This class has an EntityResolver that
│ │ │ │ resolves the public ID specifying the
│ │ │ │ @@ -15549,15 +15549,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser
│ │ │ │
│ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -15660,15 +15660,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │
│ │ │ │ getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
getFeatureDescTerm() - Static method in class org.biojavax.bio.seq.RichSequence.Terms
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -18024,23 +18024,23 @@
│ │ │ │ Returns the namespace of this bioentry.
│ │ │ │
│ │ │ │
getNamespaceId() - Method in class org.biojava.utils.lsid.LifeScienceIdentifier
│ │ │ │
│ │ │ │ Return the namespace id for this identifier
│ │ │ │ within the authority.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespacePrefix() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespacePrefix() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Describe getNamespacePrefix method here.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespacePrefixes() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespacePrefixes() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
getNameToSymbol() - Method in class org.biojava.bio.seq.io.NameTokenization
│ │ │ │
│ │ │ │
getNCBITaxID() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -19076,15 +19076,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Retrieve the value of a property by key.
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │
│ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(Annotation, Object) - Method in class org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -21840,15 +21840,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │
│ │ │ │
getURI() - Method in class org.biojavax.SimpleNamespace
│ │ │ │
│ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getURIFromPrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
getURIFromPrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Gets the URI for a namespace prefix, given that prefix,
│ │ │ │ or null if the prefix is not recognised.
│ │ │ │
│ │ │ │
getURL() - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence.ImageMap.HotSpot
│ │ │ │
│ │ │ │ getURL returns the hotspot URL.
│ │ │ │ @@ -24560,15 +24560,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ The issue of the journal.
│ │ │ │
│ │ │ │ issueSupplement - Variable in class org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle
│ │ │ │
│ │ │ │ Suplement.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
isTaxonHidden() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ used in getNameHierarchy() to determine whether this taxonomy level is displayed
│ │ │ │
│ │ │ │
isTaxonHidden() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -27710,23 +27710,23 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ OffsetRulerRenderer(int, int) - Constructor for class org.biojava.bio.gui.sequence.OffsetRulerRenderer
│ │ │ │
│ │ │ │
OFFSETS - Static variable in interface org.biojava.bio.chromatogram.Chromatogram
│ │ │ │
│ │ │ │ The sequence label for the trace offsets of the called bases.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oFullNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
oFullNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Omono - Static variable in class org.biojava.bio.proteomics.MassCalc
│ │ │ │
│ │ │ │ Constant value of Oxygen monoisotopic mass
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
one() - Static method in class org.biojavax.ga.util.GATools
│ │ │ │
│ │ │ │
ONE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint
│ │ │ │
│ │ │ │ The property should have exactly one value.
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -29486,21 +29486,21 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Object) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Object) - Method in interface org.biojava.bio.program.tagvalue.TagValueParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ +
parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(Readable, ParseListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Parse the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Full implementation of interface method.
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -30124,15 +30124,15 @@
│ │ │ │
preChange(ChangeEvent) - Method in class org.biojava.utils.ChangeListener.LoggingListener
│ │ │ │
│ │ │ │
preChange(ChangeEvent) - Method in interface org.biojava.utils.ChangeListener
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │ Called before a change takes place.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Given an unprefixed element name, returns
│ │ │ │ a new element name with a namespace prefix
│ │ │ │
│ │ │ │
press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.AbstractMatrixPairDPCursor
│ │ │ │
│ │ │ │
press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.LightPairDPCursor
│ │ │ │ @@ -31237,27 +31237,27 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
read(BufferedReader) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ Reads an MSF Alignment File
│ │ │ │
│ │ │ │
read(BufferedReader, TagValueParser, TagValueListener) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.Parser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ +
read(File) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
read(File) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
read(InputStream) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ +
read(InputStream) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
read(InputStream) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input stream.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ +
read(URL) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
read(URL) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url.
│ │ │ │
│ │ │ │
readableFileNames - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.EMBLFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -35451,15 +35451,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location) - Method in class org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │
│ │ │ │
setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location) - Method in interface org.biojava.bio.AnnotationType
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the constraints associated with a property.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Allow an application to register a content event handler.
│ │ │ │
│ │ │ │
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParser
│ │ │ │
│ │ │ │ sets the ContentHandler for this object
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -35929,15 +35929,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
setDoubleValue(double) - Method in class org.biojava.utils.stax.DoubleElementHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │ Override this method to do something useful with the
│ │ │ │ double we collect.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
setElementId(String) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMatchRegion
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36018,15 +36018,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the string indicating that a record has ended.
│ │ │ │
│ │ │ │
setEndOfRecord(String) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the explicit end-of-record string.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │ This class has an EntityResolver that
│ │ │ │ resolves the public ID specifying the
│ │ │ │ @@ -36050,15 +36050,15 @@
│ │ │ │
Set the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
setErrorHandler(OutputHandler) - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │
│ │ │ │ Sets the output error handler which is responsible for the standard error
│ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
setEvents(List) - Method in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtCommentParser
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36087,15 +36087,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the feature to feature.
│ │ │ │
│ │ │ │ setFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.gff.SimpleGFFRecord
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the feature type to type.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Handles support for ReasoningDomain and Namespace-prefixes
│ │ │ │
│ │ │ │
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │ by default, we set the parser to non-validating.
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36938,15 +36938,15 @@
│ │ │ │ the namespace of the record being read.
│ │ │ │
setNamespace(Namespace) - Method in class org.biojavax.bio.seq.io.SimpleRichSequenceBuilder
│ │ │ │
│ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener
│ │ │ │ the namespace of the record being read.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setNamespacePrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setNamespacePrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
setNegShape(Shape) - Method in class org.biojava.stats.svm.tools.ClassifierExample.PointClassifier
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the Shape to represent the negative points.
│ │ │ │
│ │ │ │
setNestedKernel(SVMKernel) - Method in class org.biojava.stats.svm.CachingKernel
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -37308,15 +37308,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Set the value of a property.
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(Object, Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │
│ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(String, String) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.StAXPropertyHandler
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -40333,15 +40333,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
startElement(String, String, String, Attributes, DelegationManager) - Method in class org.biojava.utils.stax.StAXContentHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
startElement(String, String, String, Attributes, DelegationManager) - Method in class org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
startElement(String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.xml.BaseXMLWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ -
startElement(QName, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
startElement(QName, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ Utility method to centralize sending of a SAX
│ │ │ │ startElement message to document handler
│ │ │ │
│ │ │ │
startElementHandler(String, String, String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler
│ │ │ │
│ │ │ │
startElementHandler(String, String, String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSequenceHandler
│ │ │ │ @@ -41034,15 +41034,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
StrandParser - Class in org.biojava.bio.seq
│ │ │ │
│ │ │ │ Process strings and return strand objects.
