_set_popup_completion   (GtkEntryCompletion          *completion,
+      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  217 |    gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here
+  127 | void                gtk_entry_completion_set_text_column        (GtkEntryCompletion          *completion,
+      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  218 |    gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here
+   85 | void                gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion          *completion,
+      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  219 |    gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion);
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 glade-callbacks.cc: In function 'void on_screendump_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
 glade-callbacks.cc:5301:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
  5301 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(file_chooser));
@@ -16010,6 +16205,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
   119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here
+  160 | void                gtk_entry_set_completion (GtkEntry           *entry,
+      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 glade-callbacks.cc: In function 'void on_residue_editor_select_monomer_type_ok_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
 glade-callbacks.cc:5473:54: warning: 'char* gtk_combo_box_text_get_active_text(GtkComboBoxText*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown and GtkStringList' instead [-Wdeprecated-declarations]
  5473 |    const char *t = gtk_combo_box_text_get_active_text(GTK_COMBO_BOX_TEXT(combo_box));
@@ -16018,6 +16216,31 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
    57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  286 |    GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING);
+      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26:
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
+   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  290 |       gtk_list_store_append( store, &iter );
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
+  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
+  293 |       gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 );
+      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
+   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
+      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
+setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
+  296 |    gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store));
+      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here
+   74 | void                gtk_entry_completion_set_model              (GtkEntryCompletion          *completion,
+      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 glade-callbacks.cc: In function 'void on_export_map_file_chooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
 glade-callbacks.cc:6044:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
  6044 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
@@ -16079,6 +16302,7 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcomboboxtext.h:57:15: note: declared here
    57 | char         *gtk_combo_box_text_get_active_text (GtkComboBoxText     *combo_box);
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o
 glade-callbacks.cc: In function 'void on_simple_refmac_mtz_file_button_clicked(GtkButton*, gpointer)':
 glade-callbacks.cc:6480:31: warning: 'void gtk_file_chooser_set_filter(GtkFileChooser*, GtkFileFilter*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
  6480 |    gtk_file_chooser_set_filter(GTK_FILE_CHOOSER(w), filterselect);
@@ -16165,33 +16389,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreemodel.h:369:19: note: declared here
   369 | void              gtk_tree_model_get             (GtkTreeModel *tree_model,
       |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../src/post-process-coot-wrap-python.sh gtk2 coot_wrap_python_pre.cc coot_wrap_python.cc
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" -DPACKAGE_STRING=\"coot\ 1.1.09\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" -DHAVE_BOOST=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_THREAD=/\*\*/ -DHAVE_BOOST_PYTHON=/\*\*/ -I.  -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS  -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE   -DCLIPPER_HAS_TOP8000      -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3  -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -c -o coot_wrap_python.lo coot_wrap_python.cc
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from create-menu-item-actions.cc:28:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from setup-gui-components.cc:27:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: compile:  g++ -DPACKAGE_NAME=\"coot\" -DPACKAGE_TARNAME=\"coot\" -DPACKAGE_VERSION=\"1.1.09\" "-DPACKAGE_STRING=\"coot 1.1.09\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"coot\" -DVERSION=\"1.1.09\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_OPENMP=1 -DHAVE_CXX11=1 -DHAVE_CXX_THREAD=1 -DHAVE_LIBM=1 -DHAVE_LIBGSLCBLAS=1 -DHAVE_LIBGSL=1 -DHAVE_PYTHON=\"3.13\" "-DHAVE_BOOST=/**/" "-DHAVE_BOOST_THREAD=/**/" "-DHAVE_BOOST_PYTHON=/**/" -I. -DUSE_PYTHON -I/usr/include/gtk-4.0 -I/usr/include/pango-1.0 -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/sysprof-6 -I/usr/include/harfbuzz -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/libmount -I/usr/include/blkid -I/usr/include/fribidi -I/usr/include/cairo -I/usr/include/pixman-1 -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/x86_64-linux-gnu -I/usr/include/webp -I/usr/include/graphene-1.0 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/graphene-1.0/include -mfpmath=sse -msse -msse2 -pthread -I.. -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -pthread -I/usr/include -DMAKE_ENHANCED_LIGAND_TOOLS -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DHAVE_SSMLIB -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DWITH_SOUND -DUSE_SQLITE3 -I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/include -DUSE_GEMMI=1 -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -c coot_wrap_python.cc  -fPIC -DPIC -o .libs/coot_wrap_python.o
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_coords_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)':
 create-menu-item-actions.cc:58:50: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
    58 |       const char *r = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering");
@@ -16206,17 +16403,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:125:22: note: declared here
   125 | GListModel *         gtk_file_chooser_get_files           (GtkFileChooser       *chooser);
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc: In function 'void setup_validation_graph_dialog()':
-setup-gui-components.cc:162:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  162 |    gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::validation_graph_model_list));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:94:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here
-   97 | void          gtk_combo_box_set_model        (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:163:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  163 |    gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)':
 create-menu-item-actions.cc:98:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
    98 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser);
@@ -16224,13 +16410,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
   119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here
-  142 | void          gtk_combo_box_set_id_column        (GtkComboBox *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc: In function 'void setup_ramachandran_plot_chooser_dialog()':
-setup-gui-components.cc:170:27: warning: 'void gtk_combo_box_set_model(GtkComboBox*, GtkTreeModel*)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  170 |    gtk_combo_box_set_model(GTK_COMBO_BOX(model_combobox), GTK_TREE_MODEL(graphics_info_t::ramachandran_plot_model_list));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_map_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)':
 create-menu-item-actions.cc:128:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   128 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser);
@@ -16238,36 +16417,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
   119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:97:15: note: declared here
-   97 | void          gtk_combo_box_set_model        (GtkComboBox     *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:171:31: warning: 'void gtk_combo_box_set_id_column(GtkComboBox*, int)' is deprecated: Use 'GtkDropDown' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  171 |    gtk_combo_box_set_id_column(GTK_COMBO_BOX(model_combobox),0);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:142:15: note: declared here
-  142 | void          gtk_combo_box_set_id_column        (GtkComboBox *combo_box,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc:131:65: warning: 'const char* gtk_file_chooser_get_choice(GtkFileChooser*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   131 |       const char *response_id_cstr = gtk_file_chooser_get_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "is-diff-map");
       |                                      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:182:22: note: declared here
   182 | const char *         gtk_file_chooser_get_choice           (GtkFileChooser      *chooser,
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc: In function 'void attach_css_style_class_to_overlays()':
-setup-gui-components.cc:188:36: warning: 'void gtk_css_provider_load_from_data(GtkCssProvider*, const char*, gssize)' is deprecated: Use 'gtk_css_provider_load_from_string' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  188 |    gtk_css_provider_load_from_data (provider, ".mainWindowOverlayChild { background: rgba(0,0,0,0.7); }", -1);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:99:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkcssprovider.h:49:18: note: declared here
-   49 | void             gtk_css_provider_load_from_data (GtkCssProvider  *css_provider,
-      |                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc: In lambda function:
-setup-gui-components.cc:191:62: warning: 'GtkStyleContext* gtk_widget_get_style_context(GtkWidget*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  191 |       GtkStyleContext *context = gtk_widget_get_style_context(widget);
-      |                                  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:713:19: note: declared here
-  713 | GtkStyleContext * gtk_widget_get_style_context (GtkWidget *widget);
-      |                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void open_coordinates_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
 create-menu-item-actions.cc:148:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   148 |    GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File",
@@ -16286,9 +16441,6 @@
       |                                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   155 |                                                    NULL);
       |                                                    ~~~~~
-setup-gui-components.cc:192:38: warning: 'void gtk_style_context_add_provider(GtkStyleContext*, GtkStyleProvider*, guint)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  192 |       gtk_style_context_add_provider (context, GTK_STYLE_PROVIDER (provider), GTK_STYLE_PROVIDER_PRIORITY_APPLICATION);
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:131:
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooserdialog.h:39:12: note: declared here
    39 | GtkWidget *gtk_file_chooser_dialog_new              (const char           *title,
@@ -16299,22 +16451,12 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:98:22: note: declared here
    98 | void                 gtk_file_chooser_set_select_multiple (GtkFileChooser       *chooser,
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:267:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:64:6: note: declared here
-   64 | void gtk_style_context_add_provider    (GtkStyleContext  *context,
-      |      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc:173:31: warning: 'void gtk_file_chooser_add_choice(GtkFileChooser*, const char*, const char*, const char**, const char**)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   173 |    gtk_file_chooser_add_choice(GTK_FILE_CHOOSER(dialog), "recentering", "Recentre", options, labels);
       |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:169:22: note: declared here
   169 | void                 gtk_file_chooser_add_choice           (GtkFileChooser      *chooser,
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:193:35: warning: 'void gtk_style_context_add_class(GtkStyleContext*, const char*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  193 |       gtk_style_context_add_class (context, "mainWindowOverlayChild");
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkstylecontext.h:90:10: note: declared here
-   90 | void     gtk_style_context_add_class    (GtkStyleContext *context,
-      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void open_dataset_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
 create-menu-item-actions.cc:199:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   199 |    GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File", parent_window, action,
@@ -16334,40 +16476,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here
   147 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc: In function 'void add_python_scripting_entry_completion(GtkWidget*)':
-setup-gui-components.cc:215:61: warning: 'GtkEntryCompletion* gtk_entry_completion_new()' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  215 |    GtkEntryCompletion *completion = gtk_entry_completion_new();
-      |                                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:39,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtktreeview.h:27,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:26:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:66:21: note: declared here
-   66 | GtkEntryCompletion *gtk_entry_completion_new                    (void);
-      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:216:45: warning: 'void gtk_entry_completion_set_popup_completion(GtkEntryCompletion*, gboolean)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  216 |    gtk_entry_completion_set_popup_completion(completion, TRUE);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:108:21: note: declared here
-  108 | void                gtk_entry_completion_set_popup_completion   (GtkEntryCompletion          *completion,
-      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:217:40: warning: 'void gtk_entry_completion_set_text_column(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  217 |    gtk_entry_completion_set_text_column(completion, 0);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:127:21: note: declared here
-  127 | void                gtk_entry_completion_set_text_column        (GtkEntryCompletion          *completion,
-      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:218:47: warning: 'void gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(GtkEntryCompletion*, int)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  218 |    gtk_entry_completion_set_minimum_key_length(completion, 2);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:85:21: note: declared here
-   85 | void                gtk_entry_completion_set_minimum_key_length (GtkEntryCompletion          *completion,
-      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:219:28: warning: 'void gtk_entry_set_completion(GtkEntry*, GtkEntryCompletion*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  219 |    gtk_entry_set_completion(GTK_ENTRY(entry), completion);
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkentry.h:160:21: note: declared here
-  160 | void                gtk_entry_set_completion (GtkEntry           *entry,
-      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void auto_open_mtz_action(GSimpleAction*, GVariant*, gpointer)':
 create-menu-item-actions.cc:234:51: warning: 'GtkWidget* gtk_file_chooser_dialog_new(const char*, GtkWindow*, GtkFileChooserAction, const char*, ...)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   234 |    GtkWidget *dialog = gtk_file_chooser_dialog_new("Open File", parent_window, action,
@@ -16426,31 +16534,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:147:22: note: declared here
   147 | void                 gtk_file_chooser_set_filter          (GtkFileChooser       *chooser,
       |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:286:44: warning: 'GtkListStore* gtk_list_store_new(int, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  286 |    GtkListStore *store = gtk_list_store_new(1, G_TYPE_STRING);
-      |                          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:26:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:63:15: note: declared here
-   63 | GtkListStore *gtk_list_store_new              (int           n_columns,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:290:28: warning: 'void gtk_list_store_append(GtkListStore*, GtkTreeIter*)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  290 |       gtk_list_store_append( store, &iter );
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:125:15: note: declared here
-  125 | void          gtk_list_store_append           (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:293:25: warning: 'void gtk_list_store_set(GtkListStore*, GtkTreeIter*, ...)' is deprecated: Use 'GListStore' instead [-Wdeprecated-declarations]
