Diff of the two buildlogs: -- --- b1/build.log 2020-08-10 21:03:06.518851002 +0000 +++ b2/build.log 2020-08-10 23:22:01.614611843 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ I: pbuilder: network access will be disabled during build -I: Current time: Sun Sep 12 13:26:03 -12 2021 -I: pbuilder-time-stamp: 1631496363 +I: Current time: Tue Aug 11 11:03:26 +14 2020 +I: pbuilder-time-stamp: 1597093406 I: Building the build Environment I: extracting base tarball [/var/cache/pbuilder/buster-reproducible-base.tgz] I: copying local configuration @@ -17,7 +17,7 @@ I: Extracting source gpgv: unknown type of key resource 'trustedkeys.kbx' gpgv: keyblock resource '/var/lib/jenkins/.gnupg/trustedkeys.kbx': General error -gpgv: Signature made Fri Feb 1 11:25:12 2019 -12 +gpgv: Signature made Sat Feb 2 13:25:12 2019 +14 gpgv: using RSA key B053304E17D6D419DD9B465141AB484D7694CF42 gpgv: Can't check signature: No public key dpkg-source: warning: failed to verify signature on ./libpwiz_3.0.18342-2.dsc @@ -26,136 +26,170 @@ dpkg-source: info: unpacking libpwiz_3.0.18342-2.debian.tar.xz I: using fakeroot in build. I: Installing the build-deps -I: user script /srv/workspace/pbuilder/28877/tmp/hooks/D02_print_environment starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/28136/tmp/hooks/D01_modify_environment starting +debug: Running on codethink-sled12-arm64. +I: Changing host+domainname to test build reproducibility +I: Adding a custom variable just for the fun of it... +I: Changing /bin/sh to bash +Removing 'diversion of /bin/sh to /bin/sh.distrib by dash' +Adding 'diversion of /bin/sh to /bin/sh.distrib by bash' +Removing 'diversion of /usr/share/man/man1/sh.1.gz to /usr/share/man/man1/sh.distrib.1.gz by dash' +Adding 'diversion of /usr/share/man/man1/sh.1.gz to /usr/share/man/man1/sh.distrib.1.gz by bash' +I: Setting pbuilder2's login shell to /bin/bash +I: Setting pbuilder2's GECOS to second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other +I: user script /srv/workspace/pbuilder/28136/tmp/hooks/D01_modify_environment finished +I: user script /srv/workspace/pbuilder/28136/tmp/hooks/D02_print_environment starting I: set - BUILDDIR='/build' - BUILDUSERGECOS='first user,first room,first work-phone,first home-phone,first other' - BUILDUSERNAME='pbuilder1' - BUILD_ARCH='arm64' - DEBIAN_FRONTEND='noninteractive' + BASH=/bin/sh + BASHOPTS=checkwinsize:cmdhist:complete_fullquote:extquote:force_fignore:globasciiranges:hostcomplete:interactive_comments:progcomp:promptvars:sourcepath + BASH_ALIASES=() + BASH_ARGC=() + BASH_ARGV=() + BASH_CMDS=() + BASH_LINENO=([0]="12" [1]="0") + BASH_SOURCE=([0]="/tmp/hooks/D02_print_environment" [1]="/tmp/hooks/D02_print_environment") + BASH_VERSINFO=([0]="5" [1]="0" [2]="3" [3]="1" [4]="release" [5]="aarch64-unknown-linux-gnu") + BASH_VERSION='5.0.3(1)-release' + BUILDDIR=/build + BUILDUSERGECOS='second user,second room,second work-phone,second home-phone,second other' + BUILDUSERNAME=pbuilder2 + BUILD_ARCH=arm64 + DEBIAN_FRONTEND=noninteractive DEB_BUILD_OPTIONS='buildinfo=+all reproducible=+all 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previously unselected package libbsd0:arm64. (Reading database ... (Reading database ... 5% (Reading database ... 10% (Reading database ... 15% (Reading database ... 20% (Reading database ... 25% (Reading database ... 30% (Reading database ... 35% (Reading database ... 40% (Reading database ... 45% (Reading database ... 50% (Reading database ... 55% (Reading database ... 60% (Reading database ... 65% (Reading database ... 70% (Reading database ... 75% (Reading database ... 80% (Reading database ... 85% (Reading database ... 90% (Reading database ... 95% (Reading database ... 100% (Reading database ... 19168 files and directories currently installed.) @@ -935,7 +969,7 @@ fakeroot is already the newest version (1.23-1). 0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. 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pwiz/analysis/peakdetect/FeatureDetector.hpp:27, @@ -1621,137 +1655,137 @@ pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.hpp:94:8: warning: 'pwiz::analysis::MZRTField' has a base 'std::set, pwiz::analysis::{anonymous}::LessThan_MZRT, std::allocator > >' whose type uses the anonymous namespace [-Wsubobject-linkage] libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 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pwiz/analysis/peakdetect/MZRTField.hpp:94:8: warning: 'pwiz::analysis::MZRTField' has a base 'std::set, pwiz::analysis::{anonymous}::LessThan_MZRT, std::allocator > >' whose type uses the anonymous namespace [-Wsubobject-linkage] libtool: compile: g++ -DPACKAGE_NAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_TARNAME=\"libpwiz\" -DPACKAGE_VERSION=\"3.0.18344\" "-DPACKAGE_STRING=\"libpwiz 3.0.18344\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"proteowizard-support@lists.sourceforge.net\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"libpwiz\" -DVERSION=\"3.0.18344\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_IOCTL_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE__BOOL=1 -Drestrict=__restrict 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-3257,48 +3291,48 @@ pwiz_tools/commandline/idconvert.cpp:543:50: warning: macro "__TIME__" might prevent reproducible builds [-Wdate-time] << "Build date: " << __DATE__ << " " << __TIME__ << endl; ^~~~~~~~ -/bin/bash ./libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o idconvert pwiz_tools/commandline/idconvert.