│ │ │ │
│ │ │ │
StrandParser() - Constructor for class org.biojava.bio.seq.StrandParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
stream(Readable, StreamListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqReader
│ │ │ │ +
stream(Readable, StreamListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SangerFastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
stream(Readable, StreamListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │ Stream the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │
StreamListener - Interface in org.biojava.bio.program.fastq
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -42295,17 +42295,17 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.INSDseqFormat
│ │ │ │
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtFormat
│ │ │ │
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtXMLFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ -
tNamespacePrefixes - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
tNamespacePrefixes - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │ -
tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser
│ │ │ │ +
tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSequenceSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
to - Variable in class org.biojava.bio.dp.TrainerTransition
│ │ │ │
│ │ │ │
to - Variable in class org.biojava.bio.dp.Transition
│ │ │ │
│ │ │ │
TO_A_LEAF - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.UkkonenSuffixTree
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -43108,15 +43108,15 @@
│ │ │ │
│ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │ Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.SimpleGeneticCodeTable
│ │ │ │ +
translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(Symbol) - Method in interface org.biojava.bio.symbol.TranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(SymbolList) - Static method in class org.biojava.bio.seq.GeneticCodes
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -44284,39 +44284,39 @@
│ │ │ │
│ │ │ │
WORM_NUCLEAR - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.CodonPrefTools
│ │ │ │
│ │ │ │ Caenorhabditis elegans codon preferences
│ │ │ │
│ │ │ │
Wrapper(SearchListener) - Constructor for class org.biojava.bio.program.ssaha.SearchListener.Wrapper
│ │ │ │
│ │ │ │ -
write(File, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(File, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
write(File, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
write(File, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(File, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
write(File, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output stream.
│ │ │ │
│ │ │ │
write(OutputStream, Alignment, int) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.FastaAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ Writes out the alignment to an FASTA file.
│ │ │ │
│ │ │ │
write(OutputStream, Alignment, int) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │ -
write(OutputStream, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(OutputStream, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
write(OutputStream, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output stream.
│ │ │ │
│ │ │ │
write(Sequence) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AgaveWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ │ @@ -1454,15 +1454,15 @@
│ │ │ │ │ add a search pattern to the searches to be conducted by this object.
│ │ │ │ │ _a_d_d_P_o_s_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in class org.biojava.stats.svm._D_i_a_g_o_n_a_l_A_d_d_K_e_r_n_e_l
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_d_d_P_o_s_i_t_i_o_n_(_A_G_A_V_E_M_a_p_P_o_s_i_t_i_o_n_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_M_a_p_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_d_d_P_r_e_f_i_x_M_a_p_p_i_n_g_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Adds a namespace prefix to URI mapping as (key,value) pairs.
│ │ │ │ │ _a_d_d_P_r_o_p_(_A_G_A_V_E_P_r_o_p_e_r_t_y_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_R_e_l_a_t_e_d_A_n_n_o_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_d_d_P_r_o_p_(_A_G_A_V_E_P_r_o_p_e_r_t_y_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_X_r_e_f
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -2779,22 +2779,22 @@
│ │ │ │ │ _A_p_p_B_e_a_n_R_u_n_n_e_r - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._u_t_i_l_s_._x_m_l
│ │ │ │ │ Create a bean from an XML file, then attempt to enter it.
│ │ │ │ │ _A_p_p_B_e_a_n_R_u_n_n_e_r_(_) - Constructor for class org.biojava.utils.xml._A_p_p_B_e_a_n_R_u_n_n_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_N_f_a_S_u_b_M_o_d_e_l_) - Method in class org.biojava.utils.automata._N_f_a_S_u_b_M_o_d_e_l
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified
│ │ │ │ │ appendable.
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_(_T_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified
│ │ │ │ │ appendable.
│ │ │ │ │ _a_p_p_e_n_d_M_a_t_r_i_x_D_a_t_a_(_S_t_r_i_n_g_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.phylo.io.nexus._C_h_a_r_a_c_t_e_r_s_B_l_o_c_k
│ │ │ │ │ @@ -4471,15 +4471,15 @@
│ │ │ │ │ An implementation that always vetoes everything.
│ │ │ │ │ _C_h_a_n_g_e_L_i_s_t_e_n_e_r_._C_h_a_n_g_e_E_v_e_n_t_R_e_c_o_r_d_e_r - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._u_t_i_l_s
│ │ │ │ │ A listener that remembers the ChangeEvent of the last change.
│ │ │ │ │ _C_h_a_n_g_e_L_i_s_t_e_n_e_r_._L_o_g_g_i_n_g_L_i_s_t_e_n_e_r - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._u_t_i_l_s
│ │ │ │ │ A listener that writes information about the event stream to a
│ │ │ │ │ PrintStream.
│ │ │ │ │ _c_h_a_n_g_e_S_t_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Centralise chaining of iState field to help with debugging.
│ │ │ │ │ _c_h_a_n_g_e_S_u_p_p_o_r_t_(_) - Method in class org.biojava.utils._C_h_a_n_g_e_F_o_r_w_a_r_d_e_r
│ │ │ │ │ Return the underlying ChangeSupport instance that can be used to fire
│ │ │ │ │ ChangeEvents and mannage listeners.
│ │ │ │ │ _C_h_a_n_g_e_S_u_p_p_o_r_t - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._u_t_i_l_s
│ │ │ │ │ A utility class to provide management for informing ChangeListeners of
│ │ │ │ │ ChangeEvents.
│ │ │ │ │ @@ -4563,15 +4563,15 @@
│ │ │ │ │ _C_H_A_R_A_C_T_E_R - Static variable in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._S_y_m_b_o_l_T_o_k_e_n_i_z_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _c_h_a_r_a_c_t_e_r_s_(_c_h_a_r_[_]_,_ _i_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.blast2html._B_l_a_s_t_2_H_T_M_L_H_a_n_d_l_e_r
│ │ │ │ │ Describe characters method here.
│ │ │ │ │ _c_h_a_r_a_c_t_e_r_s_(_c_h_a_r_[_]_,_ _i_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Utility method to centralize the sending of a SAX characters message a
│ │ │ │ │ document handler.
│ │ │ │ │ _c_h_a_r_a_c_t_e_r_s_(_c_h_a_r_[_]_,_ _i_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.ssbind._S_e_q_S_i_m_i_l_a_r_i_t_y_A_d_a_p_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _c_h_a_r_a_c_t_e_r_s_(_c_h_a_r_[_]_,_ _i_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.xml._S_i_m_p_l_e_X_M_L_E_m_i_t_t_e_r
│ │ │ │ │ @@ -7262,15 +7262,15 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _d_o_R_e_t_a_i_n_(_) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue._T_a_g_D_r_o_p_p_e_r
│ │ │ │ │ Find out if known tags are retained or dropped.
│ │ │ │ │ _d_o_S_o_r_t_P_e_p_t_i_d_e_s_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.gui.sequence._A_b_s_t_r_a_c_t_P_e_p_t_i_d_e_D_i_g_e_s_t_R_e_n_d_e_r_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _d_o_T_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol._A_b_s_t_r_a_c_t_R_e_v_e_r_s_i_b_l_e_T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol._A_b_s_t_r_a_c_t_M_a_n_y_T_o_O_n_e_T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │ this method is expected to translate any symbol in the source alphabet.
│ │ │ │ │ _d_o_T_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol._S_i_m_p_l_e_M_a_n_y_T_o_O_n_e_T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _d_o_T_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol._S_i_m_p_l_e_R_e_v_e_r_s_i_b_l_e_T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -8024,15 +8024,15 @@
│ │ │ │ │ _e_n_d_E_l_e_m_e_n_t_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_A_X_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax._S_t_A_X_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_B_a_s_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _e_n_d_E_l_e_m_e_n_t_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_A_X_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax._S_t_r_i_n_g_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_B_a_s_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _e_n_d_E_l_e_m_e_n_t_(_Q_N_a_m_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Utility method to centralize the sending of a SAX endElement message a
│ │ │ │ │ document handler.