-  293 |       gtk_list_store_set( store, &iter, 0, c.c_str(), -1 );
-      |       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkliststore.h:81:15: note: declared here
-   81 | void          gtk_list_store_set              (GtkListStore *list_store,
-      |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
-setup-gui-components.cc:296:34: warning: 'void gtk_entry_completion_set_model(GtkEntryCompletion*, GtkTreeModel*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  296 |    gtk_entry_completion_set_model(completion, GTK_TREE_MODEL(store));
-      |    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkentrycompletion.h:74:21: note: declared here
-   74 | void                gtk_entry_completion_set_model              (GtkEntryCompletion          *completion,
-      |                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 create-menu-item-actions.cc: In function 'void on_cif_dictionary_filechooser_dialog_response_gtk4(GtkDialog*, int)':
 create-menu-item-actions.cc:349:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
   349 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(chooser);
@@ -16607,41 +16690,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkcombobox.h:86:15: note: declared here
    86 | void          gtk_combo_box_set_active       (GtkComboBox     *combo_box,
       |               ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/coot-density-score-by-residue-bin density-score-by-residue-src.o  ./.libs/libcootsumo.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../mini-mol/.libs/libcoot-mini-mol.so ../ligand/.libs/libcoot-ligand.so ../analysis/.libs/libcoot-analysis.so ../db-main/.libs/libcoot-db-main.so ../ideal/.libs/libcoot-ideal.so ../ccp4mg-utils/.libs/libccp4mg-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so ../cootaneer/.libs/libcootaneer.so ../compat/.libs/libcoot-compat.so -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -fopenmp
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from glade-callbacks-main-window.cc:28:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_save_coordinates_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks-main-window.cc:403:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  403 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:130:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
-  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_dataset_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks-main-window.cc:432:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  432 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
-  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-glade-callbacks-main-window.cc: In function 'void on_map_name_filechooser_dialog_response(GtkDialog*, gint, gpointer)':
-glade-callbacks-main-window.cc:463:46: warning: 'GFile* gtk_file_chooser_get_file(GtkFileChooser*)' is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
-  463 |       GFile *file = gtk_file_chooser_get_file(GTK_FILE_CHOOSER(dialog));
-      |                     ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/deprecated/gtkfilechooser.h:119:22: note: declared here
-  119 | GFile *              gtk_file_chooser_get_file            (GtkFileChooser       *chooser);
-      |                      ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
 graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
  1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
@@ -16654,18 +16702,6 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-graphics-info.h: In static member function 'static GtkAllocation graphics_info_t::get_glarea_allocation()':
-graphics-info.h:1107:35: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
- 1107 |          gtk_widget_get_allocation(glareas[0], &allocation);
-      |          ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-In file included from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkapplication.h:26,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwindow.h:32,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkaboutdialog.h:29,
-                 from /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtk.h:33,
-                 from main.cc:23:
-/usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
-  482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
-      |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 new-startup.cc: In function 'void init_framebuffers(GtkWidget*)':
 new-startup.cc:60:29: warning: 'void gtk_widget_get_allocation(GtkWidget*, GtkAllocation*)' is deprecated: Use 'gtk_widget_compute_bounds' instead [-Wdeprecated-declarations]
    60 |    gtk_widget_get_allocation(GTK_WIDGET(glarea), &allocation);
@@ -16673,9 +16709,9 @@
 /usr/include/gtk-4.0/gtk/gtkwidget.h:482:23: note: declared here
   482 | void                  gtk_widget_get_allocation         (GtkWidget     *widget,
       |                       ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lcurl  -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lepoxy  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z,relro -o Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o libcootsumo.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../layla/libcoot-layla.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -lcurl  -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0  -lepoxy  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 
 libtool: link: g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,--export-dynamic -Wl,-z -Wl,relro -o .libs/Coot main.o glade-callbacks.o glade-callbacks-main-window.o glade-callbacks-preferences.o glade-callbacks-shader-settings.o new-startup.o setup-gui-components.o create-menu-item-actions.o  ./.libs/libcootsumo.so ../density-contour/.libs/libcoot-isosurface.so ../layla/.libs/libcoot-layla.so ../coot-utils/.libs/libcoot-map-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-extras.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lcurl -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lepoxy -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -fopenmp
-/bin/bash ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo  
+/bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=link g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES  -DPKGDATADIR='"/usr/share/coot"' -DPACKAGE_LOCALE_DIR='"/usr/share/coot/locale"' -DPKGPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages/coot"' -DPYTHONDIR='"/usr/lib/python3/dist-packages"' -DXDATADIR='"/usr/share"' -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE='"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4"' -DCOOT_BUILD_INFO_STRING='""'  -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0   -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include  -I/usr/include/python3.13   -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused  -std=c++17 -module  --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la  -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2  -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo  
 libtool: link: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/.libs ./.libs/libcootsumo.so ../coot-utils/.libs/libcoot-coord-utils.so ../coords/.libs/libcoot-coords.so ../geometry/.libs/libcoot-geometry.so ../pli/.libs/libcoot-pli.so ../lidia-core/.libs/libcoot-lidia-core.so ../utils/.libs/libcoot-utils.so -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so.0" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so.0")
 libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "_coot.so" && ln -s "_coot.so.0.0.0" "_coot.so")
@@ -16693,7 +16729,7 @@
    debian/rules execute_after_dh_auto_build
 make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg'
 dh_auto_build --buildsystem cmake
-	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1
+	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 "INSTALL=install --strip-program=true" VERBOSE=1
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0
 /usr/bin/cmake -E cmake_progress_start /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu//CMakeFiles/progress.marks
@@ -16710,108 +16746,108 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make  -f CMakeFiles/cootapi.dir/build.make CMakeFiles/cootapi.dir/build
-[  0%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp
+[  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o
+[  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o
 [  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o
 [  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o
+[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/svg-molecule.cc
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o
-[  1%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o
-[  2%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-types.cc
-[  3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o
+[  3%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-types.cc
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc
-[  3%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/atom-types.cc
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-type-t.cc
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -fno-strict-aliasing -MD -MT CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -MF CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o.d -o CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o -c /usr/share/nanobind/src/common.cpp
-[  4%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o
-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o
-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o
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+[  4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/chemical-feature-clusters.cc.o
+[  4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/svg-molecule.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-types.cc
+[  4%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-types.cc.o
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+[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o
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 [  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o
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-[  5%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o
 [  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-hydrogens.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/cod-atom-type-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/cod-atom-type-t.cc
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-table-record-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-table-record-t.cc
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/bond-record-container-t.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/bond-record-container-t.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/atom-types.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/atom-types.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/rdkit-interface.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core/rdkit-interface.cc
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o
 [  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/src/cfc.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/pli/pi-stacking.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli/pi-stacking.cc
-[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o
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 [  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXChargeTable.cpp.o
+[  6%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o
 [  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircle.cpp.o
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 [  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o
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 [  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o
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+[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o
+[  7%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFFTSolventMap.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXBall.cpp
 [  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCreator.cpp.o
+[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXFortranFile.cpp.o
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+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCircleNode.cpp
+[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXCoord.cpp
-[  8%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXException.cpp.o
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+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereNode.cpp.o
+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o
+[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangle.cpp.o
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-[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXNewHood.cpp.o
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-[  9%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXQADSurfaceStaticData.cpp.o
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-[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSpace.cpp.o
+[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o
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-[ 10%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereElement.cpp.o
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-[ 11%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXSurface/CXXSphereTriangleEdge.cpp.o
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 [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o
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 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BondsPrimitive.cpp
 [ 14%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/BoxSectionPrimitive.cpp
@@ -16831,46 +16867,39 @@
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DirectedPositionedEntity.cpp
 [ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DiscreteSegment.cpp
-[ 16%] Linking CXX static library libnanobind-static.a
-/usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake
+[ 16%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp
 [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o
-[ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DisplayPrimitive.cpp
-/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/DishyBase.cpp
 [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/ElectrostaticColorScheme.cpp
 [ 17%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/FlatFanPrimitive.cpp
 [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Light.cpp
+[ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o
 [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/LinesPrimitive.cpp
-/usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o"
-/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a
-make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-[ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentation.cpp
-[ 18%] Built target nanobind-static
 [ 18%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/MolecularRepresentationInstance.cpp.o
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 [ 21%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/RotatedTranslatedScaledEntity.cpp.o
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@@ -16879,33 +16908,33 @@
 [ 22%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SolidColorRule.cpp.o
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 [ 22%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SpherePrimitive.cpp.o
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 [ 22%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SticksPrimitive.cpp.o
-[ 22%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SurfacePrimitive.cpp.o
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 [ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector2.cpp.o
+[ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/SurfacePrimitive.cpp.o
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-[ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/Vector3.cpp.o
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-[ 23%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp.o
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+[ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/VertexColorNormalPrimitive.cpp.o
 [ 24%] Building C object CMakeFiles/cootapi.dir/MoleculesToTriangles/CXXClasses/lfit.c.o
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 [ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rigid-body-fit.cc.o
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 [ 24%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o
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 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-colour.cc.o
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+[ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o
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 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule.cc.o
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 [ 26%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-backup.cc.o
@@ -16921,14 +16950,14 @@
 [ 27%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o
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 [ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o
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+[ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o
 [ 28%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o
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 [ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o
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 [ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o
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 [ 29%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o
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@@ -16938,14 +16967,14 @@
