Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2025-09-28 00:22:46.095857693 +0000 +++ b2/build.log 2025-09-28 01:54:09.214557144 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Fri Oct 30 18:05:34 -12 2026 -I: pbuilder-time-stamp: 1793426734 +I: Current time: Sun Sep 28 14:22:47 +14 2025 +I: pbuilder-time-stamp: 1759018967 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/forky-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -25,53 +25,85 @@ dpkg-source: info: applying gcc14.patch I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/1376602/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on ionos1-amd64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +'/bin/sh' -> '/bin/bash' +lrwxrwxrwx 1 root root 9 Sep 28 00:23 /bin/sh -> /bin/bash +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build/reproducible-path' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='amd64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' - 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Linux ionos5-amd64 6.12.48+deb13-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.12.48-1 (2025-09-20) x86_64 GNU/Linux + Linux i-capture-the-hostname 6.12.48+deb13-amd64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Debian 6.12.48-1 (2025-09-20) x86_64 GNU/Linux I: ls -l /bin - lrwxrwxrwx 1 root root 7 Aug 10 2025 /bin -> usr/bin -I: user script /srv/workspace/pbuilder/1376602/tmp/hooks/D02_print_environment finished + lrwxrwxrwx 1 root root 7 Aug 10 12:30 /bin -> usr/bin +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/D02_print_environment finished -> Attempting to satisfy build-dependencies -> Creating pbuilder-satisfydepends-dummy package Package: pbuilder-satisfydepends-dummy @@ -310,7 +342,7 @@ Get: 167 http://deb.debian.org/debian forky/main amd64 libxpm-dev amd64 1:3.5.17-1+b3 [130 kB] Get: 168 http://deb.debian.org/debian forky/main amd64 libgd-dev amd64 2.3.3-13 [262 kB] Get: 169 http://deb.debian.org/debian forky/main amd64 libjs-jquery all 3.7.1+dfsg+~3.5.33-1 [319 kB] -Fetched 159 MB in 29s (5433 kB/s) +Fetched 159 MB in 13s (12.7 MB/s) Preconfiguring packages ... Selecting previously unselected package libexpat1:amd64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19917 files and directories currently installed.) @@ -1009,7 +1041,11 @@ fakeroot is already the newest version (1.37.1.2-1). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. I: Building the package -I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games" HOME="/nonexistent/first-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4.2_source.changes +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/A99_set_merged_usr starting +Not re-configuring usrmerge for forky +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/A99_set_merged_usr finished +hostname: Name or service not known +I: Running cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-buildpackage -us -uc -b && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent/second-build" dpkg-genchanges -S > ../libpwiz_3.0.18342-4.2_source.changes dpkg-buildpackage: info: source package libpwiz dpkg-buildpackage: info: source version 3.0.18342-4.2 dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable @@ -1020,7 +1056,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=42 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=40 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the clean target @@ -1054,7 +1090,7 @@ "---------------------------------------" DEB_HOST_GNU_TYPE: x86_64-linux-gnu DEB_BUILD_GNU_TYPE x86_64-linux-gnu -DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=42 +DEB_BUILD_OPTIONS: buildinfo=+all reproducible=+all parallel=40 DEB_HOST_MULTIARCH: x86_64-linux-gnu "---------------------------------------" entering the configure target @@ -1347,27 +1383,27 @@ 1129 | path branch_path() const { return parent_path(); } | ^~~~~~~~~~~ depbase=`echo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.lo$||'`;\ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=compile x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 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"/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/Eigen" -I "/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/libraries/libsvm-3.0" -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -MT libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo -MD -MP -MF $depbase.Tpo -c -o libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.lo libraries/boost_aux/libs/nowide/src/iostream.cpp &&\ mv -f $depbase.Tpo $depbase.Plo libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 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file included from pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -1780,7 +1816,7 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 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pwiz/data/msdata/.libs/ChromatogramList_mzML.o In file included from ./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -2532,12 +2568,12 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 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'template class std::auto_ptr' is deprecated: use 'std::unique_ptr' instead [-Wdeprecated-declarations] @@ -2716,7 +2752,7 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 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file included from ./pwiz/data/msdata/MSData.hpp:29, @@ -3584,7 +3620,7 @@ | ^~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_ATEXIT=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 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pwiz/analysis/frequency/MagnitudeLorentzianTestData.cpp:28:20: warning: 'sampleData_' initialized and declared 'extern' @@ -5632,7 +5668,7 @@ | ^~~~~~~~~~~ libtool: compile: x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_ALARM=1 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-lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread depbase=`echo pwiz_tools/examples/write_mzid_example_files.o | sed 's|[^/]*$|.deps/&|;s|\.o$||'`;\ x86_64-linux-gnu-g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" -DPACKAGE_STRING=\"libpwiz\ 3.0.18344\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DHAVE_STDIO_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict__ -DHAVE_PTRDIFF_T=1 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'/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[1]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /usr/bin/mkdir -p '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd 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debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/3f/bc878a2787bac5dbfd06a908d30ed089f9ccd2.debug chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/3f/bc878a2787bac5dbfd06a908d30ed089f9ccd2.debug strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/3f/bc878a2787bac5dbfd06a908d30ed089f9ccd2.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert + install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/bf + objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/bf/43aea5a98d94f87e9645c8d916ea3052285676.debug + chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/bf/43aea5a98d94f87e9645c8d916ea3052285676.debug + strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert + objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/bf/43aea5a98d94f87e9645c8d916ea3052285676.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c3 objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c3/4897c5e979a4020749cd91acce1baf8d2f8faa.debug chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c3/4897c5e979a4020749cd91acce1baf8d2f8faa.debug strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/c3/4897c5e979a4020749cd91acce1baf8d2f8faa.