│ │ │ │ │ _e_n_d_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_A_X_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in
│ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_B_i_o_S_e_q_H_a_n_d_l_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _e_n_d_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_A_X_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in
│ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_C_h_r_o_m_o_s_o_m_e_H_a_n_d_l_e_r
│ │ │ │ │ @@ -10247,38 +10247,38 @@
│ │ │ │ │ _F_o_r_m_a_t - Interface in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._b_i_o_._p_r_o_g_r_a_m_._f_o_r_m_a_t_s
│ │ │ │ │ A file format supported by the tag-value event-based parsing system.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_S_t_r_i_n_g_B_u_f_f_e_r_,_ _L_o_c_a_t_i_o_n_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._S_w_i_s_s_p_r_o_t_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ formatLocation creates a String representation of a Location.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_S_t_r_i_n_g_B_u_f_f_e_r_,_ _L_o_c_a_t_i_o_n_,_ _S_t_r_a_n_d_e_d_F_e_a_t_u_r_e_._S_t_r_a_n_d_) - Method in
│ │ │ │ │ - class org.biojava.bio.seq.io._E_m_b_l_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ + class org.biojava.bio.seq.io._P_r_o_t_e_i_n_R_e_f_S_e_q_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ formatLocation creates an EMBL/Genbank style representation of a
│ │ │ │ │ Location.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_S_t_r_i_n_g_B_u_f_f_e_r_,_ _L_o_c_a_t_i_o_n_,_ _S_t_r_a_n_d_e_d_F_e_a_t_u_r_e_._S_t_r_a_n_d_) - Method in
│ │ │ │ │ interface org.biojava.bio.seq.io._S_e_q_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ formatLocation creates a String representation of a Location.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_S_t_r_i_n_g_B_u_f_f_e_r_,_ _L_o_c_a_t_i_o_n_,_ _S_t_r_a_n_d_e_d_F_e_a_t_u_r_e_._S_t_r_a_n_d_) - Method in
│ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io._S_w_i_s_s_p_r_o_t_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ formatLocation creates a String representation of a Location.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_F_e_a_t_u_r_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.seq.io._E_m_b_l_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.seq.io._P_r_o_t_e_i_n_R_e_f_S_e_q_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ Formats the location of a feature.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_F_e_a_t_u_r_e_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._S_e_q_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ Formats the location of a feature.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_F_e_a_t_u_r_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._S_w_i_s_s_p_r_o_t_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ Creates a string representation of the location of a feature
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_L_o_c_a_t_i_o_n_(_L_o_c_a_t_i_o_n_,_ _S_t_r_a_n_d_e_d_F_e_a_t_u_r_e_._S_t_r_a_n_d_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.seq.io._E_m_b_l_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.seq.io._P_r_o_t_e_i_n_R_e_f_S_e_q_F_i_l_e_F_o_r_m_e_r
│ │ │ │ │ formatLocation creates an EMBL/Genbank style representation of a
│ │ │ │ │ Location.
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_O_u_t_p_u_t_(_) - Method in class org.biojava.bio.alignment._A_l_i_g_n_m_e_n_t_P_a_i_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _f_o_r_m_a_t_O_u_t_p_u_t_(_i_n_t_) - Method in class org.biojava.bio.alignment._A_l_i_g_n_m_e_n_t_P_a_i_r
│ │ │ │ │ This method provides a BLAST-like formated alignment from the given
│ │ │ │ │ Strings, in which the sequence coordinates and the information "Query" or
│ │ │ │ │ @@ -12482,21 +12482,21 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.bytecode._G_e_n_e_r_a_t_e_d_C_o_d_e_M_e_t_h_o_d
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_C_o_n_t_a_i_n_s_T_e_r_m_(_) - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_F_e_a_t_u_r_e_R_e_l_a_t_i_o_n_s_h_i_p
│ │ │ │ │ Gets the default CONTAINS term used for defining the relationship between
│ │ │ │ │ features.
│ │ │ │ │ _g_e_t_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Return the content handler.
│ │ │ │ │ _g_e_t_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │ correct this later
│ │ │ │ │ _g_e_t_C_o_n_t_e_n_t_S_t_r_e_a_m_(_I_n_p_u_t_S_o_u_r_c_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Create a stream from an an InputSource, picking the correct stream
│ │ │ │ │ according to order of precedance.
│ │ │ │ │ _g_e_t_C_o_n_t_e_x_t_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.projection._P_r_o_j_e_c_t_e_d_F_e_a_t_u_r_e_H_o_l_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_C_o_n_t_e_x_t_(_) - Method in class org.biojava.stats.svm._T_r_a_i_n_i_n_g_E_v_e_n_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -13265,15 +13265,15 @@
│ │ │ │ │ getDownstreamEndType returns the double-stranded end type produced by the
│ │ │ │ │ primary (intra-site or downstream) cut.
│ │ │ │ │ _g_e_t_D_P_(_) - Method in class org.biojava.bio.dp._A_b_s_t_r_a_c_t_T_r_a_i_n_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_D_P_(_) - Method in interface org.biojava.bio.dp._T_r_a_i_n_i_n_g_A_l_g_o_r_i_t_h_m
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_D_T_D_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _g_e_t_D_T_D_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_(_) - Method in class org.biojava.bio.proteomics._S_t_r_u_c_t_u_r_e_T_o_o_l_s
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_c_N_u_m_b_e_r_(_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n_) - Method in class
│ │ │ │ │ @@ -13417,15 +13417,15 @@
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_n_d_O_f_R_e_c_o_r_d_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._L_i_n_e_S_p_l_i_t_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Get the current string indicating that a record has ended.
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_n_d_O_f_R_e_c_o_r_d_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._R_e_g_e_x_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Get the explicit end-of-record string.
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_n_t_i_t_y_R_e_s_o_l_v_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_n_t_i_t_y_R_e_s_o_l_v_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │ This class has an EntityResolver that resolves the public ID specifying
│ │ │ │ │ the NCBI DTDs to resource files within the BioJava libraries.