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 [ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o
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-[ 30%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o
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-[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o
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 [ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o
+[ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-modelling.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-superpose.cc
 [ 31%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-ligand-fitting.cc
 [ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o
@@ -16953,11 +16982,17 @@
 [ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/moorhen-h-bonds.cc
 [ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o
+[ 32%] Linking CXX static library libnanobind-static.a
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/rama-plot-phi-psi.cc
+/usr/bin/cmake -P CMakeFiles/nanobind-static.dir/cmake_clean_target.cmake
+/usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/nanobind-static.dir/link.txt --verbose=1
 [ 32%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/daca.cc
 [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/kolmogorov.cc
+/usr/bin/ar qc libnanobind-static.a "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_internals.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_func.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_type.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_enum.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ndarray.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_static_property.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/nb_ft.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/common.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/error.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/trampoline.cpp.o" "CMakeFiles/nanobind-static.dir/usr/share/nanobind/src/implicit.cpp.o"
+/usr/bin/ranlib libnanobind-static.a
+make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/stats.cc
 [ 33%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o
@@ -16968,11 +17003,12 @@
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/b-factor-histogram.cc
 [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/typed-distances.cc
+[ 34%] Built target nanobind-static
 [ 34%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis/cablam.cc
 [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o
-[ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/density-contour-triangles.cc
+[ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/Vectors.cpp
 [ 35%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour/CIsoSurface.cpp
@@ -16992,20 +17028,20 @@
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 [ 37%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/dm-utils.cc.o
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+[ 38%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/graphical_skel.cc.o
 [ 38%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/BuildCas.cc.o
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 [ 38%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pepflip.cc.o
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-[ 38%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/graphical_skel.cc.o
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 [ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/parallel-planes.cc.o
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 [ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o
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-[ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/ng.cc.o
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 [ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o
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+[ 39%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/ng.cc.o
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 [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o
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 [ 40%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o
@@ -17028,9 +17064,9 @@
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints-kk.cc
 [ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/chirals.cc
-[ 42%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o
 [ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/extra-restraints.cc
+[ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/gradients.cc
 [ 43%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o
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@@ -17057,8 +17093,8 @@
 [ 46%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/backward.cpp
 [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o
-[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/colour-holder.cc
+[ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-fasta.cc
 [ 47%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/coot-utils.cc
@@ -17073,22 +17109,22 @@
 [ 48%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/pir-alignment.cc
 [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/setup-syminfo.cc
 [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/split-indices.cc
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 [ 49%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o
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 [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o
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 [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils/win-compat.cc
-[ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o
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 [ 50%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o
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 [ 51%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o
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@@ -17107,15 +17143,15 @@
 [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o
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 [ 53%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o
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 [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o
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 [ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o
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-[ 54%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o
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 [ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o
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+[ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o
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 [ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o
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 [ 55%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o
@@ -17147,8 +17183,8 @@
 [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o
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 [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o
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 [ 59%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o
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 [ 60%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o
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@@ -17194,10 +17230,10 @@
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 [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o
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-[ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o
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 [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o
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 [ 66%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o
@@ -17233,8 +17269,8 @@
 [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o
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 [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o
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 [ 71%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o
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@@ -17249,15 +17285,15 @@
 [ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o
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 [ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o
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 [ 73%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o
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 [ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o
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-[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o
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 [ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o
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+[ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o
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 [ 74%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/coot-close.cc.o
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 [ 75%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/cos-sin.cc.o
@@ -17268,10 +17304,10 @@
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 [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o
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 [ 76%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o
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 [ 77%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o
@@ -17282,14 +17318,14 @@
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 [ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o
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-[ 78%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o
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 [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o
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-[ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o
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 [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o
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 [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o
@@ -17297,17 +17333,17 @@
 [ 79%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o
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 [ 80%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o
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-[ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o
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-[ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o
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+[ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o
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 [ 81%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o
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 [ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o
@@ -17315,9 +17351,9 @@
 [ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o
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 [ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o
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 [ 82%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o
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 [ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o
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 [ 83%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o
@@ -17334,19 +17370,19 @@
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 [ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-shared.cc.o
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-[ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-molfile.cc.o
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 [ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o
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+[ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-molfile.cc.o
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 [ 85%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o
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 [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o
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 [ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o
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-[ 86%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o
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 [ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o
+[ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o
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 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/dipole.cc
 [ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o
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@@ -17354,12 +17390,12 @@
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 [ 87%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o
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-[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o
 [ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o
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 [ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o
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+[ 88%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o
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 [ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o
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 [ 89%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o
@@ -17382,10 +17418,10 @@
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/base-pairing.cc
 [ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o
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-[ 91%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o
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 [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o
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+[ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/torsion-general.cc
 [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DBOOST_IOSTREAMS_DYN_LINK -DBOOST_IOSTREAMS_NO_LIB -DBOOST_SYSTEM_DYN_LINK -DBOOST_SYSTEM_NO_LIB -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dcootapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -MD -MT CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o -MF CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o.d -o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/joining-residues.cc
 [ 92%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o
@@ -17402,18 +17438,18 @@
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 [ 96%] Building CXX object CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o
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 [ 96%] Linking CXX shared library libcootapi.so
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"CMakeFiles/cootapi.dir/api/blender-mesh.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/add-terminal-residue.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/api/interfaces.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/api/instancing.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/api/colour-functions.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-colour.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-backup.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-bonds-instanced.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-maps.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-change-chain-id.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-moltris.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-validation.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-merge-molecules.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-refine.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-replace-fragment.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/coot-molecule-blender.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-blender.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-gltf.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-bucca-ml-growing.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-maps.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-mmrrcc.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-superpose.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-modelling.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/molecules-container-ligand-fitting.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/phi-psi-prob.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/moorhen-h-bonds.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/api/rama-plot-phi-psi.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/daca.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/kolmogorov.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/stats.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/bfkurt.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/mogul.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/b-factor-histogram.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/typed-distances.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/analysis/cablam.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/density-contour-triangles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/Vectors.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/CIsoSurface.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/occlusion.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/density-contour/gaussian-surface.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/quat.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/mgtree.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/cartesian.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/geomutil.