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat - install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/29 - objcopy --only-keep-debug --compress-debug-sections debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/29/c51c2c767c6ab185b3911d08989b162b9b6647.debug - chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/29/c51c2c767c6ab185b3911d08989b162b9b6647.debug - strip --remove-section=.comment --remove-section=.note debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml - objcopy --add-gnu-debuglink debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/lib/debug/.build-id/29/c51c2c767c6ab185b3911d08989b162b9b6647.debug debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc ln -s libpwiz-tools debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/usr/share/doc/libpwiz-tools-dbgsym install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools @@ -6435,11 +6471,11 @@ cd debian/libpwiz-dev cd debian/libpwiz3t64 cd debian/libpwiz-tools - chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian + chmod a-x usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 chmod a-x usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 - gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz3t64/changelog.Debian usr/share/man/man3/libpwiz.3 + gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian gzip -9nf usr/share/doc/libpwiz-tools/changelog.Debian usr/share/man/man1/idconvert.1 usr/share/man/man1/mscat.1 usr/share/man/man1/msconvert.1 usr/share/man/man1/txt2mzml.1 cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342' @@ -6468,7 +6504,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3t64/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3t64_3.0.0_amd64) -+++ dpkg-gensymbolsUdXjbW 2026-10-31 06:45:12.902774859 +0000 ++++ dpkg-gensymbols68xhft 2025-09-28 01:51:51.314969532 +0000 @@ -0,0 +1,11910 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3t64 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -18383,23 +18419,23 @@ echo "libpwiz 3 libpwiz3t64 (>= 3.0.9393-1)" > \ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3t64/DEBIAN/shlibs dh_fixperms -a + find debian/libpwiz-tools ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz3t64 ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s - find debian/libpwiz-tools ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s - find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3t64/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-dev/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-dev/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 - find debian/libpwiz3t64/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3t64/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/include -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 - find debian/libpwiz3t64 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3t64/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz3t64 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 + find debian/libpwiz-dev -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/bin -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod a+x find debian/libpwiz3t64/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w - find debian/libpwiz-dev -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-dev/usr/lib -type f -name '*.ali' -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod uga-w dh_lintian -a install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/usr/share/lintian/overrides @@ -18408,23 +18444,19 @@ install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/DEBIAN dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz3t64.substvars debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN - dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml + dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3t64/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dh_gencontrol -a - install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN - echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars - echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars - dpkg-gencontrol -plibpwiz-dev -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-dev.substvars -cdebian/control -Pdebian/libpwiz-dev install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars @@ -18435,6 +18467,10 @@ echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3t64.substvars install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz3t64/dbgsym-root/DEBIAN dpkg-gencontrol -plibpwiz3t64 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3t64.substvars -cdebian/control -Pdebian/.debhelper/libpwiz3t64/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -DAuto-Built-Package=debug-symbols -UProtected -UBuilt-Using -UStatic-Built-Using -DPackage=libpwiz3t64-dbgsym -DDepends="libpwiz3t64 (= \${binary:Version})" -DDescription="debug symbols for libpwiz3t64" -DBuild-Ids=682f614becd5255f58ca1c28494bcc04c844e8c4 -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks + install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN + echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars + echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars + dpkg-gencontrol -plibpwiz-dev -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-dev.substvars -cdebian/control -Pdebian/libpwiz-dev dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libpwiz-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -cdebian/control -Pdebian/libpwiz-tools @@ -18444,12 +18480,12 @@ chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz3t64/DEBIAN/control dh_md5sums -a - install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN install -m0755 -d debian/libpwiz3t64/DEBIAN + install -m0755 -d debian/libpwiz-dev/DEBIAN install -m0755 -d debian/libpwiz-tools/DEBIAN cd debian/libpwiz3t64 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums - cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums install -m0755 -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN cd debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums @@ -18465,10 +18501,10 @@ dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz3t64/dbgsym-root .. dpkg-deb --root-owner-group --build debian/libpwiz-tools .. dpkg-deb --root-owner-group --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz3t64' in '../libpwiz3t64_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3t64-dbgsym' in '../libpwiz3t64-dbgsym_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz3t64' in '../libpwiz3t64_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-4.2_amd64.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen @@ -18509,47 +18545,47 @@ Searching INPUT for files to process... Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/filter/utilities -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/ms Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/minimxml Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/chemistry Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peptideid -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/demux -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/peakdetect +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/passive +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/common Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/proteome_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/frequency Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF -Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Bruker Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Shimadzu +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Agilent +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UIMF Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Waters +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/Thermo +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/ABI/T2D +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/vendor_readers/UNIFI +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata +Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/ Searching for files in directory /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/html Reading and parsing tag files @@ -19606,12 +19642,12 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.hpp:68: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:875: warning: Found unknown command '@LDI' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.hpp:42: warning: Unsupported xml/html tag found -/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:142: warning: Unsupported xml/html tag found -/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:144: warning: Unsupported xml/html tag found -/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:145: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:148: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:150: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:151: warning: Unsupported xml/html tag found +/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:142: warning: Unsupported xml/html tag found +/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:144: warning: Unsupported xml/html tag found +/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp:145: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.hpp:64: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.hpp:42: warning: Unsupported xml/html tag found /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumList_TitleMaker.hpp:43: warning: Unsupported xml/html tag found @@ -19639,9 +19675,9 @@ /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:7889: warning: Found unknown command '\t' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:878: warning: Found unknown command '@LDI' /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp:8945: warning: Unsupported xml/html tag found -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! -sh: 1: latex: not found +sh: line 1: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas_dark.tex and check _formulas_dark.log! 8342/doc/dox/mainpage.hpp... Parsing file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/doc/dox/mainpage.hpp... @@ -19874,12 +19910,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactoryTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/BinaryIndexStream.