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_n_t_r_y_B_y_N_a_m_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.candy._C_a_n_d_y_V_o_c_a_b_u_l_a_r_y
│ │ │ │ │ @@ -13448,15 +13448,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.phylo.io.nexus._C_h_a_r_a_c_t_e_r_s_B_l_o_c_k
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class org.biojava.bio.program.gff._G_F_F_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class org.biojava.bio.program.gff3._G_F_F_3_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_) - Method in class org.biojava.utils.process._E_x_t_e_r_n_a_l_P_r_o_c_e_s_s
│ │ │ │ │ Gets the output error handler which is responsible for the standard error
│ │ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │ │ @@ -13533,15 +13533,15 @@
│ │ │ │ │ _g_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_) - Method in class org.biojavax.bio.seq._E_m_p_t_y_R_i_c_h_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ _g_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_) - Method in interface org.biojavax.bio.seq._R_i_c_h_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ _g_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_) - Method in class org.biojavax.bio.seq._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ _g_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _g_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_F_e_a_t_u_r_e_D_e_s_c_T_e_r_m_(_) - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq._R_i_c_h_S_e_q_u_e_n_c_e_._T_e_r_m_s
│ │ │ │ │ Getter for the FeatureDesc term
│ │ │ │ │ @@ -15517,21 +15517,21 @@
│ │ │ │ │ Getter for property namespace.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_(_) - Method in class org.biojavax.bio._S_i_m_p_l_e_B_i_o_E_n_t_r_y
│ │ │ │ │ Returns the namespace of this bioentry.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_I_d_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.lsid._L_i_f_e_S_c_i_e_n_c_e_I_d_e_n_t_i_f_i_e_r
│ │ │ │ │ Return the namespace id for this identifier within the authority.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_P_r_e_f_i_x_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Describe getNamespacePrefix method here.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_P_r_e_f_i_x_e_s_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_s_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_a_m_e_T_o_S_y_m_b_o_l_(_) - Method in class org.biojava.bio.seq.io._N_a_m_e_T_o_k_e_n_i_z_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_C_B_I_T_a_x_I_D_(_) - Method in interface org.biojavax.bio.taxa._N_C_B_I_T_a_x_o_n
│ │ │ │ │ Gets the NCBI taxon ID.
│ │ │ │ │ _g_e_t_N_C_B_I_T_a_x_I_D_(_) - Method in class org.biojavax.bio.taxa._S_i_m_p_l_e_N_C_B_I_T_a_x_o_n
│ │ │ │ │ Gets the NCBI taxon ID.
│ │ │ │ │ @@ -16348,15 +16348,15 @@
│ │ │ │ │ _g_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in class org.biojava.bio._O_v_e_r_l_a_y_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in class org.biojavax._E_m_p_t_y_R_i_c_h_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Retrieve the value of a property by key.
│ │ │ │ │ _g_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in class org.biojavax._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ _g_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _g_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio._A_n_n_o_t_a_t_i_o_n_T_y_p_e_._A_b_s_t_r_a_c_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -18646,15 +18646,15 @@
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_I_(_) - Method in interface org.biojava.bio.seq._F_e_a_t_u_r_e_T_y_p_e_s_._T_y_p_e
│ │ │ │ │ Get the URI for this type.
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_I_(_) - Method in interface org.biojavax._N_a_m_e_s_p_a_c_e
│ │ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_I_(_) - Method in class org.biojavax._S_i_m_p_l_e_N_a_m_e_s_p_a_c_e
│ │ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_I_F_r_o_m_P_r_e_f_i_x_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Gets the URI for a namespace prefix, given that prefix, or null if the
│ │ │ │ │ prefix is not recognised.
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_L_(_) - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence._I_m_a_g_e_M_a_p_._H_o_t_S_p_o_t
│ │ │ │ │ getURL returns the hotspot URL.
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_N_(_) - Method in class org.biojava.bio.seq.impl._D_u_m_m_y_S_e_q_u_e_n_c_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _g_e_t_U_R_N_(_) - Method in class org.biojava.bio.seq.impl._S_i_m_p_l_e_G_a_p_p_e_d_S_e_q_u_e_n_c_e
│ │ │ │ │ @@ -21003,15 +21003,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq._F_e_a_t_u_r_e_T_y_p_e_s
│ │ │ │ │ Work out if one type is a sub-type of another.
│ │ │ │ │ _i_s_s_u_e - Variable in class org.biojava.bibliography._B_i_b_l_i_o_J_o_u_r_n_a_l_A_r_t_i_c_l_e
│ │ │ │ │ The issue of the journal.
│ │ │ │ │ _i_s_s_u_e_S_u_p_p_l_e_m_e_n_t - Variable in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bibliography._B_i_b_l_i_o_J_o_u_r_n_a_l_A_r_t_i_c_l_e
│ │ │ │ │ Suplement.
│ │ │ │ │ - _i_S_t_a_t_e - Variable in class org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + _i_S_t_a_t_e - Variable in class org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _i_s_T_a_x_o_n_H_i_d_d_e_n_(_) - Method in interface org.biojavax.bio.taxa._N_C_B_I_T_a_x_o_n
│ │ │ │ │ used in getNameHierarchy() to determine whether this taxonomy level is
│ │ │ │ │ displayed
│ │ │ │ │ _i_s_T_a_x_o_n_H_i_d_d_e_n_(_) - Method in class org.biojavax.bio.taxa._S_i_m_p_l_e_N_C_B_I_T_a_x_o_n
│ │ │ │ │ Returns the taxonomy hierarchy of this taxon entry in the form: most
│ │ │ │ │ specific; less specific; ...; least specific.
│ │ │ │ │ @@ -23589,22 +23589,23 @@
│ │ │ │ │ _O_f_f_s_e_t_R_u_l_e_r_R_e_n_d_e_r_e_r_(_i_n_t_,_ _i_n_t_) - Constructor for class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.gui.sequence._O_f_f_s_e_t_R_u_l_e_r_R_e_n_d_e_r_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _O_F_F_S_E_T_S - Static variable in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.chromatogram._C_h_r_o_m_a_t_o_g_r_a_m
│ │ │ │ │ The sequence label for the trace offsets of the called bases.
│ │ │ │ │ _o_F_u_l_l_N_a_m_e_s_p_a_c_e_P_r_e_f_i_x - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ - _o_H_a_n_d_l_e_r - Variable in class org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + _o_H_a_n_d_l_e_r - Variable in class
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _O_m_o_n_o - Static variable in class org.biojava.bio.proteomics._M_a_s_s_C_a_l_c
│ │ │ │ │ Constant value of Oxygen monoisotopic mass
│ │ │ │ │ _o_N_a_m_e_s_p_a_c_e_P_r_e_f_i_x - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _o_n_e_(_) - Static method in class org.biojavax.ga.util._G_A_T_o_o_l_s
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _O_N_E - Static variable in class org.biojava.bio._C_a_r_d_i_n_a_l_i_t_y_C_o_n_s_t_r_a_i_n_t
│ │ │ │ │ The property should have exactly one value.
│ │ │ │ │ _O_N_E___O_R___M_O_R_E - Static variable in class org.biojava.bio._C_a_r_d_i_n_a_l_i_t_y_C_o_n_s_t_r_a_i_n_t
│ │ │ │ │ The property should have one or more values.
│ │ │ │ │ @@ -25049,21 +25050,21 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue._R_e_g_e_x_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_O_b_j_e_c_t_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._T_a_g_V_a_l_u_e_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _P_a_r_s_e_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _P_a_r_s_e_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Parse the specified readable.
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Full implementation of interface method.
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class org.biojava.bio.program.sax._P_d_b_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_a_r_s_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class org.biojava.naming._O_b_d_a_U_r_i_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ @@ -25612,15 +25613,15 @@
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_r_e_C_h_a_n_g_e_(_C_h_a_n_g_e_E_v_e_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils._C_h_a_n_g_e_L_i_s_t_e_n_e_r_._L_o_g_g_i_n_g_L_i_s_t_e_n_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_r_e_C_h_a_n_g_e_(_C_h_a_n_g_e_E_v_e_n_t_) - Method in interface org.biojava.utils._C_h_a_n_g_e_L_i_s_t_e_n_e_r
│ │ │ │ │ Called before a change takes place.
