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Computation times

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_c_o_n_f_i_d_e_n_c_e_ _i_n_t_e_r_v_a_l_s | │ │ │ │ │ * _b_o_u_n_d_s | │ │ │ │ │ * _c_o_n_s_t_r_a_i_n_t_s ] │ │ │ │ │ ******** QQuuiicckk sseeaarrcchh ******** │ │ │ │ │ [q ][Go] │ │ │ │ │ ************ CCoommppuuttaattiioonn ttiimmeess_?¶ ************ │ │ │ │ │ -0022::0099..669977 total execution time for eexxaammpplleess files: │ │ │ │ │ -_C_a_l_c_u_l_a_t_e_ _C_o_n_f_i_d_e_n_c_e_ _I_n_t_e_r_v_a_l_s 01:06.316 0.0 MB │ │ │ │ │ -(example_confidence_interval.py) │ │ │ │ │ -_G_l_o_b_a_l_ _m_i_n_i_m_i_z_a_t_i_o_n_ _u_s_i_n_g_ _t_h_e_ _b_r_u_t_e_ _m_e_t_h_o_d_ _(_a_._k_._a_._ _g_r_i_d 00:48.349 0.0 MB │ │ │ │ │ +0044::5533..224455 total execution time for eexxaammpplleess files: │ │ │ │ │ +_G_l_o_b_a_l_ _m_i_n_i_m_i_z_a_t_i_o_n_ _u_s_i_n_g_ _t_h_e_ _b_r_u_t_e_ _m_e_t_h_o_d_ _(_a_._k_._a_._ _g_r_i_d 03:10.627 0.0 MB │ │ │ │ │ _s_e_a_r_c_h_) (example_brute.py) │ │ │ │ │ -_F_i_t_ _T_w_o_ _D_i_m_e_n_s_i_o_n_a_l_ _P_e_a_k_s (example_two_dimensional_peak.py) 00:03.961 0.0 MB │ │ │ │ │ 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"806": [9, 24], │ │ │ │ │ "example_detect_outli": [9, 24], │ │ │ │ │ "resid": [10, 12, 17, 22, 25, 26, 30], │ │ │ │ │ "ydata": [10, 17], │ │ │ │ │ "offset": [10, 17, 25], │ │ │ │ │ "y_model": [10, 17], │ │ │ │ │ "yn": [10, 17, 18], │ │ │ │ │ "450": 10, │ │ │ │ │ @@ -1906,24 +1905,24 @@ │ │ │ │ │ "98700839": 10, │ │ │ │ │ "02079709": 10, │ │ │ │ │ "52": [10, 11, 13], │ │ │ │ │ "80253587": 10, │ │ │ │ │ "19401928": 10, │ │ │ │ │ "76279753": 10, │ │ │ │ │ "04073348": 10, │ │ │ │ │ - "06": [10, 24], │ │ │ │ │ + "06": 10, │ │ │ │ │ "7550": 10, │ │ │ │ │ "o2": [10, 17], │ │ │ │ │ "1425": 10, │ │ │ │ │ "96333133": 10, │ │ │ │ │ "98700854": 10, │ │ │ │ │ "80252616": 10, │ │ │ │ │ "76284495": 10, │ │ │ │ │ "diffev": 10, │ │ │ │ │ - "652": [10, 24], │ │ │ │ │ + "169": [10, 24], │ │ │ │ │ "example_diffev": [10, 24], │ │ │ │ │ "builtin_model": 11, │ │ │ │ │ "201": 11, │ │ │ │ │ "cen": [11, 12, 30, 31], │ │ │ │ │ "gmod": 11, │ │ │ │ │ "_eval": 11, │ │ │ │ │ "01951689": 11, │ │ │ │ │ @@ -1938,15 +1937,15 @@ │ │ │ │ │ "80121155": 11, │ │ │ │ │ "6847e": 11, │ │ │ │ │ "50029616": 11, │ │ │ │ │ "6848e": 11, │ │ │ │ │ "5774": 11, │ │ │ │ │ "init_fit": [11, 30, 33], │ │ │ │ │ "best_fit": [11, 13, 16, 30], │ │ │ │ │ - "355": [11, 24], │ │ │ │ │ + "628": [11, 24], │ │ │ │ │ "example_expression_model": [11, 24], │ │ │ │ │ "simultan": [12, 25], │ │ │ │ │ "flatten": [12, 25, 26], │ │ │ │ │ "interfac": [12, 21, 24, 27, 30], │ │ │ │ │ "gauss": [12, 22], │ │ │ │ │ "gauss_dataset": 12, │ │ │ │ │ "amp_": 12, │ │ │ │ │ @@ -2006,15 +2005,15 @@ │ │ │ │ │ "2968": 12, │ │ │ │ │ "2919": 12, │ │ │ │ │ "2664": 12, │ │ │ │ │ "2575": 12, │ │ │ │ │ "1111": 12, │ │ │ │ │ "1092": 12, │ │ │ │ │ "y_fit": 12, │ │ │ │ │ - "393": [12, 24], │ │ │ │ │ + "749": [12, 24, 33], │ │ │ │ │ "example_fit_multi_dataset": [12, 24], │ │ │ │ │ "601": [13, 16], │ │ │ │ │ "g_": 13, │ │ │ │ │ "l_": 13, │ │ │ │ │ "line_": 13, │ │ │ │ │ "g_amplitud": 13, │ │ │ │ │ "g_center": 13, │ │ │ │ │ @@ -2082,15 +2081,15 @@ │ │ │ │ │ "6115": 13, │ │ │ │ │ "5883": 13, │ │ │ │ │ "4115": 13, │ │ │ │ │ "3868": 13, │ │ │ │ │ "1834": 13, │ │ │ │ │ "1825": 13, │ │ │ │ │ "1739": 13, │ │ │ │ │ - "390": [13, 24], │ │ │ │ │ + "726": [13, 20, 24], │ │ │ │ │ "example_fit_with_algebraic_constraint": [13, 24], │ │ │ │ │ "advantag": [14, 26, 30], │ │ │ │ │ "underli": [14, 26, 29, 30, 33], │ │ │ │ │ "4321": 14, │ │ │ │ │ "12345": 14, │ │ │ │ │ "1500": 14, │ │ │ │ │ "modelpar": [14, 26, 30], │ │ │ │ │ @@ -2114,15 +2113,15 @@ │ │ │ │ │ "0000": 14, │ │ │ │ │ "0700": 14, │ │ │ │ │ "0870": 14, │ │ │ │ │ "5757": 14, │ │ │ │ │ "7999": 14, │ │ │ │ │ "0404": 14, │ │ │ │ │ "0502": 14, │ │ │ │ │ - "384": [14, 24], │ │ │ │ │ + "706": [14, 24, 33], │ │ │ │ │ "example_fit_with_bound": [14, 24], │ │ │ │ │ "analyt": 15, │ │ │ │ │ "speed": 15, │ │ │ │ │ "procedur": 15, │ │ │ │ │ "dfunc": 15, │ │ │ │ │ "ones": [15, 33], │ │ │ │ │ "var": 15, │ │ │ │ │ @@ -2139,15 +2138,15 @@ │ │ │ │ │ "nfev": [15, 26, 30, 33], │ │ │ │ │ "4f": 15, │ │ │ │ │ "39": [15, 20], │ │ │ │ │ "0920": 15, │ │ │ │ │ "5635": 15, │ │ │ │ │ "3585": 15, │ │ │ │ │ "8241": 15, │ │ │ │ │ - "352": [15, 24], │ │ │ │ │ + "642": [15, 24, 33], │ │ │ │ │ "example_fit_with_derivfunc": [15, 24], │ │ │ │ │ "amp_g": 16, │ │ │ │ │ "cen_g": 16, │ │ │ │ │ "wid_g": 16, │ │ │ │ │ "amp_l": 16, │ │ │ │ │ "cen_l": 16, │ │ │ │ │ "wid_l": 16, │ │ │ │ │ @@ -2171,15 +2170,15 @@ │ │ │ │ │ "3796": 16, │ │ │ │ │ "3445": 16, │ │ │ │ │ "2951": 16, │ │ │ │ │ "2761": 16, │ │ │ │ │ "1936": 16, │ │ │ │ │ "1651": 16, │ │ │ │ │ "1546": 16, │ │ │ │ │ - "363": [16, 24], │ │ │ │ │ + "657": [16, 24, 33], │ │ │ │ │ "example_fit_with_inequ": [16, 24], │ │ │ │ │ "reduce_fcn": [17, 26, 33], │ │ │ │ │ "scalar": [17, 25, 26, 28, 29, 31, 33], │ │ │ │ │ "negentropi": [17, 26], │ │ │ │ │ "neglogcauchi": [17, 26], │ │ │ │ │ "bfg": [17, 26, 33], │ │ │ │ │ "130": 17, │ │ │ │ │ @@ -2197,15 +2196,15 @@ │ │ │ │ │ "103": 17, │ │ │ │ │ "436571": 17, │ │ │ │ │ "9760891": 17, │ │ │ │ │ "02005976": 17, │ │ │ │ │ "98224425": 17, │ │ │ │ │ "83231419": 17, │ │ │ │ │ "77327527": 17, │ │ │ │ │ - "431": [17, 24], │ │ │ │ │ + "780": [17, 24], │ │ │ │ │ "example_reduce_fcn": [17, 24], │ │ │ │ │ "sympy_pars": 18, │ │ │ │ │ "gauss_peak1": 18, │ │ │ │ │ "parse_expr": 18, │ │ │ │ │ "xc1": 18, │ │ │ │ │ "gauss_peak2": 18, │ │ │ │ │ "xc2": 18, │ │ │ │ │ @@ -2223,15 +2222,15 @@ │ │ │ │ │ "nice": [18, 30], │ │ │ │ │ "substitut": [18, 