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong 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-lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono +/bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=link g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -o write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o libpwiz.la -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -lboost_thread -lboost_system -pthread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono libtool: link: g++ -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/libpwiz-3.0.18342=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z -Wl,relro -Wl,-z -Wl,now -o .libs/write_traml_example_files ./pwiz_tools/examples/write_traml_example_files.o -pthread -pthread -L/usr/lib/aarch64-linux-gnu ./.libs/libpwiz.so -lboost_thread -lboost_filesystem -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -lboost_iostreams -lboost_date_time -lboost_program_options -lboost_chrono -pthread make[1]: Leaving directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -3308,7 +3342,7 @@ libtool: install: ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -3522,10 +3556,10 @@ debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/breakspec.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp -debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bucket1d.hpp -debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bin1d.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp +debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bucket1d.hpp +debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bin1d.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/base/copyif.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp @@ -3549,6 +3583,15 @@ debian/build/pwiz/utility/math/erf.hpp debian/build/pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.hpp debian/build/pwiz/utility/minimxml/SAXParser.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/DataFilter.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/Smoother.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.hpp 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Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! -sh: 1: dvips: not found +sh: dvips: command not found error: Problems running dvips. Check your installation! /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command `\time' /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command `\id' @@ -7150,7 +7184,7 @@ make[1]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' make[2]: Entering directory '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c libpwiz.la '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libpwiz.so.3.0.0 /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3 || { rm -f libpwiz.so.3 && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so.3; }; }) libtool: install: (cd /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib && { ln -s -f libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so || { rm -f libpwiz.so && ln -s libpwiz.so.3.0.0 libpwiz.so; }; }) @@ -7160,7 +7194,7 @@ libtool: install: ranlib /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.a libtool: warning: remember to run 'libtool --finish /usr/lib' /bin/mkdir -p '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' - /bin/bash ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' + /bin/sh ./libtool --mode=install /usr/bin/install -c txt2mzml msconvert mscat hello_analyzer_2 idconvert write_example_files hello_msdata write_mzid_example_files hello_analyzer write_proteome_example_files pepcat write_traml_example_files '/build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin' libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/txt2mzml /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/bin/txt2mzml libtool: warning: 'libpwiz.la' has not been installed in '/usr/lib' @@ -7374,10 +7408,10 @@ debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/breakspec.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/determinebinwidth.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/convert2dense.hpp -debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bucket1d.hpp -debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bin1d.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/utilities/determinebinwidth.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/masscomparefunctors.hpp +debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bucket1d.hpp +debian/build/pwiz/utility/findmf/base/resample/bin1d.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/base/base.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/base/copyif.hpp debian/build/pwiz/utility/findmf/base/base/utilities/base.hpp @@ -7401,6 +7435,15 @@ debian/build/pwiz/utility/math/erf.hpp debian/build/pwiz/utility/minimxml/XMLWriter.hpp debian/build/pwiz/utility/minimxml/SAXParser.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/ExtraZeroSamplesFilter.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/ZeroSampleFiller.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/SavitzkyGolaySmoother.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/PeakDetector.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/DataFilter.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/WhittakerSmoother.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/LocalMaximumPeakDetector.