│ │ │ │ │ _p_r_e_f_i_x_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Given an unprefixed element name, returns a new element name with a
│ │ │ │ │ namespace prefix
│ │ │ │ │ _p_r_e_s_s_(_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.dp.twohead._A_b_s_t_r_a_c_t_M_a_t_r_i_x_P_a_i_r_D_P_C_u_r_s_o_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _p_r_e_s_s_(_) - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead._L_i_g_h_t_P_a_i_r_D_P_C_u_r_s_o_r
│ │ │ │ │ Returns the minimal context of the DP matrix necessary to compute the
│ │ │ │ │ @@ -26551,27 +26552,26 @@
│ │ │ │ │ Reads an alignment in FASTA format.
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_B_u_f_f_e_r_e_d_R_e_a_d_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._M_S_F_A_l_i_g_n_m_e_n_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │ Reads an MSF Alignment File
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_B_u_f_f_e_r_e_d_R_e_a_d_e_r_,_ _T_a_g_V_a_l_u_e_P_a_r_s_e_r_,_ _T_a_g_V_a_l_u_e_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ - _r_e_a_d_(_F_i_l_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + _r_e_a_d_(_F_i_l_e_) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_F_i_l_e_) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified file.
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_I_n_p_u_t_S_t_r_e_a_m_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_I_n_p_u_t_S_t_r_e_a_m_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified input
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ - _r_e_a_d_(_U_R_L_) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + _r_e_a_d_(_U_R_L_) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_(_U_R_L_) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Read zero or more FASTQ formatted sequences from the specified url.
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_a_b_l_e_F_i_l_e_N_a_m_e_s - Static variable in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io._E_M_B_L_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _r_e_a_d_a_b_l_e_F_i_l_e_s - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io._F_a_s_t_a_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │ @@ -30130,15 +30130,15 @@
│ │ │ │ │ _s_e_t_C_o_n_s_t_r_a_i_n_t_s_(_O_b_j_e_c_t_,_ _P_r_o_p_e_r_t_y_C_o_n_s_t_r_a_i_n_t_,_ _L_o_c_a_t_i_o_n_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio._A_n_n_o_t_a_t_i_o_n_T_y_p_e_._A_b_s_t_r_a_c_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_e_t_C_o_n_s_t_r_a_i_n_t_s_(_O_b_j_e_c_t_,_ _P_r_o_p_e_r_t_y_C_o_n_s_t_r_a_i_n_t_,_ _L_o_c_a_t_i_o_n_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio._A_n_n_o_t_a_t_i_o_n_T_y_p_e
│ │ │ │ │ Set the constraints associated with a property.
│ │ │ │ │ _s_e_t_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Allow an application to register a content event handler.
│ │ │ │ │ _s_e_t_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ sets the ContentHandler for this object
│ │ │ │ │ _s_e_t_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_C_o_n_t_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │ this sets the ContentHandler that receives SAX events from the internal
│ │ │ │ │ @@ -30566,15 +30566,15 @@
│ │ │ │ │ _s_e_t_D_o_u_b_l_e_P_r_o_p_e_r_t_y_(_S_y_m_b_o_l_,_ _S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol._S_i_m_p_l_e_S_y_m_b_o_l_P_r_o_p_e_r_t_y_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_e_t_D_o_u_b_l_e_V_a_l_u_e_(_d_o_u_b_l_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax._D_o_u_b_l_e_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_B_a_s_e
│ │ │ │ │ Override this method to do something useful with the double we collect.
│ │ │ │ │ _s_e_t_D_T_D_H_a_n_d_l_e_r_(_D_T_D_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _s_e_t_D_T_D_H_a_n_d_l_e_r_(_D_T_D_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_l_e_m_e_n_t_I_d_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_M_a_t_c_h_R_e_g_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -30645,15 +30645,15 @@
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_n_d_O_f_R_e_c_o_r_d_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._L_i_n_e_S_p_l_i_t_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Set the string indicating that a record has ended.
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_n_d_O_f_R_e_c_o_r_d_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue._R_e_g_e_x_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Set the explicit end-of-record string.
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_n_t_i_t_y_R_e_s_o_l_v_e_r_(_E_n_t_i_t_y_R_e_s_o_l_v_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_n_t_i_t_y_R_e_s_o_l_v_e_r_(_E_n_t_i_t_y_R_e_s_o_l_v_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │ This class has an EntityResolver that resolves the public ID specifying
│ │ │ │ │ the NCBI DTDs to resource files within the BioJava libraries.
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_n_v_i_r_o_n_m_e_n_t_P_r_o_p_e_r_t_i_e_s_(_S_t_r_i_n_g_[_]_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.process._E_x_t_e_r_n_a_l_P_r_o_c_e_s_s
│ │ │ │ │ @@ -30670,15 +30670,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff3._G_F_F_3_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Set the error handler used by this parser.
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_O_u_t_p_u_t_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.utils.process._E_x_t_e_r_n_a_l_P_r_o_c_e_s_s
│ │ │ │ │ Sets the output error handler which is responsible for the standard error
│ │ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_(_E_r_r_o_r_H_a_n_d_l_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_e_t_E_v_e_n_t_s_(_L_i_s_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io._U_n_i_P_r_o_t_C_o_m_m_e_n_t_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Setter for property events.
│ │ │ │ │ @@ -30699,15 +30699,15 @@
│ │ │ │ │ _s_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff._G_F_F_R_e_c_o_r_d_F_i_l_t_e_r_._F_e_a_t_u_r_e_F_i_l_t_e_r
│ │ │ │ │ Set the feature to feature.
│ │ │ │ │ _s_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff._S_i_m_p_l_e_G_F_F_R_e_c_o_r_d
│ │ │ │ │ Set the feature type to type.
│ │ │ │ │ _s_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_S_t_r_i_n_g_,_ _b_o_o_l_e_a_n_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Handles support for ReasoningDomain and Namespace-prefixes
│ │ │ │ │ _s_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_S_t_r_i_n_g_,_ _b_o_o_l_e_a_n_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │ by default, we set the parser to non-validating.
│ │ │ │ │ _s_e_t_F_e_a_t_u_r_e_(_R_i_c_h_F_e_a_t_u_r_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq._C_o_m_p_o_u_n_d_R_i_c_h_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Sets the feature this location is associated with.
│ │ │ │ │ @@ -31428,15 +31428,15 @@
│ │ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener the namespace
│ │ │ │ │ of the record being read.
│ │ │ │ │ _s_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_(_N_a_m_e_s_p_a_c_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_S_e_q_u_e_n_c_e_B_u_i_l_d_e_r
│ │ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener the namespace
│ │ │ │ │ of the record being read.
│ │ │ │ │ _s_e_t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_P_r_e_f_i_x_(_S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_e_t_N_e_g_S_h_a_p_e_(_S_h_a_p_e_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.stats.svm.tools._C_l_a_s_s_i_f_i_e_r_E_x_a_m_p_l_e_._P_o_i_n_t_C_l_a_s_s_i_f_i_e_r
│ │ │ │ │ Set the Shape to represent the negative points.
