--- /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Cner0qaY/b1/biojava-live_1.9.7+dfsg-1_armhf.changes +++ /srv/reproducible-results/rbuild-debian/r-b-build.Cner0qaY/b2/biojava-live_1.9.7+dfsg-1_armhf.changes ├── Files │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ - e3136fd99076cf0169758b480a5169e2 4132568 doc optional libbiojava-java-doc_1.9.7+dfsg-1_all.deb │ + 64d03df34cd66d34b3e8a6a46cf8517c 4132504 doc optional libbiojava-java-doc_1.9.7+dfsg-1_all.deb │ ab782163f0e532230201e8c8b6fd1191 5512 java optional libbiojava-java_1.9.7+dfsg-1_all.deb │ 0088c3dc56fe7264a9179c89ebaae3d1 3154416 java optional libbiojava1.9-java_1.9.7+dfsg-1_all.deb ├── libbiojava-java-doc_1.9.7+dfsg-1_all.deb │ ├── file list │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2023-11-29 07:09:37.000000 debian-binary │ │ --rw-r--r-- 0 0 0 118544 2023-11-29 07:09:37.000000 control.tar.xz │ │ --rw-r--r-- 0 0 0 4013832 2023-11-29 07:09:37.000000 data.tar.xz │ │ +-rw-r--r-- 0 0 0 118560 2023-11-29 07:09:37.000000 control.tar.xz │ │ +-rw-r--r-- 0 0 0 4013752 2023-11-29 07:09:37.000000 data.tar.xz │ ├── control.tar.xz │ │ ├── control.tar │ │ │ ├── ./control │ │ │ │ @@ -1,13 +1,13 @@ │ │ │ │ Package: libbiojava-java-doc │ │ │ │ Source: biojava-live │ │ │ │ Version: 1:1.9.7+dfsg-1 │ │ │ │ Architecture: all │ │ │ │ Maintainer: Debian Med Packaging Team │ │ │ │ -Installed-Size: 103816 │ │ │ │ +Installed-Size: 103814 │ │ │ │ Depends: default-jdk-doc │ │ │ │ Suggests: libbiojava-java │ │ │ │ Section: doc │ │ │ │ Priority: optional │ │ │ │ Multi-Arch: foreign │ │ │ │ Homepage: https://www.biojava.org │ │ │ │ Description: [Biology] Documentation for BioJava │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │ │┄ Files differ │ ├── data.tar.xz │ │ ├── data.tar │ │ │ ├── file list │ │ │ │ @@ -6,22 +6,22 @@ │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 588936 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/allclasses-index.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 27769 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/allpackages-index.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 460903 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/constant-values.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 39572 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/deprecated-list.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2568 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/element-list │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10486 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/help-doc.html │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5205187 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/index-all.html │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5204512 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/index-all.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 36274 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/index.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1498 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/jquery-ui.overrides.css │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/legal/ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1522 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/legal/ASSEMBLY_EXCEPTION │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2936 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/legal/jquery.md │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1870 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/legal/jqueryUI.md │ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1398894 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/member-search-index.js │ │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1398669 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/member-search-index.js │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 45 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/module-search-index.js │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/ │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10002 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/App.html │ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/bibliography/ │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 34030 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/bibliography/BibRef.html │ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 14355 2023-11-29 07:09:37.000000 ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/org/biojava/bibliography/BibRefException.html │ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/index-all.html │ │ │ │ @@ -1559,15 +1559,15 @@ │ │ │ │
add a search pattern to the searches to be conducted │ │ │ │ by this object.
│ │ │ │ │ │ │ │
addPos(Object) - Method in class org.biojava.stats.svm.DiagonalAddKernel
│ │ │ │
 
│ │ │ │
addPosition(AGAVEMapPosition) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMapLocation
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
addPrefixMapping(String, String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
addPrefixMapping(String, String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Adds a namespace prefix to URI mapping as (key,value) pairs.
│ │ │ │
│ │ │ │
addProp(AGAVEProperty) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVERelatedAnnot
│ │ │ │
 
│ │ │ │
addProp(AGAVEProperty) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEXref
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -3017,21 +3017,21 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Create a bean from an XML file, then attempt to enter it.
│ │ │ │
│ │ │ │
AppBeanRunner() - Constructor for class org.biojava.utils.xml.AppBeanRunner
│ │ │ │
 
│ │ │ │
append(NfaSubModel) - Method in class org.biojava.utils.automata.NfaSubModel
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
append(T, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +
append(T, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
append(T, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified appendable.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
append(T, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +
append(T, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
append(T, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified appendable.
│ │ │ │
│ │ │ │
appendMatrixData(String, Object) - Method in class org.biojavax.bio.phylo.io.nexus.CharactersBlock
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -5096,15 +5096,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
A listener that remembers the ChangeEvent of the last change.
│ │ │ │
│ │ │ │
ChangeListener.LoggingListener - Class in org.biojava.utils
│ │ │ │
│ │ │ │
A listener that writes information about the event stream to a PrintStream.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
changeState(int) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
changeState(int) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Centralise chaining of iState field to help │ │ │ │ with debugging.
│ │ │ │
│ │ │ │
changeSupport() - Method in class org.biojava.utils.ChangeForwarder
│ │ │ │
│ │ │ │
Return the underlying ChangeSupport instance that can be used to │ │ │ │ @@ -5221,15 +5221,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
CHARACTER - Static variable in interface org.biojava.bio.seq.io.SymbolTokenization
│ │ │ │
 
│ │ │ │
characters(char[], int, int) - Method in class org.biojava.bio.program.blast2html.Blast2HTMLHandler
│ │ │ │
│ │ │ │
Describe characters method here.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
characters(char[], int, int) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
characters(char[], int, int) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Utility method to centralize the sending of a SAX characters │ │ │ │ message a document handler.
│ │ │ │
│ │ │ │
characters(char[], int, int) - Method in class org.biojava.bio.program.ssbind.SeqSimilarityAdapter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
characters(char[], int, int) - Method in class org.biojava.bio.program.xml.SimpleXMLEmitter
│ │ │ │ @@ -8350,15 +8350,15 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
doRetain() - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.TagDropper
│ │ │ │
│ │ │ │
Find out if known tags are retained or dropped.
│ │ │ │
│ │ │ │
doSortPeptides() - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence.AbstractPeptideDigestRenderer
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
doTranslate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.AbstractReversibleTranslationTable
│ │ │ │ +
doTranslate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │
this method is expected to translate any symbol │ │ │ │ in the source alphabet.
│ │ │ │
│ │ │ │
doTranslate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.SimpleManyToOneTranslationTable
│ │ │ │
 