28], │ │ │ │ │ "model2": [18, 25], │ │ │ │ │ "sub": [18, 30], │ │ │ │ │ "model2_func": 18, │ │ │ │ │ "param2_valu": 18, │ │ │ │ │ "res2": 18, │ │ │ │ │ - "618": [18, 24], │ │ │ │ │ + "638": [18, 24], │ │ │ │ │ "example_sympi": [18, 24], │ │ │ │ │ "griddata": 19, │ │ │ │ │ "gaussian2d": 19, │ │ │ │ │ "experiment": [19, 22, 26, 33], │ │ │ │ │ "irregularli": 19, │ │ │ │ │ "npoint": 19, │ │ │ │ │ "onto": 19, │ │ │ │ │ @@ -2316,15 +2315,15 @@ │ │ │ │ │ "11741198": 19, │ │ │ │ │ "02190772": 19, │ │ │ │ │ "48130689": 19, │ │ │ │ │ "01542118": 19, │ │ │ │ │ "5767": 19, │ │ │ │ │ "3342": 19, │ │ │ │ │ "3046": 19, │ │ │ │ │ - "961": [19, 24], │ │ │ │ │ + "646": [19, 24, 33], │ │ │ │ │ "example_two_dimensional_peak": [19, 24], │ │ │ │ │ "read": [20, 28, 30, 31, 33], │ │ │ │ │ "element": [20, 26, 30, 33], │ │ │ │ │ "pd": 20, │ │ │ │ │ "dframe": 20, │ │ │ │ │ "read_csv": 20, │ │ │ │ │ "csv": 20, │ │ │ │ │ @@ -2342,15 +2341,14 @@ │ │ │ │ │ "15503770": 20, │ │ │ │ │ "02603721": 20, │ │ │ │ │ "31007537": 20, │ │ │ │ │ "05207442": 20, │ │ │ │ │ "7899573": 20, │ │ │ │ │ "17160652": 20, │ │ │ │ │ "7087": 20, │ │ │ │ │ - "402": [20, 24], │ │ │ │ │ "example_use_panda": [20, 24], │ │ │ │ │ "guid": 21, │ │ │ │ │ "guidelin": 21, │ │ │ │ │ "yet": 21, │ │ │ │ │ "datafram": [21, 24, 26, 30], │ │ │ │ │ "differential_evolut": [21, 22, 24, 26, 28, 33], │ │ │ │ │ "sympi": [21, 24, 28, 33], │ │ │ │ │ @@ -2447,18 +2445,19 @@ │ │ │ │ │ "nmaximum": 23, │ │ │ │ │ "mle": [23, 26], │ │ │ │ │ "ix": 23, │ │ │ │ │ "percentil": [23, 26], │ │ │ │ │ "n1": 23, │ │ │ │ │ "spread": 23, │ │ │ │ │ "nodoc_example_emcee_model_interfac": [23, 24], │ │ │ │ │ - "09": 24, │ │ │ │ │ - "697": 24, │ │ │ │ │ + "53": 24, │ │ │ │ │ + "245": 24, │ │ │ │ │ "execut": [24, 26], │ │ │ │ │ "mb": 24, │ │ │ │ │ + "09": 24, │ │ │ │ │ "widget": 25, │ │ │ │ │ "dropdown": 25, │ │ │ │ │ "importerror": 25, │ │ │ │ │ "No": [25, 26], │ │ │ │ │ "ipywidget": 25, │ │ │ │ │ "routin": [25, 26, 30, 31, 33], │ │ │ │ │ "calculate_multidim_residu": 25, │ │ │ │ │ @@ -3383,15 +3382,14 @@ │ │ │ │ │ "710": 33, │ │ │ │ │ "732": 33, │ │ │ │ │ "kremey": 33, │ │ │ │ │ "737": 33, │ │ │ │ │ "739": 33, │ │ │ │ │ "740": 33, │ │ │ │ │ "giammar": 33, │ │ │ │ │ - "749": 33, │ │ │ │ │ "olivi": 33, │ │ │ │ │ "versu": 33, │ │ │ │ │ "751": 33, │ │ │ │ │ "andr\u00e9": 33, │ │ │ │ │ "zelcer": 33, │ │ │ │ │ "684": 33, │ │ │ │ │ "754": 33, │ │ │ │ │ @@ -3429,29 +3427,26 @@ │ │ │ │ │ "730": 33, │ │ │ │ │ "test_manypeaks_spe": 33, │ │ │ │ │ "intermitt": 33, │ │ │ │ │ "745": 33, │ │ │ │ │ "resolut": 33, │ │ │ │ │ "753": 33, │ │ │ │ │ "759": 33, │ │ │ │ │ - "642": 33, │ │ │ │ │ "mpmdean": 33, │ │ │ │ │ "regist": 33, │ │ │ │ │ "lmfit_model": 33, │ │ │ │ │ "valid_form": 33, │ │ │ │ │ "663": 33, │ │ │ │ │ "676": 33, │ │ │ │ │ "694": 33, │ │ │ │ │ "rbnvrw": 33, │ │ │ │ │ - "646": 33, │ │ │ │ │ "644": 33, │ │ │ │ │ "645": 33, │ │ │ │ │ "yoshierahuang": 33, │ │ │ │ │ "655": 33, │ │ │ │ │ - "657": 33, │ │ │ │ │ "helper": 33, │ │ │ │ │ "not_zero": 33, │ │ │ │ │ "zerodivisionerror": 33, │ │ │ │ │ "631": 33, │ │ │ │ │ "664": 33, │ │ │ │ │ "last_internal_valu": 33, │ │ │ │ │ "667": 33, │ │ │ │ │ @@ -3459,15 +3454,14 @@ │ │ │ │ │ "677": 33, │ │ │ │ │ "678": 33, │ │ │ │ │ "leonfok": 33, │ │ │ │ │ "681": 33, │ │ │ │ │ "mstimberg": 33, │ │ │ │ │ "696": 33, │ │ │ │ │ "assur": 33, │ │ │ │ │ - "706": 33, │ │ │ │ │ "688": 33, │ │ │ │ │ "693": 33, │ │ │ │ │ "coverag": 33, │ │ │ │ │ "647": 33, │ │ │ │ │ "649": 33, │ │ │ │ │ "650": 33, │ │ │ │ │ "653": 33, │ │ │ │ │ @@ -3506,15 +3500,14 @@ │ │ │ │ │ "610": 33, │ │ │ │ │ "maxfev": 33, │ │ │ │ │ "emit": 33, │ │ │ │ │ "__setstate__": 33, │ │ │ │ │ "611": 33, │ │ │ │ │ "623": 33, │ │ │ │ │ "guess_from_peak": 33, │ │ │ │ │ - "627": 33, │ │ │ │ │ "629": 33, │ │ │ │ │ "636": 33, │ │ │ │ │ "637": 33, │ │ │ │ │ "jkrogag": 33, │ │ │ │ │ "py2": 33, │ │ │ │ │ "compat": 33, │ │ │ │ │ "619": 33, │ │ │ │ │ @@ -3540,14 +3533,15 @@ │ │ │ │ │ "589": 33, │ │ │ │ │ "593": 33, │ │ │ │ │ "595": 33, │ │ │ │ │ "count": 33, │ │ │ │ │ "597": 33, │ │ │ │ │ "598": 33, │ │ │ │ │ "599": 33, │ │ │ │ │ + "600": 33, │ │ │ │ │ "refactor": 33, │ │ │ │ │ "prob_bunc": 33, │ │ │ │ │ "604": 33, │ │ │ │ │ "607": 33, │ │ │ │ │ "608": 33, │ │ │ │ │ "gbouvigni": 33, │ │ │ │ │ "bump": 33, │ │ │ │ │ @@ -3567,27 +3561,29 @@ │ │ │ │ │ "564": 33, │ │ │ │ │ "549": 33, │ │ │ │ │ "guard": 33, │ │ │ │ │ "divis": 33, │ │ │ │ │ "553": 33, │ │ │ │ │ "554": 33, │ │ │ │ │ "558": 33, │ │ │ │ │ + "560": 33, │ │ │ │ │ "561": 33, │ │ │ │ │ "567": 33, │ │ │ │ │ "569": 33, │ │ │ │ │ "py3": 33, │ │ │ │ │ "570": 33, │ │ │ │ │ "576": 33, │ │ │ │ │ "578": 33, │ │ │ │ │ "579": 33, │ │ │ │ │ "565": 33, │ │ │ │ │ "573": 33, │ │ │ │ │ "575": 33, │ │ │ │ │ "574": 33, │ │ │ │ │ "583": 33, │ │ │ │ │ + "572": 33, │ │ │ │ │ "585": 33, │ │ │ │ │ "586": 33, │ │ │ │ │ "584": 33, │ │ │ │ │ "clearer": 33, │ │ │ │ │ "examin": 33, │ │ │ │ │ "521": 33, │ │ │ │ │ "543": 33, │ │ ├── xz --list │ │ │ @@ -1,13 +1,13 @@ │ │ │ Streams: 1 │ │ │ Blocks: 1 │ │ │ - Compressed size: 5319.3 KiB (5446940 B) │ │ │ + Compressed size: 5319.3 KiB (5446932 B) │ │ │ Uncompressed size: 8320.0 KiB (8519680 B) │ │ │ Ratio: 0.639 │ │ │ Check: CRC64 │ │ │ Stream Padding: 0 B │ │ │ Streams: │ │ │ Stream Blocks CompOffset UncompOffset CompSize UncompSize Ratio Check Padding │ │ │ - 1 1 0 0 5446940 8519680 0.639 CRC64 0 │ │ │ + 1 1 0 0 5446932 8519680 0.639 CRC64 0 │ │ │ Blocks: │ │ │ Stream Block CompOffset UncompOffset TotalSize UncompSize Ratio Check │ │ │ - 1 1 12 0 5446900 8519680 0.639 CRC64 │ │ │ + 1 1 12 0 5446892 8519680 0.639 CRC64