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ccp4mg-utils/matrix.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/dm-utils.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/BuildCas.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/skeleton/graphical_skel.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pepflip.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/parallel-planes.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/ng.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/torsion-bonds.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chi-squareds.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/trans-peptide.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/model-bond-deltas.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/make-restraints.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/pull-restraint.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/neutron.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/coot-compare-residues.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/link-restraints.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/mods.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints-kk.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/chirals.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/extra-restraints.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/gradients.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/regularize-minimol.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/flanking.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/distortion.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/simple-restraint-kk.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/crankshaft.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/phi-psi.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/lograma.cpp.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/process-dfs-in-range.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/zo-rama.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/align-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/atomic-numbers.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/utils/backward.cpp.o "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/colour-holder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-fasta.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/coot-utils.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/utils/dodec.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/radix.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/gdk-keysyms.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/hsv-rgb.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/pir-alignment.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/setup-syminfo.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/split-indices.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/utils/logging.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/utils/threads.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/utils/win-compat.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-strands.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/residue-distortions.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/coot-atom-graph.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/sequence-assignment.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/high-res/high-res.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/pli/flev-annotations.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/pli/protein-ligand-interactions.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/pli/sdf-interface.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cmtz-interface.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lidia-core-functions.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-selection-container.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-atom-selections.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-least-squares.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/diff-diff-map-peaks.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/gltf-export.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shiftfield.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/stack-and-pair.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/spherical-harmonics.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search-from-list.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-analysis.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/segmap.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cablam-markup.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fib-sphere.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/find-water-baddies.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/blob-line.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-glyco.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/merge-molecules.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/texture-as-floats.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-extras.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/water-coordination.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-pairs.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/c-beta-deviations.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-tools.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-rama.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/secondary-structure-headers.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/helix-like.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/polar-atoms.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/plane-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pae.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-tree-extras.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-heavy.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/jed-flip.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/pepflip-using-difference-map.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/atom-overlaps.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bricks.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/mutate.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/elastic.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-map-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-h-bonds.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-utils-nucleotides.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/glyco-torsions.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fast-eigens.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-shelx-ins.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contacts-by-bricks.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/lsq-improve.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/trim.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot_shiftfield.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-fffear.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/coot-coord-lsq.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/strand-fragments.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/bonded-atoms.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/fragment-container.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/positron.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/maps-spherical.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/peak-search.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/xmap-stats.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/sfcalc-genmap.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/reduce.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/contact-info.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/hole.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/slurp-map.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/read-sm-cif.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/exp-fit.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/cylinder-with-rotation-translation.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/prideout-octasphere.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/oct.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/shapes.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coot-utils/simple-mesh.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo-bonds.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines_ext.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-crystal.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/utils.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/phenix-geo.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Cartesian.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/loop-path.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/coot-close.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/cos-sin.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/rotamer-markup.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/coords/mmdb-extras.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/coords/Bond_lines.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-link.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/main-chain.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/cif-parse-mon-lib.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dictionary-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dict-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/read-sbase.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/hydrophobic.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/energy-lib.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/srs-interface.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/residue-and-atom-specs.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-geometry-mmdb.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/dreiding.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/chem_mods.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/link.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/lbg-graph.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/glyco-tools.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/mol-utils-2.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/protein-donor-acceptors.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/geometry/intercept-3GP.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/build/CalphaBuild.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/mini-mol.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/mini-mol/atom-quads.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/cootilus-build.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-join.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-ss-find.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-target.cpp.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nautilus-tools.cpp.o" CMakeFiles/cootapi.dir/cootilus/nucleicacid_db.cpp.o "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-shared.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lbg-molfile.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/lig-build.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/lidia-core/get-residue.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-angle-torsions-autogen.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo-theta_2-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/angles/AngleInfo.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dipole.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/monomer-utils.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-score-card.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/chi-angles-autogen.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/helix-placement.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/backrub-rotamer.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/dunbrack.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/primitive-chi-angles.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer-tables.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain-densities.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamers.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligands-db.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ligand-extras.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/residue_by_phi_psi.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/base-pairing.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/ideal-rna.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/wiggly-ligand.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/torsion-general.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/joining-residues.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/richardson-rotamer.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/side-chain.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rigid-body.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/smith-waterman.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/tube-finder.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/fast-ss-search.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/ligand/rotamer.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/coot-nomenclature.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/db-main/db-main.cc.o" CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt.cc.o CMakeFiles/cootapi.dir/compat/getopt1.cc.o "CMakeFiles/cootapi.dir/src/gl-matrix.cc.o" "CMakeFiles/cootapi.dir/ideal/write-png.cc.o"  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libssm.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-minimol.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-mmdb.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-cif.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-contrib.so /usr/lib/libsfftw.so /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgslcblas.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpng.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_iostreams.so.1.83.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_system.so.1.83.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgemmi_cpp.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdw.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libelf.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so
@@ -17421,49 +17457,49 @@
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 [ 96%] Built target cootapi
 make  -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/depend
+make  -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend
+make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend
+make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend
+make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/chapi.dir/DependInfo.cmake "--color="
-make  -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findligand.dir/DependInfo.cmake "--color="
-make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/findwaters.dir/DependInfo.cmake "--color="
-make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/depend
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/depend
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu && /usr/bin/cmake -E cmake_depends "Unix Makefiles" /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu/CMakeFiles/test-molecules-container.dir/DependInfo.cmake "--color="
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make  -f CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build.make CMakeFiles/test-molecules-container.dir/build
-make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make  -f CMakeFiles/findligand.dir/build.make CMakeFiles/findligand.dir/build
-make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/findwaters.dir/build.make CMakeFiles/findwaters.dir/build
+make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 make[4]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make  -f CMakeFiles/chapi.dir/build.make CMakeFiles/chapi.dir/build
 make  -f CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build.make CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/build
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
-[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc
-[ 96%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
+make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o
+[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o
+[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o
+[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o
+[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o
+[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/test-molecules-container.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/test-molecules-container.cc
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-ligand.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -MF CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o.d -o CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-waters.cc
 [ 97%] Building CXX object CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc
-[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o
-/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/lucrezia-tests.cc
-[ 97%] Building CXX object CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o
 /usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/filo-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/filo-tests.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -MF CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o.d -o CMakeFiles/findligand.dir/ligand/find-ligand.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand/find-ligand.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -Dchapi_EXPORTS -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/python3.13 -I/usr/share/nanobind/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -fPIC -fvisibility=hidden -MD -MT CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -MF CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o.d -o CMakeFiles/chapi.dir/api/molecules-container-nanobind.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/molecules-container-nanobind.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/util -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils/pygl -I/usr/include/include -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -MF CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o.d -o CMakeFiles/test-molecules-container.dir/api/lucrezia-tests.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api/lucrezia-tests.cc