│ │ │ │
doTranslate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.SimpleReversibleTranslationTable
│ │ │ │ @@ -9283,15 +9283,15 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
endElement(String, String, String, StAXContentHandler) - Method in interface org.biojava.utils.stax.StAXContentHandler
│ │ │ │
 
│ │ │ │
endElement(String, String, String, StAXContentHandler) - Method in class org.biojava.utils.stax.StAXContentHandlerBase
│ │ │ │
 
│ │ │ │
endElement(String, String, String, StAXContentHandler) - Method in class org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
endElement(QName) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
endElement(QName) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Utility method to centralize the sending of a SAX endElement │ │ │ │ message a document handler.
│ │ │ │
│ │ │ │
endElementHandler(String, String, String, StAXContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler
│ │ │ │
 
│ │ │ │
endElementHandler(String, String, String, StAXContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEChromosomeHandler
│ │ │ │ @@ -14395,23 +14395,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │
getContainingClass() - Method in class org.biojava.utils.bytecode.GeneratedCodeMethod
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getContainsTerm() - Static method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichFeatureRelationship
│ │ │ │
│ │ │ │
Gets the default CONTAINS term used for defining the relationship between features.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getContentHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getContentHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Return the content handler.
│ │ │ │
│ │ │ │
getContentHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
correct this later
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getContentStream(InputSource) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getContentStream(InputSource) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Create a stream from an an InputSource, picking the │ │ │ │ correct stream according to order of precedance.
│ │ │ │
│ │ │ │
getContext() - Method in class org.biojava.bio.seq.projection.ProjectedFeatureHolder
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getContext() - Method in class org.biojava.stats.svm.TrainingEvent
│ │ │ │ @@ -15333,15 +15333,15 @@ │ │ │ │ end type produced by the primary (intra-site or downstream) │ │ │ │ cut. │ │ │ │ │ │ │ │
getDP() - Method in class org.biojava.bio.dp.AbstractTrainer
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getDP() - Method in interface org.biojava.bio.dp.TrainingAlgorithm
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
getDTDHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getDTDHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getDTDHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getE() - Method in class org.biojava.bio.proteomics.StructureTools
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -15505,15 +15505,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Get the current string indicating that a record has ended.
│ │ │ │
│ │ │ │
getEndOfRecord() - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Get the explicit end-of-record string.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getEntityResolver() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getEntityResolver() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getEntityResolver() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
This class has an EntityResolver that │ │ │ │ resolves the public ID specifying the │ │ │ │ @@ -15549,15 +15549,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser
│ │ │ │
│ │ │ │
Find the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getErrorHandler() - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -15660,15 +15660,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │
│ │ │ │
getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │
Retrieves the feature this location is associated with.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getFeatureDescTerm() - Static method in class org.biojavax.bio.seq.RichSequence.Terms
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -18024,23 +18024,23 @@ │ │ │ │
Returns the namespace of this bioentry.
│ │ │ │
│ │ │ │
getNamespaceId() - Method in class org.biojava.utils.lsid.LifeScienceIdentifier
│ │ │ │
│ │ │ │
Return the namespace id for this identifier │ │ │ │ within the authority.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespacePrefix() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespacePrefix() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Describe getNamespacePrefix method here.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespacePrefixes() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespacePrefixes() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Support SAX2 configuration of namespace support of parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
getNameToSymbol() - Method in class org.biojava.bio.seq.io.NameTokenization
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getNCBITaxID() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -19076,15 +19076,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │ Retrieve the value of a property by key.
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │
│ │ │ │
Deprecated. 
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
getProperty(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
getProperty(Annotation, Object) - Method in class org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -21840,15 +21840,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │
│ │ │ │
getURI() - Method in class org.biojavax.SimpleNamespace
│ │ │ │
│ │ │ │
If the namespace has a URI, this will return it.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
getURIFromPrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
getURIFromPrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Gets the URI for a namespace prefix, given that prefix, │ │ │ │ or null if the prefix is not recognised.
│ │ │ │
│ │ │ │
getURL() - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence.ImageMap.HotSpot
│ │ │ │
│ │ │ │
getURL returns the hotspot URL.
│ │ │ │ @@ -24560,15 +24560,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
The issue of the journal.
│ │ │ │
│ │ │ │
issueSupplement - Variable in class org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle
│ │ │ │
│ │ │ │
Suplement.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │
isTaxonHidden() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │
used in getNameHierarchy() to determine whether this taxonomy level is displayed
│ │ │ │
│ │ │ │
isTaxonHidden() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -27710,23 +27710,23 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
OffsetRulerRenderer(int, int) - Constructor for class org.biojava.bio.gui.sequence.OffsetRulerRenderer
│ │ │ │
 
│ │ │ │
OFFSETS - Static variable in interface org.biojava.bio.chromatogram.Chromatogram
│ │ │ │
│ │ │ │
The sequence label for the trace offsets of the called bases.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oFullNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
oFullNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │
Omono - Static variable in class org.biojava.bio.proteomics.MassCalc
│ │ │ │
│ │ │ │
Constant value of Oxygen monoisotopic mass
│ │ │ │
│ │ │ │ -
oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │
one() - Static method in class org.biojavax.ga.util.GATools
│ │ │ │
 
│ │ │ │
ONE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint
│ │ │ │
│ │ │ │
The property should have exactly one value.
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -29492,15 +29492,15 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
parse(Readable, ParseListener) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqReader
│ │ │ │
 
│ │ │ │
parse(Readable, ParseListener) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader
│ │ │ │
│ │ │ │
Parse the specified readable.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Full implementation of interface method.
│ │ │ │
│ │ │ │
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -30124,15 +30124,15 @@ │ │ │ │
preChange(ChangeEvent) - Method in class org.biojava.utils.ChangeListener.LoggingListener
│ │ │ │
 
│ │ │ │
preChange(ChangeEvent) - Method in interface org.biojava.utils.ChangeListener
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │ Called before a change takes place.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Given an unprefixed element name, returns │ │ │ │ a new element name with a namespace prefix
│ │ │ │
│ │ │ │
press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.AbstractMatrixPairDPCursor
│ │ │ │
 
│ │ │ │
press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.LightPairDPCursor
│ │ │ │ @@ -35451,15 +35451,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │
setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location) - Method in class org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract
│ │ │ │
 