Calculate Confidence Intervals (example_confidence_interval.py)

01:06.316

Global minimization using the brute method (a.k.a. grid search) (example_brute.py)

03:10.627

0.0 MB

Global minimization using the brute method (a.k.a. grid search) (example_brute.py)

00:48.349

Calculate Confidence Intervals (example_confidence_interval.py)

01:17.906

0.0 MB

Fit Two Dimensional Peaks (example_two_dimensional_peak.py)

00:03.961

00:09.646

0.0 MB

Complex Resonator Model (example_complex_resonator_model.py)

00:03.600

Outlier detection via leave-one-out (example_detect_outliers.py)

00:02.806

0.0 MB

Building a lmfit model with SymPy (example_sympy.py)

00:01.618

00:02.638

0.0 MB

Outlier detection via leave-one-out (example_detect_outliers.py)

00:01.572

Complex Resonator Model (example_complex_resonator_model.py)

00:01.823

0.0 MB

Fit Using differential_evolution Algorithm (example_diffev.py)

00:00.652

00:01.169

0.0 MB

Fit using the Model interface (example_Model_interface.py)

00:00.560

00:01.016

0.0 MB

Fit Specifying Different Reduce Function (example_reduce_fcn.py)

00:00.431

00:00.780

0.0 MB

Fit with Data in a pandas DataFrame (example_use_pandas.py)

00:00.402

Fit Multiple Data Sets (example_fit_multi_datasets.py)

00:00.749

0.0 MB

Fit Multiple Data Sets (example_fit_multi_datasets.py)

00:00.393

Fit with Algebraic Constraint (example_fit_with_algebraic_constraint.py)

00:00.726

0.0 MB

Fit with Algebraic Constraint (example_fit_with_algebraic_constraint.py)

00:00.390

Fit with Data in a pandas DataFrame (example_use_pandas.py)

00:00.726

0.0 MB

Fit Using Bounds (example_fit_with_bounds.py)

00:00.384

00:00.706

0.0 MB

Fit Using Inequality Constraint (example_fit_with_inequality.py)

00:00.363

00:00.657

0.0 MB

Using an ExpressionModel (example_expression_model.py)

00:00.355

Fit Specifying a Function to Compute the Jacobian (example_fit_with_derivfunc.py)

00:00.642

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Fit Specifying a Function to Compute the Jacobian (example_fit_with_derivfunc.py)

00:00.352

Using an ExpressionModel (example_expression_model.py)

00:00.628

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Model Selection using lmfit and emcee (lmfit_emcee_model_selection.py)

00:00.000

0.0 MB

Emcee and the Model Interface (nodoc_example_emcee_Model_interface.py)