+/usr/bin/c++ -DANALYSE_REFINEMENT_TIMING -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DHAVE_BOOST -DHAVE_BOOST_THREAD -DHAVE_CXX_THREAD -DHAVE_GSL -DHAVE_SSMLIB -DPACKAGE_VERSION=\"1\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_GEMMI -DUSE_LIBPNG=1 -DXDATADIR=\"/usr/share\" -I/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -std=gnu++17 -MD -MT CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -MF CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o.d -o CMakeFiles/coot-mini-rsr.dir/ideal/mini-rsr.cc.o -c /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal/mini-rsr.cc
 [ 97%] Linking CXX executable findwaters
 /usr/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/findwaters.dir/link.txt --verbose=1
 /usr/bin/c++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,--dependency-file=CMakeFiles/findwaters.dir/link.d "CMakeFiles/findwaters.dir/ligand/find-waters.cc.o" -o findwaters  -Wl,-rpath,/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu libcootapi.so.1.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-core.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libclipper-ccp4.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmmdb2.so
@@ -17587,7 +17623,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/compat'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-compat.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-compat.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-compat.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0 || { rm -f libcoot-compat.so.0 && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so || { rm -f libcoot-compat.so && ln -s libcoot-compat.so.0.0.0 libcoot-compat.so; }; })
@@ -17601,7 +17637,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/utils'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0 || { rm -f libcoot-utils.so.0 && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so || { rm -f libcoot-utils.so && ln -s libcoot-utils.so.0.0.0 libcoot-utils.so; }; })
@@ -17615,7 +17651,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/protein_db'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-protein-db.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-protein-db.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-protein-db.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0 || { rm -f libcoot-protein-db.so.0 && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so || { rm -f libcoot-protein-db.so && ln -s libcoot-protein-db.so.0.0.0 libcoot-protein-db.so; }; })
@@ -17631,9 +17667,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-mini-mol.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-mini-mol.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/mini-mol; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-mini-mol.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mini-mol.lo mini-mol-utils.lo atom-quads.lo ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mini-mol.o .libs/mini-mol-utils.o .libs/atom-quads.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-mini-mol.so.0 -o .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-mini-mol.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-mini-mol.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0 || { rm -f libcoot-mini-mol.so.0 && ln -s libcoot-mini-mol.so.0.0.0 libcoot-mini-mol.so.0; }; })
@@ -17648,9 +17684,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-geometry.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-geometry.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/geometry; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-geometry.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu cif-parse.lo protein-geometry.lo protein-geometry-mmdb.lo read-sbase.lo energy-lib.lo mol-utils.lo dictionary-residue.lo link.lo glyco-tools.lo dict-utils.lo chem_mods.lo srs-interface.lo protein-donor-acceptors.lo lbg-graph.lo dreiding.lo main-chain.lo residue-and-atom-specs.lo intercept-3GP.lo mol-utils-2.lo hydrophobic.lo cif-parse-link.lo cif-parse-mon-lib.lo read-metals-json.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../compat/libcoot-compat.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/cif-parse.o .libs/protein-geometry.o .libs/protein-geometry-mmdb.o .libs/read-sbase.o .libs/energy-lib.o .libs/mol-utils.o .libs/dictionary-residue.o .libs/link.o .libs/glyco-tools.o .libs/dict-utils.o .libs/chem_mods.o .libs/srs-interface.o .libs/protein-donor-acceptors.o .libs/lbg-graph.o .libs/dreiding.o .libs/main-chain.o .libs/residue-and-atom-specs.o .libs/intercept-3GP.o .libs/mol-utils-2.o .libs/hydrophobic.o .libs/cif-parse-link.o .libs/cif-parse-mon-lib.o .libs/read-metals-json.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lcoot-compat -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-geometry.so.0 -o .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-geometry.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-geometry.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0 || { rm -f libcoot-geometry.so.0 && ln -s libcoot-geometry.so.0.0.0 libcoot-geometry.so.0; }; })
@@ -17665,9 +17701,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-lidia-core.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-lidia-core.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/lidia-core; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-lidia-core.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu lbg-shared.lo lbg-molfile.lo lig-build.lo rdkit-interface.lo cod-types.lo atom-types.lo bond-record-container-t.lo cod-atom-type-t.lo cod-atom-types.lo bond-table-record-t.lo chemical-feature-clusters.lo get-residue.lo svg-molecule.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lsqlite3 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/lbg-shared.o .libs/lbg-molfile.o .libs/lig-build.o .libs/rdkit-interface.o .libs/cod-types.o .libs/atom-types.o .libs/bond-record-container-t.o .libs/cod-atom-type-t.o .libs/cod-atom-types.o .libs/bond-table-record-t.o .libs/chemical-feature-clusters.o .libs/get-residue.o .libs/svg-molecule.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lsqlite3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-lidia-core.so.0 -o .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-lidia-core.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-lidia-core.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0 || { rm -f libcoot-lidia-core.so.0 && ln -s libcoot-lidia-core.so.0.0.0 libcoot-lidia-core.so.0; }; })
@@ -17682,30 +17718,30 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coord-utils.la libcoot-coord-extras.la libcoot-map-utils.la libcoot-map-heavy.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-utils.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo merge-C-and-N-terminii.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo gltf-export.lo pae.lo ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcairo -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-utils.lo coot-coord-utils-nucleotides.lo coot-rama.lo coot-h-bonds.lo hole.lo read-sm-cif.lo bonded-pairs.lo helix-analysis.lo elastic.lo glyco-torsions.lo coot-least-squares.lo atom-overlaps.lo reduce.lo atom-selection-container.lo contact-info.lo coot-shelx-ins.lo secondary-structure-headers.lo plane-utils.lo c-beta-deviations.lo lidia-core-functions.lo atom-tools.lo bonded-atoms.lo bricks.lo helix-like.lo merge-atom-selections.lo contacts-by-bricks.lo stack-and-pair.lo fast-eigens.lo strand-fragments.lo sfcalc-genmap.lo cablam-markup.lo coot_shiftfield.lo shiftfield.lo fib-sphere.lo polar-atoms.lo 3d-texture.lo merge-molecules.lo fragment-container.lo mutate.lo merge-C-and-N-terminii.lo cylinder.lo cylinder-with-rotation-translation.lo oct.lo prideout-octasphere.lo simple-mesh.lo shapes.lo cmtz-interface.lo pugixml.lo parse-pisa.lo gltf-export.lo pae.lo ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../protein_db/libcoot-protein-db.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcairo -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-coord-utils.o .libs/coot-coord-utils-nucleotides.o .libs/coot-rama.o .libs/coot-h-bonds.o .libs/hole.o .libs/read-sm-cif.o .libs/bonded-pairs.o .libs/helix-analysis.o .libs/elastic.o .libs/glyco-torsions.o .libs/coot-least-squares.o .libs/atom-overlaps.o .libs/reduce.o .libs/atom-selection-container.o .libs/contact-info.o .libs/coot-shelx-ins.o .libs/secondary-structure-headers.o .libs/plane-utils.o .libs/c-beta-deviations.o .libs/lidia-core-functions.o .libs/atom-tools.o .libs/bonded-atoms.o .libs/bricks.o .libs/helix-like.o .libs/merge-atom-selections.o .libs/contacts-by-bricks.o .libs/stack-and-pair.o .libs/fast-eigens.o .libs/strand-fragments.o .libs/sfcalc-genmap.o .libs/cablam-markup.o .libs/coot_shiftfield.o .libs/shiftfield.o .libs/fib-sphere.o .libs/polar-atoms.o .libs/3d-texture.o .libs/merge-molecules.o .libs/fragment-container.o .libs/mutate.o .libs/merge-C-and-N-terminii.o .libs/cylinder.o .libs/cylinder-with-rotation-translation.o .libs/oct.o .libs/prideout-octasphere.o .libs/simple-mesh.o .libs/shapes.o .libs/cmtz-interface.o .libs/pugixml.o .libs/parse-pisa.o .libs/gltf-export.o .libs/pae.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-lidia-core -lcoot-protein-db -lcoot-geometry -lcoot-utils -lcoot-mini-mol -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lib -lgemmi_cpp -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcairo -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-utils.so.0 -o .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0 || { rm -f libcoot-coord-utils.so.0 && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so || { rm -f libcoot-coord-utils.so && ln -s libcoot-coord-utils.so.0.0.0 libcoot-coord-utils.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-utils.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-coord-extras.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coord-extras.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-coord-extras.lo coot-coord-lsq.lo coot-tree-extras.lo water-coordination.lo lsq-improve.lo coot-coord-utils-glyco.lo jed-flip.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-coord-extras.o .libs/coot-coord-lsq.o .libs/coot-tree-extras.o .libs/water-coordination.o .libs/lsq-improve.o .libs/coot-coord-utils-glyco.o .libs/jed-flip.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-coord-extras.so.0 -o .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0 || { rm -f libcoot-coord-extras.so.0 && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so || { rm -f libcoot-coord-extras.so && ln -s libcoot-coord-extras.so.0.0.0 libcoot-coord-extras.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coord-extras.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coord-extras.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-map-utils.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-map-utils.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-utils.lo peak-search.lo peak-search-from-list.lo trim.lo xmap-stats.lo maps-spherical.lo pepflip-using-difference-map.lo exp-fit.lo blob-line.lo slurp-map.lo find-water-baddies.lo diff-diff-map-peaks.lo mini-texture.lo positron.lo texture-as-floats.lo libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -lz -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-utils.o .libs/peak-search.o .libs/peak-search-from-list.o .libs/trim.o .libs/xmap-stats.o .libs/maps-spherical.o .libs/pepflip-using-difference-map.o .libs/exp-fit.o .libs/blob-line.o .libs/slurp-map.o .libs/find-water-baddies.o .libs/diff-diff-map-peaks.o .libs/mini-texture.o .libs/positron.o .libs/texture-as-floats.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -lz -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-utils.so.0 -o .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0 || { rm -f libcoot-map-utils.so.0 && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so || { rm -f libcoot-map-utils.so && ln -s libcoot-map-utils.so.0.0.0 libcoot-map-utils.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-utils.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-utils.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-map-heavy.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coot-utils; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-map-heavy.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-map-heavy.lo coot-fffear.lo spherical-harmonics.lo segmap.lo libcoot-map-utils.la libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-map-heavy.o .libs/coot-fffear.o .libs/spherical-harmonics.o .libs/segmap.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-map-heavy.so.0 -o .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0 || { rm -f libcoot-map-heavy.so.0 && ln -s libcoot-map-heavy.so.0.0.0 libcoot-map-heavy.so.0; }; })
@@ -17713,7 +17749,7 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-map-heavy.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-map-heavy.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-mmrrcc '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 libtool: warning: './libcoot-map-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: './libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -17730,7 +17766,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/angles'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-AngleInfo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-AngleInfo.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0 || { rm -f libcoot-AngleInfo.so.0 && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so || { rm -f libcoot-AngleInfo.so && ln -s libcoot-AngleInfo.so.0.0.0 libcoot-AngleInfo.so; }; })
@@ -17744,7 +17780,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ccp4mg-utils'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libccp4mg-utils.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libccp4mg-utils.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libccp4mg-utils.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0 || { rm -f libccp4mg-utils.so.0 && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so || { rm -f libccp4mg-utils.so && ln -s libccp4mg-utils.so.0.0.0 libccp4mg-utils.so; }; })
@@ -17758,9 +17794,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-db-main.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-db-main.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/db-main; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-db-main.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu db-main.lo db-strands.lo ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/db-main.o .libs/db-strands.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-db-main.so.0 -o .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-db-main.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-db-main.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0 || { rm -f libcoot-db-main.so.0 && ln -s libcoot-db-main.so.0.0.0 libcoot-db-main.so.0; }; })
@@ -17775,9 +17811,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-analysis.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-analysis.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/analysis; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-analysis.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu bfkurt.lo mogul.lo kolmogorov.lo stats.lo cablam.lo typed-distances.lo b-factor-histogram.lo daca.lo rna-backbone.lo ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/bfkurt.o .libs/mogul.o .libs/kolmogorov.o .libs/stats.o .libs/cablam.o .libs/typed-distances.o .libs/b-factor-histogram.o .libs/daca.o .libs/rna-backbone.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-analysis.so.0 -o .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0 || { rm -f libcoot-analysis.so.0 && ln -s libcoot-analysis.so.0.0.0 libcoot-analysis.so.0; }; })
@@ -17785,7 +17821,7 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-analysis.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-analysis.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-bfactan '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 libtool: warning: 'libcoot-analysis.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-coord-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../lidia-core/libcoot-lidia-core.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -17801,7 +17837,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootaneer'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootaneer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootaneer.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootaneer.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0 || { rm -f libcootaneer.so.0 && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so || { rm -f libcootaneer.so && ln -s libcootaneer.so.0.0.0 libcootaneer.so; }; })