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/BinaryIndexStreamTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp... @@ -19897,16 +19927,8 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/ParamTypesTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/Unimod.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/UnimodTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimReader.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedReadTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentData.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp... @@ -19923,14 +19945,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MzidPredicates.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdentTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... @@ -19945,10 +19959,6 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text_Test.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParameters.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParametersTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/FrequencyData.hpp... @@ -20009,8 +20019,16 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcid.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcidTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Digestion.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DigestionTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Modification.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/PeptideTest.cpp... @@ -20022,9 +20040,21 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ProteomeDataFileTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ProteomeDataTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... @@ -20118,9 +20148,9 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -20198,6 +20228,12 @@ Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/virtual_map.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp... Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabaseTest.cpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... +Generating code for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating file documentation... Generating docs for file mainpage.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/chromatogram_processing/ChromatogramList_Filter.hpp... @@ -20379,12 +20415,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactory.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/SpectrumListFactoryTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/spectrum_processing/ThresholdFilter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/BinaryIndexStream.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/BinaryIndexStreamTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/cv.hpp... @@ -20402,22 +20432,16 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/ParamTypesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/Unimod.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/common/UnimodTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimReader.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DelimWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ExtendedReadTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentData.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IdentDataTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IO.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IO.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command '@time' +/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command '@id' +/IO.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/IO.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/IOTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/IOTest.cpp... @@ -20428,14 +20452,6 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/MzidPredicates.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdent.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Pep2MzIdentTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/References.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/References.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/References.hpp... @@ -20443,19 +20459,13 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReferencesTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid.hpp... -Generating docs for file //build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command '@time' -/build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command '@id' -build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_mzid_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_pepXML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_protXML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Serializer_Text_Test.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParameters.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/CalibrationParametersTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/FrequencyData.hpp... @@ -20516,8 +20526,16 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/SpectrumWorkerThreads.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcid.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/AminoAcidTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DefaultReaderList.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/DefaultReaderList.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Digestion.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/DigestionTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/examples.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/examples.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Modification.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Peptide.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/PeptideTest.cpp... @@ -20529,9 +20547,21 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ProteomeDataFile.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ProteomeDataFileTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ProteomeDataTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Reader.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Reader_FASTA.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/ReaderTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/ReaderTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Serializer_FASTA_Test.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/TextWriter.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TextWriter.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Serializer_traML_Test.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/TraData.hpp... @@ -20625,9 +20655,9 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2densetest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinbinwithtest.cpp... -Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erf.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/erfTest.cpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/math/HouseholderQR.hpp... @@ -20705,6 +20735,12 @@ Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/misc/virtual_map.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabase.hpp... Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/proteome/IPIFASTADatabaseTest.cpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/analysis/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/identdata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/msdata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/proteome/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/tradata/Version.hpp... +Generating docs for file /build/reproducible-path/libpwiz-3.0.18342/pwiz/Version.hpp... Generating page documentation... Generating group documentation... Generating class documentation... @@ -21777,12 +21813,14 @@ dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) dpkg-genchanges: info: not including original source code in upload I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/2589707/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/1376602 and its subdirectories -I: Current time: Fri Oct 30 18:45:45 -12 2026 -I: pbuilder-time-stamp: 1793429145 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/2589707 and its subdirectories +I: Current time: Sun Sep 28 15:54:08 +14 2025 +I: pbuilder-time-stamp: 1759024448