│ │ │ │ │ _s_e_t_N_e_s_t_e_d_K_e_r_n_e_l_(_S_V_M_K_e_r_n_e_l_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.stats.svm._C_a_c_h_i_n_g_K_e_r_n_e_l
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -31732,15 +31732,15 @@
│ │ │ │ │ _s_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_O_b_j_e_c_t_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax._E_m_p_t_y_R_i_c_h_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Set the value of a property.
│ │ │ │ │ _s_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_O_b_j_e_c_t_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojavax._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_A_n_n_o_t_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Deprecated.
│ │ │ │ │ _s_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_S_t_r_i_n_g_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │ │ _s_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_S_t_r_i_n_g_,_ _O_b_j_e_c_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml._B_l_a_s_t_X_M_L_P_a_r_s_e_r_F_a_c_a_d_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_e_t_P_r_o_p_e_r_t_y_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._S_t_A_X_P_r_o_p_e_r_t_y_H_a_n_d_l_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -34317,15 +34317,15 @@
│ │ │ │ │ _s_t_a_r_t_E_l_e_m_e_n_t_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _A_t_t_r_i_b_u_t_e_s_,_ _D_e_l_e_g_a_t_i_o_n_M_a_n_a_g_e_r_) - Method
│ │ │ │ │ in class org.biojava.utils.stax._S_t_r_i_n_g_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_B_a_s_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_a_r_t_E_l_e_m_e_n_t_(_S_t_r_i_n_g_,_ _A_t_t_r_i_b_u_t_e_s_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.xml._B_a_s_e_X_M_L_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_a_r_t_E_l_e_m_e_n_t_(_Q_N_a_m_e_,_ _A_t_t_r_i_b_u_t_e_s_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ Utility method to centralize sending of a SAX startElement message to
│ │ │ │ │ document handler
│ │ │ │ │ _s_t_a_r_t_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _A_t_t_r_i_b_u_t_e_s_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_B_i_o_S_e_q_H_a_n_d_l_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_a_r_t_E_l_e_m_e_n_t_H_a_n_d_l_e_r_(_S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _S_t_r_i_n_g_,_ _A_t_t_r_i_b_u_t_e_s_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave._A_G_A_V_E_B_i_o_S_e_q_u_e_n_c_e_H_a_n_d_l_e_r
│ │ │ │ │ @@ -35003,15 +35003,15 @@
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq._F_e_a_t_u_r_e_F_i_l_t_e_r_._S_t_r_a_n_d_F_i_l_t_e_r
│ │ │ │ │ Build a new filter that matches all features of a given strand.
│ │ │ │ │ _S_t_r_a_n_d_P_a_r_s_e_r - Class in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._b_i_o_._s_e_q
│ │ │ │ │ Process strings and return strand objects.
│ │ │ │ │ _S_t_r_a_n_d_P_a_r_s_e_r_(_) - Constructor for class org.biojava.bio.seq._S_t_r_a_n_d_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_r_e_a_m_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _S_t_r_e_a_m_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_a_n_g_e_r_F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _s_t_r_e_a_m_(_R_e_a_d_a_b_l_e_,_ _S_t_r_e_a_m_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_R_e_a_d_e_r
│ │ │ │ │ Stream the specified readable.
│ │ │ │ │ _S_t_r_e_a_m_L_i_s_t_e_n_e_r - Interface in _o_r_g_._b_i_o_j_a_v_a_._b_i_o_._p_r_o_g_r_a_m_._f_a_s_t_q
│ │ │ │ │ Event based parser callback.
│ │ │ │ │ _s_t_r_e_a_m_N_e_x_t_(_S_e_q_I_O_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Method in class
│ │ │ │ │ @@ -36025,18 +36025,18 @@
│ │ │ │ │ _T_I_T_L_E___T_A_G - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io._I_N_S_D_s_e_q_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _T_I_T_L_E___T_A_G - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io._U_n_i_P_r_o_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _T_I_T_L_E___T_A_G - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io._U_n_i_P_r_o_t_X_M_L_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_P_r_e_f_i_x_e_s - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _t_N_a_m_e_s_p_a_c_e_s - Variable in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax._B_l_a_s_t_L_i_k_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax._F_a_s_t_a_S_e_q_u_e_n_c_e_S_A_X_P_a_r_s_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _t_o - Variable in class org.biojava.bio.dp._T_r_a_i_n_e_r_T_r_a_n_s_i_t_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _t_o - Variable in class org.biojava.bio.dp._T_r_a_n_s_i_t_i_o_n
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _T_O___A___L_E_A_F - Static variable in class org.biojava.bio.symbol._U_k_k_o_n_e_n_S_u_f_f_i_x_T_r_e_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ @@ -36755,15 +36755,15 @@
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in interface org.biojavax.bio.seq._P_o_s_i_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in class org.biojavax.bio.seq._S_i_m_p_l_e_P_o_s_i_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_i_n_t_) - Method in class org.biojavax.bio.seq._S_i_m_p_l_e_R_i_c_h_L_o_c_a_t_i_o_n
│ │ │ │ │ Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol._S_i_m_p_l_e_G_e_n_e_t_i_c_C_o_d_e_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol._A_b_s_t_r_a_c_t_M_a_n_y_T_o_O_n_e_T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol._T_r_a_n_s_l_a_t_i_o_n_T_a_b_l_e
│ │ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │ │ _t_r_a_n_s_l_a_t_e_(_S_y_m_b_o_l_L_i_s_t_) - Static method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq._G_e_n_e_t_i_c_C_o_d_e_s
│ │ │ │ │ Translate RNA into protein (with termination symbols).
│ │ │ │ │ @@ -37680,40 +37680,40 @@
│ │ │ │ │ width.
│ │ │ │ │ _W_O_R_M___N_U_C_L_E_A_R - Static variable in class org.biojava.bio.symbol._C_o_d_o_n_P_r_e_f_T_o_o_l_s
│ │ │ │ │ Caenorhabditis elegans codon preferences
│ │ │ │ │ _W_r_a_p_p_e_r_(_S_e_a_r_c_h_L_i_s_t_e_n_e_r_) - Constructor for class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.ssaha._S_e_a_r_c_h_L_i_s_t_e_n_e_r_._W_r_a_p_p_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_F_i_l_e_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _I_t_e_r_a_b_l_e_<_F_a_s_t_q_>_) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _A_l_i_g_n_m_e_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._F_a_s_t_a_A_l_i_g_n_m_e_n_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │ Writes out the alignment to an FASTA file.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _A_l_i_g_n_m_e_n_t_,_ _i_n_t_) - Method in class
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io._M_S_F_A_l_i_g_n_m_e_n_t_F_o_r_m_a_t
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in class
│ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq._I_l_l_u_m_i_n_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq._S_o_l_e_x_a_F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_O_u_t_p_u_t_S_t_r_e_a_m_,_ _F_a_s_t_q_._._._) - Method in interface
│ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq._F_a_s_t_q_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output
│ │ │ │ │ stream.
│ │ │ │ │ _w_r_i_t_e_(_S_e_q_u_e_n_c_e_) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave._A_g_a_v_e_W_r_i_t_e_r
│ │ │ │ │ Writing Sequence.
│ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/member-search-index.js
│ │ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ │ @@ -2253,15 +2253,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io.agave",
│ │ │ │ │ "c": "AGAVEMapLocation",
│ │ │ │ │ "l": "addPosition(AGAVEMapPosition)",
│ │ │ │ │ "u": "addPosition(org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMapPosition)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "addPrefixMapping(String, String)",
│ │ │ │ │ "u": "addPrefixMapping(java.lang.String,java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io.agave",
│ │ │ │ │ "c": "AGAVERelatedAnnot",
│ │ │ │ │ "l": "addProp(AGAVEProperty)",
│ │ │ │ │ "u": "addProp(org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEProperty)"
│ │ │ │ │ @@ -3994,25 +3994,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.automata",
│ │ │ │ │ "c": "NfaSubModel",
│ │ │ │ │ "l": "append(NfaSubModel)",
│ │ │ │ │ "u": "append(org.biojava.utils.automata.NfaSubModel)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "append(T, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "append(T,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ @@ -6168,15 +6168,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ChangeForwarder",
│ │ │ │ │ "l": "ChangeForwarder(Object, ChangeSupport)",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(java.lang.Object,org.biojava.utils.ChangeSupport)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "changeState(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ChangeForwarder",
│ │ │ │ │ "l": "changeSupport()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ @@ -6289,15 +6289,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.blast2html",
│ │ │ │ │ "c": "Blast2HTMLHandler",
│ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.ssbind",
│ │ │ │ │ "c": "SeqSimilarityAdapter",
│ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ @@ -10199,15 +10199,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "doRetain()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.gui.sequence",
│ │ │ │ │ "c": "AbstractPeptideDigestRenderer",
│ │ │ │ │ "l": "doSortPeptides()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ - "c": "AbstractReversibleTranslationTable",
│ │ │ │ │ + "c": "AbstractManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "doTranslate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "doTranslate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "doTranslate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "doTranslate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ @@ -11030,15 +11030,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "endDocument()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.xml",
│ │ │ │ │ "c": "BaseXMLWriter",
│ │ │ │ │ "l": "endElement()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "endElement(QName)",
│ │ │ │ │ "u": "endElement(org.biojava.bio.program.sax.QName)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.blast2html",
│ │ │ │ │ "c": "Blast2HTMLHandler",
│ │ │ │ │ "l": "endElement(String, String, String)",
│ │ │ │ │ "u": "endElement(java.lang.String,java.lang.String,java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -14430,40 +14430,40 @@
│ │ │ │ │ "l": "forIndex(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bibliography",
│ │ │ │ │ "c": "BibRef",
│ │ │ │ │ "l": "format"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ - "c": "EmblFileFormer",
│ │ │ │ │ + "c": "ProteinRefSeqFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(Feature)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(org.biojava.bio.seq.Feature)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "SeqFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(Feature)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(org.biojava.bio.seq.Feature)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "SwissprotFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(Feature)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(org.biojava.bio.seq.Feature)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ - "c": "EmblFileFormer",
│ │ │ │ │ + "c": "ProteinRefSeqFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(Location, StrandedFeature.Strand)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(org.biojava.bio.symbol.Location,org.biojava.bio.seq.StrandedFeature.Strand)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "SwissprotFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(StringBuffer, Location)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(java.lang.StringBuffer,org.biojava.bio.symbol.Location)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ - "c": "EmblFileFormer",
│ │ │ │ │ + "c": "ProteinRefSeqFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(StringBuffer, Location, StrandedFeature.Strand)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(java.lang.StringBuffer,org.biojava.bio.symbol.Location,org.biojava.bio.seq.StrandedFeature.Strand)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "SeqFileFormer",
│ │ │ │ │ "l": "formatLocation(StringBuffer, Location, StrandedFeature.Strand)",
│ │ │ │ │ "u": "formatLocation(java.lang.StringBuffer,org.biojava.bio.symbol.Location,org.biojava.bio.seq.StrandedFeature.Strand)"
│ │ │ │ │ @@ -17692,23 +17692,23 @@
│ │ │ │ │ "l": "getContainingClass()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichFeatureRelationship",
│ │ │ │ │ "l": "getContainsTerm()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getContentHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getContentHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getContentStream(InputSource)",
│ │ │ │ │ "u": "getContentStream(org.xml.sax.InputSource)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.projection",
│ │ │ │ │ "c": "ProjectedFeatureHolder",
│ │ │ │ │ "l": "getContext()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ @@ -18898,15 +18898,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getDP()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp",
│ │ │ │ │ "c": "TrainingAlgorithm",
│ │ │ │ │ "l": "getDP()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getDTDHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getDTDHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.proteomics",
│ │ │ │ │ @@ -19128,15 +19128,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getEndOfRecord()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.tagvalue",
│ │ │ │ │ "c": "RegexParser",
│ │ │ │ │ "l": "getEndOfRecord()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getEntityResolver()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getEntityResolver()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.candy",
│ │ │ │ │ @@ -19178,15 +19178,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.gff3",
│ │ │ │ │ "c": "GFF3Parser",
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.process",
│ │ │ │ │ @@ -19310,15 +19310,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getFeature()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichLocation",
│ │ │ │ │ "l": "getFeature()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getFeature(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getFeature(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getFeature(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getFeature(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -22557,23 +22557,23 @@
│ │ │ │ │ "l": "getNamespace()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.lsid",
│ │ │ │ │ "c": "LifeScienceIdentifier",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespaceId()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespacePrefix()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespacePrefixes()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getNamespaces()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "NameTokenization",
│ │ │ │ │ "l": "getNameToSymbol()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa",
│ │ │ │ │ @@ -23883,15 +23883,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichAnnotation",
│ │ │ │ │ "l": "getProperty(Object)",
│ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getProperty(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "getProperty(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -27387,15 +27387,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "getURI()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleNamespace",
│ │ │ │ │ "l": "getURI()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "getURIFromPrefix(String)",
│ │ │ │ │ "u": "getURIFromPrefix(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.gui.sequence",
│ │ │ │ │ "c": "ImageMap.HotSpot",
│ │ │ │ │ "l": "getURL()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ @@ -30825,15 +30825,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "issue"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bibliography",
│ │ │ │ │ "c": "BiblioJournalArticle",
│ │ │ │ │ "l": "issueSupplement"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "iState"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa",
│ │ │ │ │ "c": "NCBITaxon",
│ │ │ │ │ "l": "isTaxonHidden()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa",
│ │ │ │ │ @@ -34740,27 +34740,27 @@
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.chromatogram",
│ │ │ │ │ "c": "Chromatogram",
│ │ │ │ │ "l": "OFFSETS"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "oFullNamespacePrefix"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "oHandler"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.proteomics",
│ │ │ │ │ "c": "MassCalc",
│ │ │ │ │ "l": "Omono"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "oNamespacePrefix"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio",