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/Smoother.hpp +debian/build/pwiz/analysis/common/CwtPeakDetector.hpp debian/build/pwiz/analysis/demux/DemuxDebugWriter.hpp debian/build/pwiz/analysis/demux/DemuxDebugReader.hpp debian/build/pwiz/analysis/demux/CubicHermiteSpline.hpp @@ -7416,21 +7459,11 @@ debian/build/pwiz/analysis/demux/DemuxHelpers.hpp debian/build/pwiz/analysis/demux/DemuxSolver.hpp debian/build/pwiz/analysis/demux/DemuxTypes.hpp 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usr/share/doc/libpwiz-dev/changelog.Debian cd '/build/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/libpwiz-3.0.18342' cd '/build/libpwiz-3.0.18342' @@ -7676,7 +7710,7 @@ dpkg-gensymbols: debug: Merging symbols from /build/libpwiz-3.0.18342/debian/build/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 as libpwiz.so.3 dpkg-gensymbols: debug: Storing symbols in /build/libpwiz-3.0.18342/debian/libpwiz3/DEBIAN/symbols. --- new_symbol_file (libpwiz3_3.0.0_arm64) -+++ dpkg-gensymbolsqpcTBR 2021-09-12 15:24:46.785220460 -1200 ++++ dpkg-gensymbols67Y9o7 2020-08-11 13:20:29.885751416 +1400 @@ -0,0 +1,13094 @@ +libpwiz.so.3 libpwiz3 #MINVER# + PERSON_DOC_OWNER@Base 3.0.0 @@ -20783,8 +20817,8 @@ find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz3/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type f -a -true -a ! -regex 'debian/libpwiz-tools/usr/share/doc/[^/]*/examples/.*' -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 - find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz-tools/usr/share/doc -type d -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0755 + find debian/libpwiz-dev ! -type l -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod go=rX,u+rw,a-s find debian/libpwiz3/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz-tools/usr/share/man -type f -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 find debian/libpwiz3 -type f \( -name '*.so.*' -o -name '*.so' -o -name '*.la' -o -name '*.a' -o -name '*.js' -o -name '*.css' -o -name '*.scss' -o -name '*.sass' -o -name '*.jpeg' -o -name '*.jpg' -o -name '*.png' -o -name '*.gif' -o -name '*.cmxs' -o -name '*.node' \) -a -true -a -true -print0 2>/dev/null | xargs -0r chmod 0644 @@ -20808,53 +20842,53 @@ dpkg-shlibdeps -Tdebian/libpwiz-tools.substvars debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead dpkg-shlibdeps: warning: deprecated use of LD_LIBRARY_PATH with private library directory which interferes with cross-building, please use -l option instead -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol uncompress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_init used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_destroy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compressBound used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_settype used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol compress used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_condattr_setclock used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateInit2_ used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateCopy used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateReset used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflate used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries -dpkg-shlibdeps: warning: symbol pthread_mutexattr_init used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol crc32 used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries +dpkg-shlibdeps: warning: symbol inflateEnd used by debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 found in none of the libraries dpkg-shlibdeps: warning: 3 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all) dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 was not linked against libboost_regex.so.1.67.0 (it uses none of the library's symbols) dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz3/usr/lib/libpwiz.so.3.0.0 was not linked against libboost_date_time.so.1.67.0 (it uses none of the library's symbols) -dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat were not linked against libboost_chrono.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) -dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat were not linked against libboost_regex.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) -dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat were not linked against libboost_thread.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) -dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat were not linked against libboost_serialization.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) -dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat were not linked against libboost_iostreams.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) -dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat were not linked against libboost_date_time.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) +dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert were not linked against libboost_thread.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) +dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert were not linked against libboost_chrono.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) +dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert were not linked against libboost_iostreams.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) +dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert were not linked against libboost_serialization.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) +dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert were not linked against libboost_date_time.