@@ -17815,9 +17851,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ideal.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-ideal.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ideal; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DCLIPPER_HAS_TOP8000 -DMMDB_HAS_LINK_DISTANCE -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/rdkit -DRDKIT_HAS_CAIRO_SUPPORT -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-ideal.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu simple-restraint.lo make-restraints.lo ng.lo chi-squareds.lo mods.lo distortion.lo chirals.lo flanking.lo gradients.lo extra-restraints.lo pepflip.lo regularize-minimol.lo lograma.lo process-dfs-in-range.lo extra-restraints-kk.lo simple-restraint-kk.lo torsion-bonds.lo coot-compare-residues.lo link-restraints.lo parallel-planes.lo pull-restraint.lo trans-peptide.lo model-bond-deltas.lo write-png.lo zo-rama.lo crankshaft.lo phi-psi.lo neutron.lo ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lmmdb2 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lm -lpng16 -lm -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/simple-restraint.o .libs/make-restraints.o .libs/ng.o .libs/chi-squareds.o .libs/mods.o .libs/distortion.o .libs/chirals.o .libs/flanking.o .libs/gradients.o .libs/extra-restraints.o .libs/pepflip.o .libs/regularize-minimol.o .libs/lograma.o .libs/process-dfs-in-range.o .libs/extra-restraints-kk.o .libs/simple-restraint-kk.o .libs/torsion-bonds.o .libs/coot-compare-residues.o .libs/link-restraints.o .libs/parallel-planes.o .libs/pull-restraint.o .libs/trans-peptide.o .libs/model-bond-deltas.o .libs/write-png.o .libs/zo-rama.o .libs/crankshaft.o .libs/phi-psi.o .libs/neutron.o   -lpthread -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-map-heavy -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lgsl -lgslcblas -lpng16 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-ideal.so.0 -o .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ideal.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ideal.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0 || { rm -f libcoot-ideal.so.0 && ln -s libcoot-ideal.so.0.0.0 libcoot-ideal.so.0; }; })
@@ -17827,7 +17863,7 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c coot-mini-rsr coot-ligand-validation '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c mini-rsr-bin coot-ligand-validation-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
 libtool: warning: './libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../geometry/libcoot-geometry.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -17858,16 +17894,16 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-ligand.la libcoot-res-tracer.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-ligand.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-ligand.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu ligand.lo ligand-extras.lo residue_by_phi_psi.lo wiggly-ligand.lo monomer-utils.lo dunbrack.lo chi-angles-autogen.lo chi-angles.lo helix-placement.lo fast-ss-search.lo rigid-body.lo ideal-rna.lo richardson-rotamers.lo richardson-rotamer.lo rotamer.lo torsion-general.lo rotamer-tables.lo primitive-chi-angles.lo dipole.lo base-pairing.lo backrub-rotamer.lo trace.lo trace-2.lo multi-peptide.lo ligands-db.lo joining-residues.lo ligand-score-card.lo side-chain-densities.lo tube-finder.lo smith-waterman.lo side-chain.lo refine-isolated-chain.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/ligand.o .libs/ligand-extras.o .libs/residue_by_phi_psi.o .libs/wiggly-ligand.o .libs/monomer-utils.o .libs/dunbrack.o .libs/chi-angles-autogen.o .libs/chi-angles.o .libs/helix-placement.o .libs/fast-ss-search.o .libs/rigid-body.o .libs/ideal-rna.o .libs/richardson-rotamers.o .libs/richardson-rotamer.o .libs/rotamer.o .libs/torsion-general.o .libs/rotamer-tables.o .libs/primitive-chi-angles.o .libs/dipole.o .libs/base-pairing.o .libs/backrub-rotamer.o .libs/trace.o .libs/trace-2.o .libs/multi-peptide.o .libs/ligands-db.o .libs/joining-residues.o .libs/ligand-score-card.o .libs/side-chain-densities.o .libs/tube-finder.o .libs/smith-waterman.o .libs/side-chain.o .libs/refine-isolated-chain.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-ligand.so.0 -o .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0 || { rm -f libcoot-ligand.so.0 && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so || { rm -f libcoot-ligand.so && ln -s libcoot-ligand.so.0.0.0 libcoot-ligand.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-ligand.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-ligand.la
 libtool: warning: relinking 'libcoot-res-tracer.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/ligand; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -fopenmp -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-res-tracer.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libres-tracer.lo rama-rsr-extend-fragments.lo new-residue-by-3-phi-psi.lo dSFMT.lo libcoot-ligand.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libres-tracer.o .libs/rama-rsr-extend-fragments.o .libs/new-residue-by-3-phi-psi.o .libs/dSFMT.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-ideal -lcoot-map-utils -lcoot-coord-utils -lcoot-mini-mol -lcoot-geometry -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-res-tracer.so.0 -o .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-res-tracer.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-res-tracer.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0 || { rm -f libcoot-res-tracer.so.0 && ln -s libcoot-res-tracer.so.0.0.0 libcoot-res-tracer.so.0; }; })
@@ -17877,7 +17913,7 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c coot-findwaters coot-findligand coot-identify-protein '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c coot-findligand-bin coot-findwaters-bin coot-make-ligands-db coot-identify-protein-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
 libtool: warning: './libcoot-ligand.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../ideal/libcoot-ideal.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../coot-utils/libcoot-map-heavy.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -17947,9 +17983,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-coords.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-coords.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/coords; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-coords.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Bond_lines.lo Cartesian.lo cos-sin.lo phenix-geo-bonds.lo mmdb-extras.lo utils.lo mmdb.lo mmdb-crystal.lo Bond_lines_ext.lo coot-close.lo phenix-geo.lo rotamer-markup.lo loop-path.lo rama-plot-phi-psi.lo phi-psi-prob.lo ramachandran-validation.lo ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Bond_lines.o .libs/Cartesian.o .libs/cos-sin.o .libs/phenix-geo-bonds.o .libs/mmdb-extras.o .libs/utils.o .libs/mmdb.o .libs/mmdb-crystal.o .libs/Bond_lines_ext.o .libs/coot-close.o .libs/phenix-geo.o .libs/rotamer-markup.o .libs/loop-path.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/ramachandran-validation.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ligand -lcoot-coord-utils -lcoot-coord-extras -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcootaneer -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-coords.so.0 -o .libs/libcoot-coords.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-coords.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-coords.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0 || { rm -f libcoot-coords.so.0 && ln -s libcoot-coords.so.0.0.0 libcoot-coords.so.0; }; })
@@ -17964,9 +18000,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-isosurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-isosurface.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/density-contour; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-isosurface.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu Vectors.lo CIsoSurface.lo density-contour-triangles.lo occlusion.lo gaussian-surface.lo ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/Vectors.o .libs/CIsoSurface.o .libs/density-contour-triangles.o .libs/occlusion.o .libs/gaussian-surface.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-isosurface.so.0 -o .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-isosurface.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-isosurface.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0 || { rm -f libcoot-isosurface.so.0 && ln -s libcoot-isosurface.so.0.0.0 libcoot-isosurface.so.0; }; })
@@ -17981,9 +18017,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-skeleton.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-skeleton.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/skeleton; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-skeleton.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu dm-utils.lo graphical_skel.lo BuildCas.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/dm-utils.o .libs/graphical_skel.o .libs/BuildCas.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lcoot-ideal -lcoot-geometry -lcoot-coords -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-skeleton.so.0 -o .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-skeleton.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-skeleton.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0 || { rm -f libcoot-skeleton.so.0 && ln -s libcoot-skeleton.so.0.0.0 libcoot-skeleton.so.0; }; })
@@ -17998,9 +18034,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-high-res.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-high-res.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/high-res; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-high-res.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu high-res.lo coot-atom-graph.lo residue-distortions.lo sequence-assignment.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/high-res.o .libs/coot-atom-graph.o .libs/residue-distortions.o .libs/sequence-assignment.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-ligand -lcoot-map-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-mini-mol -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-high-res.so.0 -o .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-high-res.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-high-res.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0 || { rm -f libcoot-high-res.so.0 && ln -s libcoot-high-res.so.0.0.0 libcoot-high-res.so.0; }; })
@@ -18015,9 +18051,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-cabuild.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-cabuild.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/build; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-cabuild.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu CalphaBuild.lo ../angles/libcoot-AngleInfo.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/CalphaBuild.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-AngleInfo -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-cabuild.so.0 -o .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-cabuild.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-cabuild.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0 || { rm -f libcoot-cabuild.so.0 && ln -s libcoot-cabuild.so.0.0.0 libcoot-cabuild.so.0; }; })
@@ -18034,7 +18070,7 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
 make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXSurface'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXSurface.so; }; })
@@ -18048,9 +18084,9 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses'
 make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/MoleculesToTriangles/CXXClasses; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-z,relro -o libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.lo libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.lo ../../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-AtomPropertyRampColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DirectedPositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Representation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BallsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DiscreteSegment.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BondsPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DisplayPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-RotatedTranslatedScaledEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-BoxSectionPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Light.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CXXMatrix.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentation.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SecondaryColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MyMolecule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SolidColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorRule.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-NRStuff.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SpherePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-ColorScheme.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Polyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SticksPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CompoundSelection.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-PositionedEntity.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-SurfacePrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylinderPoint.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Renderer.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-VertexColorNormalPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-CylindersPrimitive.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-oglPolyhedron.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-MolecularRepresentationInstance.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Quaternion.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector2.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-Vector3.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-lfit.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-DishyBase.o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses_la-FlatFanPrimitive.o   -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 -o .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 || { rm -f libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0 && ln -s libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0.0.0 libMoleculesToTrianglesCXXClasses.so.0; }; })
@@ -18075,9 +18111,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-pli.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-pli.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pli; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-pli.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu protein-ligand-interactions.lo flev-annotations.lo pi-stacking.lo sdf-interface.lo ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/protein-ligand-interactions.o .libs/flev-annotations.o .libs/pi-stacking.o .libs/sdf-interface.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-pli.so.0 -o .libs/libcoot-pli.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-pli.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-pli.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0 || { rm -f libcoot-pli.so.0 && ln -s libcoot-pli.so.0.0.0 libcoot-pli.so.0; }; })
@@ -18106,7 +18142,7 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/cootilus'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootilus.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcootilus.so.0.0.0 /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcootilus.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0 || { rm -f libcootilus.so.0 && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so || { rm -f libcootilus.so && ln -s libcootilus.so.0.0.0 libcootilus.so; }; })
@@ -18122,9 +18158,9 @@
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/install -c pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; })
@@ -18132,16 +18168,16 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot_py_restraints.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0 || { rm -f _pyrogen_swig.so.0 && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so.0; }; })
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so || { rm -f _pyrogen_swig.so && ln -s _pyrogen_swig.so.0.0.0 _pyrogen_swig.so; }; })
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la
 libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/restraints-boost.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0 || { rm -f pyrogen_boost.so.0 && ln -s pyrogen_boost.so.0.0.0 pyrogen_boost.so.0; }; })
@@ -18298,9 +18334,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-api.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 ../MoleculesToTriangles/CXXClasses/libMoleculesToTrianglesCXXClasses.la ../MoleculesToTriangles/CXXSurface/libMoleculesToTrianglesCXXSurface.la ../ligand/libcoot-ligand.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../density-contour/libcoot-isosurface.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coords/libcoot-coords.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lssm -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -lm -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -Wl,-z,relro -o libcoot-api.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu coot-molecule.lo coot-colour.lo add-terminal-residue.lo rama-plot-phi-psi.lo colour-functions.lo coot-molecule-maps.lo coot-molecule-merge-molecules.lo coot-molecule-bonds.lo coot-molecule-validation.lo molecules-container-modelling.lo molecules-container.lo make-a-dodec.lo molecules-container-ligand-fitting.lo phi-psi-prob.lo coot-molecule-moltris.lo coot-molecule-replace-fragment.lo coot-molecule-backup.lo coot-molecule-bonds-instanced.lo molecules-container-mmrrcc.lo molecules-container-gltf.lo coot-molecule-refine.lo molecules-container-superpose.lo rigid-body-fit.lo moorhen-h-bonds.lo molecules-container-bucca-ml-growing.lo instancing.lo molecules-container-maps.lo coot-molecule-change-chain-id.lo blender-mesh.lo coot-molecule-blender.lo molecules-container-blender.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot-molecule.o .libs/coot-colour.o .libs/add-terminal-residue.o .libs/rama-plot-phi-psi.o .libs/colour-functions.o .libs/coot-molecule-maps.o .libs/coot-molecule-merge-molecules.o .libs/coot-molecule-bonds.o .libs/coot-molecule-validation.o .libs/molecules-container-modelling.o .libs/molecules-container.o .libs/make-a-dodec.o .libs/molecules-container-ligand-fitting.o .libs/phi-psi-prob.o .libs/coot-molecule-moltris.o .libs/coot-molecule-replace-fragment.o .libs/coot-molecule-backup.o .libs/coot-molecule-bonds-instanced.o .libs/molecules-container-mmrrcc.o .libs/molecules-container-gltf.o .libs/coot-molecule-refine.o .libs/molecules-container-superpose.o .libs/rigid-body-fit.o .libs/moorhen-h-bonds.o .libs/molecules-container-bucca-ml-growing.o .libs/instancing.o .libs/molecules-container-maps.o .libs/coot-molecule-change-chain-id.o .libs/blender-mesh.o .libs/coot-molecule-blender.o .libs/molecules-container-blender.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lMoleculesToTrianglesCXXClasses -lMoleculesToTrianglesCXXSurface -lcoot-ligand -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-analysis -lcoot-isosurface -lcoot-map-heavy -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coords -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lssm -lmmdb2 -lsqlite3 -lgsl -lgslcblas -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,libcoot-api.so.0 -o .libs/libcoot-api.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0 || { rm -f libcoot-api.so.0 && ln -s libcoot-api.so.0.0.0 libcoot-api.so.0; }; })