│ │ │ │ │ "c": "CardinalityConstraint",
│ │ │ │ │ "l": "ONE"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio",
│ │ │ │ │ @@ -36584,25 +36584,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.phylo.io.phylip",
│ │ │ │ │ "c": "PHYLIPFileFormat",
│ │ │ │ │ "l": "parse(PHYLIPFileListener, BufferedReader)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(org.biojavax.bio.phylo.io.phylip.PHYLIPFileListener,java.io.BufferedReader)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "parse(String)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "parse(String)",
│ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -37341,15 +37341,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ChangeListener",
│ │ │ │ │ "l": "preChange(ChangeEvent)",
│ │ │ │ │ "u": "preChange(org.biojava.utils.ChangeEvent)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "prefix(String)",
│ │ │ │ │ "u": "prefix(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp.twohead",
│ │ │ │ │ "c": "AbstractMatrixPairDPCursor",
│ │ │ │ │ "l": "press()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ @@ -38670,35 +38670,35 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.io",
│ │ │ │ │ "c": "RandomAccessReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(char[], int, int)",
│ │ │ │ │ "u": "read(char[],int,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(File)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.File)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(File)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.File)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(InputStream)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.InputStream)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(InputStream)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.io.InputStream)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(URL)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.net.URL)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "read(URL)",
│ │ │ │ │ "u": "read(java.net.URL)"
│ │ │ │ │ @@ -43603,15 +43603,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio",
│ │ │ │ │ "c": "AnnotationType",
│ │ │ │ │ "l": "setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location)",
│ │ │ │ │ "u": "setConstraints(java.lang.Object,org.biojava.bio.PropertyConstraint,org.biojava.bio.symbol.Location)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setContentHandler(ContentHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setContentHandler(org.xml.sax.ContentHandler)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParser",
│ │ │ │ │ "l": "setContentHandler(ContentHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setContentHandler(org.xml.sax.ContentHandler)"
│ │ │ │ │ @@ -44285,15 +44285,15 @@
│ │ │ │ │ "u": "setDoubleProperty(org.biojava.bio.symbol.Symbol,java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.stax",
│ │ │ │ │ "c": "DoubleElementHandlerBase",
│ │ │ │ │ "l": "setDoubleValue(double)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setDTDHandler(DTDHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setDTDHandler(org.xml.sax.DTDHandler)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setDTDHandler(DTDHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setDTDHandler(org.xml.sax.DTDHandler)"
│ │ │ │ │ @@ -44400,15 +44400,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.tagvalue",
│ │ │ │ │ "c": "RegexParser",
│ │ │ │ │ "l": "setEndOfRecord(String)",
│ │ │ │ │ "u": "setEndOfRecord(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setEntityResolver(EntityResolver)",
│ │ │ │ │ "u": "setEntityResolver(org.xml.sax.EntityResolver)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setEntityResolver(EntityResolver)",
│ │ │ │ │ "u": "setEntityResolver(org.xml.sax.EntityResolver)"
│ │ │ │ │ @@ -44423,15 +44423,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "setEpsilon(double)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.stats.svm",
│ │ │ │ │ "c": "SMOTrainer",
│ │ │ │ │ "l": "setEpsilon(double)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setErrorHandler(ErrorHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setErrorHandler(org.xml.sax.ErrorHandler)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setErrorHandler(ErrorHandler)",
│ │ │ │ │ "u": "setErrorHandler(org.xml.sax.ErrorHandler)"
│ │ │ │ │ @@ -44502,15 +44502,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.gff",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleGFFRecord",
│ │ │ │ │ "l": "setFeature(String)",
│ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setFeature(String, boolean)",
│ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String,boolean)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setFeature(String, boolean)",
│ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String,boolean)"
│ │ │ │ │ @@ -45672,15 +45672,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichSequenceBuilder",
│ │ │ │ │ "l": "setNamespace(Namespace)",
│ │ │ │ │ "u": "setNamespace(org.biojavax.Namespace)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setNamespacePrefix(String)",
│ │ │ │ │ "u": "setNamespacePrefix(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.stats.svm.tools",
│ │ │ │ │ "c": "ClassifierExample.PointClassifier",
│ │ │ │ │ "l": "setNegShape(Shape)",
│ │ │ │ │ "u": "setNegShape(java.awt.Shape)"
│ │ │ │ │ @@ -46172,15 +46172,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichAnnotation",
│ │ │ │ │ "l": "setProperty(Object, Object)",
│ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.Object,java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "setProperty(String, Object)",
│ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.String,java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml",
│ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade",
│ │ │ │ │ "l": "setProperty(String, Object)",
│ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.String,java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ @@ -49568,15 +49568,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils",
│ │ │ │ │ "c": "ActivityListener",
│ │ │ │ │ "l": "startedActivity(Object)",
│ │ │ │ │ "u": "startedActivity(java.lang.Object)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "startElement(QName, Attributes)",
│ │ │ │ │ "u": "startElement(org.biojava.bio.program.sax.QName,org.xml.sax.Attributes)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.xml",
│ │ │ │ │ "c": "BaseXMLWriter",
│ │ │ │ │ "l": "startElement(String)",
│ │ │ │ │ "u": "startElement(java.lang.String)"
│ │ │ │ │ @@ -50748,15 +50748,15 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "StrandParser",
│ │ │ │ │ "l": "StrandParser()",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E()"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqReader",
│ │ │ │ │ + "c": "SangerFastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "stream(Readable, StreamListener)",
│ │ │ │ │ "u": "stream(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.StreamListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqReader",
│ │ │ │ │ "l": "stream(Readable, StreamListener)",
│ │ │ │ │ "u": "stream(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.StreamListener)"
│ │ │ │ │ @@ -52159,19 +52159,19 @@
│ │ │ │ │ "l": "TITLE_TAG"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "UniProtXMLFormat",
│ │ │ │ │ "l": "TITLE_TAG"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "tNamespacePrefixes"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax",
│ │ │ │ │ - "c": "BlastLikeSAXParser",
│ │ │ │ │ + "c": "FastaSequenceSAXParser",
│ │ │ │ │ "l": "tNamespaces"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp",
│ │ │ │ │ "c": "TrainerTransition",
│ │ │ │ │ "l": "to"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp",
│ │ │ │ │ @@ -53366,15 +53366,15 @@
│ │ │ │ │ "l": "translate(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq",
│ │ │ │ │ "c": "SimpleRichLocation",
│ │ │ │ │ "l": "translate(int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ - "c": "SimpleGeneticCodeTable",
│ │ │ │ │ + "c": "AbstractManyToOneTranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "translate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "translate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol",
│ │ │ │ │ "c": "TranslationTable",
│ │ │ │ │ "l": "translate(Symbol)",
│ │ │ │ │ "u": "translate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)"
│ │ │ │ │ @@ -54624,25 +54624,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.ssaha",
│ │ │ │ │ "c": "SearchListener.Wrapper",
│ │ │ │ │ "l": "Wrapper(SearchListener)",
│ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(org.biojava.bio.program.ssaha.SearchListener)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(File, Iterable)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.File,java.lang.Iterable)"
│ │ │ │ │ @@ -54654,25 +54654,25 @@
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io",
│ │ │ │ │ "c": "MSFAlignmentFormat",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Alignment, int)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,org.biojava.bio.alignment.Alignment,int)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ - "c": "IlluminaFastqWriter",
│ │ │ │ │ + "c": "SolexaFastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
│ │ │ │ │ "c": "FastqWriter",
│ │ │ │ │ "l": "write(OutputStream, Fastq...)",
│ │ │ │ │ "u": "write(java.io.OutputStream,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)"
│ │ │ │ │ }, {
│ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq",
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