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) +dpkg-shlibdeps: warning: package could avoid a useless dependency if debian/libpwiz-tools/usr/bin/txt2mzml debian/libpwiz-tools/usr/bin/mscat debian/libpwiz-tools/usr/bin/idconvert debian/libpwiz-tools/usr/bin/msconvert were not linked against libboost_regex.so.1.67.0 (they use none of the library's symbols) dh_gencontrol -a echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-dev.substvars dpkg-gencontrol -plibpwiz-dev -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-dev.substvars -Pdebian/libpwiz-dev -UMulti-Arch - echo misc:Depends= >> debian/libpwiz3.substvars - echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3.substvars - install -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN - dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -DAuto-Built-Package=debug-symbols -DPackage=libpwiz3-dbgsym "-DDepends=libpwiz3 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3" -DBuild-Ids=50325e0346dfbe722aa853ddc0c02a751856c5e5 -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks echo misc:Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz-tools.substvars install -d debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -DAuto-Built-Package=debug-symbols -DPackage=libpwiz-tools-dbgsym "-DDepends=libpwiz-tools (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz-tools" "-DBuild-Ids=6b0d1197379dfd2d52ceb1e26ae872daecd66162 b7ff8e26db37a8d701e55bf58c952e9122ac004a ca5fee4d7d3ab9126e977c62845384cec08c5666 cc0307389b094dfeb31316542fb6c2ababdfe6b6" -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks -dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libpwiz-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined + echo misc:Depends= >> debian/libpwiz3.substvars + echo misc:Pre-Depends= >> debian/libpwiz3.substvars + install -d debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN + dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root -UPre-Depends -URecommends -USuggests -UEnhances -UProvides -UEssential -UConflicts -DPriority=optional -UHomepage -UImportant -DAuto-Built-Package=debug-symbols -DPackage=libpwiz3-dbgsym "-DDepends=libpwiz3 (= \${binary:Version})" "-DDescription=debug symbols for libpwiz3" -DBuild-Ids=50325e0346dfbe722aa853ddc0c02a751856c5e5 -DSection=debug -UMulti-Arch -UReplaces -UBreaks chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz3 -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz3.substvars -Pdebian/libpwiz3 -UMulti-Arch - chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control - chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root/DEBIAN/control dpkg-gencontrol -plibpwiz-tools -ldebian/changelog -Tdebian/libpwiz-tools.substvars -Pdebian/libpwiz-tools -UMulti-Arch +dpkg-gencontrol: warning: Depends field of package libpwiz-dev: substitution variable ${shlibs:Depends} used, but is not defined + chmod 0644 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control + chown 0:0 -- debian/libpwiz-dev/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz3/DEBIAN/control chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/control dh_md5sums -a - cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/libpwiz3 >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums + cd debian/libpwiz-tools >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums cd debian/libpwiz-dev >/dev/null && xargs -r0 md5sum | perl -pe 'if (s@^\\@@) { s/\\\\/\\/g; }' > DEBIAN/md5sums chmod 0644 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums chown 0:0 -- debian/libpwiz-tools/DEBIAN/md5sums @@ -20871,14 +20905,14 @@ dh_builddeb -a dpkg-deb --build debian/libpwiz-dev .. dpkg-deb --build debian/libpwiz3 .. - dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. - dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz-tools/dbgsym-root .. + dpkg-deb --build debian/.debhelper/libpwiz3/dbgsym-root .. + dpkg-deb --build debian/libpwiz-tools .. dpkg-deb: building package 'libpwiz-dev' in '../libpwiz-dev_3.0.18342-2_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3' in '../libpwiz3_3.0.18342-2_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz3-dbgsym' in '../libpwiz3-dbgsym_3.0.18342-2_arm64.deb'. -dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-2_arm64.deb'. dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools-dbgsym' in '../libpwiz-tools-dbgsym_3.0.18342-2_arm64.deb'. +dpkg-deb: building package 'libpwiz-tools' in '../libpwiz-tools_3.0.18342-2_arm64.deb'. entering the build-indep-stamp target cd doc/dox && doxygen warning: Tag `USE_WINDOWS_ENCODING' at line 11 of file `Doxyfile' has become obsolete. @@ -24014,9 +24048,9 @@ /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/utility/findmf/base/base/scale.hpp:77: warning: The following parameters of ralab::base::stats::scale(InputIterator begin, InputIterator end, std::pair< typename std::iterator_traits< InputIterator >::value_type, typename std::iterator_traits< InputIterator >::value_type > &scaled, bool center=true, bool scale=true) are not documented: parameter 'begin' parameter 'end' -sh: 1: latex: not found +sh: latex: command not found error: Problems running latex. Check your installation or look for typos in _formulas.tex and check _formulas.log! -sh: 1: dvips: not found +sh: dvips: command not found error: Problems running dvips. Check your installation! /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:470: warning: Found unknown command `\time' /build/libpwiz-3.0.18342/pwiz/data/misc/MinimumPepXML.hpp:471: warning: Found unknown command `\id' @@ -24129,12 +24163,14 @@ dpkg-source --after-build . dpkg-buildpackage: info: binary-only upload (no source included) I: copying local configuration +I: user script /srv/workspace/pbuilder/28136/tmp/hooks/B01_cleanup starting +I: user script /srv/workspace/pbuilder/28136/tmp/hooks/B01_cleanup finished I: unmounting dev/ptmx filesystem I: unmounting dev/pts filesystem I: unmounting dev/shm filesystem I: unmounting proc filesystem I: unmounting sys filesystem I: cleaning the build env -I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/28877 and its subdirectories -I: Current time: Sun Sep 12 15:26:04 -12 2021 -I: pbuilder-time-stamp: 1631503564 +I: removing directory /srv/workspace/pbuilder/28136 and its subdirectories +I: Current time: Tue Aug 11 13:21:59 +14 2020 +I: pbuilder-time-stamp: 1597101719