@@ -18308,9 +18344,9 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-api.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-api.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot_headless_api.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_coot_headless_api.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/api; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_PYTHON -DSWIG -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined -Wl,-z,relro -o _coot_headless_api.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages _coot_headless_api_la-wrap-coot-api.lo _coot_headless_api_la-molecules-container-swig.lo libcoot-api.la -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/_coot_headless_api_la-wrap-coot-api.o .libs/_coot_headless_api_la-molecules-container-swig.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-api -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot_headless_api.so.0 -o .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot_headless_api.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0 || { rm -f _coot_headless_api.so.0 && ln -s _coot_headless_api.so.0.0.0 _coot_headless_api.so.0; }; })
@@ -18333,9 +18369,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-layla.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-layla.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/layla; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DUSE_SQLITE3 -lcurl -DUSE_LIBPNG=1 -I/usr/include/libpng16 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-layla.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu layla_embedded.lo generators.lo notifier.lo signals.lo state.lo ui.lo utils.lo ligand_editor_canvas/core.lo ligand_editor_canvas.lo ligand_editor_canvas/model.lo ligand_editor_canvas/tools.lo ligand_editor_canvas/render.lo python_utils.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/layla_embedded.o .libs/generators.o .libs/notifier.o .libs/signals.o .libs/state.o .libs/ui.o .libs/utils.o ligand_editor_canvas/.libs/core.o .libs/ligand_editor_canvas.o ligand_editor_canvas/.libs/model.o ligand_editor_canvas/.libs/tools.o ligand_editor_canvas/.libs/render.o .libs/python_utils.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lcurl -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-layla.so.0 -o .libs/libcoot-layla.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0 || { rm -f libcoot-layla.so.0 && ln -s libcoot-layla.so.0.0.0 libcoot-layla.so.0; }; })
@@ -18343,7 +18379,7 @@
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-layla.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-layla.la
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c layla '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 libtool: warning: 'libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../utils/libcoot-utils.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/layla /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin/layla
@@ -18357,9 +18393,9 @@
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs'
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcoot-validation-graphs.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcoot-validation-graphs.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/validation-graphs; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot-validation-graphs.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu residue-validation-information.lo validation-graph-widget.lo validation-graphs.lo validation-information.lo sequence-view-widget.lo ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-map-heavy.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../cootaneer/libcootaneer.la ../db-main/libcoot-db-main.la ../ccp4mg-utils/libccp4mg-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../mini-mol/libcoot-mini-mol.la ../coot-utils/libcoot-coord-extras.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coot-utils/libcoot-map-utils.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/residue-validation-information.o .libs/validation-graph-widget.o .libs/validation-graphs.o .libs/validation-information.o .libs/sequence-view-widget.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-ideal -lcoot-map-heavy -lcoot-lidia-core -lcootaneer -lcoot-db-main -lccp4mg-utils -lcoot-geometry -lcoot-mini-mol -lcoot-coord-extras -lcoot-coord-utils -lcoot-map-utils -lcoot-analysis -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lsqlite3 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lgtk-4 -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lharfbuzz -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo-gobject -lcairo -lvulkan -lgraphene-1.0 -lgio-2.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot-validation-graphs.so.0 -o .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot-validation-graphs.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libcoot-validation-graphs.so.0 || { rm -f libcoot-validation-graphs.so.0 && ln -s libcoot-validation-graphs.so.0.0.0 libcoot-validation-graphs.so.0; }; })
@@ -18376,9 +18412,9 @@
 make[4]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src'
 make[5]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootsumo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libcootsumo.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: relinking 'libcootsumo.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcootsumo.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu init_coot_as_python_module.lo boids.lo boot-python.lo atom-overlaps.lo git-revision-count.lo 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c-interface-waters-gui.lo c-interface.lo c-interface-test.lo cc-interface-alignment.lo cc-interface-graphics.lo cc-interface-merge.lo cc-interface-molecular-representation.lo cc-interface-molecular-symmetry.lo cc-interface-scripting.lo cc-interface-map-utils.lo cc-interface-png.lo cc-interface-user-defined-atom-colours.lo cfc.lo change-dir.lo cmtz-interface.lo command-line.lo command-line-extern.lo coot-application.lo coot-colour.lo coot-align.lo coot-nomenclature.lo coot-glue-gtk2.lo coot-glue-gtk2-python.lo coot-hydrogens.lo coot-phi-psi.lo coot_pythonmodule.lo coot-setup-python.lo coot_wrap_guile.lo curlew-gtk4.lo draw.lo graphics-info-tick-function.lo drag-and-drop.lo draw-generic-display-objects.lo dynamic-validation.lo eyes.lo event-controller-callbacks.lo fit-loop-gui.lo flev.lo framebuffer.lo old-generic-display-object.lo gaussian-surface.lo generic-objects.lo geometry-graphs.lo get-residue.lo get-monomer.lo gl-rama-plot.lo globjects.lo globularize.lo graphics-info.lo 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@@ -18388,7 +18424,7 @@
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-  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
+  /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c Coot coot-density-score-by-residue-bin '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec'
 libtool: warning: 'libcootsumo.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../density-contour/libcoot-isosurface.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: warning: '../layla/libcoot-layla.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
@@ -18418,9 +18454,9 @@
 libtool: warning: '../compat/libcoot-compat.la' has not been installed in '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/coot-density-score-by-residue-bin /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/libexec/coot-density-score-by-residue-bin
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   _coot.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_coot.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/src; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DUSE_MOLECULES_TO_TRIANGLES -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -DPACKAGE_LOCALE_DIR=\"/usr/share/coot/locale\" -DPKGPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages/coot\" -DPYTHONDIR=\"/usr/lib/python3/dist-packages\" -DXDATADIR=\"/usr/share\" -DCOOT_SYS_BUILD_TYPE=\"Linux-x86_64-debian-trixie-sid-gtk4\" -DCOOT_BUILD_INFO_STRING=\"\" -DUSE_LIBCURL -DHAVE_SYS_STDTYPES_H=0 -I/usr/lib/python3/dist-packages/PyGObject-3.42.2-py3.9-linux-x86_64.egg/include -I/usr/include/python3.13 -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module --no-undefined libcootsumo.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../coords/libcoot-coords.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../pli/libcoot-pli.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -Wl,-z,relro -o _coot.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages coot.lo coot_wrap_python.lo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/coot.o .libs/coot_wrap_python.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcootsumo -lcoot-coord-utils -lcoot-coords -lcoot-geometry -lcoot-pli -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lpython3.13 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -fopenmp -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,_coot.so.0 -o .libs/_coot.so.0.0.0
 libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/_coot.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_coot.so.0.0.0
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages && { ln -s -f _coot.so.0.0.0 _coot.so.0 || { rm -f _coot.so.0 && ln -s _coot.so.0.0.0 _coot.so.0; }; })
@@ -18472,7 +18508,7 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg'
 dh_auto_install --buildsystem cmake
-	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd obj-x86_64-linux-gnu && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 /usr/bin/cmake -S/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg -B/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0
 make  -f CMakeFiles/Makefile2 preinstall
@@ -18487,77 +18523,77 @@
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/standard-residues.pdb
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/syminfo.lib
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-XYP-BMA.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GLC-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUL-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-3.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.in
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/NAG-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-3.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-3.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-6.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-6.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-3.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GAL-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-2.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-NAG-ASN.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-6.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/Makefile.am
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/theor-helix-70.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/MAN-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/XYP-decorations.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/GLC-decorations.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/SIA-pyranose-via-ALPHA2-3.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-2.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/ASN-NAG-via-NAG-ASN.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-BETA1-4.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-2.pdb
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA1-3.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/BMA-decorations.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-FUC-core-ALPHA1-2.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-pyranose-core-ALPHA2-3.tab
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-BETA1-4.pdb
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/link-by-torsion-to-NAG-core-NAG-SER.tab
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/FUC-decorations.tab
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/pdb-templates/pyranose-pyranose-via-ALPHA1-6.pdb
 -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-gln.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.am
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.in
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-pro.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-gly-sym.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-val.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-prepro.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-pro.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-cys.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ile.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-leu.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-ser.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-met.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-trp.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/Makefile.am
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rama500-general.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-thr.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-lys.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-his.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asn.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-phetyr.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-asp.data
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-arg.data
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-thr.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-glu.data
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/rama-data/rota500-cys.data
 -- Up-to-date: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table
--- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.in
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-O-distance.table
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-S-distance.table
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/Makefile.am
+-- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/share/coot/data/metal/metal-N-distance.table
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/chapi.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so
 -- Set non-toolchain portion of runtime path of "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/chapi.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so" to ""
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/libcootapi.so.1.1
 -- Installing: /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/libcootapi.so
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/obj-x86_64-linux-gnu'
 dh_auto_install --sourcedirectory data
-	cd data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data'
 Making install in rama-coeffs
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data/rama-coeffs'
@@ -18605,7 +18641,7 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/data'
 dh_auto_install --sourcedirectory rama-data
-	cd rama-data && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd rama-data && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data'
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data'
 make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
@@ -18615,7 +18651,7 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/rama-data'
 dh_auto_install --sourcedirectory python
-	cd python && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd python && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python'
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python'
 make[3]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
@@ -18633,26 +18669,26 @@
 make[3]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python'
 make[2]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/python'
 dh_auto_install --sourcedirectory pyrogen
-	cd pyrogen && make -j20 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
+	cd pyrogen && make -j42 install DESTDIR=/build/reproducible-path/coot-1.1.09\+dfsg/debian/tmp AM_UPDATE_INFO_DIR=no "INSTALL=install --strip-program=true"
 make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen'
 make[3]: Entering directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   libcoot_py_restraints.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  install --strip-program=true pyrogen '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/bin'
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
  install --strip-program=true -m 644 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/coot'
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
+libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la'
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 Byte-compiling python modules...