│ │ │ │
setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location) - Method in interface org.biojava.bio.AnnotationType
│ │ │ │
│ │ │ │
Set the constraints associated with a property.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Allow an application to register a content event handler.
│ │ │ │
│ │ │ │
setContentHandler(ContentHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParser
│ │ │ │
│ │ │ │
sets the ContentHandler for this object
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -35929,15 +35929,15 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
setDoubleValue(double) - Method in class org.biojava.utils.stax.DoubleElementHandlerBase
│ │ │ │
│ │ │ │
│ │ │ │ Override this method to do something useful with the │ │ │ │ double we collect.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
setElementId(String) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMatchRegion
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -36018,15 +36018,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Set the string indicating that a record has ended.
│ │ │ │
│ │ │ │
setEndOfRecord(String) - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Set the explicit end-of-record string.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
This class has an EntityResolver that │ │ │ │ resolves the public ID specifying the │ │ │ │ @@ -36050,15 +36050,15 @@ │ │ │ │
Set the error handler used by this parser.
│ │ │ │
│ │ │ │
setErrorHandler(OutputHandler) - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess
│ │ │ │
│ │ │ │
Sets the output error handler which is responsible for the standard error │ │ │ │ output of the external process.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
setEvents(List) - Method in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtCommentParser
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36087,15 +36087,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Set the feature to feature.
│ │ │ │
│ │ │ │
setFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.gff.SimpleGFFRecord
│ │ │ │
│ │ │ │
Set the feature type to type.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Handles support for ReasoningDomain and Namespace-prefixes
│ │ │ │
│ │ │ │
setFeature(String, boolean) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
│ │ │ │
by default, we set the parser to non-validating.
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -36938,15 +36938,15 @@ │ │ │ │ the namespace of the record being read. │ │ │ │ │ │ │ │
setNamespace(Namespace) - Method in class org.biojavax.bio.seq.io.SimpleRichSequenceBuilder
│ │ │ │
│ │ │ │
Call back method so the event emitter can tell the listener │ │ │ │ the namespace of the record being read.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setNamespacePrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setNamespacePrefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │
setNegShape(Shape) - Method in class org.biojava.stats.svm.tools.ClassifierExample.PointClassifier
│ │ │ │
│ │ │ │
Set the Shape to represent the negative points.
│ │ │ │
│ │ │ │
setNestedKernel(SVMKernel) - Method in class org.biojava.stats.svm.CachingKernel
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -37308,15 +37308,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │ Set the value of a property.
│ │ │ │ │ │ │ │
setProperty(Object, Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation
│ │ │ │
│ │ │ │
Deprecated. 
│ │ │ │
│ │ │ │ -
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Do-nothing implementation of interface method
│ │ │ │
│ │ │ │
setProperty(String, Object) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade
│ │ │ │
 
│ │ │ │
setProperty(String, String) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.StAXPropertyHandler
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -40333,15 +40333,15 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
startElement(String, String, String, Attributes, DelegationManager) - Method in class org.biojava.utils.stax.StAXContentHandlerBase
│ │ │ │
 
│ │ │ │
startElement(String, String, String, Attributes, DelegationManager) - Method in class org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase
│ │ │ │
 
│ │ │ │
startElement(String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.xml.BaseXMLWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
startElement(QName, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
startElement(QName, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
│ │ │ │
Utility method to centralize sending of a SAX │ │ │ │ startElement message to document handler
│ │ │ │
│ │ │ │
startElementHandler(String, String, String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler
│ │ │ │
 
│ │ │ │
startElementHandler(String, String, String, Attributes) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSequenceHandler
│ │ │ │ @@ -42295,17 +42295,17 @@ │ │ │ │
 
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.INSDseqFormat
│ │ │ │
 
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtFormat
│ │ │ │
 
│ │ │ │
TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtXMLFormat
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
tNamespacePrefixes - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
tNamespacePrefixes - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser
│ │ │ │ +
tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser
│ │ │ │
 
│ │ │ │
to - Variable in class org.biojava.bio.dp.TrainerTransition
│ │ │ │
 
│ │ │ │
to - Variable in class org.biojava.bio.dp.Transition
│ │ │ │
 
│ │ │ │
TO_A_LEAF - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.UkkonenSuffixTree
│ │ │ │
 
│ │ │ │ @@ -43108,15 +43108,15 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases.
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation
│ │ │ │
│ │ │ │
Create a location that is a translation of this location.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.AbstractReversibleTranslationTable
│ │ │ │ +
translate(Symbol) - Method in class org.biojava.bio.symbol.SimpleReversibleTranslationTable
│ │ │ │
 
│ │ │ │
translate(Symbol) - Method in interface org.biojava.bio.symbol.TranslationTable
│ │ │ │
│ │ │ │
Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet.
│ │ │ │
│ │ │ │
translate(SymbolList) - Static method in class org.biojava.bio.seq.GeneticCodes
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -44284,39 +44284,39 @@ │ │ │ │
│ │ │ │
WORM_NUCLEAR - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.CodonPrefTools
│ │ │ │
│ │ │ │
Caenorhabditis elegans codon preferences
│ │ │ │
│ │ │ │
Wrapper(SearchListener) - Constructor for class org.biojava.bio.program.ssaha.SearchListener.Wrapper
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
write(File, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(File, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
write(File, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
write(File, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(File, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
write(File, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file.
│ │ │ │
│ │ │ │ -
write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
write(OutputStream, Iterable<Fastq>) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output stream.
│ │ │ │
│ │ │ │
write(OutputStream, Alignment, int) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.FastaAlignmentFormat
│ │ │ │
│ │ │ │
Writes out the alignment to an FASTA file.
│ │ │ │
│ │ │ │
write(OutputStream, Alignment, int) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat
│ │ │ │
 
│ │ │ │ -
write(OutputStream, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter
│ │ │ │ +
write(OutputStream, Fastq...) - Method in class org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter
│ │ │ │
 
│ │ │ │
write(OutputStream, Fastq...) - Method in interface org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter
│ │ │ │
│ │ │ │
Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output stream.
│ │ │ │
│ │ │ │
write(Sequence) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AgaveWriter
│ │ │ │
│ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ │ @@ -1463,15 +1463,15 @@ │ │ │ │ │ add a search pattern to the searches to be conducted by this object. │ │ │ │ │ addPos(Object) - Method in class org.biojava.stats.svm.DiagonalAddKernel │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ addPosition(AGAVEMapPosition) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMapLocation │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ addPrefixMapping(String,_String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Adds a namespace prefix to URI mapping as (key,value) pairs. │ │ │ │ │ addProp(AGAVEProperty) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVERelatedAnnot │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ addProp(AGAVEProperty) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEXref │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -2788,22 +2788,22 @@ │ │ │ │ │ AppBeanRunner - Class in org.biojava.utils.xml │ │ │ │ │ Create a bean from an XML file, then attempt to enter it. │ │ │ │ │ AppBeanRunner() - Constructor for class org.biojava.utils.xml.AppBeanRunner │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ append(NfaSubModel) - Method in class org.biojava.utils.automata.NfaSubModel │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ append(T,_Iterable) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ append(T,_Iterable) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter │ │ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified │ │ │ │ │ appendable. │ │ │ │ │ append(T,_Fastq...) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ append(T,_Fastq...) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter │ │ │ │ │ Append the specified FASTQ formatted sequences to the specified │ │ │ │ │ appendable. │ │ │ │ │ appendMatrixData(String,_Object) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.phylo.io.nexus.CharactersBlock │ │ │ │ │ @@ -4479,16 +4479,15 @@ │ │ │ │ │ ChangeListener.AlwaysVetoListener - Class in org.biojava.utils │ │ │ │ │ An implementation that always vetoes everything. │ │ │ │ │ ChangeListener.ChangeEventRecorder - Class in org.biojava.utils │ │ │ │ │ A listener that remembers the ChangeEvent of the last change. │ │ │ │ │ ChangeListener.LoggingListener - Class in org.biojava.utils │ │ │ │ │ A listener that writes information about the event stream to a │ │ │ │ │ PrintStream. │ │ │ │ │ - changeState(int) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + changeState(int) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Centralise chaining of iState field to help with debugging. │ │ │ │ │ changeSupport() - Method in class org.biojava.utils.ChangeForwarder │ │ │ │ │ Return the underlying ChangeSupport instance that can be used to fire │ │ │ │ │ ChangeEvents and mannage listeners. │ │ │ │ │ ChangeSupport - Class in org.biojava.utils │ │ │ │ │ A utility class to provide management for informing ChangeListeners of │ │ │ │ │ ChangeEvents. │ │ │ │ │ @@ -4572,15 +4571,15 @@ │ │ │ │ │ CHARACTER - Static variable in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.SymbolTokenization │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.blast2html.Blast2HTMLHandler │ │ │ │ │ Describe characters method here. │ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Utility method to centralize the sending of a SAX characters message a │ │ │ │ │ document handler. │ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.ssbind.SeqSimilarityAdapter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ characters(char[],_int,_int) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.xml.SimpleXMLEmitter │ │ │ │ │ @@ -7271,15 +7270,15 @@ │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ doRetain() - Method in class org.biojava.bio.program.tagvalue.TagDropper │ │ │ │ │ Find out if known tags are retained or dropped. │ │ │ │ │ doSortPeptides() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.gui.sequence.AbstractPeptideDigestRenderer │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ doTranslate(Symbol) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol.AbstractReversibleTranslationTable │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol.AbstractManyToOneTranslationTable │ │ │ │ │ this method is expected to translate any symbol in the source alphabet. │ │ │ │ │ doTranslate(Symbol) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.SimpleManyToOneTranslationTable │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ doTranslate(Symbol) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.SimpleReversibleTranslationTable │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -8032,16 +8031,15 @@ │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ endElement(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax.StAXContentHandlerBase │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ endElement(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ - endElement(QName) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + endElement(QName) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Utility method to centralize the sending of a SAX endElement message a │ │ │ │ │ document handler. │ │ │ │ │ endElementHandler(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in │ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ endElementHandler(String,_String,_String,_StAXContentHandler) - Method in │ │ │ │ │ class org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEChromosomeHandler │ │ │ │ │ @@ -12491,21 +12489,21 @@ │ │ │ │ │ org.biojava.utils.bytecode.GeneratedCodeMethod │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getContainsTerm() - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.SimpleRichFeatureRelationship │ │ │ │ │ Gets the default CONTAINS term used for defining the relationship between │ │ │ │ │ features. │ │ │ │ │ getContentHandler() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Return the content handler. │ │ │ │ │ getContentHandler() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │ correct this later │ │ │ │ │ getContentStream(InputSource) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Create a stream from an an InputSource, picking the correct stream │ │ │ │ │ according to order of precedance. │ │ │ │ │ getContext() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.projection.ProjectedFeatureHolder │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getContext() - Method in class org.biojava.stats.svm.TrainingEvent │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -13273,16 +13271,15 @@ │ │ │ │ │ org.biojava.bio.molbio.RestrictionEnzyme │ │ │ │ │ getDownstreamEndType returns the double-stranded end type produced by the │ │ │ │ │ primary (intra-site or downstream) cut. │ │ │ │ │ getDP() - Method in class org.biojava.bio.dp.AbstractTrainer │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getDP() - Method in interface org.biojava.bio.dp.TrainingAlgorithm │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ - getDTDHandler() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + getDTDHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ getDTDHandler() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getE() - Method in class org.biojava.bio.proteomics.StructureTools │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getEcNumber(Annotation) - Method in class │ │ │ │ │ @@ -13426,15 +13423,15 @@ │ │ │ │ │ getEndOfRecord() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser │ │ │ │ │ Get the current string indicating that a record has ended. │ │ │ │ │ getEndOfRecord() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser │ │ │ │ │ Get the explicit end-of-record string. │ │ │ │ │ getEntityResolver() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ getEntityResolver() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │ This class has an EntityResolver that resolves the public ID specifying │ │ │ │ │ the NCBI DTDs to resource files within the BioJava libraries. │ │ │ │ │ getEntryByName(String) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.utils.candy.CandyVocabulary │ │ │ │ │ @@ -13456,16 +13453,15 @@ │ │ │ │ │ getEquates() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.phylo.io.nexus.CharactersBlock │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff.GFFParser │ │ │ │ │ Find the error handler used by this parser. │ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser │ │ │ │ │ Find the error handler used by this parser. │ │ │ │ │ - getErrorHandler() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + getErrorHandler() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getErrorHandler() - Method in class org.biojava.utils.process.ExternalProcess │ │ │ │ │ Gets the output error handler which is responsible for the standard error │ │ │ │ │ output of the external process. │ │ │ │ │ @@ -13541,16 +13537,15 @@ │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.EmptyRichLocation │ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with. │ │ │ │ │ getFeature() - Method in interface org.biojavax.bio.seq.RichLocation │ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with. │ │ │ │ │ getFeature() - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation │ │ │ │ │ Retrieves the feature this location is associated with. │ │ │ │ │ - getFeature(String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + getFeature(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ getFeature(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getFeatureDescTerm() - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.RichSequence.Terms │ │ │ │ │ Getter for the FeatureDesc term │ │ │ │ │ @@ -15526,21 +15521,20 @@ │ │ │ │ │ Getter for property namespace. │ │ │ │ │ getNamespace() - Method in class org.biojavax.bio.SimpleBioEntry │ │ │ │ │ Returns the namespace of this bioentry. │ │ │ │ │ getNamespaceId() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.lsid.LifeScienceIdentifier │ │ │ │ │ Return the namespace id for this identifier within the authority. │ │ │ │ │ getNamespacePrefix() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Describe getNamespacePrefix method here. │ │ │ │ │ getNamespacePrefixes() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser. │ │ │ │ │ - getNamespaces() - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + getNamespaces() - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Support SAX2 configuration of namespace support of parser. │ │ │ │ │ getNameToSymbol() - Method in class org.biojava.bio.seq.io.NameTokenization │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getNCBITaxID() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon │ │ │ │ │ Gets the NCBI taxon ID. │ │ │ │ │ getNCBITaxID() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon │ │ │ │ │ Gets the NCBI taxon ID. │ │ │ │ │ @@ -16357,15 +16351,15 @@ │ │ │ │ │ getProperty(Object) - Method in class org.biojava.bio.OverlayAnnotation │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.EmptyRichAnnotation │ │ │ │ │ Retrieve the value of a property by key. │ │ │ │ │ getProperty(Object) - Method in class org.biojavax.SimpleRichAnnotation │ │ │ │ │ Deprecated.  │ │ │ │ │ getProperty(String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ getProperty(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getProperty(Annotation,_Object) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -18655,15 +18649,15 @@ │ │ │ │ │ getURI() - Method in interface org.biojava.bio.seq.FeatureTypes.Type │ │ │ │ │ Get the URI for this type. │ │ │ │ │ getURI() - Method in interface org.biojavax.Namespace │ │ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it. │ │ │ │ │ getURI() - Method in class org.biojavax.SimpleNamespace │ │ │ │ │ If the namespace has a URI, this will return it. │ │ │ │ │ getURIFromPrefix(String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Gets the URI for a namespace prefix, given that prefix, or null if the │ │ │ │ │ prefix is not recognised. │ │ │ │ │ getURL() - Method in class org.biojava.bio.gui.sequence.ImageMap.HotSpot │ │ │ │ │ getURL returns the hotspot URL. │ │ │ │ │ getURN() - Method in class org.biojava.bio.seq.impl.DummySequence │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ getURN() - Method in class org.biojava.bio.seq.impl.SimpleGappedSequence │ │ │ │ │ @@ -21012,15 +21006,15 @@ │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.FeatureTypes │ │ │ │ │ Work out if one type is a sub-type of another. │ │ │ │ │ issue - Variable in class org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle │ │ │ │ │ The issue of the journal. │ │ │ │ │ issueSupplement - Variable in class │ │ │ │ │ org.biojava.bibliography.BiblioJournalArticle │ │ │ │ │ Suplement. │ │ │ │ │ - iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + iState - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ isTaxonHidden() - Method in interface org.biojavax.bio.taxa.NCBITaxon │ │ │ │ │ used in getNameHierarchy() to determine whether this taxonomy level is │ │ │ │ │ displayed │ │ │ │ │ isTaxonHidden() - Method in class org.biojavax.bio.taxa.SimpleNCBITaxon │ │ │ │ │ Returns the taxonomy hierarchy of this taxon entry in the form: most │ │ │ │ │ specific; less specific; ...; least specific. │ │ │ │ │ @@ -23598,22 +23592,21 @@ │ │ │ │ │ OffsetRulerRenderer(int,_int) - Constructor for class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.gui.sequence.OffsetRulerRenderer │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ OFFSETS - Static variable in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.chromatogram.Chromatogram │ │ │ │ │ The sequence label for the trace offsets of the called bases. │ │ │ │ │ oFullNamespacePrefix - Variable in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ - oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + oHandler - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ Omono - Static variable in class org.biojava.bio.proteomics.MassCalc │ │ │ │ │ Constant value of Oxygen monoisotopic mass │ │ │ │ │ - oNamespacePrefix - Variable in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + oNamespacePrefix - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ one() - Static method in class org.biojavax.ga.util.GATools │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ ONE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint │ │ │ │ │ The property should have exactly one value. │ │ │ │ │ ONE_OR_MORE - Static variable in class org.biojava.bio.CardinalityConstraint │ │ │ │ │ The property should have one or more values. │ │ │ │ │ @@ -25064,15 +25057,15 @@ │ │ │ │ │ parse(Readable,_ParseListener) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqReader │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ parse(Readable,_ParseListener) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqReader │ │ │ │ │ Parse the specified readable. │ │ │ │ │ parse(String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.ClustalWAlignmentSAXParser │ │ │ │ │ Full implementation of interface method. │ │ │ │ │ parse(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ parse(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ parse(String) - Method in class org.biojava.naming.ObdaUriParser │ │ │ │ │ @@ -25620,16 +25613,15 @@ │ │ │ │ │ org.biojava.utils.ChangeListener.ChangeEventRecorder │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ preChange(ChangeEvent) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.ChangeListener.LoggingListener │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ preChange(ChangeEvent) - Method in interface org.biojava.utils.ChangeListener │ │ │ │ │ Called before a change takes place. │ │ │ │ │ - prefix(String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + prefix(String) - Method in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Given an unprefixed element name, returns a new element name with a │ │ │ │ │ namespace prefix │ │ │ │ │ press() - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.dp.twohead.AbstractMatrixPairDPCursor │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ press() - Method in class org.biojava.bio.dp.twohead.LightPairDPCursor │ │ │ │ │ Returns the minimal context of the DP matrix necessary to compute the │ │ │ │ │ @@ -30138,15 +30130,15 @@ │ │ │ │ │ setConstraints(Object,_PropertyConstraint,_Location) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.AnnotationType.Abstract │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ setConstraints(Object,_PropertyConstraint,_Location) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.AnnotationType │ │ │ │ │ Set the constraints associated with a property. │ │ │ │ │ setContentHandler(ContentHandler) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Allow an application to register a content event handler. │ │ │ │ │ setContentHandler(ContentHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParser │ │ │ │ │ sets the ContentHandler for this object │ │ │ │ │ setContentHandler(ContentHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │ this sets the ContentHandler that receives SAX events from the internal │ │ │ │ │ @@ -30574,15 +30566,15 @@ │ │ │ │ │ setDoubleProperty(Symbol,_String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.SimpleSymbolPropertyTable │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ setDoubleValue(double) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.stax.DoubleElementHandlerBase │ │ │ │ │ Override this method to do something useful with the double we collect. │ │ │ │ │ setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ setDTDHandler(DTDHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ setElementId(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMatchRegion │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -30653,15 +30645,15 @@ │ │ │ │ │ setEndOfRecord(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.LineSplitParser │ │ │ │ │ Set the string indicating that a record has ended. │ │ │ │ │ setEndOfRecord(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.tagvalue.RegexParser │ │ │ │ │ Set the explicit end-of-record string. │ │ │ │ │ setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ setEntityResolver(EntityResolver) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │ This class has an EntityResolver that resolves the public ID specifying │ │ │ │ │ the NCBI DTDs to resource files within the BioJava libraries. │ │ │ │ │ setEnvironmentProperties(String[]) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.process.ExternalProcess │ │ │ │ │ @@ -30678,15 +30670,15 @@ │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff3.GFF3Parser │ │ │ │ │ Set the error handler used by this parser. │ │ │ │ │ setErrorHandler(OutputHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.utils.process.ExternalProcess │ │ │ │ │ Sets the output error handler which is responsible for the standard error │ │ │ │ │ output of the external process. │ │ │ │ │ setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ setErrorHandler(ErrorHandler) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ setEvents(List) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io.UniProtCommentParser │ │ │ │ │ Setter for property events. │ │ │ │ │ @@ -30707,15 +30699,15 @@ │ │ │ │ │ setFeature(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff.GFFRecordFilter.FeatureFilter │ │ │ │ │ Set the feature to feature. │ │ │ │ │ setFeature(String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.gff.SimpleGFFRecord │ │ │ │ │ Set the feature type to type. │ │ │ │ │ setFeature(String,_boolean) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Handles support for ReasoningDomain and Namespace-prefixes │ │ │ │ │ setFeature(String,_boolean) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │ by default, we set the parser to non-validating. │ │ │ │ │ setFeature(RichFeature) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.CompoundRichLocation │ │ │ │ │ Sets the feature this location is associated with. │ │ │ │ │ @@ -31436,15 +31428,15 @@ │ │ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener the namespace │ │ │ │ │ of the record being read. │ │ │ │ │ setNamespace(Namespace) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.bio.seq.io.SimpleRichSequenceBuilder │ │ │ │ │ Call back method so the event emitter can tell the listener the namespace │ │ │ │ │ of the record being read. │ │ │ │ │ setNamespacePrefix(String) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ setNegShape(Shape) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.stats.svm.tools.ClassifierExample.PointClassifier │ │ │ │ │ Set the Shape to represent the negative points. │ │ │ │ │ setNestedKernel(SVMKernel) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.stats.svm.CachingKernel │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -31740,15 +31732,15 @@ │ │ │ │ │ setProperty(Object,_Object) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.EmptyRichAnnotation │ │ │ │ │ Set the value of a property. │ │ │ │ │ setProperty(Object,_Object) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojavax.SimpleRichAnnotation │ │ │ │ │ Deprecated.  │ │ │ │ │ setProperty(String,_Object) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Do-nothing implementation of interface method │ │ │ │ │ setProperty(String,_Object) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.sax.blastxml.BlastXMLParserFacade │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ setProperty(String,_String) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.StAXPropertyHandler │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -34325,15 +34317,15 @@ │ │ │ │ │ startElement(String,_String,_String,_Attributes,_DelegationManager) - Method │ │ │ │ │ in class org.biojava.utils.stax.StringElementHandlerBase │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ startElement(String,_Attributes) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.xml.BaseXMLWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ startElement(QName,_Attributes) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │ Utility method to centralize sending of a SAX startElement message to │ │ │ │ │ document handler │ │ │ │ │ startElementHandler(String,_String,_String,_Attributes) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSeqHandler │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ startElementHandler(String,_String,_String,_Attributes) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEBioSequenceHandler │ │ │ │ │ @@ -36033,18 +36025,17 @@ │ │ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.INSDseqFormat │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtFormat │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ TITLE_TAG - Static variable in class org.biojavax.bio.seq.io.UniProtXMLFormat │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ tNamespacePrefixes - Variable in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ - tNamespaces - Variable in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.sax.FastaSearchSAXParser │ │ │ │ │ + tNamespaces - Variable in class org.biojava.bio.program.sax.PdbSAXParser │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ to - Variable in class org.biojava.bio.dp.TrainerTransition │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ to - Variable in class org.biojava.bio.dp.Transition │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ TO_A_LEAF - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.UkkonenSuffixTree │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ @@ -36763,15 +36754,15 @@ │ │ │ │ │ translate(int) - Method in interface org.biojavax.bio.seq.Position │ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases. │ │ │ │ │ translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimplePosition │ │ │ │ │ Takes this position and returns a copy translated by 'distance' bases. │ │ │ │ │ translate(int) - Method in class org.biojavax.bio.seq.SimpleRichLocation │ │ │ │ │ Create a location that is a translation of this location. │ │ │ │ │ translate(Symbol) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.symbol.AbstractReversibleTranslationTable │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.symbol.SimpleReversibleTranslationTable │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ translate(Symbol) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.symbol.TranslationTable │ │ │ │ │ Translate a single symbol from source alphabet to the target alphabet. │ │ │ │ │ translate(SymbolList) - Static method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.GeneticCodes │ │ │ │ │ Translate RNA into protein (with termination symbols). │ │ │ │ │ @@ -37688,40 +37679,40 @@ │ │ │ │ │ width. │ │ │ │ │ WORM_NUCLEAR - Static variable in class org.biojava.bio.symbol.CodonPrefTools │ │ │ │ │ Caenorhabditis elegans codon preferences │ │ │ │ │ Wrapper(SearchListener) - Constructor for class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.ssaha.SearchListener.Wrapper │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ write(File,_Iterable) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ write(File,_Iterable) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter │ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file. │ │ │ │ │ write(File,_Fastq...) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ write(File,_Fastq...) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter │ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified file. │ │ │ │ │ write(OutputStream,_Iterable) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ write(OutputStream,_Iterable) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter │ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output │ │ │ │ │ stream. │ │ │ │ │ write(OutputStream,_Alignment,_int) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.FastaAlignmentFormat │ │ │ │ │ Writes out the alignment to an FASTA file. │ │ │ │ │ write(OutputStream,_Alignment,_int) - Method in class │ │ │ │ │ org.biojava.bio.seq.io.MSFAlignmentFormat │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ write(OutputStream,_Fastq...) - Method in class │ │ │ │ │ - org.biojava.bio.program.fastq.SolexaFastqWriter │ │ │ │ │ + org.biojava.bio.program.fastq.IlluminaFastqWriter │ │ │ │ │   │ │ │ │ │ write(OutputStream,_Fastq...) - Method in interface │ │ │ │ │ org.biojava.bio.program.fastq.FastqWriter │ │ │ │ │ Write the specified FASTQ formatted sequences to the specified output │ │ │ │ │ stream. │ │ │ │ │ write(Sequence) - Method in class org.biojava.bio.seq.io.agave.AgaveWriter │ │ │ │ │ Writing Sequence. │ │ │ ├── ./usr/share/doc/libbiojava-java/apidocs/member-search-index.js │ │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ │ @@ -2253,15 +2253,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io.agave", │ │ │ │ │ "c": "AGAVEMapLocation", │ │ │ │ │ "l": "addPosition(AGAVEMapPosition)", │ │ │ │ │ "u": "addPosition(org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEMapPosition)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "addPrefixMapping(String, String)", │ │ │ │ │ "u": "addPrefixMapping(java.lang.String,java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io.agave", │ │ │ │ │ "c": "AGAVERelatedAnnot", │ │ │ │ │ "l": "addProp(AGAVEProperty)", │ │ │ │ │ "u": "addProp(org.biojava.bio.seq.io.agave.AGAVEProperty)" │ │ │ │ │ @@ -3994,25 +3994,25 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.automata", │ │ │ │ │ "c": "NfaSubModel", │ │ │ │ │ "l": "append(NfaSubModel)", │ │ │ │ │ "u": "append(org.biojava.utils.automata.NfaSubModel)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq", │ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter", │ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter", │ │ │ │ │ "l": "append(T, Fastq...)", │ │ │ │ │ "u": "append(T,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq", │ │ │ │ │ "c": "FastqWriter", │ │ │ │ │ "l": "append(T, Fastq...)", │ │ │ │ │ "u": "append(T,org.biojava.bio.program.fastq.Fastq...)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq", │ │ │ │ │ - "c": "SolexaFastqWriter", │ │ │ │ │ + "c": "IlluminaFastqWriter", │ │ │ │ │ "l": "append(T, Iterable)", │ │ │ │ │ "u": "append(T,java.lang.Iterable)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq", │ │ │ │ │ "c": "FastqWriter", │ │ │ │ │ "l": "append(T, Iterable)", │ │ │ │ │ "u": "append(T,java.lang.Iterable)" │ │ │ │ │ @@ -6168,15 +6168,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils", │ │ │ │ │ "c": "ChangeForwarder", │ │ │ │ │ "l": "ChangeForwarder(Object, ChangeSupport)", │ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(java.lang.Object,org.biojava.utils.ChangeSupport)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "changeState(int)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils", │ │ │ │ │ "c": "ChangeForwarder", │ │ │ │ │ "l": "changeSupport()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils", │ │ │ │ │ @@ -6289,15 +6289,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.blast2html", │ │ │ │ │ "c": "Blast2HTMLHandler", │ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)", │ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)", │ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.ssbind", │ │ │ │ │ "c": "SeqSimilarityAdapter", │ │ │ │ │ "l": "characters(char[], int, int)", │ │ │ │ │ "u": "characters(char[],int,int)" │ │ │ │ │ @@ -10199,15 +10199,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "doRetain()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.gui.sequence", │ │ │ │ │ "c": "AbstractPeptideDigestRenderer", │ │ │ │ │ "l": "doSortPeptides()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol", │ │ │ │ │ - "c": "AbstractReversibleTranslationTable", │ │ │ │ │ + "c": "AbstractManyToOneTranslationTable", │ │ │ │ │ "l": "doTranslate(Symbol)", │ │ │ │ │ "u": "doTranslate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.symbol", │ │ │ │ │ "c": "SimpleManyToOneTranslationTable", │ │ │ │ │ "l": "doTranslate(Symbol)", │ │ │ │ │ "u": "doTranslate(org.biojava.bio.symbol.Symbol)" │ │ │ │ │ @@ -11030,15 +11030,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "endDocument()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.xml", │ │ │ │ │ "c": "BaseXMLWriter", │ │ │ │ │ "l": "endElement()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "endElement(QName)", │ │ │ │ │ "u": "endElement(org.biojava.bio.program.sax.QName)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.blast2html", │ │ │ │ │ "c": "Blast2HTMLHandler", │ │ │ │ │ "l": "endElement(String, String, String)", │ │ │ │ │ "u": "endElement(java.lang.String,java.lang.String,java.lang.String)" │ │ │ │ │ @@ -17692,23 +17692,23 @@ │ │ │ │ │ "l": "getContainingClass()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq", │ │ │ │ │ "c": "SimpleRichFeatureRelationship", │ │ │ │ │ "l": "getContainsTerm()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getContentHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "getContentHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getContentStream(InputSource)", │ │ │ │ │ "u": "getContentStream(org.xml.sax.InputSource)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.projection", │ │ │ │ │ "c": "ProjectedFeatureHolder", │ │ │ │ │ "l": "getContext()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ @@ -18898,15 +18898,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "getDP()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp", │ │ │ │ │ "c": "TrainingAlgorithm", │ │ │ │ │ "l": "getDP()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getDTDHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "getDTDHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.proteomics", │ │ │ │ │ @@ -19128,15 +19128,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "getEndOfRecord()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.tagvalue", │ │ │ │ │ "c": "RegexParser", │ │ │ │ │ "l": "getEndOfRecord()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getEntityResolver()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "getEntityResolver()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.candy", │ │ │ │ │ @@ -19178,15 +19178,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.gff3", │ │ │ │ │ "c": "GFF3Parser", │ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "getErrorHandler()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.process", │ │ │ │ │ @@ -19310,15 +19310,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "getFeature()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq", │ │ │ │ │ "c": "SimpleRichLocation", │ │ │ │ │ "l": "getFeature()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getFeature(String)", │ │ │ │ │ "u": "getFeature(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "getFeature(String)", │ │ │ │ │ "u": "getFeature(java.lang.String)" │ │ │ │ │ @@ -22557,23 +22557,23 @@ │ │ │ │ │ "l": "getNamespace()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.lsid", │ │ │ │ │ "c": "LifeScienceIdentifier", │ │ │ │ │ "l": "getNamespaceId()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getNamespacePrefix()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getNamespacePrefixes()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getNamespaces()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.seq.io", │ │ │ │ │ "c": "NameTokenization", │ │ │ │ │ "l": "getNameToSymbol()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa", │ │ │ │ │ @@ -23883,15 +23883,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax", │ │ │ │ │ "c": "SimpleRichAnnotation", │ │ │ │ │ "l": "getProperty(Object)", │ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.Object)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getProperty(String)", │ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "getProperty(String)", │ │ │ │ │ "u": "getProperty(java.lang.String)" │ │ │ │ │ @@ -27387,15 +27387,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "getURI()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax", │ │ │ │ │ "c": "SimpleNamespace", │ │ │ │ │ "l": "getURI()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "getURIFromPrefix(String)", │ │ │ │ │ "u": "getURIFromPrefix(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.gui.sequence", │ │ │ │ │ "c": "ImageMap.HotSpot", │ │ │ │ │ "l": "getURL()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ @@ -30825,15 +30825,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "issue" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bibliography", │ │ │ │ │ "c": "BiblioJournalArticle", │ │ │ │ │ "l": "issueSupplement" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "iState" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa", │ │ │ │ │ "c": "NCBITaxon", │ │ │ │ │ "l": "isTaxonHidden()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.taxa", │ │ │ │ │ @@ -34740,27 +34740,27 @@ │ │ │ │ │ "u": "%3Cinit%3E(int,int)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.chromatogram", │ │ │ │ │ "c": "Chromatogram", │ │ │ │ │ "l": "OFFSETS" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "oFullNamespacePrefix" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "oHandler" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.proteomics", │ │ │ │ │ "c": "MassCalc", │ │ │ │ │ "l": "Omono" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "oNamespacePrefix" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio", │ │ │ │ │ "c": "CardinalityConstraint", │ │ │ │ │ "l": "ONE" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio", │ │ │ │ │ @@ -36594,15 +36594,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.fastq", │ │ │ │ │ "c": "FastqReader", │ │ │ │ │ "l": "parse(Readable, ParseListener)", │ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.Readable,org.biojava.bio.program.fastq.ParseListener)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "ClustalWAlignmentSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "parse(String)", │ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "parse(String)", │ │ │ │ │ "u": "parse(java.lang.String)" │ │ │ │ │ @@ -37341,15 +37341,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils", │ │ │ │ │ "c": "ChangeListener", │ │ │ │ │ "l": "preChange(ChangeEvent)", │ │ │ │ │ "u": "preChange(org.biojava.utils.ChangeEvent)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "prefix(String)", │ │ │ │ │ "u": "prefix(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.dp.twohead", │ │ │ │ │ "c": "AbstractMatrixPairDPCursor", │ │ │ │ │ "l": "press()" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ @@ -43603,15 +43603,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio", │ │ │ │ │ "c": "AnnotationType", │ │ │ │ │ "l": "setConstraints(Object, PropertyConstraint, Location)", │ │ │ │ │ "u": "setConstraints(java.lang.Object,org.biojava.bio.PropertyConstraint,org.biojava.bio.symbol.Location)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setContentHandler(ContentHandler)", │ │ │ │ │ "u": "setContentHandler(org.xml.sax.ContentHandler)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParser", │ │ │ │ │ "l": "setContentHandler(ContentHandler)", │ │ │ │ │ "u": "setContentHandler(org.xml.sax.ContentHandler)" │ │ │ │ │ @@ -44285,15 +44285,15 @@ │ │ │ │ │ "u": "setDoubleProperty(org.biojava.bio.symbol.Symbol,java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils.stax", │ │ │ │ │ "c": "DoubleElementHandlerBase", │ │ │ │ │ "l": "setDoubleValue(double)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setDTDHandler(DTDHandler)", │ │ │ │ │ "u": "setDTDHandler(org.xml.sax.DTDHandler)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "setDTDHandler(DTDHandler)", │ │ │ │ │ "u": "setDTDHandler(org.xml.sax.DTDHandler)" │ │ │ │ │ @@ -44400,15 +44400,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.tagvalue", │ │ │ │ │ "c": "RegexParser", │ │ │ │ │ "l": "setEndOfRecord(String)", │ │ │ │ │ "u": "setEndOfRecord(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setEntityResolver(EntityResolver)", │ │ │ │ │ "u": "setEntityResolver(org.xml.sax.EntityResolver)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "setEntityResolver(EntityResolver)", │ │ │ │ │ "u": "setEntityResolver(org.xml.sax.EntityResolver)" │ │ │ │ │ @@ -44423,15 +44423,15 @@ │ │ │ │ │ "l": "setEpsilon(double)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.stats.svm", │ │ │ │ │ "c": "SMOTrainer", │ │ │ │ │ "l": "setEpsilon(double)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setErrorHandler(ErrorHandler)", │ │ │ │ │ "u": "setErrorHandler(org.xml.sax.ErrorHandler)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "setErrorHandler(ErrorHandler)", │ │ │ │ │ "u": "setErrorHandler(org.xml.sax.ErrorHandler)" │ │ │ │ │ @@ -44502,15 +44502,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.gff", │ │ │ │ │ "c": "SimpleGFFRecord", │ │ │ │ │ "l": "setFeature(String)", │ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setFeature(String, boolean)", │ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String,boolean)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "setFeature(String, boolean)", │ │ │ │ │ "u": "setFeature(java.lang.String,boolean)" │ │ │ │ │ @@ -45672,15 +45672,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq.io", │ │ │ │ │ "c": "SimpleRichSequenceBuilder", │ │ │ │ │ "l": "setNamespace(Namespace)", │ │ │ │ │ "u": "setNamespace(org.biojavax.Namespace)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setNamespacePrefix(String)", │ │ │ │ │ "u": "setNamespacePrefix(java.lang.String)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.stats.svm.tools", │ │ │ │ │ "c": "ClassifierExample.PointClassifier", │ │ │ │ │ "l": "setNegShape(Shape)", │ │ │ │ │ "u": "setNegShape(java.awt.Shape)" │ │ │ │ │ @@ -46172,15 +46172,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax", │ │ │ │ │ "c": "SimpleRichAnnotation", │ │ │ │ │ "l": "setProperty(Object, Object)", │ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.Object,java.lang.Object)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "setProperty(String, Object)", │ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.String,java.lang.Object)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax.blastxml", │ │ │ │ │ "c": "BlastXMLParserFacade", │ │ │ │ │ "l": "setProperty(String, Object)", │ │ │ │ │ "u": "setProperty(java.lang.String,java.lang.Object)" │ │ │ │ │ @@ -49568,15 +49568,15 @@ │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.utils", │ │ │ │ │ "c": "ActivityListener", │ │ │ │ │ "l": "startedActivity(Object)", │ │ │ │ │ "u": "startedActivity(java.lang.Object)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - "c": "FastaSearchSAXParser", │ │ │ │ │ + "c": "PdbSAXParser", │ │ │ │ │ "l": "startElement(QName, Attributes)", │ │ │ │ │ "u": "startElement(org.biojava.bio.program.sax.QName,org.xml.sax.Attributes)" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.xml", │ │ │ │ │ "c": "BaseXMLWriter", │ │ │ │ │ "l": "startElement(String)", │ │ │ │ │ "u": "startElement(java.lang.String)" │ │ │ │ │ @@ -52159,19 +52159,19 @@ │ │ │ │ │ "l": "TITLE_TAG" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojavax.bio.seq.io", │ │ │ │ │ "c": "UniProtXMLFormat", │ │ │ │ │ "l": "TITLE_TAG" │ │ │ │ │ }, { │ │ │ │ │ "p": "org.biojava.bio.program.sax", │ │ │ │ │ - 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