 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py 
-libtool: warning: relinking 'libcoot_py_restraints.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -Wl,-z,relro -o libcoot_py_restraints.la -rpath /usr/lib/x86_64-linux-gnu mmff-restraints.lo py-restraints.lo cairo-molecule.lo atom_types.lo ../geometry/libcoot-geometry.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../utils/libcoot-utils.la -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 Byte-compiling python modules (optimized versions) ...
 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py 
+libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 Byte-compiling python modules (more optimized versions) ...
 pyrogen.py atom_types.py jay_util.py tautomer.py pyrogen_swig.py coot_git.py 
-libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/mmff-restraints.o .libs/py-restraints.o .libs/cairo-molecule.o .libs/atom_types.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot-geometry -lcoot-lidia-core -lcoot-utils -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,libcoot_py_restraints.so.0 -o .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/libcoot_py_restraints.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcoot_py_restraints.so.0.0.0
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu && { ln -s -f libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0 || { rm -f libcoot_py_restraints.so.0 && ln -s libcoot_py_restraints.so.0.0.0 libcoot_py_restraints.so.0; }; })
@@ -18661,9 +18697,9 @@
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib/x86_64-linux-gnu'
  /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
- /bin/bash ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
+ /bin/sh ../libtool   --mode=install install --strip-program=true   _pyrogen_swig.la pyrogen_boost.la '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages'
 libtool: warning: relinking '_pyrogen_swig.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o _pyrogen_swig.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages pyrogen-swig.lo restraints.lo libcoot_py_restraints.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la ../analysis/libcoot-analysis.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../utils/libcoot-utils.la -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lmmdb2 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lpython3.13 -lcairo -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/pyrogen-swig.o .libs/restraints.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-lidia-core -lcoot-analysis -lcoot-geometry -lcoot-utils -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -lclipper-fortran -lclipper-ccp4 -lclipper-cif -lclipper-minimol -lclipper-mmdb -lclipper-cns -lclipper-phs -lclipper-contrib -lclipper-core -lccp4c -lmmdb2 -lpython3.13 -lcairo -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -Wl,-soname -Wl,_pyrogen_swig.so.0 -o .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.so.0.0.0
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
@@ -18672,7 +18708,7 @@
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/_pyrogen_swig.lai /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/_pyrogen_swig.la
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
 libtool: warning: relinking 'pyrogen_boost.la'
-libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/bash "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
+libtool: install: (cd /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/pyrogen; /bin/sh "/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/libtool"  --tag CXX --mode=relink g++ -DPKGDATADIR=\"/usr/share/coot\" -I/usr/include/cairo -I/usr/include/libpng16 -I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/pixman-1 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wno-unused -std=c++17 -module -Wl,-z,relro -o pyrogen_boost.la -rpath /usr/lib/python3/dist-packages restraints-boost.lo libcoot_py_restraints.la ../pli/libcoot-pli.la ../ideal/libcoot-ideal.la ../coot-utils/libcoot-coord-utils.la ../geometry/libcoot-geometry.la ../coords/libcoot-coords.la ../lidia-core/libcoot-lidia-core.la -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitPartialCharges -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -inst-prefix-dir /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp)
 libtool: relink: g++  -fPIC -DPIC -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtbeginS.o  .libs/restraints-boost.o   -L/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lcoot_py_restraints -lcoot-pli -lcoot-ideal -lcoot-coord-utils -lcoot-geometry -lcoot-coords -lcoot-lidia-core -lmmdb2 -L/usr/lib -lRDKitMolDraw2D -lRDKitForceFieldHelpers -lRDKitDescriptors -lRDKitForceField -lRDKitSubstructMatch -lRDKitOptimizer -lRDKitDistGeomHelpers -lRDKitDistGeometry -lRDKitChemReactions -lRDKitAlignment -lRDKitEigenSolvers -lRDKitDepictor -lRDKitMolChemicalFeatures -lRDKitFileParsers -lRDKitRDGeometryLib -lRDKitGraphMol -lRDKitShapeHelpers -lRDKitFingerprints -lRDKitMolAlign -lRDKitMolTransforms -lRDKitChemTransforms -lRDKitSmilesParse -lRDKitGenericGroups -lRDKitFilterCatalog -lRDKitCatalogs -lRDKitSubgraphs -lRDKitPartialCharges -lRDKitRDGeneral -lRDKitDataStructs -lboost_serialization -lboost_iostreams -lboost_python312 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/14/../../../x86_64-linux-gnu/crtn.o  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg=. -fstack-protector-strong -Werror=format-security -Wl,-z -Wl,relro   -fopenmp -Wl,-soname -Wl,pyrogen_boost.so.0 -o .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0
 libtool: install: install --strip-program=true .libs/pyrogen_boost.so.0.0.0T /build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg/debian/tmp/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.so.0.0.0
 install: WARNING: ignoring --strip-program option as -s option was not specified
@@ -18756,24 +18792,24 @@
  diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2
 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect
  diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol _Py_Dealloc: it's probably a plugin
-dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect
  diversion by libc6 from: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2
 dpkg-shlibdeps: warning: diversions involved - output may be incorrect
  diversion by libc6 to: /lib64/ld-linux-x86-64.so.2.usr-is-merged
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
-dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol _Z13setup_syminfov: it's probably a plugin
-dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
-dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_get_reference_count used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol cairo_destroy used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-api.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/_coot_headless_api.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyList_SetItem: it's probably a plugin
+dpkg-shlibdeps: warning: 93 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16sharpen_blur_mapEPN7clipper4XmapIfEEf used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13calc_atom_mapEPN4mmdb7ManagerEiRKN7clipper4CellERKNS4_10SpacegroupERKNS4_13Grid_samplingE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util16density_at_pointERKN7clipper4XmapIfEERKNS1_10Coord_orthE used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util7extentsEPN4mmdb7ManagerEi used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-isosurface.so.0.0.0 found in none of the libraries
+dpkg-shlibdeps: warning: debian/coot/usr/lib/python3/dist-packages/pyrogen_boost.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so contains an unresolvable reference to symbol PyLong_FromUnsignedLong: it's probably a plugin
+dpkg-shlibdeps: warning: 8 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all)
+dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN4coot4util13int_to_stringB5cxx11Ei used by debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcoot-pli.so.0.0.0 found in none of the libraries
 dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/coot/usr/lib/x86_64-linux-gnu/coot/libcootsumo.so.0.0.0 was not linked against libblas.so.3 (it uses none of the library's symbols)
 make[1]: Leaving directory '/build/reproducible-path/coot-1.1.09+dfsg'
    dh_installdeb
@@ -18781,13 +18817,13 @@
 dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libcootapi-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined
    dh_md5sums
    dh_builddeb
-dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
+dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
+dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-4_all.deb'.
 dpkg-deb: building package 'coot' in '../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
 dpkg-deb: building package 'coot-doc' in '../coot-doc_1.1.09+dfsg-4_all.deb'.
-dpkg-deb: building package 'coot-dbgsym' in '../coot-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
 dpkg-deb: building package 'libcootapi-dev' in '../libcootapi-dev_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
 dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1' in '../libcootapi1.1_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
-dpkg-deb: building package 'coot-data' in '../coot-data_1.1.09+dfsg-4_all.deb'.
+dpkg-deb: building package 'libcootapi1.1-dbgsym' in '../libcootapi1.1-dbgsym_1.1.09+dfsg-4_amd64.deb'.
  dpkg-genbuildinfo --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.buildinfo
  dpkg-genchanges --build=binary -O../coot_1.1.09+dfsg-4_amd64.changes
 dpkg-genchanges: info: binary-only upload (no source code included)
@@ -18795,12 +18831,14 @@
 dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included)
 dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload
 I: copying local configuration
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/B01_cleanup starting
+I: user script /srv/workspace/pbuilder/4074254/tmp/hooks/B01_cleanup finished
 I: unmounting dev/ptmx filesystem
 I: unmounting dev/pts filesystem
 I: unmounting dev/shm filesystem
 I: unmounting proc filesystem
 I: unmounting sys filesystem
 I: cleaning the build env 
-I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/445812 and its subdirectories
-I: Current time: Wed Feb 19 08:18:59 -12 2025
-I: pbuilder-time-stamp: 1739996339
+I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/4074254 and its subdirectories
+I: Current time: Wed Mar 25 17:00:01 +14 2026
+I: pbuilder-time-stamp: 1774407601